View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11571_low_12 (Length: 522)

Name: NF11571_low_12
Description: NF11571
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11571_low_12
NF11571_low_12
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-506)||(20492399-20492904)
chr2 (55-506)||(1361668-1362119)
chr2 (99-506)||(1354826-1355233)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (54-506)||(29954317-29954769)
chr4 (82-506)||(51369684-51370108)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (101-506)||(11531678-11532082)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (74-506)||(14588760-14589192)
chr6 (74-506)||(14622418-14622850)
chr6 (99-506)||(12846340-12846747)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 470; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 470; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 506
Target Start/End: Original strand, 20492399 - 20492904
Alignment:
Q  1 caatatcactttttaaaaatgtttctggaggaaaaacagcgagttttaatttcgacaaagtttactcgagttgtgaccttattcttattagagccactag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20492399 caatatcactttttaaaaatgtttccggaggaaaaacagcgagttttaatttcgacaaagtttactcgagttgtgaccttattcttatcagagccactag 20492498  T
Q  101 agaacttgaaggtcaatggttagattatatttcggatcgatacaaggttcctgtggttccagttggaatacttccaccatccatgcagataagagacaac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20492499 agaacttgaaggtcaatggttagattatatttcggatcgatacaaggttcctgtggttccagttggaatacttccaccatccatgcagataagagacaat 20492598  T
Q  201 gaggaagaagaaaatgacccggattgggtgaatatcaaggcttggttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaa 300  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20492599 gaggaagaagaaaacgaccctgattgggtgaaaatcaaggcttggttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaa 20492698  T
Q  301 agttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttga 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20492699 agttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaaccttaaagaaggtacacttga 20492798  T
Q  401 attacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtgga 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20492799 attacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccacagctaaagatcttagctcatggatcaattggtgga 20492898  T
Q  501 tgtatg 506  Q
    ||||||    
T  20492899 tgtatg 20492904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 55 - 506
Target Start/End: Original strand, 1361668 - 1362119
Alignment:
Q  55 acaaagtttactcgagttgtgaccttattcttattagagccactagagaacttgaaggtcaatggttagattatatttcggatcgatacaaggttcctgt 154  Q
    |||||| ||| ||||||||||| ||| ||||| | ||| || | ||||||||||||||| ||||||| |||||||| || || |  ||||||||||||||    
T  1361668 acaaagcttattcgagttgtgatctttttcttctcagaacctcaagagaacttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacagtacaaggttcctgt 1361767  T
Q  155 ggttccagttggaatacttccaccatccatgcagataagagacaacgaggaagaagaaaatgacccggattgggtgaatatcaaggcttggttggattca 254  Q
     ||||| |||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| | || || ||||| ||  | || ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||    
T  1361768 cgttcctgttgggttgcttccaccatctatgcagataagagacgatgaagaggaagagaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattca 1361867  T
Q  255 aaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggt 354  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| | |||  | ||| |||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||    
T  1361868 agagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagtgagttgaagttgagtcagaatgatttaactgagttggctcatggaattgagctttctgggt 1361967  T
Q  355 tacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaac 454  Q
    |  ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||   ||||| |||||||| ||    
T  1361968 tgtctttcttttgggctttgaagaatctgaaagagggtacacttgaattacctgaaggatttgaggaaagaacgaaagaacgcggaattgtttggaagac 1362067  T
Q  455 atgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatg 506  Q
    ||||||||| || || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1362068 atgggcacctcagcttaaaatcttagctcatggagcaattggtggatgtatg 1362119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 99 - 506
Target Start/End: Original strand, 1354826 - 1355233
Alignment:
Q  99 agagaacttgaaggtcaatggttagattatatttcggatcgatacaaggttcctgtggttccagttggaatacttccaccatccatgcagataagagaca 198  Q
    ||||| ||||||||| ||||||| |||||||| || || |  ||||| |||||||| ||||| |||||  |  ||||||| || ||||||||||||||      
T  1354826 agagagcttgaaggtgaatggttggattatatctctgaacagtacaatgttcctgttgttcctgttgggttgattccaccttctatgcagataagagatg 1354925  T
Q  199 acgaggaagaagaaaatgacccggattgggtgaatatcaaggcttggttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagtt 298  Q
    | || || ||||| ||  | || ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  1354926 atgaagaggaagagaacaatcctgattgggtgaaaatcaaagggtggttggattcaagagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagtgagtt 1355025  T
Q  299 aaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacactt 398  Q
     ||||| | |||  ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||  ||| ||||  ||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  1355026 gaagttgagtcaggaagatttaactgagttggcttatggaattgagctttctgggttgtctttcttttggactttgaagaatctgaaagagggtacactt 1355125  T
Q  399 gaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtg 498  Q
    |||||||| |||||||| || ||||| || ||||||   ||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||| |||||||||    
T  1355126 gaattacctgaaggattcgaggaaaggacgaaagaacgcggaattgtttggaagacatgggcacctcagcttaagatcttagctcatggagcaattggtg 1355225  T
Q  499 gatgtatg 506  Q
    ||||||||    
T  1355226 gatgtatg 1355233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 54 - 506
Target Start/End: Original strand, 29954317 - 29954769
Alignment:
Q  54 gacaaagtttactcgagttgtgaccttattcttattagagccactagagaacttgaaggtcaatggttagattatatttcggatcgatacaaggttcctg 153  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  | | |||||| |||||||    
T  29954317 gacaaagtatactcaagttgtgacctttttcttataagaacctctagagaacttgaaggtgaatggttagattatatttcttaccaatacaaagttcctg 29954416  T
Q  154 tggttccagttggaatacttccaccatccatgcagataagagacaacgaggaagaagaaaatgacccggattgggtgaatatcaaggcttggttggattc 253  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||   ||||   ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  29954417 tggttccagttggaatgcttccaccatccatgcagataagagacgacgaagaggaagaaagcaaccctagttgggtgaaaatcaaggcatggttggattc 29954516  T
Q  254 aaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctagg 353  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  29954517 aaaagaatcatcttctgttgtttacattggatttgggagcgagttgaagttaagccaacaagatctaactgagttagcgcatggaattgagctttctagg 29954616  T
Q  354 ttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaa 453  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29954617 ttgcctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagagggtacacttgaattacctaaaggatttgaggaaagaacaaaagaatgtggaatcgtttggaaaa 29954716  T
Q  454 catgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatg 506  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29954717 catgggcacctcaacttaagatcttagctcatggatcaattggtggatgtatg 29954769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 82 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 51370108 - 51369684
Alignment:
Q  82 ttcttattagagccactagagaacttgaaggtcaatggttagattatatttcggatcgatacaaggttcctgtggttccagttggaatacttccaccatc 181  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  | |||||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||||    
T  51370108 ttcttattagaacctctagagaacttgaaggtccatggttagattatctttctcaccgatacaaggttcctgtgcttcctgttggagttcttccaccatc 51370009  T
Q  182 catgcagataagagacaacgaggaagaagaaaatgacccggattgggtgaatatcaaggcttggttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacatt 281  Q
    | |||| ||||||||| || |  | || |||||  |||| ||||||||  | |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  51370008 cttgcatataagagacgaccaacatgatgaaaacaaccctgattgggtccacatcaaggcatggttggactcaaaagaatcatcttctgttgtttacatt 51369909  T
Q  282 ggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatc 381  Q
    ||||| || ||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  51369908 ggatttggaagcgagtcaaagttagatcaacaagatttaactgagttagctcatggaattgaactttctgggttacctttcttttgggctttgaaagatc 51369809  T
Q  382 ttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagc 481  Q
     |||||| |||  |  |||||||||  ||||||| || |||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||| ||||||  | || ||||||||    
T  51369808 gtaaagacggtgtatctgaattacctcaaggattcgaggaaagaacaaaagaacgtggaattgtttggaaaacctgggtaccccagatcaaaatcttagc 51369709  T
Q  482 tcatggatcaattggtggatgtatg 506  Q
    ||||  |||||||||||||||||||    
T  51369708 tcatccatcaattggtggatgtatg 51369684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 214; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 101 - 506
Target Start/End: Original strand, 11531678 - 11532082
Alignment:
Q  101 agaacttgaaggtcaatggttagattatatttcggatcgatacaaggttcctgtggttccagttggaatacttccaccatccatgcagataagagacaac 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||    | ||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  11531678 agaacttgaaggtgaatggttagattatatttctagccaatataaggttcgtgtggttccagttggattgcttccaccatccatgcagataagagaagac 11531777  T
Q  201 gaggaagaagaaaatgacccggattgggtgaatatcaaggcttggttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagttaa 300  Q
    ||  | ||||||||  |||  |||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||   |    
T  11531778 gaa-aggaagaaaacaaccttgattggatgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcgtcttctgttgtttacattggatttgggagcgagacga 11531876  T
Q  301 agttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacacttga 400  Q
    |  ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11531877 aaataagtcaacaagatctaattgagttagctcatggaattgagctttctaggttgcctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagagggtacacttga 11531976  T
Q  401 attacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtgga 500  Q
    ||||||  ||| |||||| |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  11531977 attacctaaagaatttgaggaaagaacaaaagaacgtggaattgtttggaaaacatgggcaccacaacttaagatcttagcacatggatcaatcggtgga 11532076  T
Q  501 tgtatg 506  Q
    ||||||    
T  11532077 tgtatg 11532082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 74 - 506
Target Start/End: Original strand, 14588760 - 14589192
Alignment:
Q  74 tgaccttattcttattagagccactagagaacttgaaggtcaatggttagattatatttcggatcgatacaaggttcctgtggttccagttggaatactt 173  Q
    ||||||| ||||| | ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| || ||| | |||    
T  14588760 tgacctttttcttttcagaacctctagagaacttgaaggtgaatggttagattatatttctgaccaatacaaggttcctgtggttccggtcggattgctt 14588859  T
Q  174 ccaccatccatgcagataagagacaacgaggaagaagaaaatgacccggattgggtgaatatcaaggcttggttggattcaaaagaatcatcttcggttg 273  Q
    |||||| | ||||||||||||||  |||| ||||| |||||  | || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  14588860 ccaccacctatgcagataagagatgacgaagaagatgaaaagaatcctgaatgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattg 14588959  T
Q  274 tttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggttacctttcttttgggcttt 373  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  14588960 tttacattggatttgggagcgagtcgaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggcttt 14589059  T
Q  374 gaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccccaactaaag 473  Q
     ||| |||||||||| |||  ||||||||| ||  |||| || || |||||||||||||||   ||||| ||||||||||| |||| ||||||  | |||    
T  14589060 aaaagatcttaaagagggtgtacttgaattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggtaccccagtttaag 14589159  T
Q  474 atcttagctcatggatcaattggtggatgtatg 506  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  14589160 atcttaactcatggatcaattggtggttgtatg 14589192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 74 - 506
Target Start/End: Original strand, 14622418 - 14622850
Alignment:
Q  74 tgaccttattcttattagagccactagagaacttgaaggtcaatggttagattatatttcggatcgatacaaggttcctgtggttccagttggaatactt 173  Q
    ||||||| ||||| | ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| || ||| | |||    
T  14622418 tgacctttttcttttcagaacctctagagaacttgaaggtgaatggttagattatatttctgaccaatacaaggttcctgtggttccggtcggattgctt 14622517  T
Q  174 ccaccatccatgcagataagagacaacgaggaagaagaaaatgacccggattgggtgaatatcaaggcttggttggattcaaaagaatcatcttcggttg 273  Q
    |||||| | ||||||||||||||  |||| ||||| |||||  | || || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  14622518 ccaccacctatgcagataagagatgacgaagaagatgaaaagaatcctgactgggtgaaaatcaaggcatggttggattcaaaagaatcatcttctattg 14622617  T
Q  274 tttacattggattcgggagcgagttaaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggttacctttcttttgggcttt 373  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  14622618 tttacattggatttgggagcgagtcgaagttaagtcaacaagatataactgagttagctcatggaattgagctttctaggttaccgttcttttgggcttt 14622717  T
Q  374 gaaaaatcttaaagaaggtacacttgaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccccaactaaag 473  Q
     ||| |||||||||| |||  ||||||||| ||  |||| || || |||||||||||||||   ||||| ||||||||||| |||||||||||  | |||    
T  14622718 aaaagatcttaaagagggtgtacttgaattgcctaaagggttcgaggaaagaacaaaagaacgcggaattgtttggaaaacttgggcaccccagtttaag 14622817  T
Q  474 atcttagctcatggatcaattggtggatgtatg 506  Q
    |||||| |||||| ||||||| |||| ||||||    
T  14622818 atcttaactcatgaatcaattagtggttgtatg 14622850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 99 - 506
Target Start/End: Original strand, 12846340 - 12846747
Alignment:
Q  99 agagaacttgaaggtcaatggttagattatatttcggatcgatacaaggttcctgtggttccagttggaatacttccaccatccatgcagataagagaca 198  Q
    ||||| |||||| || ||||||| |||||||| || || | |||||||| |||||| ||||  |||||  | ||||||||||| |||||||||||||||     
T  12846340 agagagcttgaaagtgaatggttggattatatctctgaacaatacaaggctcctgtcgttcttgttgggttgcttccaccatctatgcagataagagacg 12846439  T
Q  199 acgaggaagaagaaaatgacccggattgggtgaatatcaaggcttggttggattcaaaagaatcatcttcggttgtttacattggattcgggagcgagtt 298  Q
    | ||||| ||||| ||  | || |||||| |||| || ||    ||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12846440 atgaggaggaagagaaccatcctgattggttgaaaataaaaaaatggctggattcaagagaatcatcttccgttgtttacattggatttgggagcgagtt 12846539  T
Q  299 aaagttaaatcaacaagatctaactgagttagctcatggaattgagcaatctaggttacctttcttttgggctttgaaaaatcttaaagaaggtacactt 398  Q
     | |||||  ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||    
T  12846540 gaggttaacgcaaaaagatctaaccgaattagctcatggaattgagctttctaggttacctttcttttgggctttgaaaaacctaaaaaagggtacactt 12846639  T
Q  399 gaattacccgaaggatttgaagaaagaacaaaagaatatggaatcgtttggaaaacatgggcaccccaactaaagatcttagctcatggatcaattggtg 498  Q
    || |||||  ||||||| |||||  |||| ||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||| ||||||| |    
T  12846640 gagttacctaaaggattcgaagatcgaaccaaagaacgtggaattgtttggaaaacatgggcaccccagcttaagatcttatcccatggagcaattgggg 12846739  T
Q  499 gatgtatg 506  Q
    | ||||||    
T  12846740 ggtgtatg 12846747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University