View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11543_low_1 (Length: 977)

Name: NF11543_low_1
Description: NF11543
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11543_low_1
NF11543_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-959)||(35481047-35481977)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 848; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 848; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 959
Target Start/End: Complemental strand, 35481977 - 35481047
Alignment:
Q  19 ataagaatccttctgatccaagaactgcttttcttcaacaagcgttgagtgctgtagagtctgataaagctagaaacgtgattttggaggagctaaatgg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  35481977 ataagaatccttctgatccaagaactgcatttcttcaacaagcgttgagtgctgtagagtctgataaagctagaaacgtgattttggaggagttgaatgg 35481878  T
Q  119 aaaggctgaagaggaggaagttgaagatgttgtattaaaagtacctgttaatgtggtgagattgaagattggtgaagtagctgaggcgacctcggtggtt 218  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481877 aaaggctgaagaggagaaggttgaagatgttgtattaaaagtacctgttaatgtggtgagattgaagattggtgaagtagctgaggcgacctcggtggtt 35481778  T
Q  219 gttttgcccgtgtgtaaagctgaggaaggagaaagggtgattatggaagcaccttctgagataagaaaggaaggggagtttggtattgtggtggcagaga 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35481777 gttttgcccgtgtgtaaagctgaggaaggagaaagggtgattatggaagcaccttctgagataagaaaggaaggggagtttggtattgtggtggcggaga 35481678  T
Q  319 aagggtgggagaaatgggtggtgttaccggcttggggaccggtggttaatttagggaaaggcgttgttgtgtcgtttttggatgcgagagttttgccatg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481677 aagggtgggagaaatgggtggtgttaccggcttggggaccggtggttaatttagggaaaggcgttgttgtgtcgtttttggatgcgagagttttgccatg 35481578  T
Q  419 gaaggctaataataggtggtgtaaggaagagcctattttggtggttgctgataggagtaagagggaggtggagaatgatgatgggttttatttggtaaaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481577 gaaggctaataataggtggtgtaaggaagagcctattttggtggttgctgataggagtaagagggaggtggagaatgatgatgggttttatttggtaaaa 35481478  T
Q  519 gatgatggtaatgatgttggtttaaaggttcaaaggggttcgattttgaaggaaatgggggttaatgagtgtttagggaatgtagttattgttgttaggc 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  35481477 gatgatggtaatgatgttggtttaaaggttcaaaggggttcgattttgaaggaaatgggggttaatgagtgtttagggaatgtagttattgttgttagac 35481378  T
Q  619 cacctactgaaaatgatggtgatatgttgagtgaagaagattgggattgaaatgaagattgggttaaaggattggattaggaattgtagtcaagtgagtt 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481377 cacctactgaaaatgatggtgatatgttgagtgaagaagattgggattgaaatgaag---gggttaaaggattggattaggaattgtagtcaagtgagtt 35481281  T
Q  719 tcaatctcttttccctttcttccttacctttgnnnnnnngggtcctgcggaatatggctctttattaatttgggtttagttgcaatattcttttgctttg 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481280 tcaatctcttttccctttcttccttacctttgtttttttgggtcctgcggaatatggctctttattaatttgggtttagttgcaatattcttttgctttg 35481181  T
Q  819 cctacttaatagaaggacttgatcatttttgttttctctatagcttgtatgttatctttacatggttaaaggtgaataatatagccaattattgcattga 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  35481180 cctacttaatagaaggacttgatcatttttgttttctctatagcttgtacgttatctttacatggttaaaggtgaataatatagccaattattgca---- 35481085  T
Q  919 aagttgaaacatctatctgttcagtttagtcatctttgttt 959  Q
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35481084 ---ttgaaacatctatctgttcagtttagtcatctttgttt 35481047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University