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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11567_low_1 (Length: 771)

Name: NF11567_low_1
Description: NF11567
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11567_low_1
NF11567_low_1
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-716)||(53739587-53740303)
chr3 (715-754)||(53739400-53739439)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 637; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 716
Target Start/End: Complemental strand, 53740303 - 53739587
Alignment:
Q  1 ttatgcaatggtgagtacctaaagcagtagataataaaagaatcatatttcaaaacatacctaccaaaacatatccaaataataaaaatcataggagttc 100  Q
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T  53740303 ttatgcaatggtgagtacctaaagcagtagataataaaagaatcatatttcaaaacatacctaccaaaacatatccaaataataaaaaccacgggagttc 53740204  T
Q  101 ataaagcaatctgtctttcaaaacatggttgagaaacaacaggaaagtagatatattatttacttttttccagatgaacctcaaa-tatgaggataaaat 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  53740203 ataaagcaatctgtctttcaaaacatggttgagaaacaacaggaaagcagatatattatttacttttttctagatgaacctcaaaatatgaggataaaat 53740104  T
Q  200 ggtaatgagaatcctcaacttatgccaggaaataattatgaataccatgcagtcaatactgctagaatatacgagtttacaccaaccatcaattccccgt 299  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  53740103 ggtaattagaatcctcaacttatgccaggaaataattatgaataccatgcagtcaatactgctagaatatacgagtttacaccaaccaaccattccccgt 53740004  T
Q  300 gagaaataattattgaactgtaacggaacatataccatcaagattcagcttcaggtaaagcatgaaagacaagatatttgtcgccatcattttgatattt 399  Q
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T  53740003 gagaaataattattgaactgtaacggaacatataccatcaagattcagcttcaggtaaagcatgaaagacaagatatttgtcgccatcattttgatattt 53739904  T
Q  400 atagagtttattactgtcctcgattatattgattgataaatgataattatcatgcgacagtggcgtaagaaaataactttgctccaatgacactatctct 499  Q
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T  53739903 atagagttcattattgtcctcgattatattgattgataaatgataattatcatgtgaaggtggcgtaagaaaataactttggtccaatgacactatctct 53739804  T
Q  500 tctgtaaatatcataactgcttgattatcagaccatgcatgtgtagcttatgaactccaggaaaagaaaacaaaatcaaaatggacatgatatcatggac 599  Q
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T  53739803 tctgtaaatatcataacaacttgattatcagaccatgcatgtgtagcttatgaactccaggaaaagaaaacaaaatcaaaatgaacatgatatcatggac 53739704  T
Q  600 caatggtggtgattaacaatagtccaacaaagggatattaatcaaaggtccaacaaagggattgtctcacagatatttaagatgtgagatatgattttca 699  Q
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T  53739703 caatggtggtgattaacaatagtccaacaaagggatattaatcaaaggtccaacaaagggattgtctcacagatatttaagatgtgagatatgattttca 53739604  T
Q  700 cttactggtatctacta 716  Q
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T  53739603 cttactggtatgtacta 53739587  T

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Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 715 - 754
Target Start/End: Complemental strand, 53739439 - 53739400
Alignment:
Q  715 tatataagtaattcctatttctctgttatgcatctatatt 754  Q
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T  53739439 tatataagtaattcctatttctctgttatgcatctatatt 53739400  T

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