View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11553_low_3 (Length: 598)

Name: NF11553_low_3
Description: NF11553
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11553_low_3
NF11553_low_3
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (83-587)||(15082940-15083444)
chr5 (83-587)||(15429209-15429714)
chr5 (177-583)||(15331261-15331667)
chr5 (141-583)||(15347050-15347492)
chr5 (159-571)||(15335698-15336107)
chr5 (161-586)||(16396737-16397162)
chr5 (156-587)||(16403324-16403755)
chr5 (227-583)||(17927726-17928082)
chr5 (164-586)||(15357342-15357764)
chr5 (141-583)||(16414042-16414484)
chr5 (234-586)||(15453052-15453404)
chr5 (83-284)||(15421638-15421838)
chr5 (545-583)||(30521173-30521211)
chr5 (545-583)||(30561513-30561551)
chr5 (534-586)||(17983407-17983459)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (141-586)||(8187150-8187595)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 587
Target Start/End: Original strand, 15082940 - 15083444
Alignment:
Q  83 gagatggcgaattctttctaacgtatttggcatgtcatcgttttttgtaatgcagcacacctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcg 182  Q
    ||||||||| |||||||| || ||| | ||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||||    
T  15082940 gagatggcggattctttcaaatgtactaggcatgtcatcatttcttgtaatgcaacacacctcatctgaaattgattgagcaagatcgtgaacaagatcg 15083039  T
Q  183 tgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatctt 282  Q
    ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||  |||||||||    
T  15083040 tgcatcttgaaacttgtaattttgccaaatacatctgtctcaatatcttgaaaaaatgatctacaatataattcattccacacatcattgtcgatatctt 15083139  T
Q  283 ccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcaca 382  Q
    |  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15083140 cttcgtccaatattttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattagaaactgcttccttattattgcatctttgggaaatagtgcaca 15083239  T
Q  383 gaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctt 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15083240 gaaggcaaaacattgtctcagtttaagcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatggcataatcttcatcttgtaaactccatagtttgctt 15083339  T
Q  483 tccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatct 582  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  15083340 tccttcacatagtgccactctttttcctctgttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgcagcaagaggcgctcccccacacttctttaatatct 15083439  T
Q  583 ccttt 587  Q
    |||||    
T  15083440 ccttt 15083444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 83 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 15429714 - 15429209
Alignment:
Q  83 gagatggcgaattctttctaacgtatttggcatgtcatcgttttttgtaatgcagcacacctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcg 182  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  15429714 gagatggcggattctttctaatgtactaggcatgtcatcgatttttgtaaagaaacacacctcttctgaaattgactgagcgagatcatgaacaagatcg 15429615  T
Q  183 tgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatctt 282  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||||  |||||||||    
T  15429614 tgcatcttgaaacttataatttcgccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaaggatctccaatatatttcattccacacatcattcgcgatatctt 15429515  T
Q  283 ccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcaca 382  Q
    || ||||||||| || |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||  ||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  15429514 cctcgtccaacatttcattggaagaaataaagtcattagccatccaaagctgaattagtaactgcttacttattctttcatctttgggaaataatgcaca 15429415  T
Q  383 gaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagt-aacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgct 481  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  15429414 gaaggcaaaacattgtctcagtttaactggcaaattcaagtaaacttaatctcaatgcaggcatgacattttcttcatcttgtaaattccatattttgct 15429315  T
Q  482 ttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatc 581  Q
    |||||||| ||||  |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||    
T  15429314 ttccttgatatagcgccactccttttcctctcttttaaagcgcaagagacttcctagtgcttttgctgcaagaggtactcccccacatttccttagtatc 15429215  T
Q  582 tccttt 587  Q
    ||||||    
T  15429214 tccttt 15429209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 177 - 583
Target Start/End: Original strand, 15331261 - 15331667
Alignment:
Q  177 agatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccga 276  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||| |||||| |||||| |||||||||||| | |||| ||||||||||| | |||| || |    
T  15331261 agatcatgcatcttgaaacttgtaattttgccaaatatatctgtctcaatatcttggaaaaatgatctcaagtataattcattccacaccccattgccaa 15331360  T
Q  277 tatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattatttcatctttgggaaatag 376  Q
    |||||||| ||||||||| || ||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||  ||||| |||||||||||  ||||||    
T  15331361 tatcttcctcgtccaacatttcattagatgaaaccaagccattagccatccaaagctcaattagaaacttcttacttattctttcatctttgataaatag 15331460  T
Q  377 tgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataat 476  Q
     |||||||||||||| |||||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15331461 agcacagaaggcaaagcattgtctcaattttactggcaaattcaagtaacttaatctcaaggtaggcatgacataatcttcatcttgtaaactccataat 15331560  T
Q  477 ttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttcttta 576  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  15331561 ttgctttccttgacatagtgccactcatttacctctcttttaaaacgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggtactccgccacacttcttta 15331660  T
Q  577 gtatctc 583  Q
    |||||||    
T  15331661 gtatctc 15331667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 141 - 583
Target Start/End: Original strand, 15347050 - 15347492
Alignment:
Q  141 acctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatg 240  Q
    ||||||||||  || || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  || ||||| ||||||  ||||| ||| |  ||||||||||||||    
T  15347050 acctcttctgtgatagattgagcaagatcatgaacaagatcatgcatcgtgaaatatacaatttgtccaaaatcatctgtctgagtatcttgaaaaaatg 15347149  T
Q  241 atctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattag 340  Q
    |||| ||||||| |||||||||    |||||||| ||||||||  | ||||||| |  |||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  15347150 atctacaatataattcattccatgcttcattaccaatatcttctgcttccaacattccattggatggaataaatccattagccatccaaagctcaattac 15347249  T
Q  341 gaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgca 440  Q
     ||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15347250 aaactgtttgcttataatttcatccttgggaaatagtgcacaaaaggcaaaacattgtctcaattttaccggcaaattcaagtaacttaatctcaacgca 15347349  T
Q  441 ggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtg 540  Q
    |||||||||  ||  ||| |||||||| ||||||  || |||||||||||||||  ||| || ||||||| || |||||| ||||| | |||||| ||||    
T  15347350 ggcatgacagaattctcaccttgtaaattccatagcttactttccttgacatagcgccattccttttcttctcgtttaaaccgcaataaacttcccagtg 15347449  T
Q  541 ctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctc 583  Q
    || ||||||| ||||| ||||||| |||||| |||| ||||||    
T  15347450 cttttgctgcgagagggactcccctacacttttttactatctc 15347492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 159 - 571
Target Start/End: Original strand, 15335698 - 15336107
Alignment:
Q  159 tgagcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcat 258  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||   | |||  ||||||  |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  15335698 tgagcaagatcatgaacaagatcatgcattttgaaact---agttttcccaaattgatctatctcaatatcttgaaaaaatgatctccaatataattcat 15335794  T
Q  259 tccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattat 358  Q
    |||||| |||||| || |||||  |  | ||||||  || ||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||||| || |||||  ||||||     
T  15335795 tccacacctcattgccaatatcaccatcttccaacttttcatttgaagaaataaagccattagccatccagagttctattagaaagtgttttcttattag 15335894  T
Q  359 ttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttca 458  Q
    || |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||| |  || |||||||| ||||||| |||||| |||||||||||   ||  |||    
T  15335895 tttatctttgggaaagagtgcacacaaggcaaaacactgtctcaattttactggtaaattcaaataacttagtctcaaggcaggcatgactgaattatca 15335994  T
Q  459 tcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggca 558  Q
     |||||||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||||||| | |||||| || | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15335995 ccttgtaaactccatagcttgctttccttgacatagagccactcattttcgtctcttttgaaacacaagagacttcctagtgctattgccgcaagaggca 15336094  T
Q  559 ctcccccacactt 571  Q
    ||||| |||||||    
T  15336095 ctcccacacactt 15336107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 161 - 586
Target Start/End: Original strand, 16396737 - 16397162
Alignment:
Q  161 agcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattc 260  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||  |||||| |  |  ||||   || ||  |||||||| |||||||||| |||||||    
T  16396737 agcaagatcatgaacaagatcatgcatcttgaatattgtaatttggccaaatcccacattctctgtattttcgaaaaatgacctccaatataattcattc 16396836  T
Q  261 cacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattattt 360  Q
    |||| ||| ||||| || || ||  | ||||||| || |||||| ||||| ||||| |||||  ||||||| |||||||  | ||| ||| |||| ||||    
T  16396837 cacacctcgttaccaatgtcatctgcttccaacatttgattggaagaaatgaagccgttagctgtccaaagatcaattaaaagctgcttgcttataattt 16396936  T
Q  361 catctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatc 460  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| || | ||| |  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||| |    
T  16396937 catctttgggaaataatgcacagaaggaaaagcattgccttaattttactggcaaatgcaagtaacttaatctcaaggcaggcatgacataagcttcacc 16397036  T
Q  461 ttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggcact 560  Q
    ||||||| ||||||  |||||||||||||||||   ||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    
T  16397037 ttgtaaattccatagcttgctttccttgacatatagccattccttttcttctcttttaaaccgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagagggaat 16397136  T
Q  561 cccccacacttctttagtatctcctt 586  Q
    |||||||||||||||| |||||||||    
T  16397137 cccccacacttctttattatctcctt 16397162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 156 - 587
Target Start/End: Original strand, 16403324 - 16403755
Alignment:
Q  156 gactgagcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagtt 255  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| |||||||| ||   | ||||||  |||||| ||||| |||||  |||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  16403324 gactcagcaagttcatgaacaagatcatgcatcttaaatgatgtaatttgaccaaattcatctgtctcagtatcttggaaaaatgatctccaatataatt 16403423  T
Q  256 cattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttat 355  Q
    ||||||||| ||||||||| | | ||||  | ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| || ||| | ||    
T  16403424 cattccacacctcattaccaacaccttctgcatccaacatttgattggatgaaatgaagccattagcaatccaaagctcaatcatgaagtgcttgctcat 16403523  T
Q  356 tatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatct 455  Q
     ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||| ||| |  |||||||| | |||||||| | | || |||| | |||| | ||||    
T  16403524 aatttcatctttgggaaataatgcacaaaaggaaaaacactgtctcaattttactggcaaattgaggtaacttagttttaaggcagacttgacgtaatct 16403623  T
Q  456 tcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagag 555  Q
    ||| ||| |||||||||||  || |||||||| ||||||  |||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  16403624 tcaccttctaaactccatagcttactttccttcacatagagccactctttttcttctcttttaaaccgcaaaagacttcctagtgctattgccgcaagag 16403723  T
Q  556 gcactcccccacacttctttagtatctccttt 587  Q
    | |||| | ||||||| |||||||||||||||    
T  16403724 ggactcacacacacttttttagtatctccttt 16403755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 227 - 583
Target Start/End: Original strand, 17927726 - 17928082
Alignment:
Q  227 atcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatc 326  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||| | |||||   || |||||||||||| || ||||| |||| |    
T  17927726 atcttgaaaaaatgaactccaatataattcattccacacctcatcaccaatatcttccgcttccaaactttcattggacgaaatgaatccattggccacc 17927825  T
Q  327 caaagctcaattaggaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaac 426  Q
    ||||| |||||||| | ||| ||  |||||| ||||||||| |||||||  ||| |||||||||| ||||||||||  |||| |||||| | ||||||||    
T  17927826 caaagttcaattagaagctgcttacttattaattcatcttttggaaatatagcagagaaggcaaagcattgtctcaacttaaccggcaagtacaagtaac 17927925  T
Q  427 ttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaa 526  Q
    |||||||||| ||  ||||||||   |  ||| ||||||| ||||| || ||||| |||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||||    
T  17927926 ttaatctcaaggcctgcatgacagagttctcaccttgtaagctccacaacttgctgtccttgacatagatccattctttttcttctcttttaaagcgcaa 17928025  T
Q  527 gagacttcctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctc 583  Q
     |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  17928026 cagacttcctaatgttattgctgcaagaggcactcccctacacttctttaggatctc 17928082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 164 - 586
Target Start/End: Original strand, 15357342 - 15357764
Alignment:
Q  164 aagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccac 263  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||  || ||||| ||||||| ||| | |||    |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  15357342 aagatcatgaacaagatcatgcatcttgaaagatacaatttttccaaattcatttgtcttggtatcttggaaaaatgatctacaatataattcattccac 15357441  T
Q  264 atctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattaggaactgtttggttattatttcat 363  Q
    | |||||| ||||||||||   | ||||  | || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||  |||| |||| ||    
T  15357442 acctcattgccgatatcttgtgcttccagtatttcattggatgaaataaatccattagccatccaaagctcaatcaaaaactgcttacttataatttgat 15357541  T
Q  364 ctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgcaggcatgacattatcttcatcttg 463  Q
    | |||| ||| |||||||| |||||||| || || |||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||| | || ||||||   ||  ||| ||||    
T  15357542 ccttggaaaaaagtgcacaaaaggcaaagcactgcctcaattttaccggcaaattcaagtaacttaacctcaaggaagacatgactgaattctcaccttg 15357641  T
Q  464 taaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtgctattgctgcaagaggcactccc 563  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| || ||||||| || |||||| || |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  15357642 taaactccatagattgctttccttgacatagcgccattccttttcttctcgtttaaaacgtaagaaacttcctagtgcttttgccgcaagaggaactccc 15357741  T
Q  564 ccacacttctttagtatctcctt 586  Q
    |||||||| |||| |||||||||    
T  15357742 ccacacttttttactatctcctt 15357764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 141 - 583
Target Start/End: Original strand, 16414042 - 16414484
Alignment:
Q  141 acctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatg 240  Q
    |||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||  ||  ||||| ||||||| ||||   ||||| ||||||||||||||    
T  16414042 acctcttctgtaatggattgagcaagatcatgtacaaggtcgtgcattttgaatttttgaatttttccaaatccatcatgctcaatatcttgaaaaaatg 16414141  T
Q  241 atctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattag 340  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||||| || ||||||||    |  ||||    |||||| |||| ||| ||||| ||||||||||| ||||| |     
T  16414142 atctccaatataactcattccacacctcattgccaatatcttctgtttgtaacatagcattggatgaaagaaaaccatttgccatccaaaggtcaatcaa 16414241  T
Q  341 gaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgca 440  Q
     ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||| || || |||    
T  16414242 aaacttcttgtttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggaaaaacattgtctcaatttaactggtaaattcaagtaacttaaccttaaggca 16414341  T
Q  441 ggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtg 540  Q
    ||||||||    |  ||| ||||||||  |||||  |||||||||||||||| |  ||||||  |||| | |||||| || |||||||||||||||| ||    
T  16414342 ggcatgacgcagttctcaccttgtaaatcccatagcttgctttccttgacattgagccactctatttcctctcttttgaaacgcaagagacttcctaatg 16414441  T
Q  541 ctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctc 583  Q
    | ||||| |||||||| ||||||| ||| ||||||| ||||||    
T  16414442 ccattgcggcaagaggtactcccctacatttctttactatctc 16414484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 234 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 15453404 - 15453052
Alignment:
Q  234 aaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagct 333  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| ||| | ||||||  | ||||||| || ||| || |||||||| ||||||   ||||||||||    
T  15453404 aaaagtgatctccaatataattcattacacacctcatgaccaacatcttctgcttccaacatttgattagaagaaataaaaccattacaaatccaaagct 15453305  T
Q  334 caattaggaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatct 433  Q
    ||||||  | ||  ||| ||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||| ||||| ||||||||    
T  15453304 caattatcatcttcttgcttatagtttcacctttgggaaataatgcacagaaggaaaaacattgtctcaattttattggcaaattgaagtagcttaatct 15453205  T
Q  434 caacgcaggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagactt 533  Q
    ||| ||||||||||||  || |||  ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||  |||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  15453204 caaggcaggcatgacagaattttcgccttgtaaactccaaagtttgcttttcttgacatagagccactctttttcttctcttttaaaacgcaagagactt 15453105  T
Q  534 cctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctcctt 586  Q
    |||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  15453104 cctagtgcaattgctgccaaaggaactcctccacacttatttactatctcctt 15453052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 83 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 15421838 - 15421638
Alignment:
Q  83 gagatggcgaattctttctaacgtatttggcatgtcatcgttttttgtaatgcagcacacctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcg 182  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| | ||| |||||| | ||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  15421838 gagatggcgtattctttctaatgtactaggcctgtcattgattttcataatgcaacacacctcttctgaaattgaccgagcgagatcatgaacaagatcg 15421739  T
Q  183 tgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatctt 282  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  15421738 tgcatcttgaaacttataatttcaccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatgatctccaatacagttcattccacacctcatta-cgatatctt 15421640  T
Q  283 cc 284  Q
    ||    
T  15421639 cc 15421638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 545 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 30521211 - 30521173
Alignment:
Q  545 tgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctc 583  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  30521211 tgctgcaagaggcaatcccccacacttctttactatctc 30521173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 545 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 30561551 - 30561513
Alignment:
Q  545 tgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctc 583  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  30561551 tgctgcaagaggcaatcccccacacttctttactatctc 30561513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 534 - 586
Target Start/End: Original strand, 17983407 - 17983459
Alignment:
Q  534 cctagtgctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctcctt 586  Q
    |||| |||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||| |||||||||    
T  17983407 cctaatgcttttgctgcaagaggcaatcctccacacttttttactatctcctt 17983459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 141 - 586
Target Start/End: Original strand, 8187150 - 8187595
Alignment:
Q  141 acctcttctgaaatcgactgagcaagatcatgaacaagatcgtgcatcttgaaacttataatttctccaaatacatctctctcaaaatcttgaaaaaatg 240  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||  || |||||| |||||||    
T  8187150 acctcttctgatatagattgagcaagatcatgtacaagatcatgcatcttgaaatatataatttttccaaattcatctgtcataatatcttggaaaaatg 8187249  T
Q  241 atctccaatatagttcattccacatctcattaccgatatcttccccgtccaacaatttattggacgaaataaagccattagccatccaaagctcaattag 340  Q
    |||||||||||| ||||||||| | |||||| || ||||| ||  | || |  | || |||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  8187250 atctccaatataattcattccatacctcattgccaatatcctcagcttctagaatttcattggatgaaataaaaccattagccatccatagatcaattag 8187349  T
Q  341 gaactgtttggttattatttcatctttgggaaatagtgcacagaaggcaaaacattgtctcagtttaatcggcaaattcaagtaacttaatctcaacgca 440  Q
    ||| || ||  |||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8187350 gaattgcttttttattaattcatcttttggaaaaagtgcacaaaaggcaaaacattgtctcaattttattggcaaattcaagtaacttaatctcaaggca 8187449  T
Q  441 ggcatgacattatcttcatcttgtaaactccataatttgctttccttgacatagttccactcattttcttgtcttttaaagcgcaagagacttcctagtg 540  Q
    ||||||||  |||  ||| |||||||||||||||  || ||||||  |||||||  |||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8187450 ggcatgactgtattctcaccttgtaaactccatagattactttccaagacatagagccactccttttcctctcttttaaaacgcaagagacttcctagtg 8187549  T
Q  541 ctattgctgcaagaggcactcccccacacttctttagtatctcctt 586  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| |||  |||||||||    
T  8187550 ctattgctgcaagaggtacacccccacacttttttgctatctcctt 8187595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University