View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11543_high_7 (Length: 580)

Name: NF11543_high_7
Description: NF11543
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11543_high_7
NF11543_high_7
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-568)||(279584-280152)
chr3 (78-467)||(290148-290537)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (81-456)||(24531886-24532258)
chr2 (81-456)||(24525213-24525586)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 502; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 502; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 280152 - 279584
Alignment:
Q  18 atattctcctctataatcacatgtgtcactgcatcctttattttcagcaagcattgcaggccaataccttccaatactttgaccattaacccatgcttct 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  280152 atattctcctctataatcacatgtgtcactgcatcctttattttcagcaagcattgcaggccaataccttccaatactttgaccattaacccatgcttct 280053  T
Q  118 cctttctgaaggcctatcaagtccaagactacggggtttgtaccatcaggggtcttgaaagtagtcttataccaagtcattggtactcctatagaaacat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  280052 cctttctgaaggcctatcaagtccaagactacggggtttgtaccatcaggggtcttgaaagtagtcttataccaagtcattggtactcctatagaaacat 279953  T
Q  218 tatttgttttccattgaactccaatggtggttttgggatcatagaactttttagtcataccatttatcccaactttgtacgaccaagtagattttgataa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  279952 tatttgttttccattgaactccaatggtggttttgggatcatagaactttttagtcataccatttatcccaactttgtacgaccaagtagattttgataa 279853  T
Q  318 atccaaaacattgtttggattttcgattgaaaagagttttacaggacccccaacaatgccagtttcttgcatatcaaagaacgcaccgtaatttgcatga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  279852 atccaaaacattgtttggattttcgattgaaaagagttttacaggacccccaacaatgccagtttcttgcatatcaaagaacgcaccgtaatttgcatga 279753  T
Q  418 ccaactgtaacacttaataaacttataatattggtaccttgatttaaagagatgttcccttcatgtataaa------------------accatgttgtg 499  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |||||||||||    
T  279752 cctactgtaacacttaataaacttataatattggtaccttgatttaaagagatgttcccttcatgtataaaaccaggttgactaacggtaccatgttgtg 279653  T
Q  500 tacccgtaaaaaatccattaataaataaataaagaatatgacctgttgtattcacttgcacctttgctt 568  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  279652 tacccgtcaaaaatccattaataaataaataaagaatatgacctgttgtattcacttgcacctttgctt 279584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 78 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 290537 - 290148
Alignment:
Q  78 ccaataccttccaatactttgaccattaacccatgcttctcctttctgaaggcctatcaagtccaagactacggggtttgtaccatcaggggtcttgaaa 177  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||| |||||||| |||| ||||||  |||||| ||| |||||||||||||||    
T  290537 ccaataccttccgatactttgaccgttaacccatgcttttcctctttgaagacctatcaaatccaggactacaaggtttgaaccttcaggggtcttgaaa 290438  T
Q  178 gtagtcttataccaagtcattggtactcctatagaaacattatttgttttccattgaactccaatggtggttttgggatcatagaactttttagtcatac 277  Q
    || ||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||  ||||| |||| ||||| || |||| | ||||||||||||||||||| ||| || ||    
T  290437 gtggtcttgtaccaagtcattggtccttctatagaaacattacgtgtttgccatggaactacattggtagatttgggatcatagaactttctagccacac 290338  T
Q  278 catttatcccaactttgtacgaccaagtagattttgataaatccaaaacattgtttggattttcgattgaaaagagttttacaggacccccaacaatgcc 377  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||  ||||||| |||||||| ||    
T  290337 cattcatcccaactttgtatgaccaagtagattttgataaatccaaaacattgtttggatattcagttgaaatgagtttcgcaggaccgccaacaatacc 290238  T
Q  378 agtttcttgcatatcaaagaacgcaccgtaatttgcatgaccaactgtaacacttaataaacttataatattggtaccttgatttaaaga 467  Q
    |||||||| |||||||| | || |||   ||||||  |  |||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| || |||||    
T  290237 agtttctttcatatcaatgtacccactacaatttgatttgccaagtgtaacacttaacaaacttataatattggcaccttgtttcaaaga 290148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 81 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 24532258 - 24531886
Alignment:
Q  81 ataccttccaatactttgaccattaacccatgcttctcctttctgaaggcctatcaagtccaagactacggggtttgtaccatcaggggtcttgaaagta 180  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||| ||||||  ||||||  || |||||||||||||||||     
T  24532258 ataccttccaatacattgaccattaacccatgcttttcctctttgaaggcctatcaaatccaggactacaaggtttgacccttcaggggtcttgaaagtg 24532159  T
Q  181 gtcttataccaagtcattggtactcctatagaaacattatttgttttccattgaactccaatggtggttttgggatcatagaactttttagtcataccat 280  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||| |||||||| | |    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  24532158 gtcttgtaccaagtcattggtactcctatagaaacattacgtggtatccatggaactccattaga---tttgggatcatagaactttctagccataccat 24532062  T
Q  281 ttatcccaactttgtacgaccaagtagattttgataaatccaaaacattgtttggattttcgattgaaaagagttttacaggacccccaacaatgccagt 380  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  24532061 tcatcccaactttgtatgaccaagtagattttgataaatccaaaacattgtctggatattcaattgaaatgagtttaacatgacccccaacaataccagt 24531962  T
Q  381 ttcttgcatatcaaagaacgcaccgtaatttgcatgaccaactgtaacacttaataaacttataatattggtacct 456  Q
    ||||| |||||||| |||| |||   ||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24531961 ttctttcatatcaatgaacccactacaatttgatttaccaagtgtaacacttaataaacttataatattggtacct 24531886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 81 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 24525586 - 24525213
Alignment:
Q  81 ataccttccaatactttgaccattaacccatgcttctcctttctgaaggcctatcaagtccaagactacggggtttgtaccatcaggggtcttgaaagta 180  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||| |||| ||||||  ||||||  || | |||||||||||||||     
T  24525586 ataccttccaatactttgaccattaacccatgcttttcctctttgaaggcctatcaaatccaggactacaaggtttgaccctttaggggtcttgaaagtg 24525487  T
Q  181 gtcttataccaagtcattggtactcctatagaaacattatttgttttccattgaactccaatggtggttttgggatcatagaactttttagtcataccat 280  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||  || | ||||| |||||||| | |    | ||||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  24525486 gtcttgtaccaagtcattggtactcctgtagaaacattacgtggtatccatggaactccattaga---tctgggatcttagaactttctagccataccat 24525390  T
Q  281 ttatcccaactttgtacgaccaagtagattttgataaatccaaaacattgtttggattttcgattgaaaagagttttacagga-cccccaacaatgccag 379  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||| ||| || ||||||||||| ||||    
T  24525389 tcatcccaactttgtacgaccaagtagattttgataaatccaaaacattgtctggatattcaattgaaatgagtttcacatgaccccccaacaataccag 24525290  T
Q  380 tttcttgcatatcaaagaacgcaccgtaatttgcatgaccaactgtaacacttaataaacttataatattggtacct 456  Q
    |||||| |||||||| |||| |||   ||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24525289 tttctttcatatcaatgaacccactacaatttgatttaccaagtgtaacacttaataaacttataatattggtacct 24525213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University