View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF11574_high_3 (Length: 660)
Name: NF11574_high_3
Description: NF11574
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11574_high_3 |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 9701039 - 9700410
Alignment:
| Q |
19 |
taaagtgtgattttggtgttctattggctaagagtgttgagttttgattttcgtcactgatgtcatgtgttgttggccgcccttgtgagtcttaaagtat |
118 |
Q |
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9701039 |
taaagtgtgattttggtgttctgttggctaagagtgttgagttttgattttcgtcactgatgtcatgtgttgttggtcgcccttgtgagtcttaaagtat |
9700940 |
T |
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| Q |
119 |
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218 |
Q |
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9700939 |
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9700840 |
T |
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| Q |
219 |
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318 |
Q |
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9700839 |
gttgattcgatacctattatttttttcgaaaaatgttgcctagacgataaggagttttcgtctttttaaaatgttaaaactattgaaatgagttgattca |
9700740 |
T |
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| Q |
319 |
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418 |
Q |
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9700739 |
atatgtatttttgaatattgtaggggcatttacataatttacaaaagttaaaatattgaaatgagttgaccaatgaatttgcctcgtccatatgttcaaa |
9700640 |
T |
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| Q |
419 |
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518 |
Q |
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9700639 |
atggccttatggttcgcaatgtttctgacgacaaatgaatttattgtcaaattctaaaaataaatagagtttgagatgttgtttcacgattttttttgga |
9700540 |
T |
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519 |
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618 |
Q |
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| T |
9700539 |
ctttttggttatggtacacttcatcgtcacgtaagcatttggcacgcgtcattatgcgcttggtgcacaccaacacatgttgaacacgtgcatgcacacg |
9700440 |
T |
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| Q |
619 |
ccctcactcgatcaactccaatctgtgctc |
648 |
Q |
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9700439 |
ccctcactcgatcaactccaatctatgctc |
9700410 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 648
Target Start/End: Complemental strand, 13567278 - 13566649
Alignment:
| Q |
19 |
taaagtgtgattttggtgttctattggctaagagtgttgagttttgattttcgtcactgatgtcatgtgttgttggccgcccttgtgagtcttaaagtat |
118 |
Q |
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13567278 |
taaagtgtgattttggtgttctgttggctaagagtgttgagttttgattttcgtcactgatgtcatgtgttgttggtcgcccttgtgagtcttaaagtat |
13567179 |
T |
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119 |
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13567079 |
T |
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219 |
gttgattcaatatctattannnnnnnngaaaaatgttgcctagacgataaggagttttcgtctttttaaaatgttaaaactattgaaatgagttgattca |
318 |
Q |
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gttgattcgatacctattatttttttcgaaaaatgttgcctagacgataaggagttttcgtctttttaaaatgttaaaactattgaaatgagttgattca |
13566979 |
T |
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T |
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518 |
Q |
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atggccttatggttcgcaatgtttctgacgacaaatgaatttattgtcaaattctaaaaataaatagagtttgagatgttgtttcacgattttttttgga |
13566779 |
T |
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ctttttggttatggtacacttcatcgtcacgtaagtatttggcacgcgtcattatgcgcttggtgcacaccaacacatgttgaacatgtgcatgcgcatg |
618 |
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ccctcactcgatcaactccaatctatgctc |
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