View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11547_low_4 (Length: 506)

Name: NF11547_low_4
Description: NF11547
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11547_low_4
NF11547_low_4
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (10-489)||(35910004-35910483)
chr3 (16-489)||(35927401-35927883)
chr3 (10-489)||(35914442-35914918)
chr3 (17-489)||(35920818-35921290)
chr3 (16-489)||(35939793-35940259)
chr3 (15-489)||(35934226-35934696)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (55-219)||(21285096-21285260)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 489
Target Start/End: Original strand, 35910004 - 35910483
Alignment:
Q  10 gcagaaccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattacttacataaccagttgaaccatttttcagagaggagtcatgacacaatggagcatagatgt 109  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35910004 gcagaaccataataatcagaacaagggtcaaaatcattacttacataaccagttgaaccatttttcagagaggagtcatgacacaatggagcatagatgt 35910103  T
Q  110 tatataagtctatctttccatgttcaaagaaggcttttagtgttacattattgatacaaattgctgaaacattttcagtagtgaagtcacagtacttctc 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35910104 tatataagtctatctttccatgttcaaagaaggcctttagtgttacattattgatacaaattgctgaaacattttcagtagtgaagtcacagtacttctc 35910203  T
Q  210 aatcaactcatgagtttgatctgaattcaaagcatgagtccaaaggtaatcaaaaaacccctttaaacttgtggcatcatcaatccaagcattccctatc 309  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35910204 aatcaactcatgagtttgatctgagttcaaagcatgagtccaaaggtaatcaaaaaacccctttaaacttgtggcatcatcaatccaagcattccctatc 35910303  T
Q  310 tgaaattttttaaagtaaagataatactgaagttagatttatgagattgtgagttacatttcatacttggtcttttgaagttggaaaatcatacagaaat 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35910304 tgaaattttttaaagtaaagataatactgaagttagatttatgagattgtgagttacatttcatacttggtcttttgaagttggaaaatcatacagaaat 35910403  T
Q  410 gcctttgaggttaacaatggtgttgttatagagtttattgttgtgtagaatagtggatgcaagttgaggaacataatgac 489  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35910404 gcctttgaggttaacaatggtgttgttatagagtttattgttgtgtagaatagtggatgcaagttgaggaacataatgac 35910483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 16 - 489
Target Start/End: Original strand, 35927401 - 35927883
Alignment:
Q  16 ccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattacttacataaccagttgaaccatttttcagagaggagtcatgacacaatggagcatagatgttatata 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |    
T  35927401 ccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattacttacataaccagttgaaccatttttcaaagaagagtcgtgacacaatggagcgtagatgttataga 35927500  T
Q  116 agtctatctttccatgttcaaagaaggcttttagtgttacattattgatacaaattgctgaaacattttcagtagtga------------agtcacagta 203  Q
    | ||||||||||| |  |||  | | ||  |   ||||||||| |||   || |||||||||  |||| || ||||||            ||||||||||    
T  35927501 aatctatctttcctttctcagtgtaagccctatctgttacattgttg---catattgctgaagtatttccactagtgaagtcaacagtgaagtcacagta 35927597  T
Q  204 cttctcaatcaactcatgagtttgatctgaattcaaagcatgagtccaaaggtaatcaaaaaacccctttaaacttgtggcatcatcaatccaagcattc 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35927598 cttctcaatcaactcatgagtttgatctgaattcaaagcatgagtccaaaagtaatcaaataaccccttcaaacttgtggcatcatcaatccaagcattc 35927697  T
Q  304 cctatctgaaattttttaaagtaaagataatactgaagttagatttatgagattgtgagttacatttcatacttggtcttttgaagttggaaaatcatac 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||    
T  35927698 cctatctgaaattttttaaagtaaagataataataaagttagatttatgagattgtgagttacatttcatacttggtcttttgaagtttgaagaacatac 35927797  T
Q  404 agaaatgcctttgaggttaacaatggtgttgttatagagtttattgttgtgtagaatagtggatgcaagttgaggaacataatgac 489  Q
    |||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35927798 agaaatgcctttgaggttaataacagtgttgttatagagtttattgttgtgaagaatagtcgatgcaagttgaggaacataatgac 35927883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 10 - 489
Target Start/End: Original strand, 35914442 - 35914918
Alignment:
Q  10 gcagaaccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattacttacataaccagttgaaccatttttcagagaggagtcatgacacaatggagcatagatgt 109  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  35914442 gcagcaccatagtaatcagaacaagggtcaaagtcattagttacataaccagttgagccatttttgagagaagagtcatgacatagtggagcatagatgt 35914541  T
Q  110 tatataagtctatctttccatgttcaaagaaggcttttagtgttacattattgatacaaattgctgaaacattttcagtagtgaagtcacagtacttctc 209  Q
    ||||  ||||||||||||| || |||| |||||| ||  ||||| ||||   ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  35914542 tataggagtctatctttccttgctcaaggaaggccttatgtgttgcatt---gatacaaattgatgaaacgttttcagaagtgaagtcacaatacttctc 35914638  T
Q  210 aatcaactcatgagtttgatctgaattcaaagcatgagtccaaaggtaatcaaaaaacccctttaaacttgtggcatcatcaatccaagcattccctatc 309  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35914639 aatcaactcatgagtttgatccgagttcaacgcatgagtccaaaggtaatcaaataacccccttaaacctgtggcatcatcaatccaagcattccctatc 35914738  T
Q  310 tgaaattttttaaagtaaagataatactgaagttagatttatgagattgtgagttacatttcatacttggtcttttgaagttggaaaatcatacagaaat 409  Q
    ||||||||||||  |||||||||||  | |||||||||||||||| |||  ||||| ||| |||  || ||||||  ||||| ||| | |||||||||||    
T  35914739 tgaaattttttattgtaaagataatgataaagttagatttatgaggttgacagttatattgcattattagtctttcaaagtttgaacaacatacagaaat 35914838  T
Q  410 gcctttgaggttaacaatggtgttgttatagagtttattgttgtgtagaatagtggatgcaagttgaggaacataatgac 489  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||    
T  35914839 gcctttgaggttaatagtggtgttgttatagagtttattgttgtgaagaatagtcgatgcaagctgcggaacatagtgac 35914918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 17 - 489
Target Start/End: Original strand, 35920818 - 35921290
Alignment:
Q  17 catagtaatcagaacaagggtcaaaatcattacttacataaccagtt---gaaccatttttcagagaggagtcatgacacaatggagcatagatgttata 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  35920818 catagtaatcagaacaagggtcaaaatcattgcttacgtaaccagtactagaaccatttttcagagaagagtcatgacacaatggcgcatggatgttata 35920917  T
Q  114 taagtctatctttccatgt-tcaaagaaggcttttagtgttacattattgatacaaattgctgaaacattttcagtagtgaagtcacagtacttctcaat 212  Q
     | |||||||||||| ||| |||| |||||| ||    ||| |||| ||   |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  35920918 gatgtctatctttcc-tgtctcaacgaaggccttatcagttgcattgtt---acaaattgctgaaacattttctttagtgaagtcacagtacttctcaat 35921013  T
Q  213 caactcatgagtttgatctgaattcaaagcatgagtccaaaggtaatcaaaaaacccctttaaacttgtggcatcatcaatccaagcattccctatctga 312  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | || |||| | | |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35921014 caactcatgagtttgatctgagtttaaagcatgagtccacaagttatcatatatcccctttaaattcgtcgcatcatcaatccaagcattccctatctga 35921113  T
Q  313 aattttttaaagtaaagataatactgaagttagatttatgagattgtgagttacatttcatacttggtcttttgaagttggaaaatcatacagaaatgcc 412  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||  ||||| ||||||||||| |||||| |||||||  || ||| || |||||| ||| | ||||||||||||||    
T  35921114 aatttttttaagtatagataataatgagattagaattatgagattgcgagttatatttcattattagtcattcgaagtttgaacaacatacagaaatgcc 35921213  T
Q  413 tttgaggttaacaatggtgttgttatagagtttattgttgtgtagaatagtggatgcaagttgaggaacataatgac 489  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35921214 tttgaggttaataatggtgttgttatagagtttattgttgtaaagaatagtggatgcaagttgaggaacataatgac 35921290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 16 - 489
Target Start/End: Original strand, 35939793 - 35940259
Alignment:
Q  16 ccatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattacttacataaccagttgaaccatttttcagagaggagtcatgacacaatggagcatagatgttatata 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||| |      
T  35939793 ccatagtaatcagaacaagggtcaagatcattacttacataaccagttgaaccatttttcagagtagagtcgtgacataatggagcatagatgttaaagg 35939892  T
Q  116 agtctatctttccatgttcaaagaaggcttttagtgttacatt--attgatacaaattgctgaaacattttcagtagtgaagtcacagtacttctcaatc 213  Q
    ||||||||||||| |  ||||  | ||   |      | ||||  |||| ||||||||||||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||    
T  35939893 agtctatctttcctttctcaatcatggacata-----ttcattgcattggtacaaattgctgaataattttgtttagtgaagtcacagtacttctcaatc 35939987  T
Q  214 aactcatgagtttgatctgaattcaaagcatgagtccaaaggtaatcaaaaaacccctttaaacttgtggcatcatcaatccaagcattccctatctgaa 313  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | || |||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35939988 aactcatgagtttgatccgagttcaaagcatgagtccacaagttatcatataacccctttaaacttgtagcatcatcaatccaagcattccctaactgaa 35940087  T
Q  314 attttttaaagtaaagataatactgaagttagatttatgagattgtgagttacatttcatacttggtcttttgaagttggaaaatcatacagaaatgcct 413  Q
    ||||| | | ||| ||||||   ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||  || ||||||||||||| ||  | |||||||||||||||    
T  35940088 attttgt-atgtacagataa---tgaagttagatatatgagattgtgatttatattgcattattagtcttttgaagtttgatcaacatacagaaatgcct 35940183  T
Q  414 ttgaggttaacaatggtgttgttatagagtttattgttgtgtagaatagtggatgcaagttgaggaacataatgac 489  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35940184 ttgaggttaataatggtgttcttatagagtttattgttgtgtagaatagtggatgcaagttgaggaacataatgac 35940259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 15 - 489
Target Start/End: Original strand, 35934226 - 35934696
Alignment:
Q  15 accatagtaatcagaacaagggtcaaaatcattacttacataaccagttgaaccatttttcagagaggagtcatgacacaatggagcatagatgttatat 114  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  35934226 accatagttatcagaacaagggtcaaaatcattagttacataaccagttgaaccatttttcagagaagagtcatgacacaatggcgcatagatgttatag 35934325  T
Q  115 aagtctatctttccatgttcaaagaaggcttttagtgttacattattgatacaaattgctgaaacattttcagtagtgaagtcacagtacttctcaatca 214  Q
    |||||||||||||| |  |||| ||||||      |||||||||   ||||||||||| ||||  |||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  35934326 aagtctatctttcctttctcaatgaaggcccaatctgttacatt---gatacaaattgttgaataattttgtttagtgaagtcacagtacttctcaatca 35934422  T
Q  215 actcatgagtttgatctgaattcaaagcatgagtccaaaggtaatcaaaaaacccctttaaacttgtggcatcatcaatccaagcattccctatctgaaa 314  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||   || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35934423 actcatgagtttgatctgagttcaaagcatgagtccagaagtaatcaaataaccccttgtcacctgtagcatcatcaatccaagcattccctatctgaaa 35934522  T
Q  315 ttttttaaagtaaagataatactgaagttagatttatgagattgtgagttacatttcatacttggtcttttgaagttggaaaatcatacagaaatgcctt 414  Q
       ||| ||||| | |||||  ||||||||| | |||| ||| |||||||| ||| |||  || ||||||||||| | ||  | |||||||| |||||||    
T  35934523 -aatttgaagtacaaataatcatgaagttagttatatgtgatagtgagttatattgcattattagtcttttgaagattgatcaacatacagatatgcctt 35934621  T
Q  415 tgaggttaacaatggtgttgttatagagtttattgttgtgtagaatagtggatgcaagttgaggaacataatgac 489  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35934622 tgaggttaatgatggttttgttatagagtttatggtggtgaagaatagtggatgcaagttgaggaacataatgac 35934696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 153; Significance: 7e-81; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 55 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 21285260 - 21285096
Alignment:
Q  55 taaccagttgaaccatttttcagagaggagtcatgacacaatggagcatagatgttatataagtctatctttccatgttcaaagaaggcttttagtgtta 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  21285260 taaccagttgaaccatttttcagagaggagtcatgacacaatggagcatagatgttatataagtctatctttccatgttcaaacaaggcctttagtgtta 21285161  T
Q  155 cattattgatacaaattgctgaaacattttcagtagtgaagtcacagtacttctcaatcaactca 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21285160 cattattgatacaaattgctgaaacattttcagtagtgaagccacagtacttctcaatcaactca 21285096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University