View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11543_high_8 (Length: 522)

Name: NF11543_high_8
Description: NF11543
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11543_high_8
NF11543_high_8
[»] chr2 (7 HSPs)
chr2 (1-504)||(17109498-17110001)
chr2 (1-502)||(16978166-16978667)
chr2 (1-502)||(17030038-17030539)
chr2 (1-502)||(17048376-17048877)
chr2 (111-154)||(17024488-17024531)
chr2 (111-154)||(17035250-17035293)
chr2 (111-154)||(17089760-17089803)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (327-373)||(14313962-14314008)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 496; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 496; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 504
Target Start/End: Original strand, 17109498 - 17110001
Alignment:
Q  1 ttaaactcacatctctctcaattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaatggaggattgtctgcaccaaggcttcagcagttttatctttcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17109498 ttaaactcacatctctcttaattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaatggaggattgtctgcacccaggcttcagcagttttatctttcaaa 17109597  T
Q  101 attagaggagttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttctcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17109598 attagaggagttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttctcc 17109697  T
Q  201 gctagaggtttgccttcaagtataaaaagcctccttctcattaaatgttccaaccttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatctc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17109698 gctagaggtttgccttcaagtataaaaagcctccttctcattaaatgttccaaccttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatctc 17109797  T
Q  301 tctgttacatgtatatccaagaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagggttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaaaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17109798 tctgttacatgtatatccaagaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagggttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaaaa 17109897  T
Q  401 tctcaaacaacttgactacaagggtctcgaccacctcccctctctttcatcattaactcttaaaaactgtcccaacataaaacgtttaccgaaggagggt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17109898 tctcaaacaacttgactacaagggtctcgaccacctcccctctctttcatcattaactcttaaaaactgtcccaacataaaacgtttaccgaaggagggt 17109997  T
Q  501 ctac 504  Q
    ||||    
T  17109998 ctac 17110001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 502
Target Start/End: Original strand, 16978166 - 16978667
Alignment:
Q  1 ttaaactcacatctctctcaattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaatggaggattgtctgcaccaaggcttcagcagttttatctttcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || || ||| || |||| ||    
T  16978166 ttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaa 16978265  T
Q  101 attagaggagttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttctcc 200  Q
    ||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  16978266 attggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagatgattgtccacagttggagtcgttctcc 16978365  T
Q  201 gctagaggtttgccttcaagtataaaaagcctccttctcattaaatgttccaaccttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatctc 300  Q
    | | |||||||||| |||||  ||| || |||| ||||  | ||||| || || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||  | ||||||||||    
T  16978366 gatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcgctgaaatgggctttgccgaccaatacatctc 16978465  T
Q  301 tctgttacatgtatatccaagaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagggttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaaaa 400  Q
    ||| | |||||||||| ||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||   |||||||||   |||||||| |||    
T  16978466 tctctaacatgtatattcaagaattagatgtggagttttttcctaatcaagggttgcttcctatctctcttacttatctaaatatttgtggttgtcgaaa 16978565  T
Q  401 tctcaaacaacttgactacaagggtctcgaccacctcccctctctttcatcattaactcttaaaaactgtcccaacataaaacgtttaccgaaggagggt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||  | |||| | ||| || || |||||||||||  || | || || |||||||||    
T  16978566 tctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaataattgtcccaacatccaatgcttgccaaaggagggt 16978665  T
Q  501 ct 502  Q
    ||    
T  16978666 ct 16978667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 502
Target Start/End: Original strand, 17030038 - 17030539
Alignment:
Q  1 ttaaactcacatctctctcaattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaatggaggattgtctgcaccaaggcttcagcagttttatctttcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || || ||| || |||| ||    
T  17030038 ttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaa 17030137  T
Q  101 attagaggagttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttctcc 200  Q
    ||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||| |||| ||| ||||||    
T  17030138 attggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagataattgtccacagttggagtcgttctcc 17030237  T
Q  201 gctagaggtttgccttcaagtataaaaagcctccttctcattaaatgttccaaccttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatctc 300  Q
    | | |||||||||| |||||  ||| || |||| ||||  | ||||| || || ||||| ||||||||  ||||||| || ||  || | |||||||| |    
T  17030238 gatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaatacatcgc 17030337  T
Q  301 tctgttacatgtatatccaagaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagggttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaaaa 400  Q
    ||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||   ||||||||||  |||||||| |||    
T  17030338 tctttaccatgtatattcaagaagcagatgtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttacttatctaaatatccgtggttgtcgaaa 17030437  T
Q  401 tctcaaacaacttgactacaagggtctcgaccacctcccctctctttcatcattaactcttaaaaactgtcccaacataaaacgtttaccgaaggagggt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||  | |||| | ||| || || |||||||||||  || | || || |||||||||    
T  17030438 tctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaataattgtcccaacatccaatgcttgccaaaggagggt 17030537  T
Q  501 ct 502  Q
    ||    
T  17030538 ct 17030539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 502
Target Start/End: Original strand, 17048376 - 17048877
Alignment:
Q  1 ttaaactcacatctctctcaattgaagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaatggaggattgtctgcaccaaggcttcagcagttttatctttcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || || ||| || |||| ||    
T  17048376 ttaaactcacatctctctcaattggagagtgtcctaaatttgcatcatttccaaaaggaggattgtctacaccaaggctgcaacactttgatatttccaa 17048475  T
Q  101 attagaggagttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctctctataagctgtctataaatgattgtccacaattggtgtccttctcc 200  Q
    ||| ||| | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||| |||| ||| ||||||    
T  17048476 attggagaatttaaaatcacttcctaaatgcatgcatgtcctccttccatctctttataagctatctatagataattgtccacagttggagtcgttctcc 17048575  T
Q  201 gctagaggtttgccttcaagtataaaaagcctccttctcattaaatgttccaaccttctcatcaactccctgaaatgggcgtttccagcaaatacatctc 300  Q
    | | |||||||||| |||||  ||| || |||| ||||  | ||||| || || ||||| ||||||||  ||||||| || ||  || | |||||||| |    
T  17048576 gatggaggtttgccatcaagcctaagaaacctctttcttgtgaaatgctcaaaacttcttatcaactcattgaaatgtgctttgtcaaccaatacatcgc 17048675  T
Q  301 tctgttacatgtatatccaagaaacagatgtggagtcttttcccaatcaagggttgattccactctctcttaccactctaaatatcactggttgtcaaaa 400  Q
    ||| |  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||   ||||||||||  |||||||| |||    
T  17048676 tctttaccatgtatattcaagaagcagatgtggagtcttttcctaatcaagggttgcttcccctctctcttacttatctaaatatccgtggttgtcgaaa 17048775  T
Q  401 tctcaaacaacttgactacaagggtctcgaccacctcccctctctttcatcattaactcttaaaaactgtcccaacataaaacgtttaccgaaggagggt 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||  | |||| | ||| || || |||||||||||  || | || || |||||||||    
T  17048776 tctcaaacaacttgactacaagggtcttgagaaccttccctctcttagaacattgagtctaaataattgtcccaacatccaatgcttgccaaaggagggt 17048875  T
Q  501 ct 502  Q
    ||    
T  17048876 ct 17048877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 154
Target Start/End: Original strand, 17024488 - 17024531
Alignment:
Q  111 ttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctct 154  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  17024488 ttaaaatcacttcctaaatgcatgcatatcttctttccatctct 17024531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 154
Target Start/End: Original strand, 17035250 - 17035293
Alignment:
Q  111 ttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctct 154  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  17035250 ttaaaatcacttcctaaatgcatgcatatcttctttccatctct 17035293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 111 - 154
Target Start/End: Original strand, 17089760 - 17089803
Alignment:
Q  111 ttaaaatcacttcctgaatgcatgcatatcctccttccatctct 154  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||    
T  17089760 ttaaaatcacttcctaaatgcatgcatatcttctttccatctct 17089803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 327 - 373
Target Start/End: Original strand, 14313962 - 14314008
Alignment:
Q  327 gatgtggagtcttttcccaatcaagggttgattccactctctcttac 373  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||    
T  14313962 gatgtggagtcttttcccgatcaagggttgcttccacgctctcttac 14314008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University