View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11558_high_4 (Length: 526)

Name: NF11558_high_4
Description: NF11558
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11558_high_4
NF11558_high_4
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (18-505)||(16236774-16237261)
chr2 (18-428)||(32714168-32714578)
chr2 (277-504)||(160868-161093)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (18-505)||(28575183-28575670)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-506)||(20633374-20633862)
chr3 (382-506)||(48823405-48823529)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-503)||(38835871-38836356)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-479)||(18568215-18568670)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (22-338)||(5698963-5699279)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 456; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 456; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 505
Target Start/End: Original strand, 16236774 - 16237261
Alignment:
Q  18 agcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcact 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236774 agcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcact 16236873  T
Q  118 ttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaaatttaatttgtttactaatgtctattggaat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236874 ttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaattttaatttgtttactaatgtctattggaat 16236973  T
Q  218 cataatgtggaatggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaacgcataatgataactaccaaagacctttac 317  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16236974 cacaatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaactcataatgataactaccaaagacctttac 16237073  T
Q  318 atgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaataacaaagtctgttattgtgacatctcagcagagacatttggaggaagtggg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16237074 atgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaatagcaaagtctgttattgtgacatctcagctgagacatttggaggaagtggg 16237173  T
Q  418 atggaaggaaccaccgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggatggtagtatcgtggggtgtggaggacttatc 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16237174 atggaaggaaccaccgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcgtgtaaggatggtagtatcgcggggtgtggaggacttatc 16237261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 32714578 - 32714168
Alignment:
Q  18 agcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcact 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714578 agcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcact 32714479  T
Q  118 ttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaaatttaatttgtttactaatgtctattggaat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714478 ttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaattttaatttgtttactaatgtctattggaat 32714379  T
Q  218 cataatgtggaatggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaacgcataatgataactaccaaagacctttac 317  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32714378 cacaatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaactcataatgataactaccaaagacctttac 32714279  T
Q  318 atgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaataacaaagtctgttattgtgacatctcagcagagacatttggaggaagtggg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32714278 atgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaatagcaaagtctgttattgtgacatctcagctgagacatttggaggaagtggg 32714179  T
Q  418 atggaaggaac 428  Q
    |||||||||||    
T  32714178 atggaaggaac 32714168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 277 - 504
Target Start/End: Original strand, 160868 - 161093
Alignment:
Q  277 aaacaaggaaacgcataatgataactaccaaagacctttacatgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaataacaaagtct 376  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||  ||||||||| | ||||| ||||| ||||    
T  160868 aaacaaggaaactcataatgataattttcaaagacctttacatgctaaaa-tattattttgagttgtgttggtgattatcacattgcaacaacaaggtct 160966  T
Q  377 gttattgtgacatctcagcagagacatttggaggaagtgggatggaaggaaccaccgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggatg 476  Q
    | |||    |||||||||| || || ||| ||| | ||||||| ||||| ||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||  | || ||||||||    
T  160967 gctataactacatctcagccgacacgtttagagaaggtgggattgaagggactgccgat-gggtgggtcaagattaatactgacgatgtttataaggatg 161065  T
Q  477 gtagtatcgtggggtgtggaggacttat 504  Q
     |||||||| ||||||||||||||||||    
T  161066 atagtatcgcggggtgtggaggacttat 161093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 452; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 452; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 28575670 - 28575183
Alignment:
Q  18 agcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcact 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575670 agcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgaggctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcact 28575571  T
Q  118 ttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaaatttaatttgtttactaatgtctattggaat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575570 ttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaattttaatttgtttactaatgtctattggaat 28575471  T
Q  218 cataatgtggaatggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaacgcataatgataactaccaaagacctttac 317  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28575470 cacaatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaactcataatgataactaccaaagacctttac 28575371  T
Q  318 atgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaataacaaagtctgttattgtgacatctcagcagagacatttggaggaagtggg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28575370 atgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaatagcaaagtctgttattgtgacatctcagctgagacatttggaggaagtggg 28575271  T
Q  418 atggaaggaaccaccgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggatggtagtatcgtggggtgtggaggacttatc 505  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28575270 atggaaggaaccaccgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcgtgtaaggatggtagtatcgcggggtgtggaggacttatc 28575183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 20633862 - 20633374
Alignment:
Q  18 agcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcact 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633862 agcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcact 20633763  T
Q  118 ttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaaatttaatttgtttactaatgtctattggaat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633762 ttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctagttggattaaatttaatttgtttactaatgtctattggaat 20633663  T
Q  218 cataatgtggaatggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaacgcataatgataactaccaaagacctttac 317  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633662 aataatgtggagtggagagacttttgggccactgcttgtcacactatatggaattggagaaacaaggaaactcataatgataactaccaaagacctttac 20633563  T
Q  318 atgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaataacaaagtctgttattgtgacatctcagcagagacatttggaggaagtggg 417  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20633562 atgctaaaaatattattatgatttatgttaatgattatcacaatgctatagcaaaatttgttattgtgacatctcagccgagacatttggaggaagtggg 20633463  T
Q  418 atggaaggaaccaccgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggatggtagtatcgtggggtgtggaggacttatca 506  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20633462 atggaaggaaccagcgattaggtgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggatggtagtatcgcggggtgtggaggacttatca 20633374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 382 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 48823529 - 48823405
Alignment:
Q  382 tgtgacatctcagcagagacatttggaggaagtgggatggaaggaaccaccgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggatggtagt 481  Q
    ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48823529 tgtgacatctcagccaagacatttagaggaagtgggatggaaggaaccagcgattggatgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggatggtagt 48823430  T
Q  482 atcgtggggtgtggaggacttatca 506  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
T  48823429 atcgcggggtgtggaggacttatca 48823405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 38836356 - 38835871
Alignment:
Q  18 agcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcact 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38836356 agcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcact 38836257  T
Q  118 ttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaaatttaatttgtttactaatgtctattggaat 217  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38836256 ttgattgtgtgcagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctagttggattatatttaatttgtttactaatgtctattggaat 38836157  T
Q  218 cataatgtggaatggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaacgcataatgataactaccaaagacctttac 317  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  38836156 cataatgtggagtggagagacttttgggccaccgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaactcataatgacaactaccaaagacctttac 38836057  T
Q  318 atgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaataacaaagtctgttattgtgacatctcagcagagacatttggaggaagtggg 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | || |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38836056 atgctaaaaatattattatgagttatgttaattattatcacaatgtattagcaaagtctgttattgtgatatctcagccgagacatttggaggaagtggg 38835957  T
Q  418 atggaaggaaccaccgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggatggtagtatcgtggggtgtggaggactta 503  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38835956 atggaaggaaccactgattgcgtgggtcaagatcaatactaacgaagcttgtaaggatggtagtatcgcggggtgtggaggactta 38835871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 227; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 18 - 479
Target Start/End: Original strand, 18568215 - 18568670
Alignment:
Q  18 agcataagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcact 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||| | |||| |    
T  18568215 agcataagatgtggattggtaatcaaatgtgtaggttttgtcatgatcagattgagtctgaaatttatgtactgagggactgtctaaaagcgatggcaat 18568314  T
Q  118 ttggttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaaatttaatttgtttactaatgtcta-ttggaa 216  Q
    || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  18568315 ttcgttgtgtgtagtggactttgctgcaagaacaagttt-tttgaaggtggtttatcgcattggattaaatttaatttgtttactaatgtctactaggaa 18568413  T
Q  217 tcataatgtggaatggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaacgcataatgataactaccaaagaccttta 316  Q
    ||||||||| || |||||| |||||||||           |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||    
T  18568414 tcataatgtagagtggagaaacttttggg-----------cacgctatttggaattggagaaacaaggaaactcataataataattaccaaacaccttta 18568502  T
Q  317 catgctaaaaatattattatgagttatgttaatgattatcataatgcaataacaaagtctgtta-------ttgtgacatctcagcagagacatttggag 409  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||       ||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  18568503 catgctaaaaatattat--tgagttatgttaacgattatcacaatgcaacaacaaagtttgttattgtgagttgtgacatctcagccgagacatttggcg 18568600  T
Q  410 gaagtgggatggaaggaaccaccgattgggtgggtcaagatcaatactgacggagcttgtaaggatggta 479  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||    
T  18568601 gaagtgggatggaaggtaccaccaattgggtgggtcaagatcaatactaacgatgcttgtaaggatggta 18568670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 49; Significance: 9e-19; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 338
Target Start/End: Original strand, 5698963 - 5699279
Alignment:
Q  22 taagatggggattggtaatcctatgtgtaggttctgtcatgatgagattgagtctgaaattcatgttttgagggactgtccaaaagccacggcactttgg 121  Q
    ||||||||||||||| | ||| |||||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||   ||| || |||    
T  5698963 taagatggggattggaagtccaatgtgtagtttttgtcatgatgtgattgagtctgagattcatgttttaagagattgtccaaaagctttggctctctgg 5699062  T
Q  122 ttgtgtgtagtggacaatgctgcaagaacaagtttctttgaaggtgatttatctaattggattaaatttaatttgtttactaatgtctattggaatcata 221  Q
     || | ||||| || | | ||| |||  ||  |||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||| ||| || | | |    |||||  |||     
T  5699063 atgagggtagtagatactactggaagggcagctttctttgaaggtgatctatctcattggatcaattttaatatgtatagtgaaggagcttggagacatg 5699162  T
Q  222 atgtggaatggagagacttttgggccactgcttgtcacgctatatggaattggagaaacaaggaaacgcataatgataactaccaaagacctttacatgc 321  Q
    |||| |  |||||||| |||||||| | |||||||||  || | ||||| ||||| |||||||||   ||| ||||||| |  |||||||| |||||||     
T  5699163 atgttgcttggagagatttttgggctattgcttgtcatactctctggaagtggaggaacaaggaagttcatgatgataattttcaaagaccattacatgt 5699262  T
Q  322 taaaaatattattatga 338  Q
    |||  ||||||| ||||    
T  5699263 taacgatattatcatga 5699279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University