View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11564_high_1 (Length: 746)

Name: NF11564_high_1
Description: NF11564
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11564_high_1
NF11564_high_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-734)||(42335441-42336157)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 734
Target Start/End: Original strand, 42335441 - 42336157
Alignment:
Q  18 attacagatgtattgcttttgtatattcaaaaattacaaacttactcaaagtaaaaaagaatgatatagcagatcaacaacatctaattcaccgagtagg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42335441 attacagatgtattgcttttgtatattcaaaaattacaaacttactcaaagtaaaaaagaatgatatagtagatcaacaacatctaattcaccgagtagg 42335540  T
Q  118 tgaaaaagccttctttatacgttgtttttgaccttcataggctagtcatcttgcagtgcttctctggtaatctataagcagaataaaacaactgcaatat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42335541 tgaaaaagccttctttatacgttgcttttgaccttcataggctagtcatcttgcagtgcttctctggtaatctataagcagaataaaacaactgcaatat 42335640  T
Q  218 tataaccatttttatttaccttagaataatggaatatacatgaacagtagaaacagtgttctttgaagtgagcgagtgttttaccggtattattccttgt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  42335641 tataaccatttttatttaccttagaacaatggaatatacatgaacagtagaaacagtgttctttgaagtgagtgagtgttttaccggtattattccttgt 42335740  T
Q  318 ctcctttatccttccaacagagaagcatgactatgcatcttcgaataatgtaaaactttgctctcttctccttcaaaactcttccttttggtggctgctt 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42335741 ctcctttatccttccaacagagaagcatgactatgcatcttcgaataatgtaaaactttgctctcttctccttcaaaactcttccttttggtagctgctt 42335840  T
Q  418 ttctgaagatgtagaaggttccatattcttacnnnnnnnattcccagttgggattcttcctttgagtcaagcaagcacaagagtgcgtataaggaatatt 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |       ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42335841 ttctgaagatgtagaaggttccatattcttgctttttttattaccagttgggattcttcctttgagtcaatcaagcacaagagtgtgtataaggaatatt 42335940  T
Q  518 tcagtttatgtatgttgagttggtaagagttaatacacaaattatggttgaggttgaataataatgaagatggtgatagtaacggcaatatagtaaggaa 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42335941 tcagtttatgtatgttgagttggtaagagttaatacacaaattatggttgaggttgaataataatgaagatggtgatagtaacggcaatatagtaaggaa 42336040  T
Q  618 ttgaagtttgtttactttggtcaaacatagagctgagtttgtgctttgagtagtggtctttggcatctctggtctaacgtccggaatcccaggactgatg 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42336041 ttgaagtttgtttactttggtcaaacatagagctgagtttgtgctttgagtagtggtctttggcatctctggtctaacgtccggaatcccaggactgatg 42336140  T
Q  718 tcttctgttctgtgctc 734  Q
    |||||||||||||||||    
T  42336141 tcttctgttctgtgctc 42336157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University