View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11541_low_5 (Length: 760)

Name: NF11541_low_5
Description: NF11541
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11541_low_5
NF11541_low_5
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (11-743)||(720689-721418)
chr1 (11-614)||(38880040-38880642)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (11-592)||(37144954-37145535)
chr3 (11-588)||(53606574-53607151)
chr3 (210-612)||(17716828-17717230)
chr3 (210-612)||(19018057-19018459)
chr3 (546-589)||(23425799-23425842)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (11-592)||(45211096-45211677)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (11-614)||(23946051-23946654)
chr5 (11-158)||(42690064-42690211)
chr5 (60-200)||(16781215-16781355)
chr5 (235-299)||(10115868-10115932)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (15-592)||(33805273-33805850)
chr4 (84-612)||(11239460-11239988)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (11-588)||(46830723-46831300)
chr7 (23-283)||(48953130-48953390)
chr7 (531-589)||(23206660-23206718)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (60-301)||(8684298-8684539)
chr6 (243-287)||(4839599-4839643)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (522-588)||(42402010-42402076)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 743
Target Start/End: Complemental strand, 721418 - 720689
Alignment:
Q  11 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  721418 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccactgtaaccagtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaagg 721319  T
Q  111 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  721318 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcataatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgatattgt 721219  T
Q  211 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  721218 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaagtcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 721119  T
Q  311 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 410  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  721118 gccagacataccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccaatttcctgccatatgcttctagaaaaatga 721019  T
Q  411 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 510  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  721018 cagtccctgacacagtgtaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcgcaggagggagagggggctatgtttctgtggtggagcaaggaaagagttg 720919  T
Q  511 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcagc 610  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  720918 gtacaacattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccaggacctgcaaattccaaattcaagaccaagaggggtgaggaatgggatcagc 720819  T
Q  611 tgccatatattagtgaatatatttattatttaatttacacctaatcacta-nnnnnnncttcaagtaatcacgaatttttgaacagcaaataaagcacca 709  Q
    |||||||||||||||||||    |||||||||||||| ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  720818 tgccatatattagtgaata----tattatttaatttaaacctaatcactattttttttcttcaagtaatcacgaatttttgaacagcaaataaagcacca 720723  T
Q  710 ctatattatacatatataaaagaaaacaattaaa 743  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  720722 ctatattatacatatataaaagaaaacaattaaa 720689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 38880642 - 38880040
Alignment:
Q  11 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38880642 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaaccagtgcgggaaggagtacctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaatg 38880543  T
Q  111 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 210  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||    
T  38880542 tgatttttgttgttccatttcacaaaacggtcagaatgattcacattttcctcactattaaaggccgaattgatatctacagctgttgaaacgatattgt 38880443  T
Q  211 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 310  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38880442 tgcacagtcgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccaacgaaaaagatattcggaaggga 38880343  T
Q  311 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 410  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38880342 gccagacataccgatcttgatccaatcgtgagatgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccaatgttctgccatatgcttctagaaaaatga 38880243  T
Q  411 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 510  Q
    || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  38880242 caatccctgacacagtgcagaaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcgcaggagggagagggagctatgtttctgtggtggagcaaggaaagagttg 38880143  T
Q  511 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcagc 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||    
T  38880142 gtacaacattttgacaagcaagccagat-aaaaacttgtactttttcagaacttgcaaattccaaatccaagaccaagaggggtgaggaatgagatcagc 38880044  T
Q  611 tgcc 614  Q
    ||||    
T  38880043 tgcc 38880040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 37145535 - 37144954
Alignment:
Q  11 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 110  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |    
T  37145535 tgagatgagcaagcctgcactattacggagaatatcaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatgg 37145436  T
Q  111 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 210  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37145435 tgattcctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagaattgatatctgcagctgctgaaacgatattgt 37145336  T
Q  211 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 310  Q
    |||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  37145335 tgcacaaccgaaaaagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaagaccagcgaaaaagatatccgggaggga 37145236  T
Q  311 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 410  Q
    ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37145235 gctggacataccgatcttgaaccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacatgtaaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 37145136  T
Q  411 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 510  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37145135 cagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacaggtgggagatggcgctatgtttctgcggtggagcaaggaaagagttg 37145036  T
Q  511 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 592  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37145035 gtacaacattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 37144954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 11 - 588
Target Start/End: Original strand, 53606574 - 53607151
Alignment:
Q  11 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 110  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| || || | || || |||||||||||| | ||| || || | ||||||||||||||||||||||||| | ||   |    
T  53606574 tgagataaacaaacctgcactattgcgtaggacaccaccgtaaccggtgcgtggaggggttccaatgcagctgccatcaacattaagaatgaaatcttgg 53606673  T
Q  111 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 210  Q
    || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||     |||||| ||||  |  || ||||| |||    |  |||||||||||| ||  ||||    
T  53606674 tggtttctattgttccatttcaccaatcggtctgaatgagggggattttcttcaccgttgaatgccgagttggctgcatcagctgctgaaatgatgttgt 53606773  T
Q  211 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 310  Q
    |||||| |||||  | |||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | | | ||    
T  53606774 tgcacaaccgaaataaagacaaagtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaaacccaccaaaggccggctaaaaagatactagaacgtga 53606873  T
Q  311 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 410  Q
    |||||| || || | ||| |||||||| | || ||  | || ||||| |||||| |||| | |||| |||||||||||||| |||    ||||||||  |    
T  53606874 gccagaaataccaagctttatccaatcataagttgtagcagttgtgacgaaatcgttacttgtaaaaccaattttctgccagatgtccttagaaaaacaa 53606973  T
Q  411 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 510  Q
    |||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||| |||   || |||   |||||||||||| ||| ||||  |||  |||| ||||||||| |    
T  53606974 cagtccctgacacaatgcataaaggtttcatcttcttctccgcaatgagtgcaaatgggagagggagccatgcttctgtggtaaagcagggaaagagtgg 53607073  T
Q  511 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaag 588  Q
    | ||  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |   ||||||||||||||||||    
T  53607074 gaaccgcattttgacacgccagccagataagaaacttgtacttttccggaacctttagtctccaaatccaagaccaag 53607151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 210 - 612
Target Start/End: Original strand, 17716828 - 17717230
Alignment:
Q  210 ttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggg 309  Q
    |||||||||||||  |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||| | | | |    
T  17716828 ttgcacagccgaaatagagacaaattctcattattaaggcacattaagtttcgatgtctccaaacccaccaaagactagctagaaagatatttgaacgag 17716927  T
Q  310 agccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatg 409  Q
      ||| |||  || | |||||||||||| |||||||| |  ||||||  ||| |||||||    ||| |||| | | ||||| || |||||||||||  |    
T  17716928 taccaaacaaaccaaacttgatccaatcatgagctgaagcggctgtggtgaactcattacaataaaagccaaatgtttgccagatacttctagaaaagcg 17717027  T
Q  410 acagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagtt 509  Q
    ||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||| |||||| || ||||||||||   |||| || | ||||||||||    
T  17717028 acaatccctaacacagtgcaggaatgtttcatcttcttctctacaacgaccgcaggtgggagaaggggctatgtttcggtggtgaagaagggaaagagtt 17717127  T
Q  510 ggtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcag 609  Q
    |||||  |||| ||||| || |||||||| || ||||| || |||||| |||| |  |   |||||||| ||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  17717128 ggtactgcattgtgacaggcgagccagataaggaacttatatttttccagaacatttagtctccaaatcaaagaccaagagagatgagaagtgggatcag 17717227  T
Q  610 ctg 612  Q
    |||    
T  17717228 ctg 17717230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 210 - 612
Target Start/End: Original strand, 19018057 - 19018459
Alignment:
Q  210 ttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggg 309  Q
    |||||||||||||  |||||||  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| | ||||||||| | | | |    
T  19018057 ttgcacagccgaaatagagacaaattctcattattaaggcacattaagtttcgatgtctccaaacccaccaaagactagctagaaagatatttgaacgag 19018156  T
Q  310 agccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatg 409  Q
      ||| |||  || | |||||||||||| |||||||| |  ||||||  ||| |||||||    ||| |||| | | ||||| || |||||||||||  |    
T  19018157 taccaaacaaaccaaacttgatccaatcatgagctgaagcggctgtggtgaactcattacaataaaagccaaatgtttgccagatacttctagaaaagcg 19018256  T
Q  410 acagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagtt 509  Q
    ||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||| |||||| || ||||||||||   |||| || | ||||||||||    
T  19018257 acaatccctaacacagtgcaggaatgtttcatcttcttctctacaacgaccgcaggtgggagaaggggctatgtttcggtggtgaagaagggaaagagtt 19018356  T
Q  510 ggtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcag 609  Q
    |||||  |||| ||||| || |||||||| || ||||| || |||||| |||| |  |   |||||||| ||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  19018357 ggtactgcattgtgacaggcgagccagataaggaacttatatttttccagaacatttagtctccaaatcaaagaccaagagagatgagaagtgggatcag 19018456  T
Q  610 ctg 612  Q
    |||    
T  19018457 ctg 19018459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 546 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 23425842 - 23425799
Alignment:
Q  546 ttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaaga 589  Q
    |||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  23425842 ttgtacttctccggaacctgcaatgtccaaatccaagaccaaga 23425799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 592
Target Start/End: Original strand, 45211096 - 45211677
Alignment:
Q  11 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |    
T  45211096 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatgg 45211195  T
Q  111 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  45211196 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagacttgatatatgtagctgctgaaacgatattgt 45211295  T
Q  211 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 310  Q
    |||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||    
T  45211296 tgcacaaccgaaaaagagacattgtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaagcccaccaaagaccaccgaaaaagatatctgggaggga 45211395  T
Q  311 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 410  Q
    ||  ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45211396 gctggacataccgatcttgaaccaatcatgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccgattttctgccatatgcttctagaaaaatga 45211495  T
Q  411 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 510  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45211496 cagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacaggtgggagatggcgctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 45211595  T
Q  511 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 592  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45211596 gtacaacattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 45211677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 400; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 400; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 614
Target Start/End: Complemental strand, 23946654 - 23946051
Alignment:
Q  11 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |    
T  23946654 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaactggtgcgtgagggagtacctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatgg 23946555  T
Q  111 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 210  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  23946554 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagacttgatatttgtagctgctgaaacgatattgt 23946455  T
Q  211 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 310  Q
    |||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||    
T  23946454 tgcacaaccgaaaaagagacattgtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaagcccaccaaagaccaccgaaaaagatatctgggaggga 23946355  T
Q  311 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 410  Q
    ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23946354 gctggacataccgatcttgaaccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctgtaaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 23946255  T
Q  411 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 510  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23946254 cagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacagatgggagatggtgctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 23946155  T
Q  511 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagagggatgaagaatgggatcagc 610  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||  ||||||    
T  23946154 gtacagcattttgacaagcgagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggggtgagggatgatatcagc 23946055  T
Q  611 tgcc 614  Q
    ||||    
T  23946054 tgcc 23946051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 11 - 158
Target Start/End: Original strand, 42690064 - 42690211
Alignment:
Q  11 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  42690064 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaataccaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtggtcatgg 42690163  T
Q  111 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattt 158  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42690164 tgatttctgttgttgcatttcacgaaacggtcagaatgattcacattt 42690211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 60 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 16781355 - 16781215
Alignment:
Q  60 cgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacatttt 159  Q
    ||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||| |||   |||||||||| ||||||||||||| || ||||| | |||| |   | | |    
T  16781355 cgggaaggagttccaatgcagctgccatcaacattgagaatgttgtctttgtgatttctgctgttccatttcacaaagcggtcagcatgaattgaaatgt 16781256  T
Q  160 cctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaa 200  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  16781255 cctcactaccgaaggccgaattgatatcagaagctgctgaa 16781215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 235 - 299
Target Start/End: Original strand, 10115868 - 10115932
Alignment:
Q  235 tttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagata 299  Q
    |||||| ||||||||||| || ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||    
T  10115868 tttcataattaaggcacactaggtttcgatgcctccaaacccaccaaagaccagcaagaaagata 10115932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 33805850 - 33805273
Alignment:
Q  15 atgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgat 114  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  |||||    
T  33805850 atgaacaagcctgcactattgcggagaataccaccgtaaccggtgcgtgagggagtgcctaagcagctgccatccacattaagaatatggtcatggtgat 33805751  T
Q  115 ttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgttgca 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  33805750 ttctgttgttccatttcacgaaacggtcagaatggttcacattttcctcgctatcaaaggcagacttgatatctgtagctgctgaaacgatattgttgca 33805651  T
Q  215 cagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaagggagcca 314  Q
    || |||||  ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||  || |||||||      
T  33805650 caaccgaaaaagagaaattgtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaagcccaccaaagaccaccgaaaaagatatctgggagggagctg 33805551  T
Q  315 gacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatgacagt 414  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33805550 gacataccgatcttgaaccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaattattacctgtaaacccgattttctgccatatgcttctagaaaaatgacagt 33805451  T
Q  415 ccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttggtac 514  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33805450 ccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcttctccgcatcgagcacaggtgggagatggcgctatgtttctacggtggagcaatgaaagagttggtac 33805351  T
Q  515 aacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 592  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33805350 aacattttgacaagcgagccaaatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaagaggg 33805273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 6e-76
Query Start/End: Original strand, 84 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 11239988 - 11239460
Alignment:
Q  84 ccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattga 183  Q
    ||||||||||||||||||| |||  | |||||| || ||||| |||| || || |||||||  ||||||  ||| ||||||||||||||  ||||| |||    
T  11239988 ccatcaacattaagaatgtggtcctcatgatttatgctgttcaatttaacaaagcggtcgggctgattcgaattgtcctcactatcaaaaaccgaactga 11239889  T
Q  184 tatctgcagctgctgaaacgacattgttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaag 283  Q
    |||| |  |||||||| | ||  ||| |||||| |||  | ||||||| || ||  ||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  11239888 tatcggtggctgctgagatgatgttgctgcacaaccggtttagagacaagtgtttgttactaaggcacattaagtttcgatgtctctaaacccaccaaag 11239789  T
Q  284 gccagcgaaaaagatattcggaagggagccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaatt 383  Q
     ||||| |||||  |||||| | | | || |||||  |||| ||||||||| || |  ||||| |  ||||||| |||||||||||   |||| ||||||    
T  11239788 accagctaaaaatgtattcgaacgagggctagacaatccgagcttgatccagtcataggctgaagcggctgtgacgaaatcattacaagtaaaaccaatt 11239689  T
Q  384 ttctgccatatgcttctagaaaaatgacagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgt 483  Q
    |||||||| |||||| | |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||| | ||||||| ||| | |||    
T  11239688 ttctgccagatgcttatggaaaagcgacagtccctgacacagtgcaggaaggtttcatcttcctcgctgcagcgagcgcaagtgggagagtgagttttgt 11239589  T
Q  484 ttctacggtggagcaaggaaagagttggtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaaga 583  Q
    ||||| |||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||  ||||| ||||||||||| ||||  ||  |||||||||||||    
T  11239588 ttctatggtgaagcagtgagagagtaggtacaacattttgacaggcgagccaaatgaagaacttatacttttccgggacctttaacctccaaatccaaga 11239489  T
Q  584 ccaagagggatgaagaatgggatcagctg 612  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  11239488 ccaagagtgatgaggaatgggattagctg 11239460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 11 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 46831300 - 46830723
Alignment:
Q  11 tgagatgaacaagcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacg 110  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||||| | || || |||||||||||| | ||| || || | ||||||||||||||||||||||||| | ||   |    
T  46831300 tgagataaacaaacctgcactattgcggaggacaccaccgtaaccggtgcgtggaggggttccaatgcagctgccatcaacattaagaatgaaatcttgg 46831201  T
Q  111 tgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgt 210  Q
    || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||     |||||| ||||  |  || ||||| |||    |  |||||||||||| ||  ||||    
T  46831200 tggtttctattgttccatttcaccaatcggtctgaatgagggggattttcttcaccgttgaatgccgagttggctgcatcagctgctgaaatgatgttgt 46831101  T
Q  211 tgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatattcggaaggga 310  Q
    |||||| |||||  | |||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | | | | ||    
T  46831100 tgcacaaccgaaataaagacaaagtttcattattaaggcacattaagttacggtgtctccaaacccaccaaaggccggctaaaaagatactagaacgtga 46831001  T
Q  311 gccagacatgccgatcttgatccaatcgtgagctgatgtagctgtgaagaaatcattacctataaacccaattttctgccatatgcttctagaaaaatga 410  Q
    |||||| || || | ||| |||||||| | || ||  | || ||||| |||||| |||| | |||| |||||||||||||| |||    ||||||||  |    
T  46831000 gccagaaataccaagctttatccaatcataagttgtagcagttgtgacgaaatcgttacttgtaaaaccaattttctgccagatgtccttagaaaaacaa 46830901  T
Q  411 cagtccctgacaaagtgcaggaaggtttcatcttcttctctgcatcaagcgcaggagggagagggagctatgtttctacggtggagcaaggaaagagttg 510  Q
    |||||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||| ||| | || |||   |||||||||||| ||| ||||  |||  |||| ||||||||| |    
T  46830900 cagtccctgacacaatgcataaaggtttcatcttcttctccgcaacgagtgcaaatgggagagggagccatgcttctgtggtaaagcagggaaagagtgg 46830801  T
Q  511 gtacaacattttgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaag 588  Q
    | ||  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |   ||||||||||||||||||    
T  46830800 gaaccgcattttgacacgccagccagataagaaacttgtacttttccggaacctttagtctccaaatccaagaccaag 46830723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 23 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 48953390 - 48953130
Alignment:
Q  23 gcctgcactattacggagaatactactgtaaccggtgcgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttg 122  Q
    |||||| ||||| ||||||| |||||  ||||| ||||||| |||||  ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||||||    
T  48953390 gcctgcgctattgcggagaacactaccataaccagtgcggggaggagatcctaagcggttgccatcaacattaagaatgtaatcttggtggtttctgttg 48953291  T
Q  123 ttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacattttcctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgttgcacagccgaa 222  Q
    |||||||| || || ||||| ||||   ||  |||  | |||||  |||| || ||||||||  |  | | || || |  ||  ||||||||||| | ||    
T  48953290 ttccatttgacaaagcggtctgaatttgtcgaattaccttcacttccaaaagctgaattgattgcatctgatgatgcagtgatgttgttgcacagtcaaa 48953191  T
Q  223 tgagagacatgttttcattattaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaag 283  Q
      || |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  48953190 atagggacaagttttcattattaaggcacattaagtttcgatgtcgccaaacccaccaaag 48953130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 531 - 589
Target Start/End: Original strand, 23206660 - 23206718
Alignment:
Q  531 agccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaaga 589  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||    
T  23206660 agccaaatcagaaatttgtacttctccggtacctgcagagtccaaatccaagaccaaga 23206718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 60 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 8684539 - 8684298
Alignment:
Q  60 cgggaaggagtgcctaagcagctgccatcaacattaagaatgtagtcaacgtgatttctgttgttccatttcacgaaacggtcggaatgattcacatttt 159  Q
    ||||||||||| || | |||||||||||||||||| | ||||  | |   ||||||||||   |||||||||||||| |||||   |||| |   | | |    
T  8684539 cgggaaggagttccaatgcagctgccatcaacattgataatgctgcctttgtgatttctgccattccatttcacgaagcggtcttcatgaattgtagtgt 8684440  T
Q  160 cctcactatcaaaggccgaattgatatctgcagctgctgaaacgacattgttgcacagccgaatgagagacatgttttcattattaaggcacattaagtt 259  Q
    || ||||||  ||||||||| ||||||| | ||| ||| ||  ||  || |||||||||||||  |||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  8684439 ccgcactatggaaggccgaagtgatatcagaagccgctaaagtgatgttattgcacagccgaaatagagacaaattctcattattaaggcacattaagtt 8684340  T
Q  260 acgatgtctccaaacccaccaaaggccagcgaaaaagatatt 301  Q
     ||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||    
T  8684339 tcgatgtctccaaacccaccaaagactagctagaaagatatt 8684298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 243 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 4839643 - 4839599
Alignment:
Q  243 ttaaggcacattaagttacgatgtctccaaacccaccaaaggcca 287  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4839643 ttaaggcacatcaaattacgatgtctccaaacccaccagaggcca 4839599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 522 - 588
Target Start/End: Original strand, 42402010 - 42402076
Alignment:
Q  522 tgacaagcaagccagatgagaaacttgtacttttccggaacctgcaaattccaaatccaagaccaag 588  Q
    ||||| ||||||||||| || | |||||| ||||| ||||||| || || |||||||||||||||||    
T  42402010 tgacaggcaagccagattaggagcttgtatttttctggaaccttcagatgccaaatccaagaccaag 42402076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University