View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11575_low_5 (Length: 573)

Name: NF11575_low_5
Description: NF11575
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11575_low_5
NF11575_low_5
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (14-557)||(7119729-7120275)
chr2 (171-330)||(11070719-11070877)
chr2 (349-405)||(35581411-35581467)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (21-445)||(43391011-43391455)
chr5 (161-329)||(9178893-9179061)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (160-448)||(47432087-47432362)
chr7 (105-331)||(4097626-4097852)
chr7 (135-324)||(19596157-19596349)
chr7 (22-324)||(19751050-19751354)
chr7 (331-403)||(8178034-8178106)
chr7 (355-403)||(10486495-10486543)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (14-325)||(35652969-35653280)
chr8 (90-329)||(2704058-2704297)
chr8 (25-230)||(11356028-11356233)
chr8 (346-403)||(22642813-22642870)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (333-405)||(4816748-4816820)
chr1 (346-403)||(5299488-5299545)
chr1 (346-403)||(46496843-46496900)
chr1 (285-329)||(19023364-19023408)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (346-403)||(29542257-29542314)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 469; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 557
Target Start/End: Complemental strand, 7120275 - 7119729
Alignment:
Q  14 agacacgacattatttggtgatc-aacaatgctttgaaattgggatgtgtatctgaaacactcaaggtcagtttgtgaaagctctaactaaatggtttga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7120275 agacacgacattatttggtgatccaacaatgctttgaaattgggatgtgtatctgaaacactcaaggtcagtttgtgaaagctctaactaaatggcttga 7120176  T
Q  113 gtgttatccaagtccattggaggcagaggcatttggattaagggaaactatatcttggcttggggaactaggattatcaatggtgcaaattgagctagat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7120175 gtgttatccaagtccattggaggcagaggcatttggattaagggaagctatatcttggcttggggaactaggattatcaatggtgcaaattgagctagaa 7120076  T
Q  213 ggaaagctagtgatggaaggtatcatggataaatctaacaactaatcagattatggcaatattatgtctacttgtagatcgctattacaacaatttctaa 312  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7120075 ggaaagctagtggtggaaggtatgatggataaatctaacaactaatcagattttggcaatattatgtctacttgtagatcgctattacaacaatttccaa 7119976  T
Q  313 actttaagataagttttatttgtcgccaatacattagcaagggagtcaaaattgtatgatagtcaccatgtttttgatttgattccatct--tattagtt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  7119975 actttaagataagttttatttgtcgccaatacattagcaagggagtcaaaattgtatgatagtcaccatatttttgatttgattccatcttgtattagtt 7119876  T
Q  411 ctatcatgttgaatgaaagaatataagttaccttttgtccnnnnnnnnngctttaattatctcttaaacaaaattaatcataattatctctataacaatg 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119875 ctatcatgttgaatgaaagaatataagttaccttttgtccaaaaaaaaagctttaattatctcttaaacaaaattaatcataattatctctataacaatg 7119776  T
Q  511 atgaattgattcgtggagatgcaggtaagtatcgcaggagtgatagg 557  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7119775 atgaattgattcgtggagatgcaggtaagtatcgcaggagtgatagg 7119729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 171 - 330
Target Start/End: Original strand, 11070719 - 11070877
Alignment:
Q  171 cttggggaactaggattatcaatggtgcaaattgagctagatggaaagctagtgatggaaggtatcatggataaatctaacaactaatcagattatggca 270  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| || ||| | ||| ||||| | ||||| |||||| |||  || |||||| || || ||| |||||    
T  11070719 cttggagaattaggattatcaatggtgtaaattgaacttgattgtaagttagtggtagaaggcatcatgaatagttccaacaaccaa-catattttggca 11070817  T
Q  271 atattatgtctacttgtagatcgctattacaacaatttctaaactttaagataagtttta 330  Q
    ||||| | || | || |||||| ||| |  ||||||||  |||| |||||||||||||||    
T  11070818 atattttctccaattttagatctctactggaacaattttcaaacattaagataagtttta 11070877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 349 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 35581467 - 35581411
Alignment:
Q  349 gcaagggagtcaaaattgtatgatagtcaccatgtttttgatttgattccatcttat 405  Q
    ||||||| ||||| |||||||  ||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  35581467 gcaagggtgtcaagattgtatcctagtcactaaatttttgatttgattccatcttat 35581411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 21 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 43391455 - 43391011
Alignment:
Q  21 acattatttggtgatcaacaatgctttgaaattgggatgtgtatctgaaacactcaaggtcagtttgtgaaagctctaactaaatggtttgagtgttatc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||| |||| |||||||||    
T  43391455 acattatttggtgatcaacaatgctttgaaatcgagatgtgtatccgaaacacttaaggtcagtttgtgaaagcattaactaaatagttttagtgttatc 43391356  T
Q  121 caagtccattggaggcagaggcatttggattaagggaaactatatcttggcttggggaactaggattatcaatggtgcaaattgagctagatggaaagct 220  Q
     |||||||||||| || |||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |||   |||||    
T  43391355 taagtccattggaagcggaggcattgggactaagggagactatatcttggtttggggaactaggattattaatggtgtaaattgagctggattacaagct 43391256  T
Q  221 agtgatggaaggtatcatggataaatctaacaactaatcagattatggcaatattatgtctacttgtagatcgctattacaacaatttctaaactttaag 320  Q
    |||| ||||||  || |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||| |    
T  43391255 agtggtggaagacattatggataaatctaacaaccaatcagattttggcaatattatgtctacttgtagatcactattactataatttttaaactttatg 43391156  T
Q  321 ataagttttatt-----------------tgtcgccaatacattagcaagggagtcaaaattgtatgatagtcaccatgtttttgatttgattccatct- 402  Q
    ||||||||||||                 ||||||| |||| |||||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |     
T  43391155 ataagttttattcggagacaagcaaattatgtcgcccatactttagcaagggtgtcaaaactgtatgctagtcatcatgtttttgatttgattccatttg 43391056  T
Q  403 tattagttctat--catgttgaatgaaagaatataagttaccttt 445  Q
    ||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43391055 tattagttctattatatgttgaatgaaataatataagttaccttt 43391011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 161 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 9179061 - 9178893
Alignment:
Q  161 tatatcttggcttggggaactaggattatcaatggtgcaaattgagctagatggaaagctagtgatggaaggtatcatggataaatctaacaactaatca 260  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||| ||| ||||||  |||||||||| | |||||||  |||      
T  9179061 tatatcttggcttggggaattaggattatcaatggtgtaaattgagctagattgtaagctggtggtggaagacatcatggatacaactaacaatcaatat 9178962  T
Q  261 gattatggcaatattatgtctacttgtagatcgctattacaacaatttctaaactttaagataagtttt 329  Q
    || | |||||||||  ||  || ||||||||| || |||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  9178961 gagtttggcaatatgttggttaattgtagatcacttttacaataatttttaaactttaaaataagtttt 9178893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 160 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 47432362 - 47432087
Alignment:
Q  160 ctatatcttggcttggggaactaggattatcaatggtgcaaattgagctagatggaaagctagtgatggaaggtatcatggataaatctaacaactaatc 259  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| | ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  47432362 ctatatcttggcttggggaactaggattatcaatagtgcaaatagtgctagattgcaagctagtggtggaagacatcatggataaatctaacaaccaatc 47432263  T
Q  260 agattatggcaatattatgtctacttgtagatcgctattacaacaatttctaaactttaagataagttttatttgtcgccaatacattagcaagggagtc 359  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||              ||| ||| |||| ||| ||| |||||     
T  47432262 aaattttggcaatattatgtctacttgtagattgctattacaacaatttccaaacttta--------------tgttgcctatactttaacaa-ggagtt 47432178  T
Q  360 aaaattgtatgatagtcaccatgtttttgatttgattccatct--tattagttctatcatgttgaatgaaagaatataagttaccttttgt 448  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||||  |||||||||||| ||||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  47432177 aaaattgtatgctagtcaccatattttttatttaattccatcttgtattagttctattatgttgaatgaagaaaaataagttaccttttgt 47432087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 105 - 331
Target Start/End: Original strand, 4097626 - 4097852
Alignment:
Q  105 tggtttgagtgttatccaagtccattggaggcagaggcatttggattaagggaaactatatcttggcttggggaactaggattatcaatggtgcaaattg 204  Q
    |||||||||||||||||   ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||| | || ||||| || ||||||||||||||||||| |    
T  4097626 tggtttgagtgttatccctctccatcggaagcagaggcattgggattaagggaggctatatcttagttttgggaattatgattatcaatggtgcaaatag 4097725  T
Q  205 agctagatggaaagctagtgatggaaggtatcatggataaatctaacaactaatcagattatggcaatattatgtctacttgtagatcgctattacaaca 304  Q
    |||||||| | ||| ||||| |||| |  |||||| |||||||||||||  ||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||    
T  4097726 agctagattgcaagttagtggtggatgacatcatgaataaatctaacaatcaatcgaattttggcaatattatgtctaattgtaggccactattacaaca 4097825  T
Q  305 atttctaaactttaagataagttttat 331  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||    
T  4097826 attcccaaactttaagataagttttat 4097852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 135 - 324
Target Start/End: Original strand, 19596157 - 19596349
Alignment:
Q  135 gcagaggcatttggattaagggaaactatatcttggcttggggaactaggattatcaatggtgcaaattgagctagatggaaagctagtgatggaaggta 234  Q
    ||||| ||||| |||||||||||   |||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| ||||   ||||||||| ||||||  |    
T  19596157 gcagaagcattgggattaagggagggtataacttggcttggggaattaggattatccatgatgcaaattgagccagattagaagctagtggtggaagcca 19596256  T
Q  235 tcatggataaatctaacaactaatcagattatggcaatattatgtctacttgtagatc---gctattacaacaatttctaaactttaagataa 324  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||  || | |||||||||| || ||| |||||||||   | |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  19596257 tcatggatacatcaaacaacaaatatgagtttggcaatattttggctaattgtagatcactgttattacaacattttctaaactttaagataa 19596349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 22 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 19751354 - 19751050
Alignment:
Q  22 cattatttggtgatcaacaatgctttgaaattgggatgtgtatctgaaacactcaaggtcagtttgtgaaagctctaactaaatggtttgagtgttatcc 121  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||| | || |||||  | ||| |||||||||| | ||| ||| |  |||  ||  |||||||||  | |||    
T  19751354 cattatttcgtgatcaacaatgttttggaattagaatatgtattcggaacgctcaaggtcattctgtcaaatcattaataaagaggtttgagtactttcc 19751255  T
Q  122 aagtccattggaggcagaggcatttggattaagggaaactatatcttggcttggggaactaggattatcaatggtgcaaattgagctagatggaaagcta 221  Q
     | ||| || || ||||| ||||| |||||||||||   |||| |||||||||||||| |||||||| | || |||||||||||||  |||   ||||||    
T  19751254 tactcctttagaagcagaagcattgggattaagggagggtataacttggcttggggaattaggattacccatcgtgcaaattgagccggattataagcta 19751155  T
Q  222 gtgatggaaggtatcatggataaatctaacaactaatcagattatggcaatattatgtctacttgtagatc---gctattacaacaatttctaaacttta 318  Q
    ||| ||||| |||||||||||| ||| |||||| |||  || | |||||||||| || ||| || ||||||   | |||||||||| |||||||| ||||    
T  19751154 gtggtggaa-gtatcatggatacatcaaacaacaaatacgagtttggcaatattttggctaattatagatcattgttattacaacattttctaaatttta 19751056  T
Q  319 agataa 324  Q
    ||||||    
T  19751055 agataa 19751050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 331 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 8178106 - 8178034
Alignment:
Q  331 tttgtcgccaatacattagcaagggagtcaaaattgtatgatagtcaccatgtttttgatttgattccatctt 403  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||    
T  8178106 tttgttgcccatacattagctagggagtcaaaattgtatgctagtcgccacgtttttgattggattccatctt 8178034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 355 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 10486543 - 10486495
Alignment:
Q  355 gagtcaaaattgtatgatagtcaccatgtttttgatttgattccatctt 403  Q
    ||||||||||||||   | |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10486543 gagtcaaaattgtacacttgtcaccatgtttttgattcgattccatctt 10486495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 14 - 325
Target Start/End: Original strand, 35652969 - 35653280
Alignment:
Q  14 agacacgacattatttggtgatcaacaatgctttgaaattgggatgtgtatctgaaacactcaaggtcagtttgtgaaagctctaactaaatggtttgag 113  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||    |||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||| || || |||||||  ||    
T  35652969 agacacgacattatttggtgactaacaatgcattgtaatcaaaatgtgtatttgaaatgctcaaggtcagattgtgaaagctttacctgaatggttcaag 35653068  T
Q  114 tgttatccaagtccattggaggcagaggcatttggattaagggaaactatatcttggcttggggaactaggattatcaatggtgcaaattgagctagatg 213  Q
    |||| ||||| | ||| ||| |||||||| ||  |||| |||||    |||| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |      
T  35653069 tgttgtccaacttcatcggaagcagaggcgttgagattgagggaggtcatattttgggttggggaaataggattatcaatgctgcaaattgaactatact 35653168  T
Q  214 gaaagctagtgatggaaggtatcatggataaatctaacaactaatcagattatggcaatattatgtctacttgtagatcgctattacaacaatttctaaa 313  Q
      ||||||||| |||| |  ||||||| ||||| ||| |||| |||| | | || |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| | | |    
T  35653169 acaagctagtggtggatgtcatcatgggtaaatttaataactgatcaaactttgacaatattacgtctaattgtagatcgctattacaacaattcccaga 35653268  T
Q  314 ctttaagataag 325  Q
    ||||||||||||    
T  35653269 ctttaagataag 35653280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 90 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 2704297 - 2704058
Alignment:
Q  90 aaagctctaactaaatggtttgagtgttatccaagtccattggaggcagaggcatttggattaagggaaactatatcttggcttggggaactaggattat 189  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |  ||||| | |||||| || |||||||| || || |||| ||| ||||||  ||||||||| ||| |||| || |    
T  2704297 aaagctttaacaaaatggtttgactactatcctactccattagaagcagaggctttgggtttaaaggatactatagtttggcttggtgaattaggtttgt 2704198  T
Q  190 caatggtgcaaattgagctagatggaaagctagtgatggaaggtatcatggataaatctaacaactaatcagattatggcaatattatgtctacttgtag 289  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||  | |||||||| || ||||||||| |||| || | ||||||||| || ||  |||||||    
T  2704197 caatggtgcaaattgagctagattgtaagctagtggtggacagcatcatggaaaattctaacaaccaatctgactttggcaatataatatcctcttgtag 2704098  T
Q  290 atcgctattacaacaatttctaaactttaagataagtttt 329  Q
    ||| || ||| | ||||||  |||||||||||||||||||    
T  2704097 atcacttttaaatcaatttagaaactttaagataagtttt 2704058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 25 - 230
Target Start/End: Original strand, 11356028 - 11356233
Alignment:
Q  25 tatttggtgatcaacaatgctttgaaattgggatgtgtatctgaaacactcaaggtcagtttgtgaaagctctaactaaatggtttgagtgttatccaag 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||   |||| ||||| ||||  ||| ||||||||   ||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||| |     
T  11356028 tatttggtgatcaacaatgctttggtgttggaatgtgcatctagaacgctcaaggttgttttctaaaagctttaacgaaatggtttgagtgttatcctac 11356127  T
Q  125 tccattggaggcagaggcatttggattaagggaaactatatcttggcttggggaactaggattatcaatggtgcaaattgagctagatggaaagctagtg 224  Q
    |||| | || ||||||||| | | ||||| ||||  |||||  || ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||| | |||||||||    
T  11356128 tccactagaagcagaggcactagaattaaaggaagttatatactgacttgcagaattaggactatcaatggtgcaaattaaactagattgtaagctagtg 11356227  T
Q  225 atggaa 230  Q
    ||||||    
T  11356228 atggaa 11356233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 22642870 - 22642813
Alignment:
Q  346 ttagcaagggagtcaaaattgtatgatagtcaccatgtttttgatttgattccatctt 403  Q
    ||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||    
T  22642870 ttagcgagggagtcgaatttgtatgctagtcaccaagtatttgatttgatttcatctt 22642813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000006; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 333 - 405
Target Start/End: Original strand, 4816748 - 4816820
Alignment:
Q  333 tgtcgccaatacattagcaagggagtcaaaattgtatgatagtcaccatgtttttgatttgattccatcttat 405  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  4816748 tgtcgcccatagcttagcaagggagtcaaaattgtatgctcgtcaccaagtctttgatttgatttcatcttat 4816820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 403
Target Start/End: Original strand, 5299488 - 5299545
Alignment:
Q  346 ttagcaagggagtcaaaattgtatgatagtcaccatgtttttgatttgattccatctt 403  Q
    |||||||||||| ||||||||| || | ||||||| |||||  |||||||||||||||    
T  5299488 ttagcaagggaggcaaaattgtgtgctcgtcaccacgttttcaatttgattccatctt 5299545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 346 - 403
Target Start/End: Original strand, 46496843 - 46496900
Alignment:
Q  346 ttagcaagggagtcaaaattgtatgatagtcaccatgtttttgatttgattccatctt 403  Q
    ||||||| |||| |||| ||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  46496843 ttagcaaaggaggcaaatttgtatgctcgtcaccaggttttttatttgattccatctt 46496900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 285 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 19023408 - 19023364
Alignment:
Q  285 tgtagatcgctattacaacaatttctaaactttaagataagtttt 329  Q
    ||||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  19023408 tgtaggtctctattacaacaattttcaaactttaagataagtttt 19023364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 346 - 403
Target Start/End: Original strand, 29542257 - 29542314
Alignment:
Q  346 ttagcaagggagtcaaaattgtatgatagtcaccatgtttttgatttgattccatctt 403  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29542257 ttagctagggagtcaaaattgtacgctcgtcaccatgtttttgattcgattccatctt 29542314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University