View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11554_high_3 (Length: 705)

Name: NF11554_high_3
Description: NF11554
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11554_high_3
NF11554_high_3
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (12-689)||(34230855-34231532)
chr5 (209-627)||(42125073-42125500)
chr5 (402-640)||(34238947-34239185)
chr5 (136-627)||(42130234-42130725)
chr5 (130-630)||(41711886-41712388)
chr5 (88-626)||(41570120-41570658)
chr5 (262-498)||(42118562-42118789)
chr5 (516-625)||(42118787-42118897)
chr5 (122-215)||(34239225-34239318)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (142-642)||(25521110-25521619)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (141-642)||(8524463-8524970)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (95-630)||(12249789-12250324)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (77-625)||(11119727-11120272)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (355-471)||(15590822-15590938)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 622; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 622; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 34231532 - 34230855
Alignment:
Q  12 aagaatccggcatttgaccactgagtacattgtcatcgagatacagaaaggtaagatgtgaaaaggttaaaattgtggatggaattgaaccatttaggtg 111  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34231532 aagaatccgggatttgaccattgagtacattgtcatcgagatacagaaaggtaagatgtgaaaaggttaaaattgtggatggaattgaaccgtttaggtg 34231433  T
Q  112 gttccctgacagacgtagggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgaga 211  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34231432 gttccctgacagacgtagggaggcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgacccttggaatccacaacctgagagatccaaagtaatgaga 34231333  T
Q  212 gaagtactgcagctcatatctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttca 311  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231332 gaagtactacagctcaattctggaagttggccttcaaggtggtcattatatgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttca 34231233  T
Q  312 attttccacttaaggttgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagacatgtc 411  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231232 attttccacttaagattgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaagatcgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagacatgtc 34231133  T
Q  412 tgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaacttatcattcccagcaagatga 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  34231132 tgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaacttatcattcccagaaagatga 34231033  T
Q  512 agtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactcataaacccgccaa 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231032 agtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactcataaacccgccaa 34230933  T
Q  612 acttagaatgaaaatgggaaccagagaaatcgttagagaaataattgttcgaaaggttgagcatttgaaggtgagcaa 689  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34230932 acttagaatgaaaatgggagccagagaaatcgttagagaaataattgttcgaaaggttgagcatttgaaggtgagcaa 34230855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 209 - 627
Target Start/End: Original strand, 42125073 - 42125500
Alignment:
Q  209 agagaagtactgcagctcatatctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttt 308  Q
    ||||||||||| || ||||  ||||| ||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||  |||    
T  42125073 agagaagtactacaactcaattctggtagttgtccttcaaggttgtgattatatgacatatctaactcttgaatacttggtaaacaaagtaggcttcttt 42125172  T
Q  309 tcaattttccacttaaggttgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagacat 408  Q
    ||| ||||||| ||||   |||   | |||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||    |||||||||||||||||  |||||||    
T  42125173 tcagttttccagttaatcctgttgatttaagattaagagtaaccaaagaggaagattggttgaagagcaaagcaatggagtttggtcttattgaagacat 42125272  T
Q  409 gtctgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaacttatc---------attc 499  Q
     | ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||         ||      
T  42125273 atttgtattatccaaaaacagctccctcaaatttgttgcattttgaacaaatctcttcaaggtcgtctctttccaaactaactgatcataaccggtatat 42125372  T
Q  500 ccagcaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactca 599  Q
    ||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||   ||||||||| ||| |||||||| |  ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  42125373 ccagagagatgaagtgattgtaatttggaaaggtgtgagatttgaattggaatttcacctttaaagaaactacgagacaagtcaagatgtgcaagactca 42125472  T
Q  600 taaacccgccaaacttagaatgaaaatg 627  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  42125473 taaacccaccaaacttagaatgaaaatg 42125500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 402 - 640
Target Start/End: Complemental strand, 34239185 - 34238947
Alignment:
Q  402 aagacatgtctgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaacttatcattccc 501  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| || || |||    
T  34239185 aagacatatctgaataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctctttaaggtggtctctttccaaactaactcataatgccc 34239086  T
Q  502 agcaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactcata 601  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |   ||    |  |  ||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  34239085 agaaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtatgagatttgagaaggaatttcaccgccaacatgagtattagacaagtcaagatgtgtaagactcgta 34238986  T
Q  602 aacccgccaaacttagaatgaaaatgggaaccagagaaa 640  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  34238985 aacctgccaaacttagaatcaaaataggaaccatagaaa 34238947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 136 - 627
Target Start/End: Original strand, 42130234 - 42130725
Alignment:
Q  136 aagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctgga 235  Q
    |||| |||| |||||||||||| ||| |||||||   |||| |||| |||| ||||| | ||| | | |  | |||||||| || || ||||  ||||||    
T  42130234 aagatgtgtgaggttagaaaaatacataggaatttccccttcgaatgcacatcctgacaaatctatgattctaagagaagtgctacaactcaattctgga 42130333  T
Q  236 agttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctc 335  Q
    |||||||||| ||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||  |||||| |||||| |||||  |||| |       
T  42130334 agttggccttgaagttcatcattatatgacatatctagctcttgaatacttgctaaacaaataaggcttcttttcagttttccgcttaatcttgtgtaat 42130433  T
Q  336 taagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagacatgtctgtataatccaaaaacagctccct 435  Q
     |||||||||||| || | ||| |||||||| |||| ||||||    |||||||||||||||||  ||||||| |||||  | |||||||||||||| |     
T  42130434 gaagattaagagtgactaaagataaagattggttgaggagcaaagcaatggagtttggtcttattgaagacatatctgtggagtccaaaaacagctctcg 42130533  T
Q  436 taaacttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaacttatcattcccagcaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtcc 535  Q
    ||||  |||||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||| ||| | || |||  |||  ||||||||||||||||||||||| ||||      
T  42130534 taaatctgttgcattttgcaacagcctcttcaaggtagtctctttccaaattaagtcataattttcagagagatgaagtgattgtaatttggataggtga 42130633  T
Q  536 gagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactcataaacccgccaaacttagaatgaaaatg 627  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||  |||  || |  ||||||||| |||||||||||||||  ||| || | ||||||| ||||||||||    
T  42130634 gagatttgagttggaatttcaccttctaagttactatcagacaagtcaagatgtgtaagactctgaaatccacaaaacttataatgaaaatg 42130725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 130 - 630
Target Start/End: Complemental strand, 41712388 - 41711886
Alignment:
Q  130 ggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcata 229  Q
    ||||| |||| |||| ||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||  |||   |||||||| |||| || ||||||||| ||| |||||||      
T  41712388 ggaagtaagatgtgtgaggttcgaaaaatacaaaggaattggtccttggaattgacagtttgagagatgcaagttactgagagaagcactacagctcagt 41712289  T
Q  230 tctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttg 329  Q
    || ||||| |  |||| ||||| |  ||| |||||||||||||| |||||||| | |||||| || |||||| | ||||| |  ||||| |||||   ||    
T  41712288 tcaggaagcttaccttgaaggttgaaattttgtgacatatctagttcttgaatgcctggtaagcagagaatgttatttttaaggtttccgcttaatcctg 41712189  T
Q  330 tctctctaagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagacatgtctgtataatccaaaaacag 429  Q
    | |||  |||||||||||| |||| || | |||| |||||||||||||| |  |||||||||||| ||||  ||||||| ||||| | ||||||||| ||    
T  41712188 tatctgcaagattaagagtcaccaaagtggaagaatgattgaagagcaaatccatggagtttggttttattgaagacatatctgtgtcatccaaaaatag 41712089  T
Q  430 ctcccttaaactt--gttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaacttatcattcccagcaagatgaagtgattgtaatttgg 527  Q
     |  ||||||  |  ||||||||||||| ||| || || ||||| || |||||||||||||| | || ||||  ||  ||||||||||||||||||||||    
T  41712088 tttgcttaaatattagttgcgttttgcataagcctatttaaggtggtttctttccaaactaattcataattctgagagagatgaagtgattgtaatttgg 41711989  T
Q  528 aaaggtccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactcataaacccgccaaacttagaatgaaaatg 627  Q
    | ||||  |||||||||   ||||||||| ||| |||| ||| | |||||| ||| ||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  41711988 agaggtgtgagatttgaattggaatttcaccttcaaagtaactataagacatgtcaagatgtgcaagactcaaaaaccgaccaaacttagaatgaaaatg 41711889  T
Q  628 gga 630  Q
    |||    
T  41711888 gga 41711886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 88 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 41570658 - 41570120
Alignment:
Q  88 ggatggaattgaaccatttaggtggttccctgacagacgtagggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaa 187  Q
    |||||| ||||||||||| |||| |||| ||   |||| |||||||| || |  ||| |||||||| ||||| ||||||||||  |||| ||||  ||||    
T  41570658 ggatgggattgaaccattaaggttgttctctatgagacttagggaagtaaaatatgtgaggttagagaaagaaagaggaattggccctttgaatagacaa 41570559  T
Q  188 cctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttg 287  Q
      ||| ||||||||| |  | |||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||| |||    
T  41570558 tatgaaagatccaagattctaagagaagtgctacagctcaaatctggaagttgaccttcaaggttatcattctttgacatatctagctcttgaatatttg 41570459  T
Q  288 gtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctct-aagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaagtttatgg 386  Q
    |||||||||||||| | |||||| | |||||||||||   ||| ||| | |||| ||||| ||| || |||| |||||| |||||||| | | || |       
T  41570458 gtaaacaaagaatgttatttttccaatttccacttaatcctgt-tctttgaagactaagactaatcaaagaggaagatttattgaagatcgaattcaaca 41570360  T
Q  387 agtttggtcttatcaaagacatgtctgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtctctttccaaac 486  Q
    |||||||  | ||  ||| ||| ||||| | ||||||| | | |||    ||| |||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||      
T  41570359 agtttgggttgattgaagtcatatctgtttcatccaaatataactcttgcaaaattgttgcgttttgcacaagtctcttcaaagtggtttctttccaact 41570260  T
Q  487 taacttatcattcccagcaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgaga 586  Q
    |||||  |||||   || |||| ||||||||  |||||   ||||||  |||||||||| ||||| |||  ||||||||  ||| ||||||||||| |||    
T  41570259 taactcgtcatttttagaaagacgaagtgatgttaattgcaaaaggtatgagatttgaggaggaacttcgccttgaaagttacacgaagacaagtcaaga 41570160  T
Q  587 tgtgtaagactcataaacccgccaaacttagaatgaaaat 626  Q
    |||||||||||| |||| || ||||||| |||||| ||||    
T  41570159 tgtgtaagactcttaaatccaccaaactgagaatgcaaat 41570120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 262 - 498
Target Start/End: Original strand, 42118562 - 42118789
Alignment:
Q  262 tgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaa 361  Q
    |||||||||||||||||  || |||||||||||||| | |||  |||||| ||||||||||||   |||||||  ||||||||||||||||| |||| ||    
T  42118562 tgacatatctagctcttccatgcttggtaaacaaagtaggcttcttttcagttttccacttaatcctgtctctgcaagattaagagtaaccaaagaggaa 42118661  T
Q  362 gattgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagac----atgtctgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcaca 457  Q
    ||||| |||||             ||||||||||||||  |||||    || | ||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||| ||||| |||    
T  42118662 gattggttgaa-------------gagtttggtcttattgaagacatatatatttgtattatccaaaaacatctccctcaaatttgttgcattttgaaca 42118748  T
Q  458 agtctcttcaaggtagtctctttccaaactaacttatcatt 498  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  42118749 aatctcttcaaggtcgtctctttccaaactaattcatcatt 42118789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 516 - 625
Target Start/End: Original strand, 42118787 - 42118897
Alignment:
Q  516 attgtaatttggaaaggtccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaa-caagaagacaagtcgagatgtgtaagactcataaacccgccaaact 614  Q
    ||||||||||||| | ||  ||||||||||  ||||||||| ||| ||||||| | |  ||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||    
T  42118787 attgtaatttggataagtgtgagatttgagttggaatttcacctttaaagaaaactatgagacaagtcaagatgtgtaagactcaaaaaaccaccaaact 42118886  T
Q  615 tagaatgaaaa 625  Q
    |||||||||||    
T  42118887 tagaatgaaaa 42118897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 122 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 34239318 - 34239225
Alignment:
Q  122 agacgtagggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaag 215  Q
    |||| |||| ||| ||||||||| ||||| || |||||  ||||||| |  ||||||| | ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||    
T  34239318 agacttaggaaagtaagacgtgtgaggttggagaaagatggaggaataggcccttggagttcacaatctgtgagatccaaggaaatgagagaag 34239225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 142 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 25521619 - 25521110
Alignment:
Q  142 tgtaaggttagaaaaagacagag---gaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctggaagt 238  Q
    |||||||||||||||||||| ||   |||||   |||| |||||||||| |||| | ||||||  |  | |||||||| || |||||||  || ||||||    
T  25521619 tgtaaggttagaaaaagacatagtaggaatttccccttcgaatccacaagctgacaaatccaatattctaagagaagtgctacagctcaattccggaagt 25521520  T
Q  239 tggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctctaa 338  Q
    ||||||| ||| |  ||||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||   |||   | |||    
T  25521519 tggccttgaagttcatcattaaatgacatatctatttcttgaatacttggtaaacaaagaatgctccttttgaattttcctcttaatcctgttgatttaa 25521420  T
Q  339 gattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagacatgtctgtataatccaaaaacagctcccttaa 438  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||||| ||||| |||||    |||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||| ||||  |||    
T  25521419 gatttagagtaaccaaagaggaagattggttgaaaagcaaagcaatggagtttggtcttatagaagacatatttgtataatccaaaaacaactcctgtaa 25521320  T
Q  439 acttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaa--cttatc----attcccagcaagatgaagtgattgtaatttggaaagg 532  Q
    | ||||||| ||||||| ||| ||||| ||| | |||||||||||||||||  | || |    || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25521319 atttgttgcattttgcaaaagcctctttaagatggtctctttccaaactaaaacataaccaaaatacccagaaagatgaagtgattgtaatttggaaagg 25521220  T
Q  533 tccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactcataaacccgccaaacttagaatgaaaatgggaac 632  Q
    |  ||||||||||  ||||||| | ||| |||||||| |  ||||||||  |||||||||||||||  |||||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  25521219 tgtgagatttgagttggaattttacctttaaagaaactaccagacaagtaaagatgtgtaagactctgaaacccaccaaacttagcatgaaaatgggagc 25521120  T
Q  633 cagagaaatc 642  Q
    ||| ||||||    
T  25521119 cagtgaaatc 25521110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 141 - 642
Target Start/End: Original strand, 8524463 - 8524970
Alignment:
Q  141 gtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctggaagttg 240  Q
    |||| ||||||||||||||||  ||||||   || ||||||  ||||  ||| ||||||||| |  | ||||||||  |||| || |  |||||||||||    
T  8524463 gtgttaggttagaaaaagacattggaatttccccatggaattgacaatttgacagatccaagattctaagagaagtgttgcaacttaattctggaagttg 8524562  T
Q  241 gccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctctaaga 340  Q
    ||||| ||| |  ||||||  |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||  |||||| |||||| |||||  ||||||||  ||||    
T  8524563 gccttgaagttcatcattaaatgacatatctagttcttgaatacctggtaaacaaagaaggcttcttttcagttttccgcttaatcttgtctctgcaaga 8524662  T
Q  341 ttaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagacatgtctgtataatccaaaaacagctcccttaaac 440  Q
    |||||||| |||| |||| ||||||| ||||| |||||    ||||||||||||||||   ||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| ||      
T  8524663 ttaagagtgaccaaagaggaagattggttgaatagcaaagcaatggagtttggtcttaatgaagacaaatctgtatcatccaaaaacaactccctcaagt 8524762  T
Q  441 ttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaactt------atcattcccagcaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtc 534  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||      || |  |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||     
T  8524763 ttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtgctctctttccaaactaaattgtattgataagacccagagagatgaagtgattgtaatttgcaaaggtg 8524862  T
Q  535 cgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaagactcataaacccgccaaacttagaatgaaaatgggaacca 634  Q
     ||||||||||  ||||||||| ||| || | ||| |  ||||||||| |||||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||  || |||    
T  8524863 tgagatttgagttggaatttcacctttaaggtaactatgagacaagtcaagatgtgtgagactcaaaaacccaccaaactttgaatgaaaataagagcca 8524962  T
Q  635 gagaaatc 642  Q
    ||||||||    
T  8524963 gagaaatc 8524970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 136; Significance: 1e-70; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 95 - 630
Target Start/End: Original strand, 12249789 - 12250324
Alignment:
Q  95 attgaaccatttaggtggttccctgacagacgtagggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatccttggaatccacaacctgaga 194  Q
    ||||||||||| || |||||  |||| |||| || ||||  |||| |||| | ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  12249789 attgaaccattaagttggttttctgagagacttatggaattaagatgtgtgaagttagaaaaggacagaggaattggcccttggaatccacaatctgaga 12249888  T
Q  195 gatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctcttgaatacttggtaaaca 294  Q
    |||| |||||| ||||| ||| | |||| ||||  || ||||| | ||||| ||||| |  ||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  12249889 gatctaaggtagtgagaaaagcattgcaactcaattcaggaagctcgccttgaaggtaggaattctctgacatgtctagctcttgaatacttggcaaaca 12249988  T
Q  295 aagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagcaagtttatggagtttggt 394  Q
    ||||    ||||||| ||||||||||||||   |||   | |||||||||||||||||| | || |||||| ||||||||| || |||||||||||| ||    
T  12249989 aagagcattcttttttaattttccacttaattctgttgatttaagattaagagtaaccaaataggaagatttattgaagagaaaatttatggagtttagt 12250088  T
Q  395 cttatcaaagacatgtctgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtctctttccaaactaacttat 494  Q
    |||||  ||||||||| ||| | ||  ||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||  |||||||| || || ||   ||||| ||| | |     
T  12250089 cttattgaagacatgtttgtttgatttaaaaatagctccctcaaatttgttgcattttgcacaaacctcttcaacgtggtttccccccaaattaaatcaa 12250188  T
Q  495 cattcccagcaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaagacaagtcgagatgtgtaag 594  Q
     |||| | |  ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||  |||| |||| ||| |||||||| |  ||||||||| |||||||||||    
T  12250189 aattctcggagagatgaagtgattctaatttggaaaggtgtgagatttgagttggaacttcacctttaaagaaactattagacaagtcaagatgtgtaag 12250288  T
Q  595 actcataaacccgccaaacttagaatgaaaatggga 630  Q
    | | |  || || |||||||||||||||||||||||    
T  12250289 attaaagaatccaccaaacttagaatgaaaatggga 12250324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 99; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 77 - 625
Target Start/End: Original strand, 11119727 - 11120272
Alignment:
Q  77 gttaaaattgtggatggaattgaaccatttaggtggttccctgacagacgtagggaagcaagacgtgtaaggttagaaaaagacagaggaattgatcctt 176  Q
    ||||||| || |||||| |||||||| |||||| |||| | ||| |||  ||  || | |||| |||  |||||||||||||| | |||||||   ||||    
T  11119727 gttaaaagtgaggatgggattgaaccgtttaggcggttacttgagagaattaaagaggtaagatgtgcgaggttagaaaaagaaataggaattttccctt 11119826  T
Q  177 ggaatccacaacctgagagatccaaggtaatgagagaagtactgcagctcatatctggaagttggccttcaaggtggtcattatgtgacatatctagctc 276  Q
    |||||  |||| |||| ||||| ||| |  | |||||| | ||||| ||||  ||||||||||||||||||| || |  |||||  ||||||| ||||||    
T  11119827 ggaattgacaaactgacagatctaagattctaagagaaatgctgcaactcaattctggaagttggccttcaaagttgggattatccgacatatatagctc 11119926  T
Q  277 ttgaatacttggtaaacaaagaatgctctttttcaattttccacttaaggttgtctctctaagattaagagtaaccagagagaaagattgattgaagagc 376  Q
    ||||||||||||||||||||||| | | |||||||| || ||||||||    ||  || ||||| ||||  |||||| |||| ||||||| |||||||||    
T  11119927 ttgaatacttggtaaacaaagaaagttatttttcaagttcccacttaattcagttgctttaagactaagtataaccaaagaggaagattggttgaagagc 11120026  T
Q  377 aagtttatggagtttggtcttatcaaagacatgtctgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgcacaagtctcttcaaggtagtct 476  Q
    ||    | |||||||||||||||  ||||||| |  ||   || ||||||||||||   ||||  |||||| |||||||  ||||| ||||||||  |||    
T  11120027 aaaggaaaggagtttggtcttattgaagacatattagttctatacaaaaacagctcttgtaaatctgttgcattttgcagcagtctgttcaaggtgatct 11120126  T
Q  477 ctttccaaactaacttatcattcccagcaagatgaagtgattgtaatttggaaaggtccgagatttgagaaggaatttcatcttgaaagaaacaagaaga 576  Q
    ||||| ||||||||   ||||||||||  |||| ||| ||||||||||||||||| |  ||||||||||  ||||||||| | | || |  || | ||||    
T  11120127 ctttcaaaactaac---tcattcccagagagataaagggattgtaatttggaaagatatgagatttgagttggaatttcaccataaatgttactataaga 11120223  T
Q  577 caagtcgagatgtgtaagactcataaacccgccaaacttagaatgaaaa 625  Q
    |||||  |||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||    
T  11120224 caagtaaagatgtgtaagactctgaaacccaccaaacttagaatgaaaa 11120272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 29; Significance: 0.000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 355 - 471
Target Start/End: Original strand, 15590822 - 15590938
Alignment:
Q  355 agagaaagattgattgaagagcaagtttatggagtttggtcttatcaaagacatgtctgtataatccaaaaacagctcccttaaacttgttgcgttttgc 454  Q
    |||| ||||||||||| ||| ||| || ||||  |||||| ||||  ||||||| | ||| | || |||||  |||| | ||||| ||||||| ||||||    
T  15590822 agaggaagattgattggagatcaaattgatgggttttggttttattgaagacatatttgtgtcatacaaaagtagctgctttaaatttgttgcattttgc 15590921  T
Q  455 acaagtctcttcaaggt 471  Q
    ||||| |||||||||||    
T  15590922 acaagcctcttcaaggt 15590938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University