View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11569_high_10 (Length: 229)

Name: NF11569_high_10
Description: NF11569
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11569_high_10
NF11569_high_10
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (7-229)||(5596820-5597045)
chr4 (7-220)||(6761629-6761847)
chr4 (7-220)||(6587164-6587380)
chr4 (7-209)||(6729400-6729605)
chr4 (7-208)||(6652190-6652394)
chr4 (7-220)||(6816491-6816707)
chr4 (20-220)||(6838551-6838754)
chr4 (8-167)||(6740433-6740594)
chr4 (20-220)||(6754363-6754566)
chr4 (14-216)||(6620380-6620585)
chr4 (14-207)||(6797644-6797837)
chr4 (7-216)||(6531244-6531456)
chr4 (14-220)||(6544291-6544500)
chr4 (68-220)||(6823577-6823730)
chr4 (20-209)||(6497392-6497584)
[»] scaffold0552 (1 HSPs)
scaffold0552 (7-220)||(7126-7342)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (14-208)||(7793-7990)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 7 - 229
Target Start/End: Original strand, 5596820 - 5597045
Alignment:
7 caatccacatcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatg 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
5596820 caatccacatcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctctttgtgtaatttatgatcaacacaccttggcaacctcctgatg 5596919  T
105 ttatgttctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttacg-cccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaaccttt 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
5596920 ttatgttctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttacgccccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaaccatt 5597019  T
204 gcaactaacggttgaccgattggaac 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
5597020 gcaactaacggttgaccgattggaac 5597045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 7 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 6761847 - 6761629
Alignment:
7 caatccacatcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctctgt--gtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatg 104  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| || | |||||||||||| ||||||||||||    
6761847 caatcctcatcctcaaatgatattagtgtatctcttttataaacctgaatggttctctttatgtaatttctgtttaacacaccttggaaaccttctgatg 6761748  T
105 ttatgttctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttacgccc---ttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaacct 201  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||  ||||||| |||||||||||||    
6761747 ttatgttttatgaggaagagtaatagacaacgaacaacatcatactcttcaggttacgccccttttcattgttgggaaatcaaatattatggaacaacct 6761648  T
202 ttgcaactaacggttgacc 220  Q
    |||||||||| ||||||||    
6761647 ttgcaactaaaggttgacc 6761629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 220
Target Start/End: Original strand, 6587164 - 6587380
Alignment:
7 caatccacatcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatg 104  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
6587164 caatcctcatcctcaaacgaggttagcgtatctcttttataaacctgaatggttctttttgtgtaatttatgatcaacacaccttggcaactatctgatg 6587263  T
105 ttatgttctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttacg-cccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaaccttt 203  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||    
6587264 ttatgttttccgaggaagagtaatagacaacgaacaagatcatactcttcaggtttcgtccctttattgttgggatatcaaatattatggaacaaccttt 6587363  T
204 gcaactaacggttgacc 220  Q
    |||||||| | ||||||    
6587364 gcaactaaagcttgacc 6587380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 6729605 - 6729400
Alignment:
7 caatccacatcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatg 104  Q
    |||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
6729605 caatcctcgtcctcaaaggaggttagtgtatctcttttataaaccagaacggttctctttgtgtaatttatgattaacatacctttgcaaccttctgatg 6729506  T
105 ttatgttctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttac-gcccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaaccttt 203  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||||  ||||||| ||| |||||||| ||    
6729505 ttatgttttctggggaagagtaatagacaacgaacaacattatactcttcaggttactccccttcattgttgggacatcaaatattatagaacaaccgtt 6729406  T
204 gcaact 209  Q
     |||||    
6729405 acaact 6729400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 7 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 6652394 - 6652190
Alignment:
7 caatccacatcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggtt--ctctgtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatg 104  Q
    |||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
6652394 caatcctcatcctcgaaggaggttagtgtgtctcttttataggcctgaatggttgcctttgtgtaatttatgatcaacacaccttggcatccttctgaag 6652295  T
105 ttatgttctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttacg-cccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaaccttt 203  Q
     |||| | |||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| | |||| |||| |||||    
6652294 ctatgctttctggggaagagtaatagacgacgaacaacatcatactcttcaggttacgccccttcattgttgggagatcaaacattatgcaacagccttt 6652195  T
204 gcaac 208  Q
    |||||    
6652194 gcaac 6652190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 7 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 6816707 - 6816491
Alignment:
7 caatccacatcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatg 104  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||     
6816707 caatcctcatcatcaaatgagattagtgtatctcttttataaacctgaatggttctctttgtgtaatttatgattaacacaccttggaaaccttctgata 6816608  T
105 ttatgttctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcagg-ttacgcccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaaccttt 203  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| | | | ||  |||||||||||||| |||    ||| ||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||    
6816607 ttatgttttccgaggaagagtaatagacgatgaataatctcatactcttcaggtttagtggctttattattgggatatcaaatattatggaacaaccttt 6816508  T
204 gcaactaacggttgacc 220  Q
    |||||||| ||||||||    
6816507 gcaactaaaggttgacc 6816491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 6838754 - 6838551
Alignment:
20 caaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatgttatgttctctga 117  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||| |     
6838754 caaaagaggttagagtatctcttttgtaaacctgaatgattctctttgtgtaatttatgatcaatacaccttgacacccttctgatgctatgttctccgg 6838655  T
118 ggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttacg-cccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaacctttgcaactaacggtt 216  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||    
6838654 ggaagagtaatagacaatgaacaatatcatactcttcaggtttcgcccctttattgttgggatatcaaatattatggaacaacctttgcaactaaagctt 6838555  T
217 gacc 220  Q
    ||||    
6838554 gacc 6838551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 8 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 6740594 - 6740433
Alignment:
8 aatccacatcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctc--tgtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatgt 105  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
6740594 aatccacatcttcaaacgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctctttgtgtaatttatgatcaacacaccttggagaccttctgatgt 6740495  T
106 tatgttctctgag-gaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttacgccctt 167  Q
    ||||||||| ||| |||||||| |||||||   | |||||||||||||||||||| |||||||    
6740494 tatgttctc-gagagaagagtagtagacaataaataacatcatactcttcaggtttcgccctt 6740433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 6754566 - 6754363
Alignment:
20 caaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatgttatgttctctga 117  Q
    |||| |||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |     
6754566 caaaagaggttagagtttctcttttataggcctgaatggttctctttgtgtaatttatgatcaacaaaccttggcaaccttccgatgttatgttctccgg 6754467  T
118 ggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttac-gcccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaacctttgcaactaacggtt 216  Q
    | ||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||| |  |||||||||  |||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||    
6754466 gaaagagtaatagacgatgaacaacatcatactctttaggtttctccccttcattggtgggatatcaaatattatggaacaacctttgcaactaaagctt 6754367  T
217 gacc 220  Q
    ||||    
6754366 gacc 6754363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 216
Target Start/End: Original strand, 6620380 - 6620585
Alignment:
14 catcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatgttatgtt 111  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||||||  |||||||| || |||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
6620380 catcctcaaaggaggctaatgtatctcttttataggcctgaatgtttgtctttgtgtgattaatgatcaacacaccttggcaaccttctgatgttatgtt 6620479  T
112 ctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttacg-cccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaacctttgcaacta 210  Q
    |||    ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||  |||||||  |||||||| |||| |||||||    
6620480 ctcctgtgaagagtaataaatgacggacaacatcatactcttcaggttacgccccttcattgttgggatatcaaatataatggaacatccttggcaacta 6620579  T
211 acggtt 216  Q
    | ||||    
6620580 aaggtt 6620585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 6797837 - 6797644
Alignment:
14 catcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatgttatgtt 111  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||  ||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||| |    
6797837 catcatcaaaggaggttagtgtatctcttttatatgcttgaatggttttctttgtgtagtttatgattaacaaaccatggcaaccttctgatgttatgat 6797738  T
112 ctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttacgcccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaacctttgcaa 207  Q
     || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||  ||||||  ||| |||||||||||||||    
6797737 ttccggggaagagtaatagacaacggataacatcatactcttcaggtta--ctcttcatttttgggacatcaaattttatcgaacaacctttgcaa 6797644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 7 - 216
Target Start/End: Original strand, 6531244 - 6531456
Alignment:
7 caatccacatcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatg 104  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||| ||| ||||| |||||||| ||| ||||||||| ||    
6531244 caatcctcatcctcaaaggaggttagtgtatctcttttataggcctgaatggttgtctttgtgtgattaatgattaacacaccatggtaaccttctgctg 6531343  T
105 ttatgttctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttac-gcccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaaccttt 203  Q
    |||||||||| |  | |||||||||||| ||| |||||||||||||||||| || ||  ||||||||| ||||||  ||||||| ||| ||| |||||||    
6531344 ttatgttctccggagtagagtaatagacgacgaacaacatcatactcttcaagtcactccccttcattgttgggacatcaaatattatagaagaaccttt 6531443  T
204 gcaactaacggtt 216  Q
    |||||||| ||||    
6531444 gcaactaaaggtt 6531456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 14 - 220
Target Start/End: Original strand, 6544291 - 6544500
Alignment:
14 catcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatgttatgtt 111  Q
    |||||| ||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||    
6544291 catccttaaaggaagttggtgtatctcttttataggcctgaatggttgtctttgtgtgattaatgattaacacaccatggcaaccttctgctgttatgtt 6544390  T
112 ctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttacg-cccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaacctttgcaacta 210  Q
    ||| |  | |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||  ||||||  |||||| || || | |||||||    
6544391 ctccggagtagagtaatagacgacggacaacatcatactcttcaagttacgccccttcattgttgggatatcaaatcttatggagcatccatggcaacta 6544490  T
211 acggttgacc 220  Q
    | ||||||||    
6544491 aaggttgacc 6544500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 68 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 6823730 - 6823577
Alignment:
68 taatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatgttatgttctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttac-gccct 166  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||| ||||| ||||||   | |||||||||||||||||||||| | |||||    
6823730 taattaatgatcaacacaccttggcaaccttcagatgttatgttttccgagggagagtgatagacggtgaacaacatcatactcttcaggtttcggccct 6823631  T
167 tcatttttgggagctcaaatagtatggaacaacctttgcaactaacggttgacc 220  Q
    |||||   ||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
6823630 tcattgcagggatatcaaatattatggaacaacctttgcaactaaaggttgacc 6823577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 209
Target Start/End: Original strand, 6497392 - 6497584
Alignment:
20 caaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatgttatgttctctga 117  Q
    |||| ||| ||||||| || ||||||||  | ||||||||| |||  |||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || |     
6497392 caaaagagtttagtgtttcacttttataggcatgaatggttgtctttgtgtgatttatgatcaacacgctttggcaaccttctgatgttatgttgtccgg 6497491  T
118 ggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttac-gcccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaacctttgcaact 209  Q
     || ||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||  ||||||  ||| ||| |||||||||||||    
6497492 tgatgagtaataggcagcgaacaacatcatactcttcaagttactccccttcattgttgggacatcaaattttatagaagaacctttgcaact 6497584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0552 (Bit Score: 102; Significance: 8e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0552
Description:

Target: scaffold0552; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 7 - 220
Target Start/End: Original strand, 7126 - 7342
Alignment:
7 caatccacatcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggttctct--gtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatg 104  Q
    |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||     
7126 caatcctcatcatcaaatgagattagtgtatctcttttataaacctgaatggttctctttgtgtaatttatgattaacacaccttggaaaccttctgata 7225  T
105 ttatgttctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcagg-ttacgcccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaaccttt 203  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| | | | ||  |||||||||||||| |||    ||| ||| ||||||  ||||||| |||||||||||||||    
7226 ttatgttttccgaggaagagtaatagacgatgaataatctcatactcttcaggtttagtggctttattattgggatatcaaatattatggaacaaccttt 7325  T
204 gcaactaacggttgacc 220  Q
    |||||||| ||||||||    
7326 gcaactaaaggttgacc 7342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 99; Significance: 5e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 7990 - 7793
Alignment:
14 catcctcaaatgaggttagtgtatctcttttataaacctgaatggtt--ctctgtgtaatttatgatcaacacaccttggcaaccttctgatgttatgtt 111  Q
    |||||||||| |||| || |||||||||||||||  |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| |    
7990 catcctcaaaggaggctaatgtatctcttttataggcctgaatggttgcctttgtgtaatttatgatcaacacaccttggcatccttctgaagctatgct 7891  T
112 ctctgaggaagagtaatagacaacggacaacatcatactcttcaggttacg-cccttcatttttgggagctcaaatagtatggaacaacctttgcaac 208  Q
     |||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| | |||| |||| ||||||||||    
7890 ttctggggaagagtaatagacgacgaacaacatcatactcttcaggttacgccccttcattgttgggagatcaaacattatgcaacagcctttgcaac 7793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University