View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11549_low_3 (Length: 483)

Name: NF11549_low_3
Description: NF11549
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11549_low_3
NF11549_low_3
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (18-468)||(2952153-2952603)
chr6 (18-468)||(2937680-2938127)
chr6 (18-468)||(2934819-2935266)
chr6 (18-468)||(2927380-2927827)
chr6 (18-468)||(2996784-2997231)
chr6 (18-468)||(3003195-3003642)
chr6 (18-468)||(2929529-2929976)
chr6 (22-463)||(2974231-2974669)
chr6 (18-468)||(2964729-2965194)
chr6 (22-468)||(2983087-2983533)
chr6 (38-468)||(2658384-2658823)
chr6 (99-372)||(2979192-2979450)
chr6 (18-102)||(2978466-2978550)
chr6 (18-90)||(2954561-2954633)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (18-468)||(34653-35100)
scaffold0024 (18-240)||(44567-44789)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-468)||(3339245-3339692)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-474)||(49613656-49614109)
chr3 (18-468)||(49618644-49619078)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 2952153 - 2952603
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952153 tacttgacttgaggttttcggaaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttcaggattcaaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagca 2952252  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||     
T  2952253 gtgtcattaccctgaggagtcatatattgctgattatgttgttgttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttcggagggat 2952352  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  2952353 atactagataatatgcttggagaaagtagtgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcaattct 2952452  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 417  Q
     |||| |  |||||||  ||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952453 ctattattggcaaagaaataaatgcattttgtagtaatccttggaataagttgaaagccactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 2952552  T
Q  418 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    ||||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  2952553 tgcttccattgctggaatcgtactccttgctctcactttacttcaaacagt 2952603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 2937680 - 2938127
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    |||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  2937680 tacttgacttgagattttcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgaggattcgaccgaaattttgttttggaatatggttgctttggagca 2937779  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
    |||||||||||||   ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||  |||| || |||||||||| ||||  ||    
T  2937780 gtgtcattaccctcatgagtcatatattgctgattatgttgttgttttggattaccttataaataccggtaaggatgcgggtatacttgtttggaacaaa 2937879  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    |||||||| |||  ||| ||||| |||   ||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||    
T  2937880 atactggaaaattggcttggagacagt---gattctgtggctaatttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtatattctgatatcagttctcaattct 2937976  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 417  Q
     |||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2937977 ctattctttgcaaagaattaaatgctttctgcagtaatccttggcataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 2938076  T
Q  418 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2938077 tgcttccattgctggaatcttactacttattctcactttacttcaatcagt 2938127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 2934819 - 2935266
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||  ||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  2934819 tacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaatttcgtttcgaaatatggttgctttggagca 2934918  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
    |||||||||||||   ||  |||||||  |||||||||||| | |  |||||||| |||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||| |||    
T  2934919 gtgtcattaccctgatgattcatatatcactgattatgttgctgtcatggattaccttataaatactggtacggatgctgatatacttgttcggaacgaa 2935018  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    |||||| |||||||||| |  || |||   |||||||||||||||  |||||||||| |||| |||||||||  | | |||||||||||||||||| |||    
T  2935019 atactgcataatatgcttgcggatagt---gattctgtggctaacttgtttaatggtctttggaaaaatgttacacaatctaatatcagttctcatttct 2935115  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 417  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2935116 ctattctatgcaaagacttaaatgctttttgtaagaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgc 2935215  T
Q  418 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2935216 tgcttccattgctggaatcttactactttttctcactttacttcaatcagt 2935266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 2927380 - 2927827
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2927380 tacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttcaggattcgactgaaactttattacggaatatggttgctttggagca 2927479  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
    |||||||||||||   ||  |||||||| ||||||||  |  | ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||  || ||||    
T  2927480 gtgtcattaccctgatgattcatatattactgattatcgttctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttcagagggaa 2927579  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    |||||||| |||||||| |||||  |   ||||||||||||||||  |||||||||| || | |||||||||  |  |||||  |||||||||||  |||    
T  2927580 atactggaaaatatgcttggagacgg---tgattctgtggctaacttgtttaatggtcttggtaaaaatgttacacgttctacaatcagttctcaattct 2927676  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 417  Q
     |||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||   |  ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2927677 ctattctttgcaaagacttaaatgcttattgtaagaatccacgacataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccttggcaaactgc 2927776  T
Q  418 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    ||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2927777 tgcttccattgcgggaatcttactacttgttctcactttacttcaatcagt 2927827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 2997231 - 2996784
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||  |||  ||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2997231 tacttgacttgaggttttcgggagaagttcttgaaattccttcgttaattgttgaggatcggaccgaagctttatttcggaatatggttgctttggagca 2997132  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
    || ||||||| |||   ||  ||||||| |||||||||||  | ||||||||||| ||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||   || |||    
T  2997131 gtttcattacactaacaagttatatattactgattatgtttctgttttggattaccttataaacactggtaaggatgttgatatacttgttcacaaagaa 2997032  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    |||||||| |||  ||| ||||| |||   |||||||||||||||  |||||||||| |||||| |||||||||| || | ||||||||||||||  |||    
T  2997031 atactggaaaattggcttggagacagt---gattctgtggctaacttgtttaatggtctttgcataaatgttgtacataccaatatcagttctcaattct 2996935  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 417  Q
     |||||| ||||| |||||||||||||| ||||  |||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  2996934 ctattctttgcaaggacttaaatgctttttgtaggaatccttggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattatggcaagactccttggcaagctgc 2996835  T
Q  418 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  2996834 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcacttttattcaatcagt 2996784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 3003642 - 3003195
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3003642 tacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattattagttgcggattcgaccgaaactttatttcggaatatggttgctttggagca 3003543  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
    |||||||||||||   ||  |||||||| | ||||||  |  | ||||||||||| |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||  ||  |||    
T  3003542 gtgtcattaccctgatgattcatatattaccgattatcgttctgttttggattaccttataaatactgctaaggatgtggatatacttgttcagagcgaa 3003443  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    |||||||| |||||||| ||||| |||   |||||||||||||||  |||||||||| || ||||| || || ||  |||||  |||||||||||  |||    
T  3003442 atactggaaaatatgcttggagacagt---gattctgtggctaacttgtttaatggtcttggcaaagatattatacgttctacaatcagttctcaattct 3003346  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 417  Q
     ||||||  ||||||||||||||||||  ||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  3003345 ctattcttggcaaagacttaaatgcttattgtaagaatccatggcataagttgaaggctactctcaggcgtgattattgcaaaactccctggcaaactgc 3003246  T
Q  418 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    ||||||| ||||||||||  |||| |||| |||||||||||||||| ||||    
T  3003245 tgcttccattgctggaatcttactccttgctctcactttacttcaaacagt 3003195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 2929529 - 2929976
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||  |||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  2929529 tacttgacttaaggttttcaggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgcagatgggaccgaaactttattttggaatatgattgctttggagca 2929628  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
    || ||||||||||   ||| ||||||||  ||||||||||  | || ||||||   |||||||||||||||  || |  ||||||||| ||  ||| |||    
T  2929629 gtttcattaccctcatgagtcatatattcttgattatgttactattatggattttcttataaatactggtaaggacgccgatatacttattcagaaagaa 2929728  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    |||||||| |||  | | ||||| |   || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || || || |||||||||||||| ||||| |||    
T  2929729 atactggaaaattggtttggagaca---atcattctgtggctaacatgtttaatggtttttgcaaatatattatacattctaatatcagtcctcatttct 2929825  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 417  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||| |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||| | |  |||||||||||||||||    
T  2929826 ctattctatgcaaagacttaaatgctttttgttagaatccttggcataggttgaaggctactctcaggcgtgattattgaagtactccttggcaaactgc 2929925  T
Q  418 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    ||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2929926 tgcttccattgctggattcttactactttttctcactttacttcaatcagt 2929976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 22 - 463
Target Start/End: Original strand, 2974231 - 2974669
Alignment:
Q  22 tgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagcagtgt 121  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2974231 tgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttcaagatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagcagtgt 2974330  T
Q  122 cattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaaatac 221  Q
    |||||||||    || ||||||||  |||||||  | || ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||   | ||||    
T  2974331 cattacccttatcagtcatatattattgattatcattttattttggattaccttataaatactagtacggatgtggatatacttgttcggagcaatatac 2974430  T
Q  222 tggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtctttat 321  Q
    || | |||  ||| ||||| ||   ||||||||| |||| |   ||||||||| || |  ||||| ||  | |||||||||||||||||||| ||| |||    
T  2974431 tgcaaaattggcttggagacag---tgattctgttgctatcttatttaatggtcttggagaaaatattacaaattctaatatcagttctcatttctctat 2974527  T
Q  322 tctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgct 421  Q
    ||| |||||||| || |||||||  ||||  |||| |||| ||| |||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||    
T  2974528 tctttgcaaagaattgaatgcttattgtaggaatccttggcataggttgaaggctgctctaaggcgtgattattgcaatactccttggcacactgctgct 2974627  T
Q  422 tcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaa 463  Q
    ||| ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||||    
T  2974628 tccattgctggaatttttctacttgttctcactataattcaa 2974669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 2964729 - 2965194
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |   |||  |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  2964729 tacttgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaatagctcacgatgggaccgaaattatgtttcggaatatggttgctttggagca 2964828  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
    ||||| |||||||   ||| |||||||| |||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||  |||  ||    
T  2964829 gtgtcgttacccttatgagtcatatattactgactatgttgctgttttggattaccttataaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaacaaa 2964928  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    |||||||| |||||||| |||||   || ||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||| ||||| || ||||||||||||||  |||  |||    
T  2964929 atactggaaaatatgcttggaga---tagtgattctgtggctaacttgtttaatggtctttccaaatatgttatacattctaatatcagtcttcaattct 2965025  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttgg--------aat----------aagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaa 399  Q
     |||||| |||||||| || |||||||| |||   |||| ||||        |||          ||||||||| | ||||||| |||||||||  |||     
T  2965026 ctattctttgcaaagatttgaatgctttttgtgggaatccttggcgccagttaatgttgacgttgaagttgaagtccactctgatgcgtgattactgcag 2965125  T
Q  400 aactccttggcaaactgctgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  2965126 tactccttggcaagctgctgcttcctttgctggaatcttactacttgttctcactttaattcaaacagt 2965194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 22 - 468
Target Start/End: Original strand, 2983087 - 2983533
Alignment:
Q  22 tgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagac---cgaaattttatttcggaatatggttgctttggagcag 118  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||| |||   ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||     
T  2983087 tgacttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaatagttcatgatcggacgaccgaaattttgtttcggaatatgattgctttggagcat 2983186  T
Q  119 tgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaaa 218  Q
    ||||||||||||   ||| ||||||||  |||||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| ||||| ||  |||| |||    
T  2983187 tgtcattaccctcatgagtcatatattcttgattatgttcttgttttggattaccttataaataatggtaaggatgtggatgtacttattcagaagcaaa 2983286  T
Q  219 tactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtctt 318  Q
    |||| || ||  |||| |||||  || |    ||| |||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||| | |||||  |||||| |||| || |    
T  2983287 tactagaaaacttgcttggagacggtcaa---tctatggctatcttgtttaatggtctttgcaaaaatgttgtaaaatctaaactcagttatcatttcgt 2983383  T
Q  319 tattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgct 418  Q
     | ||| | ||| || ||  ||||||| |||||||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  2983384 aagtctttccaatgaattggatgctttttgtaataatcctaggaataagttgaaggccactctcaggcgtgattatggcaatactccttggaaaattgct 2983483  T
Q  419 gcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    |||||| |||||||| |  ||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  2983484 gcttccgttgctggagtcttactacttgttctcactataattcaaacagt 2983533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 38 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 2658823 - 2658384
Alignment:
Q  38 ggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagcagtgtcattaccctatggaga 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||   |||  ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||     
T  2658823 ggaggagttcttgaaattcctcaattaacggttgacgataggactgaaattttgtttcgaaatatggttgctttggagcaatgtcattacccttatgagt 2658724  T
Q  138 catatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaaatactggataatatgctggg 237  Q
    |||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||   ||  |||||||||| |||  ||| ||    
T  2658723 catatattactgattatgttgctgttttggattaccttataaatactggtaaggatgtggatatacttgttccaaacaaaatactggaaaattggcttgg 2658624  T
Q  238 agaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtctttattctatgcaaagactta 337  Q
    ||| ||   ||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||||    ||| ||||| |||| ||||| ||  |||||| ||  ||||||||    
T  2658623 agacag---tgattctgtggctaacttgtttactggtctttgcaaaaatgttactcattgtaatagcagtcctcatttcactattctttgtgaagactta 2658527  T
Q  338 aatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaag------------gctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgctgcttcct 425  Q
    || | ||| ||||  |||| ||||  |||||| |||            |  |||||||||||||||||| |||  ||||||||| || ||| ||||||||    
T  2658526 aaagatttttgtaggaatccttggcctaagtttaagtactcattgattggcactctgaggcgtgattattgcagtactccttggaaagctggtgcttcct 2658427  T
Q  426 ttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||| || ||||| ||||    
T  2658426 ttgctggaatcttactacttattctcactataattcaaacagt 2658384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 99 - 372
Target Start/End: Original strand, 2979192 - 2979450
Alignment:
Q  99 atatggttgctttggagcagtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtgga 198  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||| |||||||| ||||||||||||   | || |||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  2979192 atatggttgctttggagcagtgttattaccctcatgagtcatatattactgattatgttg---tcttcgattaccttataaataccggtacggatgtgga 2979288  T
Q  199 tatacttgttgggaaggaaatactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattct 298  Q
    |||||||||| |||   |||||||||| ||| |||| ||||| ||   | ||||||  |||||   |||||||| | ||||| |||||||         |    
T  2979289 tatacttgttcggagcaaaatactggaaaatttgcttggagacag---tcattctgctgctaaattgtttaatgatctttgcgaaaatgt---------t 2979376  T
Q  299 aatatcagttctcatgtctttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaa 372  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||| ||| | || ||||| |||| || |||||||    
T  2979377 aatatcagttctcatttctctattctttgcaaagatttaaatgatttttatagtaatccttggcatgagttgaa 2979450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 102
Target Start/End: Original strand, 2978466 - 2978550
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatat 102  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||  |||||||||||| |||||| ||||    
T  2978466 tacttgatttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaagagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggtatat 2978550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 18 - 90
Target Start/End: Original strand, 2954561 - 2954633
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaatttt 90  Q
    |||||||||| ||||||||   | ||||||||| |||||||||||||| ||||   ||||||||||| |||||    
T  2954561 tacttgacttgaggttttcacaacgagttcttggaattcctcaattaagagttgatgatcagaccgatatttt 2954633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 35100 - 34653
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||  ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35100 tacttgacttggggttttcggaaggagtgcttgaaattcctcgattagaagttgaggatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagca 35001  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
    |||||||||||||   ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||| |||    
T  35000 gtgtcattacccttatgagtcatatattactgattatgttgttgttttggatttccttataaatactggtaaggatgcggatatacttgttcggaaagaa 34901  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    ||||||  |||| |||| ||||| |||   |||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||    
T  34900 atactgactaatttgcttggagacagt---gattctgtggctaacttgtttaatcgtctttgcaaaaatgttatacatcataatatcagttctcatttct 34804  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 417  Q
     |||||| |||||| |||||||||| || |||| ||||| |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34803 ctattctttgcaaaaacttaaatgcattttgtagtaatccttggaataggttgaaggcttctctcaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 34704  T
Q  418 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  34703 tgcttccgttgctggaattttactacttgttctcactttgcttcaatcagt 34653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 44789 - 44567
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    ||||||| || |||||||| | | |||||||||||||||||||||||| || |   |||||  | |||||||| ||| | |||||||||||| ||||| |    
T  44789 tacttgatttgaggttttcagaaagagttcttgaaattcctcaattaagagctgatgatcaacctgaaattttgttttgaaatatggttgctatggagta 44690  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
    || |||||||||||  ||  ||||||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||  ||||  ||||||| |||| |||   ||    
T  44689 gtatcattaccctaatgaatcatatattattaattatgttgctattttggattaccttataaatactggtaaggatgcagatatacatgttcggagcaaa 44590  T
Q  218 atactggataatatgctgggaga 240  Q
    |||||||| ||| |||| |||||    
T  44589 atactggaaaatttgcttggaga 44567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 3339245 - 3339692
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||   |||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3339245 tacttggcttgaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaacagttgacgatgggaccgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagca 3339344  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
    |||||||||||||   ||| ||||||||  ||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  ||  |||    
T  3339345 gtgtcattaccctgatgagtcatatattattgattatgttgcttttttggatttccttataaatactagtatggatgtggatatacttgttaagagcgaa 3339444  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    ||||| || |||  ||| | ||| |||   ||||||||||||||   |||||||||| |||||||||||||| |  |||||| | | ||||||||| ||     
T  3339445 atactagaaaattggcttgcagacagt---gattctgtggctaaattgtttaatggtctttgcaaaaatgttatgcattctagtgtaagttctcatttcc 3339541  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 417  Q
     || |||  ||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||| ||| ||||||||| ||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  3339542 ctactcttggcaaagacttaaatgatttttgtaagaatccttggcataggttgaaggccactctcaggcgtgattattgcaatactccttggcaaactgc 3339641  T
Q  418 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3339642 tgcttccattgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 3339692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 18 - 474
Target Start/End: Original strand, 49613656 - 49614109
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    ||||||| || |||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||  ||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49613656 tacttgatttgaggttttcaggacgggttcttgaaattcctcaattgaaagttgaggattggactgaaattttgtttcggaatatggttgctttggagca 49613755  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
     ||||| |||||||  ||| | || ||| | |||||||||| | ||||||||| | |||| |||||||| |  ||||||||||||||||||  |||| ||    
T  49613756 atgtcactaccctagtgagtcctacattacggattatgttgctgttttggatttccttattaatactggcaaggatgtggatatacttgttcagaagaaa 49613855  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    |||||||  |||  ||| || ||   || ||||||||||||||||  ||||||| || |||| |||||||||  | |||   || ||||||||||   ||    
T  49613856 atactggtgaattggcttgggga---tagtgattctgtggctaacttgtttaatagtctttggaaaaatgttacacatttgtatttcagttctcagtact 49613952  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 417  Q
     |||||||||  ||||||| |||| ||| ||| || ||| |||| |||  |||||||| ||||| || ||||||||| |||| | |||||||||||||||    
T  49613953 ctattctatgtgaagacttgaatggtttttgtcatgatccttggcatagattgaaggcgactctcagacgtgattattgcaacagtccttggcaaactgc 49614052  T
Q  418 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagtctgtgc 474  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  49614053 tgcttccattgctggaattttactacttattctctctttacttcaatcagtttgtgc 49614109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 49618644 - 49619078
Alignment:
Q  18 tacttgacttaaggttttcgggaggagttcttgaaattcctcaattaaaagttacggatcagaccgaaattttatttcggaatatggttgctttggagca 117  Q
    |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||| | ||||| || ||||||| |||||||||||||||           
T  49618644 tacttgacttgaggttttccggacgagttcttgaaattcctcaattaagagttgaggaccggaccgtaactttattt-ggaatatggttgctt------- 49618735  T
Q  118 gtgtcattaccctatggagacatatatttctgattatgttgttcttttggattacattataaatactggtaccgatgtggatatacttgttgggaaggaa 217  Q
        |||||||||   ||  | ||||||| ||||||| ||  | ||||||||||| |||||||||  ||||  |||| |||||||||||||  ||  | |    
T  49618736 ----cattaccctcatgattcctatatttatgattatatttctgttttggattaccttataaatatcggtagggatgcggatatacttgttcagagagga 49618831  T
Q  218 atactggataatatgctgggagaaagtaatgattctgtggctaacaggtttaatggtatttgcaaaaatgttgtatattctaatatcagttctcatgtct 317  Q
    |||| |||||||||||| | ||| |||   ||||||||||| |||  || ||||||| |||| |||||||||  | ||   ||| ||||||||||| |||    
T  49618832 atacaggataatatgcttgcagacagt---gattctgtggcaaacttgtataatggtctttggaaaaatgtttcacatataaatttcagttctcatttct 49618928  T
Q  318 ttattctatgcaaagacttaaatgctttctgtaataatcgttggaataagttgaaggctactctgaggcgtgattatggcaaaactccttggcaaactgc 417  Q
     | ||||    |||||||| | || ||| |||||||||| |||| ||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  49618929 gtcttcttcctaaagacttga-tggtttttgtaataatccttggcataaactgaaggctactctcaggcgtgattatggcagtactccttggcaaactgc 49619027  T
Q  418 tgcttcctttgctggaattgtactacttgttctcactttacttcaatcagt 468  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  49619028 tgcttccattgctggaattttactacttgttctctctttacttcaatcagt 49619078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University