View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11557A_low_77 (Length: 356)

Name: NF11557A_low_77
Description: NF11557A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11557A_low_77
NF11557A_low_77
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (14-356)||(55292364-55292706)
chr3 (14-316)||(54973244-54973547)
chr3 (14-316)||(54975854-54976157)
chr3 (14-316)||(54978464-54978767)
chr3 (14-352)||(10554267-10554596)
chr3 (121-356)||(16799641-16799876)
chr3 (121-311)||(603698-603885)
chr3 (121-311)||(15010208-15010395)
chr3 (121-299)||(54046607-54046782)
chr3 (121-312)||(10989622-10989812)
chr3 (121-352)||(2035036-2035258)
chr3 (121-352)||(2038543-2038765)
chr3 (121-352)||(2042284-2042506)
chr3 (121-352)||(14038022-14038244)
chr3 (121-352)||(14041490-14041712)
chr3 (121-352)||(18958741-18958963)
chr3 (158-314)||(39230602-39230756)
chr3 (251-356)||(6805873-6805981)
chr3 (241-302)||(10834231-10834292)
chr3 (328-356)||(54973231-54973259)
chr3 (328-356)||(54975841-54975869)
chr3 (328-356)||(54978451-54978479)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (14-356)||(8522750-8523093)
chr6 (14-352)||(15686060-15686387)
chr6 (121-356)||(2287966-2288201)
chr6 (121-356)||(15539105-15539340)
chr6 (121-356)||(16829639-16829865)
chr6 (121-352)||(16812623-16812845)
chr6 (121-352)||(16102188-16102410)
chr6 (223-352)||(12595802-12595924)
chr6 (174-352)||(29492600-29492770)
chr6 (241-305)||(23838104-23838168)
chr6 (326-356)||(1590542-1590572)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (14-356)||(29325180-29325523)
chr5 (14-356)||(26495704-26496047)
chr5 (121-352)||(4397554-4397776)
chr5 (121-314)||(22758711-22758903)
chr5 (122-352)||(26361136-26361356)
chr5 (223-351)||(23693304-23693425)
chr5 (228-352)||(16256091-16256208)
chr5 (228-352)||(22589888-22590005)
chr5 (228-352)||(22593443-22593560)
chr5 (228-352)||(22596998-22597115)
chr5 (229-352)||(16259725-16259841)
chr5 (230-352)||(43121022-43121135)
chr5 (230-352)||(43124555-43124668)
chr5 (230-278)||(22880138-22880186)
chr5 (35-84)||(27869341-27869390)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (14-356)||(41791490-41791833)
chr4 (22-352)||(14698540-14698870)
chr4 (22-352)||(4170848-4171178)
chr4 (14-356)||(53387660-53387996)
chr4 (14-352)||(16278050-16278380)
chr4 (121-314)||(56115656-56115848)
chr4 (121-352)||(286935-287157)
chr4 (121-352)||(15280136-15280357)
chr4 (121-352)||(28382669-28382891)
chr4 (121-352)||(47126878-47127100)
chr4 (223-352)||(16359349-16359471)
chr4 (121-352)||(33848753-33848974)
chr4 (230-356)||(31117194-31117311)
chr4 (230-352)||(55502889-55503002)
chr4 (223-352)||(10313560-10313682)
chr4 (43-118)||(21189776-21189851)
chr4 (310-356)||(9388310-9388356)
chr4 (241-302)||(24047427-24047488)
chr4 (289-352)||(15242314-15242377)
chr4 (260-318)||(15448273-15448331)
chr4 (260-302)||(15990201-15990242)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (14-356)||(21239065-21239408)
chr2 (14-356)||(21241615-21241958)
chr2 (14-352)||(24504525-24504864)
chr2 (14-356)||(20591045-20591387)
chr2 (14-316)||(31503458-31503760)
chr2 (14-316)||(31506024-31506326)
chr2 (121-314)||(28348947-28349139)
chr2 (121-311)||(12627942-12628129)
chr2 (121-352)||(41684815-41685037)
chr2 (121-313)||(44620806-44620995)
chr2 (121-352)||(23339220-23339441)
chr2 (230-352)||(31755783-31755896)
chr2 (241-302)||(21073620-21073681)
chr2 (241-305)||(9241856-9241920)
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (14-356)||(16006236-16006579)
chr7 (22-352)||(21743252-21743582)
chr7 (14-356)||(8776181-8776521)
chr7 (14-356)||(17505727-17506063)
chr7 (14-356)||(17547151-17547487)
chr7 (119-352)||(38828070-38828302)
chr7 (121-316)||(35366101-35366293)
chr7 (121-352)||(13395517-13395739)
chr7 (121-352)||(48785158-48785380)
chr7 (216-313)||(21065304-21065400)
chr7 (121-313)||(13733586-13733774)
chr7 (230-352)||(124333-124446)
chr7 (119-278)||(4993397-4993555)
chr7 (251-356)||(709467-709572)
chr7 (260-351)||(12755568-12755659)
chr7 (251-302)||(14421882-14421933)
chr7 (251-302)||(41055564-41055615)
chr7 (251-302)||(47975822-47975873)
chr7 (241-302)||(11661204-11661265)
chr7 (260-317)||(14416355-14416412)
chr7 (260-317)||(39431767-39431824)
chr7 (260-356)||(44190789-44190888)
[»] scaffold0525 (2 HSPs)
scaffold0525 (14-356)||(8989-9332)
scaffold0525 (121-352)||(10927-11149)
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (14-356)||(45134865-45135208)
chr8 (25-352)||(6608224-6608551)
chr8 (14-316)||(7301022-7301322)
chr8 (121-314)||(363828-364020)
chr8 (121-352)||(24707859-24708082)
chr8 (18-122)||(21415190-21415294)
chr8 (121-314)||(44431901-44432093)
chr8 (121-313)||(22145439-22145628)
chr8 (121-314)||(22059443-22059633)
chr8 (230-356)||(17795239-17795356)
chr8 (230-352)||(17614764-17614879)
chr8 (121-278)||(28853862-28854018)
chr8 (121-237)||(10829505-10829619)
chr8 (260-317)||(18024576-18024633)
chr8 (328-356)||(7301307-7301335)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (14-316)||(20579321-20579626)
chr1 (119-352)||(2333021-2333253)
chr1 (121-314)||(294075-294267)
chr1 (121-352)||(20631161-20631383)
chr1 (121-352)||(37358317-37358538)
chr1 (121-352)||(36181420-36181642)
chr1 (121-299)||(24087311-24087485)
chr1 (223-313)||(14432506-14432595)
chr1 (228-352)||(22900409-22900526)
chr1 (121-352)||(45307136-45307357)
chr1 (151-278)||(296431-296558)
chr1 (241-302)||(28312446-28312507)
chr1 (251-302)||(20438131-20438182)
chr1 (260-314)||(16400803-16400857)
chr1 (328-356)||(20579308-20579336)
chr1 (328-356)||(20587001-20587029)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (121-314)||(8548-8740)
[»] scaffold0109 (1 HSPs)
scaffold0109 (122-314)||(2379-2570)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (121-314)||(137815-138007)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (18-118)||(1911-2011)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (122-282)||(162355-162515)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (127-313)||(134027-134209)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (223-352)||(1545-1667)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (230-352)||(33012-33125)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (230-352)||(81687-81800)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (260-314)||(8193-8247)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (241-287)||(132864-132910)
[»] scaffold0337 (1 HSPs)
scaffold0337 (241-302)||(9847-9908)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 55292364 - 55292706
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55292364 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 55292463  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  55292464 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 55292563  T
Q  214 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55292564 aggttgcaagttgtcgttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttg 55292663  T
Q  314 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292664 tcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 55292706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 14 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 54973547 - 54973244
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  54973547 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 54973448  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54973447 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 54973348  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  54973347 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgta 54973248  T
Q  313 gttg 316  Q
    ||||    
T  54973247 gttg 54973244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 14 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 54976157 - 54975854
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  54976157 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 54976058  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54976057 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 54975958  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  54975957 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgta 54975858  T
Q  313 gttg 316  Q
    ||||    
T  54975857 gttg 54975854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 14 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 54978767 - 54978464
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  54978767 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 54978668  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  54978667 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 54978568  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  54978567 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgta 54978468  T
Q  313 gttg 316  Q
    ||||    
T  54978467 gttg 54978464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 14 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 10554596 - 10554267
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  10554596 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttat 10554497  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10554496 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatggataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 10554397  T
Q  214 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||    
T  10554396 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttg 10554306  T
Q  314 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  10554305 tcgttgcctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatg 10554267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 121 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 16799876 - 16799641
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799876 tgttgttgttgattgaatatgatttgatgttgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 16799777  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799776 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttaaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 16799677  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799676 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 16799641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 121 - 311
Target Start/End: Original strand, 603698 - 603885
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| || |||| ||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  603698 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgcaggtttatgcttaactgcattcaattagaatatataaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 603795  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 311  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  603796 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 603885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 121 - 311
Target Start/End: Original strand, 15010208 - 15010395
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| |||     
T  15010208 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgatggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttga 15010305  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 311  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  15010306 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 15010395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 121 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 54046782 - 54046607
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  54046782 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgttggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 54046685  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 299  Q
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  54046684 gagttgtcgttctaagtaacggagtcatagtttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 54046607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 121 - 312
Target Start/End: Original strand, 10989622 - 10989812
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 219  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  10989622 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgttgatttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 10989720  T
Q  220 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  10989721 caagttgtcgttctaagtaaaggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgtt 10989812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Original strand, 2035036 - 2035258
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2035036 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2035133  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2035134 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2035226  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2035227 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 2035258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Original strand, 2038543 - 2038765
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2038543 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2038640  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2038641 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2038733  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2038734 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 2038765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Original strand, 2042284 - 2042506
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  2042284 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2042381  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2042382 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2042474  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2042475 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 2042506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 14038244 - 14038022
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  14038244 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14038147  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  14038146 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 14038054  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14038053 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 14038022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 14041712 - 14041490
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  14041712 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14041615  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  14041614 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 14041522  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14041521 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 14041490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 18958963 - 18958741
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || |||| | ||| |||| | ||| ||||||||||| || | ||||| |||||| |||  |||||||| | ||    
T  18958963 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgatcgctggattatacttaattgcattcaattagaatgtacaatatgttggttcgagttgtaag-tggc 18958866  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  18958865 gagttgtcgttctaagtaacgtagttataggttgttgatgttgatctagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 18958773  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  18958772 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 18958741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 158 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 39230756 - 39230602
Alignment:
Q  158 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttg 257  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39230756 tggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 39230658  T
Q  258 gtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
     |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  39230657 atgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttgt 39230602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 251 - 356
Target Start/End: Original strand, 6805873 - 6805981
Alignment:
Q  251 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt---tacctatattgtcgttgtcgtagttgagtt 347  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||| ||| ||| |||| |||||   |  ||| ||||||||||  || | ||||||    
T  6805873 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcatagttgttgtcgtcgttgtcgttgtctacattgtcgttgatgttgctgagtt 6805972  T
Q  348 gtatgttga 356  Q
    |||||||||    
T  6805973 gtatgttga 6805981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 302
Target Start/End: Original strand, 10834231 - 10834292
Alignment:
Q  241 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 302  Q
    |||||| || ||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  10834231 ggagtcttaagttgttgatgtcgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 10834292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 328 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 54973259 - 54973231
Alignment:
Q  328 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973259 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 54973231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 328 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 54975869 - 54975841
Alignment:
Q  328 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54975869 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 54975841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 328 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 54978479 - 54978451
Alignment:
Q  328 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978479 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 54978451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 8523093 - 8522750
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  8523093 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 8522994  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8522993 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 8522894  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8522893 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 8522794  T
Q  313 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522793 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 8522750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 14 - 352
Target Start/End: Original strand, 15686060 - 15686387
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  15686060 gatgaacaaatgaggatatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattgctgttgtctcgctgcttat 15686159  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||    
T  15686160 tattatatgttgctgttgattgaat-----ttgctgctgattgttggtttatgcataaacgcattcaattggattatacaagatgttggtgccggttgta 15686254  T
Q  214 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      | ||||    
T  15686255 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcctaggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacag------ttgttg 15686348  T
Q  314 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15686349 tagttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 15686387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 121 - 356
Target Start/End: Original strand, 2287966 - 2288201
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2287966 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 2288065  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288066 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 2288165  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288166 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 2288201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 121 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 15539340 - 15539105
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15539340 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttagtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 15539241  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
    | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15539240 aagttgtcgttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgacgaagttggggagtaagtgataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttac 15539141  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15539140 ctatgttgtcgttgtcgtagttgtgttgtatgttga 15539105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 121 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 16829865 - 16829639
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  16829865 tgttgatgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16829768  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||      ||||||||||| |    
T  16829767 tagttgtcgttataagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtgat-agttattgtgcacag------tcgttgttgttgc 16829675  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16829674 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 16829639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 16812845 - 16812623
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || ||| ||||||||||| | ||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  16812845 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgaatgttggtttatacttaactgtattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16812748  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||      |||||||| ||| |    
T  16812747 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcaca------atcgttgtcgttgc 16812655  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  16812654 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttttatg 16812623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 16102410 - 16102188
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  16102410 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 16102313  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  16102312 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 16102220  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  16102219 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 16102188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 223 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 12595924 - 12595802
Alignment:
Q  223 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 322  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  12595924 gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 12595832  T
Q  323 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  12595831 atgttgtcgttgtcgtagttgaggtgtatg 12595802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 174 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 29492770 - 29492600
Alignment:
Q  174 gcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttgg 273  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| | ||| ||||||||| |||   | || |||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||    
T  29492770 gcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgggttgtaag-ttgtgagatgtcgttataagtaacggagtcataagttgttgacgttgaccaagttgg 29492672  T
Q  274 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    ||||| |||| | ||| ||| ||||| |||||| ||||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  29492671 ggagtgagtcgt-agtcattgtgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 29492600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 23838168 - 23838104
Alignment:
Q  241 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 305  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  23838168 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 23838104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 326 - 356
Target Start/End: Original strand, 1590542 - 1590572
Alignment:
Q  326 ttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1590542 ttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 1590572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 288; Significance: 1e-161; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 29325180 - 29325523
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  29325180 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 29325279  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29325280 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 29325379  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29325380 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 29325479  T
Q  313 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325480 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 29325523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 26496047 - 26495704
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  26496047 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgtaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 26495948  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  26495947 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 26495848  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26495847 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 26495748  T
Q  313 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26495747 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 26495704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 4397776 - 4397554
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||||||| |||     
T  4397776 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattcgaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 4397679  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  4397678 gagttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 4397586  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4397585 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 4397554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Original strand, 22758711 - 22758903
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 219  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  22758711 tgttgctattgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 22758809  T
Q  220 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  22758810 caagttgtcgttctaagtaatggagtcaaaggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 22758903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 122 - 352
Target Start/End: Original strand, 26361136 - 26361356
Alignment:
Q  122 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgca 221  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||      
T  26361136 gttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtg 26361232  T
Q  222 cgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacc 321  Q
     |||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||| |||||| ||||||      ||    
T  26361233 agttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagttat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------cc 26361325  T
Q  322 tatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  26361326 tatgttgtcgttgccgtagttgagttgtatg 26361356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 223 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 23693425 - 23693304
Alignment:
Q  223 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 322  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  23693425 gttgtcgttctaagtaacaaagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 23693333  T
Q  323 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtat 351  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23693332 atattgtcgctgtcgtagttgagttgtat 23693304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 228 - 352
Target Start/End: Original strand, 16256091 - 16256208
Alignment:
Q  228 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 327  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  16256091 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 16256183  T
Q  328 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  16256184 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 16256208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 228 - 352
Target Start/End: Original strand, 22589888 - 22590005
Alignment:
Q  228 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 327  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22589888 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22589980  T
Q  328 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22589981 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22590005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 228 - 352
Target Start/End: Original strand, 22593443 - 22593560
Alignment:
Q  228 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 327  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22593443 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22593535  T
Q  328 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22593536 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22593560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 228 - 352
Target Start/End: Original strand, 22596998 - 22597115
Alignment:
Q  228 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 327  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22596998 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22597090  T
Q  328 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22597091 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22597115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 229 - 352
Target Start/End: Original strand, 16259725 - 16259841
Alignment:
Q  229 gttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattg 328  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| |||    
T  16259725 gttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttg 16259817  T
Q  329 tcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  16259818 tcgttgtcgtagttgagttgtatg 16259841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 230 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 43121135 - 43121022
Alignment:
Q  230 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  43121135 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 43121045  T
Q  330 cgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  43121044 tgttgtcgtagttgagttgtatg 43121022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 230 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 43124668 - 43124555
Alignment:
Q  230 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  43124668 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 43124578  T
Q  330 cgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  43124577 tgttgtcgtagttgagttgtatg 43124555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 230 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 22880186 - 22880138
Alignment:
Q  230 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 278  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22880186 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 22880138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 35 - 84
Target Start/End: Original strand, 27869341 - 27869390
Alignment:
Q  35 ttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatg 84  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  27869341 ttatatatcatgaaagatgttgatatgagttacacttgttgtatatgatg 27869390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 41791833 - 41791490
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  41791833 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 41791734  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41791733 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 41791634  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  41791633 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaggttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 41791534  T
Q  313 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791533 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 41791490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 14698870 - 14698540
Alignment:
Q  22 aatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttattattatat 121  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||    
T  14698870 aatgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatat 14698771  T
Q  122 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgca 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14698770 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgca 14698671  T
Q  222 cgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacc 321  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  14698670 agttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcc 14698571  T
Q  322 tatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14698570 tatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 14698540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 4171178 - 4170848
Alignment:
Q  22 aatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttattattatat 121  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||    
T  4171178 aatgaggggatagttatataatatgaaaaatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatat 4171079  T
Q  122 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgca 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4171078 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgca 4170979  T
Q  222 cgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacc 321  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  4170978 agttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcc 4170879  T
Q  322 tatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4170878 tatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 4170848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 53387660 - 53387996
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |    
T  53387660 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgt 53387759  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53387760 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatgcatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 53387859  T
Q  214 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  53387860 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagaggatgttgatgttggccaagttggggagtgagtcataagttattatgcacagtcgatgtcgttg 53387959  T
Q  314 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
          ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53387960 ------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 53387996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 14 - 352
Target Start/End: Original strand, 16278050 - 16278380
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |    
T  16278050 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgtttatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgt 16278149  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16278150 tattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 16278249  T
Q  214 aggttgcacgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    |||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||| ||     ||||||    
T  16278250 aggttgcaagttgtcgtttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgca-ag-----atcgtt 16278340  T
Q  313 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    || ||| ||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  16278341 gtcgttgcctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatg 16278380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Original strand, 56115656 - 56115848
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 219  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  56115656 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 56115754  T
Q  220 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  56115755 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 56115848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 287157 - 286935
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  287157 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 287060  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  287059 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 286967  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  286966 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 286935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Original strand, 15280136 - 15280357
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  15280136 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 15280232  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  15280233 gagttgtcgttataagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 15280325  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15280326 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 15280357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 28382891 - 28382669
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  28382891 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 28382794  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  28382793 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 28382701  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  28382700 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 28382669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Original strand, 47126878 - 47127100
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  47126878 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 47126975  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  47126976 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggagagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 47127068  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  47127069 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 47127100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 223 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 16359471 - 16359349
Alignment:
Q  223 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 322  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |||    
T  16359471 gttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------cct 16359379  T
Q  323 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  16359378 atgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 16359349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 33848974 - 33848753
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | |  |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||    
T  33848974 tgttgctgtttattgattatgatt-gttaatgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggc 33848877  T
Q  221 acgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 319  Q
      |||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  33848876 gagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 33848786  T
Q  320 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  33848785 cctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatg 33848753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 230 - 356
Target Start/End: Original strand, 31117194 - 31117311
Alignment:
Q  230 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  31117194 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 31117284  T
Q  330 cgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
     ||||||||||||||||||||||||||    
T  31117285 tgttgtcgtagttgagttgtatgttga 31117311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 230 - 352
Target Start/End: Original strand, 55502889 - 55503002
Alignment:
Q  230 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  55502889 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 55502979  T
Q  330 cgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  55502980 tgttgtcgtagttgagttgtatg 55503002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 223 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 10313682 - 10313560
Alignment:
Q  223 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 322  Q
    |||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||| |      ||||||||||| |||    
T  10313682 gttgtcgttctaagcaacgaagtcataggttgttgatgttgaccaagttgaggagtgagtcat-agttattatacacgg------tcgttgttgttgcct 10313590  T
Q  323 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    || |||||| |||||||||||| |||||||    
T  10313589 atgttgtcgctgtcgtagttgaattgtatg 10313560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 43 - 118
Target Start/End: Original strand, 21189776 - 21189851
Alignment:
Q  43 tatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttattatta 118  Q
    |||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||| |||| || || ||||||||||||||    
T  21189776 tatgaaagatgttgatatcagttatacttgttgtatatgatgattattattgttggtgacttgctgcttattatta 21189851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 310 - 356
Target Start/End: Original strand, 9388310 - 9388356
Alignment:
Q  310 gttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9388310 gttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 9388356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 241 - 302
Target Start/End: Original strand, 24047427 - 24047488
Alignment:
Q  241 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 302  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  24047427 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 24047488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 289 - 352
Target Start/End: Original strand, 15242314 - 15242377
Alignment:
Q  289 ttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| ||||| ||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  15242314 ttatgatgcaaagttgttgtcgttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttatatg 15242377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 260 - 318
Target Start/End: Original strand, 15448273 - 15448331
Alignment:
Q  260 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 318  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| | |||||||||    
T  15448273 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgttgttgttgtt 15448331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 260 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 15990242 - 15990201
Alignment:
Q  260 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 302  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15990242 gttgaccaagttgtggagtaagtcataa-ttattatgcacagt 15990201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 284; Significance: 1e-159; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21239065 - 21239408
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  21239065 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 21239164  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21239165 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 21239264  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21239265 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 21239364  T
Q  313 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239365 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 21239408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 21241615 - 21241958
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  21241615 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 21241714  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21241715 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 21241814  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  21241815 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 21241914  T
Q  313 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241915 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 21241958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 14 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 24504864 - 24504525
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  24504864 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 24504765  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  24504764 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 24504665  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24504664 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 24504565  T
Q  313 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24504564 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 24504525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 20591045 - 20591387
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |    
T  20591045 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagattttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgt 20591144  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  20591145 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggtttaggttgta 20591244  T
Q  214 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    ||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20591245 aggctgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttg 20591344  T
Q  314 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
        |    |  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20591345 aaaatgaaaaagttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 20591387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 31503760 - 31503458
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |    
T  31503760 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgt 31503661  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||    
T  31503660 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgta 31503561  T
Q  214 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  31503560 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtag 31503461  T
Q  314 ttg 316  Q
    |||    
T  31503460 ttg 31503458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 14 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 31506326 - 31506024
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |    
T  31506326 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgt 31506227  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||    
T  31506226 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgta 31506127  T
Q  214 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  31506126 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtag 31506027  T
Q  314 ttg 316  Q
    |||    
T  31506026 ttg 31506024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 28349139 - 28348947
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta-aggttg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||| | ||||    
T  28349139 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtagaagttg 28349041  T
Q  220 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  28349040 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 28348947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 121 - 311
Target Start/End: Original strand, 12627942 - 12628129
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| ||||| |||  |||||||| ||||    
T  12627942 tgttgttgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaactgcattcaattagaacatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 12628039  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 311  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  12628040 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 12628129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Original strand, 41684815 - 41685037
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| | ||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  41684815 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactacattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 41684912  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  41684913 gagttgtcgttctaggtaacggagtcataggttgttgacgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 41685005  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41685006 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 41685037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 121 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 44620995 - 44620806
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  44620995 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 44620898  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  44620897 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 44620806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Original strand, 23339220 - 23339441
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | |  |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||    
T  23339220 tgttgctgtttattgattatgatt-gttaatgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggc 23339317  T
Q  221 acgttgacg-ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 319  Q
      |||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  23339318 gagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 23339408  T
Q  320 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  23339409 cctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatg 23339441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 230 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 31755896 - 31755783
Alignment:
Q  230 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  31755896 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 31755806  T
Q  330 cgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
      |||||||||||||||||||||    
T  31755805 tattgtcgtagttgagttgtatg 31755783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 241 - 302
Target Start/End: Original strand, 21073620 - 21073681
Alignment:
Q  241 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 302  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  21073620 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 21073681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 241 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 9241920 - 9241856
Alignment:
Q  241 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 305  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  9241920 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 9241856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 16006579 - 16006236
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||    
T  16006579 gatgaacaaatgaggagataattatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgtagtctcgctgcttat 16006480  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  16006479 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 16006380  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16006379 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataagttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 16006280  T
Q  313 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006279 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 16006236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 22 - 352
Target Start/End: Original strand, 21743252 - 21743582
Alignment:
Q  22 aatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttattattatat 121  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||||    
T  21743252 aatgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatat 21743351  T
Q  122 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgca 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  21743352 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgca 21743451  T
Q  222 cgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacc 321  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  21743452 agttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcc 21743551  T
Q  322 tatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21743552 tatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 21743582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 8776521 - 8776181
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  8776521 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttaatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 8776422  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    |||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || |||    
T  8776421 tattatatgttgttga--attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggta 8776324  T
Q  214 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  8776323 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattattcacagtcgttgtcgttg 8776224  T
Q  314 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    ||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776223 ttgttgcctacgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 8776181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 17505727 - 17506063
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |    
T  17505727 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgt 17505826  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17505827 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 17505926  T
Q  214 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  17505927 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcataagttattctgcacagtcgttgtcgttg 17506026  T
Q  314 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
          ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17506027 ------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 17506063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 17547487 - 17547151
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |    
T  17547487 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgt 17547388  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17547387 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta 17547288  T
Q  214 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  17547287 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcataagttattctgcacagtcgttgtcgttg 17547188  T
Q  314 ttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
          ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547187 ------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 17547151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 119 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 38828302 - 38828070
Alignment:
Q  119 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 218  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||| ||| | |||  ||||||| |||    
T  38828302 tatgttgctattgattgaatatgatttgttgctgactgctggtttgtgcatagctgcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgagttgtaaagtt 38828203  T
Q  219 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 318  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||| |||    
T  38828202 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaccatcgttgtggttgtcgtt 38828104  T
Q  319 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
     || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  38828103 gcccatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 38828070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 121 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 35366293 - 35366101
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| ||||| |||  |||||||| ||      
T  35366293 tgttgctgttgattgaatatgatt-gttgatgattgctggtttatgcttaattgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaagttttg 35366195  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 316  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  35366194 a-gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 35366101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Original strand, 13395517 - 13395739
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  13395517 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 13395614  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  13395615 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 13395707  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13395708 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 13395739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 48785380 - 48785158
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  48785380 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 48785283  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  48785282 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 48785190  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  48785189 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 48785158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 216 - 313
Target Start/End: Original strand, 21065304 - 21065400
Alignment:
Q  216 gttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  21065304 gttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttg 21065400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 121 - 313
Target Start/End: Original strand, 13733586 - 13733774
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  13733586 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 13733682  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  13733683 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg 13733774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 230 - 352
Target Start/End: Original strand, 124333 - 124446
Alignment:
Q  230 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || |||||| ||||    
T  124333 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcacctatgttgt 124423  T
Q  330 cgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  124424 tgttgtcgtagttgagttgtatg 124446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 119 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 4993555 - 4993397
Alignment:
Q  119 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 218  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| |     
T  4993555 tatgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgatggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tg 4993458  T
Q  219 gcacgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 278  Q
    ||  |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4993457 gcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 4993397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 251 - 356
Target Start/End: Original strand, 709467 - 709572
Alignment:
Q  251 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgta 350  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| | ||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||    
T  709467 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgttgttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgta 709566  T
Q  351 tgttga 356  Q
    ||||||    
T  709567 tgttga 709572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 260 - 351
Target Start/End: Original strand, 12755568 - 12755659
Alignment:
Q  260 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtat 351  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| || |||| |||  |||  |||||||||  || ||||||||||||    
T  12755568 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcattgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgttgagttgtat 12755659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 251 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 14421933 - 14421882
Alignment:
Q  251 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 302  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  14421933 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 14421882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 251 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 41055615 - 41055564
Alignment:
Q  251 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 302  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  41055615 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 41055564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 251 - 302
Target Start/End: Original strand, 47975822 - 47975873
Alignment:
Q  251 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 302  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  47975822 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 47975873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 241 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 11661265 - 11661204
Alignment:
Q  241 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttatt-atgcacagt 302  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  11661265 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcata-gttatttatgcacagt 11661204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 317
Target Start/End: Original strand, 14416355 - 14416412
Alignment:
Q  260 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 317  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  14416355 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 14416412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 317
Target Start/End: Original strand, 39431767 - 39431824
Alignment:
Q  260 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 317  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  39431767 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 39431824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 356
Target Start/End: Original strand, 44190789 - 44190888
Alignment:
Q  260 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca---gtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||   |||||| ||||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||||||||    
T  44190789 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgtcgttgtcgttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgtatgttga 44190888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 2)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 9332 - 8989
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  9332 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 9233  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    | |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9232 tgttatatgttgttgttgaattgaatatgattcgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgt 9133  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9132 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaactgagtcataggttgttgatgttgaccatgttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 9033  T
Q  313 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9032 gttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 8989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Original strand, 10927 - 11149
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||| ||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  10927 tgttactgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 11024  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||| |      |    
T  11025 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgtcg------c 11117  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  11118 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 11149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 14 - 356
Target Start/End: Original strand, 45134865 - 45135208
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  45134865 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttat 45134964  T
Q  114 tattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt 212  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||    
T  45134965 tattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggt 45135064  T
Q  213 aaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 312  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45135065 aaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgggaagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtt 45135164  T
Q  313 gttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45135165 gttgttgcctacgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 45135208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 25 - 352
Target Start/End: Original strand, 6608224 - 6608551
Alignment:
Q  25 gaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttattattatatgtt 124  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  6608224 gaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgtt 6608323  T
Q  125 gctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgt 224  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  6608324 gttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatacatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagt 6608423  T
Q  225 tgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctat 324  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  6608424 tgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctat 6608523  T
Q  325 attgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||    
T  6608524 gttgtcgttgtcgtagttaagttgtatg 6608551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 14 - 316
Target Start/End: Original strand, 7301022 - 7301322
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||| |    
T  7301022 gatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattatggtcgttgtctcgctgcttgt 7301121  T
Q  114 tattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta 213  Q
    |||||||||||| ||   |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  7301122 tattatatgttgttga--attgaatatgatttgctgttgattgttggtttatgcataaatgcattcaattagattatacaagatgttagttcaggttgta 7301219  T
Q  214 aggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  7301220 aggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttggccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtag 7301319  T
Q  314 ttg 316  Q
    |||    
T  7301320 ttg 7301322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 364020 - 363828
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 219  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  364020 tgttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 363922  T
Q  220 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  363921 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 363828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Original strand, 24707859 - 24708082
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaat-atgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttg 219  Q
    |||||||||||||||||| |||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||    
T  24707859 tgttgctgttgattgaattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttcgggttgtaag-ttg 24707956  T
Q  220 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 319  Q
       |||| | || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |      |||||||||||     
T  24707957 tgagttgtcattataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacgg------tcgttgttgttg 24708049  T
Q  320 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  24708050 cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 24708082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 18 - 122
Target Start/End: Original strand, 21415190 - 21415294
Alignment:
Q  18 aacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttattatt 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  21415190 aacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattatt 21415289  T
Q  118 atatg 122  Q
    |||||    
T  21415290 atatg 21415294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 44432093 - 44431901
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 219  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  44432093 tgttgttgttgattgagtatgatt-gttgctgattgatggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 44431995  T
Q  220 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
    || |||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||    
T  44431994 caagttgtcgttctaaataacggagtcatatgttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacaattgttgtcgttgt 44431901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 121 - 313
Target Start/End: Original strand, 22145439 - 22145628
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  22145439 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 22145536  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  22145537 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 22145628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Original strand, 22059443 - 22059633
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    ||||||||||||||||  |||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| |||| |||||  ||||  |||  |||||||| | ||    
T  22059443 tgttgctgttgattgatcatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagattgtacaatgtgttagttcgagttgtaag-tggc 22059540  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  22059541 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttgt 22059633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 230 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 17795356 - 17795239
Alignment:
Q  230 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| ||| ||||| ||||    
T  17795356 ttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttgcctatgttgt 17795266  T
Q  330 cgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    || ||||||||||||||||||||||||    
T  17795265 cgctgtcgtagttgagttgtatgttga 17795239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 230 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 17614879 - 17614764
Alignment:
Q  230 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 329  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||||    
T  17614879 ttctaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttgt 17614787  T
Q  330 cgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  17614786 cgttgtcgtagtcgagttgtatg 17614764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 121 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 28854018 - 28853862
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| |||||||| || || | |||||  ||||| |||| |||||||| | ||    
T  28854018 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaattgcattcagttagaatgtacaatgtgttggttcaagttgtaag-tggc 28853921  T
Q  221 acgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagt 278  Q
      |||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28853920 gggttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 28853862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 237
Target Start/End: Original strand, 10829505 - 10829619
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||||||| | ||  ||||| || |||||||| ||||| |||  ||||||| |||||    
T  10829505 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgattgctggtttatgcataactacaaacaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaa-gttgc 10829602  T
Q  221 acgttgacgttctaagt 237  Q
      |||| ||||||||||    
T  10829603 gagttgtcgttctaagt 10829619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 260 - 317
Target Start/End: Original strand, 18024576 - 18024633
Alignment:
Q  260 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 317  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  18024576 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 18024633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 328 - 356
Target Start/End: Original strand, 7301307 - 7301335
Alignment:
Q  328 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7301307 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 7301335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 14 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 20579626 - 20579321
Alignment:
Q  14 gatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttat 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||    
T  20579626 gatgaacaaatgaggagatagttatatgttatgaaagatgttgatatgagtcctactcgttgtatatgatggttattattgttgt-gtctcgctacttat 20579528  T
Q  114 tattat---atgttgctgttga-ttgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggt 209  Q
    ||||||   |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  20579527 tattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcgggt 20579428  T
Q  210 tgtaaggttgcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatc 309  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  20579427 tgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagccataggttgttgatgttggccaagttggggagtaagtcataagttactatgcacagtcgttgtc 20579328  T
Q  310 gttgttg 316  Q
    || ||||    
T  20579327 gtagttg 20579321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 9e-58
Query Start/End: Original strand, 119 - 352
Target Start/End: Original strand, 2333021 - 2333253
Alignment:
Q  119 tatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggtt 218  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||   |||  ||||||| |||    
T  2333021 tatgttgctattgattgaatatgttttgttgctgactgctggtttgtgcataactgcattcaattagaatatacaaggtgtgagttcgagttgtaaagtt 2333120  T
Q  219 gcacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 318  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| |||    
T  2333121 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaccgtcgttgtggttgtcgtt 2333219  T
Q  319 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
     |  || ||||||||||||||||| |||||||||    
T  2333220 gcacatgttgtcgttgtcgtagttaagttgtatg 2333253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 294267 - 294075
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgta-aggttg 219  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| |||   |||  |||||| | ||||    
T  294267 tgttgctgttaattgaatatgatt-gttgctgattgctagtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaagttcgagttgtagaagttg 294169  T
Q  220 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  294168 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 294075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 20631383 - 20631161
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  20631383 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 20631286  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  20631285 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 20631193  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20631192 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 20631161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 37358538 - 37358317
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| |||||||| || || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||     
T  37358538 tgttgctgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcagttagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 37358442  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  37358441 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 37358349  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37358348 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 37358317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 36181642 - 36181420
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    ||||| |||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  36181642 tgttgttgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 36181545  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 320  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  36181544 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 36181452  T
Q  321 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  36181451 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 36181420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 121 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 24087485 - 24087311
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||| | ||||||| | || |  ||| |||||||||| ||| | ||||||||| || |||||||| ||||| |  || ||||||| ||||    
T  24087485 tgttgctgttgattaattatgatt-gttgatttttgctggtttatgcttaactacattcaattagaatatacaaggtgttggtcgag-ttgtaag-ttgc 24087389  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 299  Q
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  24087388 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 24087311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 223 - 313
Target Start/End: Original strand, 14432506 - 14432595
Alignment:
Q  223 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  14432506 gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 14432595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 228 - 352
Target Start/End: Original strand, 22900409 - 22900526
Alignment:
Q  228 cgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatatt 327  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||    
T  22900409 cgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgtt 22900501  T
Q  328 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  22900502 gtcgttgtcgtagttgagttgtatg 22900526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 121 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 45307357 - 45307136
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||| | |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  |||||||| | ||    
T  45307357 tgttgctgttgattgattatgatt-gttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 45307260  T
Q  221 acgttgacgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 319  Q
      |||| |||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  45307259 gagttgtcgtttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 45307169  T
Q  320 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    ||||| |||| | ||||||||||||||||||||    
T  45307168 cctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatg 45307136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 151 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 296558 - 296431
Alignment:
Q  151 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttgacg-ttctaagtaacggagtcata 249  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||| |||  ||||||| || ||  |||| || ||||||||||||||||||||    
T  296558 tgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaa-gtggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 296460  T
Q  250 ggttgttggtgttgaccaagttggggagt 278  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  296459 ggttgttgatgttgaccaagttggggagt 296431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 241 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 28312507 - 28312446
Alignment:
Q  241 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 302  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  28312507 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 28312446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 251 - 302
Target Start/End: Original strand, 20438131 - 20438182
Alignment:
Q  251 gttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 302  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  20438131 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 20438182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 260 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 16400857 - 16400803
Alignment:
Q  260 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||    
T  16400857 gttgaccaagttgtgaagtaagtcataattatttatgcacagtcgttgtcgttgt 16400803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 328 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 20579336 - 20579308
Alignment:
Q  328 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20579336 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 20579308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 328 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 20587029 - 20587001
Alignment:
Q  328 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20587029 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 20587001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 91; Significance: 5e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Original strand, 8548 - 8740
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttg 219  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  ||||    
T  8548 tgttgttgttgattgaatatgatt-gttgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 8646  T
Q  220 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  8647 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 8740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0109 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0109
Description:

Target: scaffold0109; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 122 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 2570 - 2379
Alignment:
Q  122 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttgc 220  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  |||||    
T  2570 gttgctgttgattgagtatgatt-gttgctgattgctggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 2472  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  2471 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 2379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 121 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 138007 - 137815
Alignment:
Q  121 tgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgt-aaggttg 219  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| | |||  ||||| ||  |||    
T  138007 tgttgctgttgattgagtatga-ttgttgctgattgctggtttatgtttaacttcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaatttg 137909  T
Q  220 cacgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
    || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  137908 caagttgtcgttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 137815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 18 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 2011 - 1911
Alignment:
Q  18 aacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtctagctgcttattatt 117  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||    
T  2011 aacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatacttgttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattatt 1912  T
Q  118 a 118  Q
    |    
T  1911 a 1911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 122 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 162515 - 162355
Alignment:
Q  122 gttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaag-gttgc 220  Q
    ||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| | |||  |||||||  |||||    
T  162515 gttgctgttgattgattatgatt-gttgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 162417  T
Q  221 acgttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagt 282  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  162416 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagt 162355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 59; Significance: 6e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 127 - 313
Target Start/End: Original strand, 134027 - 134209
Alignment:
Q  127 tgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgcacgttg 226  Q
    |||||||||| ||||||| | || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||| ||| ||||||||| |||   ||||    
T  134027 tgttgattgattatgatt-gttgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtgagttg 134123  T
Q  227 acgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 313  Q
     |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  134124 tcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg 134209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 223 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 1667 - 1545
Alignment:
Q  223 gttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacct 322  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||| | || |||||| | |||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||    
T  1667 gttgtcgttctaagtaacggagtcttaggtgggtgatgttgatcgagtttgggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cct 1575  T
Q  323 atattgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||    
T  1574 atgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatg 1545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 230 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 33125 - 33012
Alignment:
Q  230 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  33125 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 33035  T
Q  330 cgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  33034 tgttgtcgtagttgagttgtatg 33012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 230 - 352
Target Start/End: Original strand, 81687 - 81800
Alignment:
Q  230 ttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgt 329  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || |||||| ||||    
T  81687 ttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcacctatgttgt 81777  T
Q  330 cgttgtcgtagttgagttgtatg 352  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  81778 tgttgtcgtagttgagttgtatg 81800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 260 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 8247 - 8193
Alignment:
Q  260 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 314  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||||||    
T  8247 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgttgt 8193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 241 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 132910 - 132864
Alignment:
Q  241 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataa 287  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  132910 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataa 132864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0337 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0337
Description:

Target: scaffold0337; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 241 - 302
Target Start/End: Original strand, 9847 - 9908
Alignment:
Q  241 ggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 302  Q
    |||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |  |||||||||||    
T  9847 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagt 9908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University