View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11553_low_2 (Length: 614)

Name: NF11553_low_2
Description: NF11553
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11553_low_2
NF11553_low_2
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (83-596)||(15082940-15083453)
chr5 (83-598)||(15429198-15429714)
chr5 (177-599)||(15331261-15331683)
chr5 (141-595)||(15347050-15347504)
chr5 (156-599)||(16403324-16403767)
chr5 (159-599)||(15335698-15336135)
chr5 (161-591)||(16396737-16397167)
chr5 (164-599)||(15357342-15357777)
chr5 (234-599)||(15453039-15453404)
chr5 (141-598)||(16414042-16414499)
chr5 (227-583)||(17927726-17928082)
chr5 (83-284)||(15421638-15421838)
chr5 (545-592)||(30521164-30521211)
chr5 (545-592)||(30561504-30561551)
chr5 (534-592)||(17983407-17983465)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (141-599)||(8187150-8187608)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 596
Target Start/End: Original strand, 15082940 - 15083453
Alignment:
Q  83 gagatggcgaattctttctaacgtatttggcatgtcatcgttttttgtaatgcagcacacctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcg 182  Q
    ||||||||| |||||||| || ||| | ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  15082940 gagatggcggattctttcaaatgtactaggcatgtcatcatttcttgtaatgcaacacacctcatctgaaattgattgagcaagatcgtgaacaagatcg 15083039  T
Q  183 tgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatctt 282  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||  |||||||||    
T  15083040 tgcatcttgaaacttgtaattttgccaaatacatctgtctcaatatcttgaaaaaatgatctacaatataattcattccacacatcattgtcgatatctt 15083139  T
Q  283 ccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcaca 382  Q
    |  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15083140 cttcgtccaatattttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattagaaactgcttccttattattgcatctttgggaaatagtgcaca 15083239  T
Q  383 gaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctt 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15083240 gaaggcaaaacattgtctcagtttaagcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatggcataatcttcatcttgtaaactccatagtttgctt 15083339  T
Q  483 tccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatct 582  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  15083340 tccttcacatagtgccactctttttcctctgttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcgctcccccacacttctttaatatct 15083439  T
Q  583 cctttcctatgacc 596  Q
    ||||| ||||||||    
T  15083440 cctttactatgacc 15083453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 15429714 - 15429198
Alignment:
Q  83 gagatggcgaattctttctaacgtatttggcatgtcatcgttttttgtaatgcagcacacctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcg 182  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  15429714 gagatggcggattctttctaatgtactaggcatgtcatcgatttttgtaaagaaacacacctcttctgaaattgactgagcgagatcatgaacaagatcg 15429615  T
Q  183 tgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatctt 282  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||  |||||||||    
T  15429614 tgcatcttgaaacttataatttcgccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaaggatctccaatatatttcattccacacatcattcgcgatatctt 15429515  T
Q  283 ccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcaca 382  Q
    || ||||||||| || |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  15429514 cctcgtccaacatttcattggaagaaataaagtcattagccatccaaagctgaattagtaactgcttacttattctttcatctttgggaaataatgcaca 15429415  T
Q  383 gaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagt-aacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgct 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  15429414 gaaggcaaaacattgtctcagtttaactggcaaattcaagtaaacttaatctcaatgcaggcatgacattttcttcatcttgtaaattccatattttgct 15429315  T
Q  482 ttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatc 581  Q
    |||||||| ||||  |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||    
T  15429314 ttccttgatatagcgccactccttttcctctcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatc 15429215  T
Q  582 tcctttcctatgaccac 598  Q
    |||||||||||||||||    
T  15429214 tcctttcctatgaccac 15429198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 177 - 599
Target Start/End: Original strand, 15331261 - 15331683
Alignment:
Q  177 agatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccga 276  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||||| | |||| ||||||||||| | |||| || |    
T  15331261 agatcatgcatcttgaaacttgtaattttgccaaatatatctgtctcaatatcttggaaaaatgatctcaagtataattcattccacaccccattgccaa 15331360  T
Q  277 tatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattatttcatctttgggaaatag 376  Q
    |||||||| ||||||||| || ||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||  ||||| |||||||||||  ||||||    
T  15331361 tatcttcctcgtccaacatttcattagatgaaaccaagccattagccatccaaagctcaattagaaacttcttacttattctttcatctttgataaatag 15331460  T
Q  377 tgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataat 476  Q
     |||||||||||||| |||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15331461 agcacagaaggcaaagcattgtctcaattttactggcaaattcaagtaacttaatctcaaggtaggcatgacataatcttcatcttgtaaactccataat 15331560  T
Q  477 ttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttcttta 576  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  15331561 ttgctttccttgacatagtgccactcatttacctctcttttaaaacgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggtactccgccacacttcttta 15331660  T
Q  577 gtatctcctttcctatgaccaca 599  Q
    ||||||| || ||||| ||||||    
T  15331661 gtatctctttccctattaccaca 15331683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 141 - 595
Target Start/End: Original strand, 15347050 - 15347504
Alignment:
Q  141 acctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatg 240  Q
    ||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  || ||||| ||||||  ||||| ||| |  ||||||||||||||    
T  15347050 acctcttctgtgatagattgagcaagatcatgaacaagatcatgcatcgtgaaatatacaatttgtccaaaatcatctgtctgagtatcttgaaaaaatg 15347149  T
Q  241 atctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattag 340  Q
    |||| ||||||| |||||||||    |||||||| ||||||||  | ||||||| |  |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  15347150 atctacaatataattcattccatgcttcattaccaatatcttctgcttccaacattccattggatggaataaatccattagccatccaaagctcaattac 15347249  T
Q  341 gaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgca 440  Q
     ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15347250 aaactgtttgcttataatttcatccttgggaaatagtgcacaaaaggcaaaacattgtctcaattttaccggcaaattcaagtaacttaatctcaacgca 15347349  T
Q  441 ggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtg 540  Q
    |||||||||  ||  ||| |||||||| ||||||  || |||||||||||||||  ||| || ||||||| || |||||| ||||| | |||||| ||||    
T  15347350 ggcatgacagaattctcaccttgtaaattccatagcttactttccttgacatagcgccattccttttcttctcgtttaaaccgcaataaacttcccagtg 15347449  T
Q  541 ctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctcctttcctatgac 595  Q
    || ||||||| ||||| ||||||| |||||| |||| |||||| || ||||||||    
T  15347450 cttttgctgcgagagggactcccctacacttttttactatctctttccctatgac 15347504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 156 - 599
Target Start/End: Original strand, 16403324 - 16403767
Alignment:
Q  156 gactgagcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagtt 255  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||   | ||||||  |||||| ||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  16403324 gactcagcaagttcatgaacaagatcatgcatcttaaatgatgtaatttgaccaaattcatctgtctcagtatcttggaaaaatgatctccaatataatt 16403423  T
Q  256 cattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttat 355  Q
    ||||||||| ||||||||| | | ||||  | ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| || ||| | ||    
T  16403424 cattccacacctcattaccaacaccttctgcatccaacatttgattggatgaaatgaagccattagcaatccaaagctcaatcatgaagtgcttgctcat 16403523  T
Q  356 tatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatct 455  Q
     ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||| ||| |  |||||||| | |||||||| | | || |||| | |||| | ||||    
T  16403524 aatttcatctttgggaaataatgcacaaaaggaaaaacactgtctcaattttactggcaaattgaggtaacttagttttaaggcagacttgacgtaatct 16403623  T
Q  456 tcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagag 555  Q
    ||| ||| |||||||||||  || |||||||| ||||||  |||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  16403624 tcaccttctaaactccatagcttactttccttcacatagagccactctttttcttctcttttaaaccgcaaaagacttcctagtgctattgccgcaagag 16403723  T
Q  556 gcactcccccacacttctttagtatctcctttcctatgaccaca 599  Q
    | |||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16403724 ggactcacacacacttttttagtatctcctttcctatgaccaca 16403767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 159 - 599
Target Start/End: Original strand, 15335698 - 15336135
Alignment:
Q  159 tgagcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcat 258  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||   | |||  ||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15335698 tgagcaagatcatgaacaagatcatgcattttgaaact---agttttcccaaattgatctatctcaatatcttgaaaaaatgatctccaatataattcat 15335794  T
Q  259 tccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattat 358  Q
    |||||| |||||| || |||||  |  | ||||||  || ||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||||| || |||||  ||||||     
T  15335795 tccacacctcattgccaatatcaccatcttccaacttttcatttgaagaaataaagccattagccatccagagttctattagaaagtgttttcttattag 15335894  T
Q  359 ttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttca 458  Q
    || |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |  || |||||||| ||||||| |||||| |||||||||||   ||  |||    
T  15335895 tttatctttgggaaagagtgcacacaaggcaaaacactgtctcaattttactggtaaattcaaataacttagtctcaaggcaggcatgactgaattatca 15335994  T
Q  459 tcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggca 558  Q
     |||||||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| | |||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15335995 ccttgtaaactccatagcttgctttccttgacatagagccactcattttcgtctcttttgaaacacaagagacttcctagtgctattgccgcaagaggca 15336094  T
Q  559 ctcccccacacttctttagtatctcctttcctatgaccaca 599  Q
    ||||| ||||||| || | |||||| || ||||| ||||||    
T  15336095 ctcccacacactttttaactatctcgttccctataaccaca 15336135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 6e-82
Query Start/End: Original strand, 161 - 591
Target Start/End: Original strand, 16396737 - 16397167
Alignment:
Q  161 agcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattc 260  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||  |||||| |  |  ||||   || ||  |||||||| |||||||||| |||||||    
T  16396737 agcaagatcatgaacaagatcatgcatcttgaatattgtaatttggccaaatcccacattctctgtattttcgaaaaatgacctccaatataattcattc 16396836  T
Q  261 cacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattattt 360  Q
    |||| ||| ||||| || || ||  | ||||||| || |||||| ||||| ||||| |||||  ||||||| |||||||  | ||| ||| |||| ||||    
T  16396837 cacacctcgttaccaatgtcatctgcttccaacatttgattggaagaaatgaagccgttagctgtccaaagatcaattaaaagctgcttgcttataattt 16396936  T
Q  361 catctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatc 460  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| || | ||| |  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |    
T  16396937 catctttgggaaataatgcacagaaggaaaagcattgccttaattttactggcaaatgcaagtaacttaatctcaaggcaggcatgacataagcttcacc 16397036  T
Q  461 ttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggcact 560  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||||||||||   ||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  16397037 ttgtaaattccatagcttgctttccttgacatatagccattccttttcttctcttttaaaccgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagagggaat 16397136  T
Q  561 cccccacacttctttagtatctcctttccta 591  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  16397137 cccccacacttctttattatctccttcccta 16397167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 8e-78
Query Start/End: Original strand, 164 - 599
Target Start/End: Original strand, 15357342 - 15357777
Alignment:
Q  164 aagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccac 263  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||| ||||||| ||| | |||    |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  15357342 aagatcatgaacaagatcatgcatcttgaaagatacaatttttccaaattcatttgtcttggtatcttggaaaaatgatctacaatataattcattccac 15357441  T
Q  264 atctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattatttcat 363  Q
    | |||||| ||||||||||   | ||||  | || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||  |||| |||| ||    
T  15357442 acctcattgccgatatcttgtgcttccagtatttcattggatgaaataaatccattagccatccaaagctcaatcaaaaactgcttacttataatttgat 15357541  T
Q  364 ctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatcttg 463  Q
    | |||| ||| |||||||| |||||||| || || |||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||   ||  ||| ||||    
T  15357542 ccttggaaaaaagtgcacaaaaggcaaagcactgcctcaattttaccggcaaattcaagtaacttaacctcaaggaagacatgactgaattctcaccttg 15357641  T
Q  464 taaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggcactccc 563  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| || ||||||| || |||||| || |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  15357642 taaactccatagattgctttccttgacatagcgccattccttttcttctcgtttaaaacgtaagaaacttcctagtgcttttgccgcaagaggaactccc 15357741  T
Q  564 ccacacttctttagtatctcctttcctatgaccaca 599  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||    
T  15357742 ccacacttttttactatctccttccctatgaccaca 15357777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 234 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 15453404 - 15453039
Alignment:
Q  234 aaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagct 333  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||| | ||||||  | ||||||| || ||| || |||||||| ||||||   ||||||||||    
T  15453404 aaaagtgatctccaatataattcattacacacctcatgaccaacatcttctgcttccaacatttgattagaagaaataaaaccattacaaatccaaagct 15453305  T
Q  334 caattaggaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatct 433  Q
    ||||||  | ||  ||| ||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||| ||||| ||||||||    
T  15453304 caattatcatcttcttgcttatagtttcacctttgggaaataatgcacagaaggaaaaacattgtctcaattttattggcaaattgaagtagcttaatct 15453205  T
Q  434 caacgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagactt 533  Q
    ||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  15453204 caaggcaggcatgacagaattttcgccttgtaaactccaaagtttgcttttcttgacatagagccactctttttcttctcttttaaaacgcaagagactt 15453105  T
Q  534 cctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctcctttcctatgaccaca 599  Q
    |||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||    
T  15453104 cctagtgcaattgctgccaaaggaactcctccacacttatttactatctccttgcctatgaccaca 15453039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 141 - 598
Target Start/End: Original strand, 16414042 - 16414499
Alignment:
Q  141 acctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatg 240  Q
    |||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  ||  ||||| ||||||| ||||   ||||| ||||||||||||||    
T  16414042 acctcttctgtaatggattgagcaagatcatgtacaaggtcgtgcattttgaatttttgaatttttccaaatccatcatgctcaatatcttgaaaaaatg 16414141  T
Q  241 atctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattag 340  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||||| || ||||||||    |  ||||    |||||| |||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| |     
T  16414142 atctccaatataactcattccacacctcattgccaatatcttctgtttgtaacatagcattggatgaaagaaaaccatttgccatccaaaggtcaatcaa 16414241  T
Q  341 gaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgca 440  Q
     ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||| || || |||    
T  16414242 aaacttcttgtttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggaaaaacattgtctcaatttaactggtaaattcaagtaacttaaccttaaggca 16414341  T
Q  441 ggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtg 540  Q
    ||||||||    |  ||| ||||||||  |||||  |||||||||||||||| |  ||||||  |||| | |||||| || |||||||||||||||| ||    
T  16414342 ggcatgacgcagttctcaccttgtaaatcccatagcttgctttccttgacattgagccactctatttcctctcttttgaaacgcaagagacttcctaatg 16414441  T
Q  541 ctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctcctttcctatgaccac 598  Q
    | ||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||| || |||||||||||    
T  16414442 ccattgcggcaagaggtactcccctacatttctttactatctctttccctatgaccac 16414499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 227 - 583
Target Start/End: Original strand, 17927726 - 17928082
Alignment:
Q  227 atcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatc 326  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||| | |||||   || |||||||||||| || ||||| |||| |    
T  17927726 atcttgaaaaaatgaactccaatataattcattccacacctcatcaccaatatcttccgcttccaaactttcattggacgaaatgaatccattggccacc 17927825  T
Q  327 caaagctcaattaggaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaac 426  Q
    ||||| |||||||| | ||| ||  |||||| ||||||||| |||||||  ||| |||||||||| ||||||||||  |||| |||||| | ||||||||    
T  17927826 caaagttcaattagaagctgcttacttattaattcatcttttggaaatatagcagagaaggcaaagcattgtctcaacttaaccggcaagtacaagtaac 17927925  T
Q  427 ttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaa 526  Q
    |||||||||| ||  ||||||||   |  ||| ||||||| ||||| || ||||| |||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||||    
T  17927926 ttaatctcaaggcctgcatgacagagttctcaccttgtaagctccacaacttgctgtccttgacatagatccattctttttcttctcttttaaagcgcaa 17928025  T
Q  527 gagacttcctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctc 583  Q
     |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  17928026 cagacttcctaatgttattgctgcaagaggcactcccctacacttctttaggatctc 17928082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 83 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 15421838 - 15421638
Alignment:
Q  83 gagatggcgaattctttctaacgtatttggcatgtcatcgttttttgtaatgcagcacacctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcg 182  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| | ||| |||||| | ||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  15421838 gagatggcgtattctttctaatgtactaggcctgtcattgattttcataatgcaacacacctcttctgaaattgaccgagcgagatcatgaacaagatcg 15421739  T
Q  183 tgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatctt 282  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  15421738 tgcatcttgaaacttataatttcaccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatacagttcattccacacctcatta-cgatatctt 15421640  T
Q  283 cc 284  Q
    ||    
T  15421639 cc 15421638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 545 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 30521211 - 30521164
Alignment:
Q  545 tgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctcctttcctat 592  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  30521211 tgctgcaagaggcaatcccccacacttctttactatctcttttcctat 30521164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 545 - 592
Target Start/End: Complemental strand, 30561551 - 30561504
Alignment:
Q  545 tgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctcctttcctat 592  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  30561551 tgctgcaagaggcaatcccccacacttctttactatctcttttcctat 30561504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 534 - 592
Target Start/End: Original strand, 17983407 - 17983465
Alignment:
Q  534 cctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctcctttcctat 592  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||| ||||||||| |||||    
T  17983407 cctaatgcttttgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctccttgcctat 17983465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 141 - 599
Target Start/End: Original strand, 8187150 - 8187608
Alignment:
Q  141 acctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatg 240  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||  || |||||| |||||||    
T  8187150 acctcttctgatatagattgagcaagatcatgtacaagatcatgcatcttgaaatatataatttttccaaattcatctgtcataatatcttggaaaaatg 8187249  T
Q  241 atctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattag 340  Q
    |||||||||||| ||||||||| | |||||| || ||||| ||  | || |  | || |||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  8187250 atctccaatataattcattccatacctcattgccaatatcctcagcttctagaatttcattggatgaaataaaaccattagccatccatagatcaattag 8187349  T
Q  341 gaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgca 440  Q
    ||| || ||  |||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8187350 gaattgcttttttattaattcatcttttggaaaaagtgcacaaaaggcaaaacattgtctcaattttattggcaaattcaagtaacttaatctcaaggca 8187449  T
Q  441 ggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtg 540  Q
    ||||||||  |||  ||| |||||||||||||||  || ||||||  |||||||  |||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8187450 ggcatgactgtattctcaccttgtaaactccatagattactttccaagacatagagccactccttttcctctcttttaaaacgcaagagacttcctagtg 8187549  T
Q  541 ctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctcctttcctatgaccaca 599  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||    
T  8187550 ctattgctgcaagaggtacacccccacacttttttgctatctccttccctatgaccaca 8187608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University