View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11557A_low_388 (Length: 229)

Name: NF11557A_low_388
Description: NF11557A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11557A_low_388
NF11557A_low_388
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (1-223)||(33059080-33059302)
chr6 (1-223)||(33287059-33287281)
chr6 (1-223)||(31561150-31561372)
chr6 (6-223)||(33402131-33402348)
chr6 (1-223)||(33411470-33411692)
chr6 (1-223)||(33389589-33389811)
chr6 (1-222)||(9168289-9168513)
chr6 (17-223)||(33273309-33273515)
chr6 (22-223)||(33264166-33264367)
chr6 (1-223)||(33306003-33306225)
chr6 (1-223)||(33642943-33643165)
chr6 (108-223)||(28869219-28869334)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-223)||(17439169-17439391)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (22-223)||(8277-8478)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (109-207)||(31527936-31528034)
chr4 (151-207)||(31019327-31019383)
chr4 (151-207)||(31158776-31158832)
chr4 (143-207)||(31477454-31477518)
chr4 (8-200)||(31149882-31150071)
chr4 (151-207)||(31029208-31029264)
chr4 (152-203)||(31161187-31161238)
chr4 (8-52)||(31158928-31158972)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 223; Significance: 1e-123; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 33059302 - 33059080
Alignment:
Q  1 gcatgtattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33059302 gcatgtattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagat 33059203  T
Q  101 gagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33059202 gagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgt 33059103  T
Q  201 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  33059102 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 33059080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 33287281 - 33287059
Alignment:
Q  1 gcatgtattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagat 100  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33287281 gcatatattggaagagtatggagtggatgtagtctacaaagttccactcttggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagaa 33287182  T
Q  101 gagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgt 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| || |||||||  |||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33287181 gagaaaattattatgagaaattatgaaagtttggtatatgagatactggattatgctaatggtctaccgttagcaattaaagtattgggctcatttttgt 33287082  T
Q  201 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 223  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  33287081 ttggtcgtaatgtgacggaatgg 33287059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 31561150 - 31561372
Alignment:
Q  1 gcatgtattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagat 100  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||  |   ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31561150 gcatatattgaaagagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcaggccgagtctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagtt 31561249  T
Q  101 gagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgt 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  31561250 gagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcagatgagatactgaattatgctaaaggtctaccgctagcaattacagtattgggctcatttttgt 31561349  T
Q  201 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  31561350 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 31561372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 6 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 33402348 - 33402131
Alignment:
Q  6 tattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagatgagaa 105  Q
    ||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||  ||| ||| ||||||  ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33402348 tattgaaagagtatgaagtggacgtagtttacaaagttcaacttttgaattggaccgaatctcataagttattttgtcgaaaagctttcaaagctgagaa 33402249  T
Q  106 aattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| |  |||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  33402248 aattattatgagtaattatcaaaatttggcaaataagatattgaattatgctagtggtctaccacttgcaattaaagtattgggctcatttttgttcggt 33402149  T
Q  206 cgtaatgtgactgaatgg 223  Q
    ||||||||||||||||||    
T  33402148 cgtaatgtgactgaatgg 33402131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 33411692 - 33411470
Alignment:
Q  1 gcatgtattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagat 100  Q
    |||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||  || || | |  ||  || ||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  33411692 gcatatattgaaagagtacggagtggatgtagtttacaaagttccacttatgaatagtacagattcttacgagttattttgtcgaaaagctttcaaagtt 33411593  T
Q  101 gagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgt 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33411592 gagaaaattattatgagtgattatcaaaatttggcaaatgagatactagattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcatttttgt 33411493  T
Q  201 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 223  Q
    |||||| || |||| ||||||||    
T  33411492 ttggtcatagtgtggctgaatgg 33411470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 33389811 - 33389589
Alignment:
Q  1 gcatgtattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagat 100  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| || |||  ||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  33389811 gcatatattgaaagagtatggagtggacgtagtttacaaagttccacttttgaatcggaccgattctcacaagttattttgtcaaaaagctttcaaacat 33389712  T
Q  101 gagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgt 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    | |||||||   ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33389711 gagaaaattattatgagtagttaccaaaatttggattttgagatactgagttatgctaatggtcttccactagcaattaaagtattgggctcatttttgt 33389612  T
Q  201 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  33389611 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 33389589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 9168513 - 9168289
Alignment:
Q  1 gcatgtattgaaagcgtatggagt---ggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaa 97  Q
    |||| ||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||| |||| ||| ||  || |||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  9168513 gcatatattgaaagagtatggagtactggatgtagtttacaaagttccactcttgaatcagactgaatctcactagttattttatcgaaaagctttcaaa 9168414  T
Q  98 gatgagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttt 197  Q
      |||||||| |||||  ||||||||||||||||||| | || |||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  9168413 cttgagaaaactattagcagtaattatcaaaatttggcatatgagatacttaattatgcgaaaggtctaccattagcaattaaagtattgggctcatttt 9168314  T
Q  198 tgtttggtcgtaatgtgactgaatg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  9168313 tgtttggtcgtaatgtgactgaatg 9168289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 17 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 33273515 - 33273309
Alignment:
Q  17 tatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagatgagaaaattattatga 116  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||||  ||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||  ||||||| |||||||||    
T  33273515 tatggagtggatgcagtttacaaagttccacttttgaattggacagattctcacaagttattttgtcaaaaagctttcaaatttgagaaagttattatga 33273416  T
Q  117 gtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggtcgtaatgtgac 216  Q
    |||||||| |||| || |   || |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33273415 gtaattatgaaaacttagcgtatgagattctagattatgctaatggtctaccactagcaattatagtattgggctcatttttgtttggtcgtaatgtgac 33273316  T
Q  217 tgaatgg 223  Q
    |||||||    
T  33273315 tgaatgg 33273309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 106; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 22 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 33264367 - 33264166
Alignment:
Q  22 agtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagatgagaaaattattatgagtaat 121  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||  || |||||   |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33264367 agtggatgtagtttacaaagtcccacttctgaattgggccgaagctcacaagttattttgtagaaaagctttcaaagctgagaaaattattatgagtaat 33264268  T
Q  122 tatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggtcgtaatgtgactgaat 221  Q
    ||| ||||||||| | || ||||| |    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  33264267 tataaaaatttggcaaatgagatattgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtattgggttcatatttgtttggtcgtaatgtgactgaat 33264168  T
Q  222 gg 223  Q
    ||    
T  33264167 gg 33264166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 33306225 - 33306003
Alignment:
Q  1 gcatgtattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagat 100  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||  |   ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||  |    
T  33306225 gcatatattgaaggagtatggagtggatgtattttacaaagttccactcttgaatatggccgaatctcacaagttattttgtcgaaaagctttcaaactt 33306126  T
Q  101 gagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgt 200  Q
    ||||| |||||  || |||||||||||||||||| |||| ||||| |   ||||||||| |||||||| |||||||||| | |||||||||| |||||||    
T  33306125 gagaacattatattgggtaattatcaaaatttggcagatgagatattgagttatgctaatggtctacccctagcaattacaatattgggctcatttttgt 33306026  T
Q  201 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  33306025 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 33306003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 33642943 - 33643165
Alignment:
Q  1 gcatgtattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagat 100  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||  ||  ||| ||  || ||| |||||||||||||||||||||  |    
T  33642943 gcatatattgaaagtgtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaatcagacagaatcttgcaagttgttttgtcgaaaagctttcaaactt 33643042  T
Q  101 gagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgt 200  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| |  | |  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||    
T  33643043 gagaaaactattatgagtaattatcgaaagttggcatctgatgtactacgttatgctaatggtctaccactagcaattacaatattgagctcatttttgt 33643142  T
Q  201 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 223  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  33643143 ttggtcgtaatgtaactgaatgg 33643165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 108 - 223
Target Start/End: Original strand, 28869219 - 28869334
Alignment:
Q  108 ttattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggtcg 207  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| | ||  ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||  ||| | ||||||||||||    
T  28869219 ttatcatgagtaattatcaaaatttggcaaatgtgatactggattatgctaaaggtctaccgctagcaattacaatattgtactcatatttgtttggtcg 28869318  T
Q  208 taatgtgactgaatgg 223  Q
    ||||||||||||||||    
T  28869319 taatgtgactgaatgg 28869334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 123; Significance: 2e-63; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 17439169 - 17439391
Alignment:
Q  1 gcatgtattgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagat 100  Q
    |||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||  ||  || ||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  17439169 gcatatattgaaaaagtatggagtggatgtagtttacaaagttccacttttgaattggagagattcttacaagttattttgtcgaaaagctttcaaagtt 17439268  T
Q  101 gagaaaattattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgt 200  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  17439269 gagaacattattatgagtaattatcaaaatttggcaaatgagatactgagatatgctaatggtctaccactagcaattaaagtaatgggctcatttttgt 17439368  T
Q  201 ttggtcgtaatgtgactgaatgg 223  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  17439369 ttggttgtaatgtgactgaatgg 17439391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 22 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 8478 - 8277
Alignment:
Q  22 agtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagatgagaaaattattatgagtaat 121  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||| ||||  |||    
T  8478 agtggatgtagtttacaaagttccactgttggattggaccgagtctcacaagttattttgtcaaaaagctttcaaacttgagaaaattatcatgaaaaat 8379  T
Q  122 tatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggtcgtaatgtgactgaat 221  Q
    ||||||||||||| | || |||||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8378 tatcaaaatttggcatatgagatactgaattacgctaatggtctaccactagcaattacagtattgggctcatttttgtctggtcgtaatgtgactgaat 8279  T
Q  222 gg 223  Q
    ||    
T  8278 gg 8277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 109 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 31528034 - 31527936
Alignment:
Q  109 tattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggtcg 207  Q
    |||| ||||||||||| |  | |||||| || |||||||| |||||||||| ||  |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  31528034 tattttgagtaattatgacgagttggtatatgagatactaaattatgctaatggcttaccactagcgattaaagcattgggctcatttttgtttggtcg 31527936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 151 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 31019383 - 31019327
Alignment:
Q  151 ttatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggtcg 207  Q
    |||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31019383 ttatgccaatggcctaccactagcaattaaagtattgggctcatttttgtttggtcg 31019327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 151 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 31158832 - 31158776
Alignment:
Q  151 ttatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggtcg 207  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  31158832 ttatgctaatggtctaccgctagcaattaaagtattgggatcatttttgtttggtcg 31158776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 143 - 207
Target Start/End: Original strand, 31477454 - 31477518
Alignment:
Q  143 atactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggtcg 207  Q
    |||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  31477454 atactacattatgccaatggcctaccacttgcaattaaagtattgggttcatttttgtttggtcg 31477518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 31150071 - 31149882
Alignment:
Q  8 ttgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattggattggaatgaagctcacatgttattttgtcgaaaagctttcaaagatgagaaaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||  || || ||| |||  |||     |||||| |||||||||||||||||  |||  |      
T  31150071 ttgaaagagtatggagtggatgttgtttacaaagttccactcctgaatcggactgactctcttcaattatttagtcgaaaagctttcaaacttgatca-- 31149974  T
Q  108 ttattatgagtaattatcaaaatttggtagatcagatactacattatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgt 200  Q
     ||||||||||| |||| | || |||| |  | ||||||||   |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  31149973 -tattatgagtagttatgataagttggcatctgagatactaaggtatgctaatggcctacctctagcaattaaagtattaggctcgtttttgt 31149882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 151 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 31029264 - 31029208
Alignment:
Q  151 ttatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttggtcg 207  Q
    |||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  31029264 ttatgccaatggcctaccactagctattaaagtattgggctcatttttgtttggtcg 31029208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 152 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 31161238 - 31161187
Alignment:
Q  152 tatgctaaaggtctaccactagcaattaaagtattgggctcgtttttgtttg 203  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31161238 tatgctaatggcttaccactagcaattaaagtattgggctcttttttgtttg 31161187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 31158972 - 31158928
Alignment:
Q  8 ttgaaagcgtatggagtggatgtagtttacaaagtttcactattg 52  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||    
T  31158972 ttgaaagagtatggagttgatgtagtttacaaagttccactcttg 31158928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University