View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11578_high_7 (Length: 318)

Name: NF11578_high_7
Description: NF11578
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11578_high_7
NF11578_high_7
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (12-298)||(22831336-22831622)
chr7 (14-299)||(22805613-22805898)
chr7 (16-298)||(22858724-22859006)
chr7 (18-296)||(22809951-22810232)
chr7 (16-299)||(22815331-22815616)
chr7 (16-299)||(22840356-22840645)
chr7 (32-298)||(22898568-22898836)
chr7 (16-241)||(22842526-22842760)
chr7 (26-299)||(22876220-22876492)
chr7 (26-299)||(22889596-22889868)
chr7 (26-299)||(22894248-22894520)
chr7 (97-299)||(22880868-22881076)
chr7 (14-160)||(22873589-22873734)
chr7 (16-110)||(22885988-22886090)
chr7 (147-239)||(22914032-22914124)
chr7 (12-65)||(22841175-22841228)
chr7 (45-81)||(22881079-22881115)
chr7 (161-193)||(22885937-22885969)
chr7 (259-296)||(22885897-22885934)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-299)||(21150127-21150410)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 12 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 22831622 - 22831336
Alignment:
Q  12 ttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgt 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  22831622 ttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacacaagcattattcattcacaaactataatcatgttcctcaagcttgtgtttatgttgt 22831523  T
Q  112 tttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttc 211  Q
    |||||||||||||||| || |||||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831522 tttttcttgttacatttgtagcaagtgaagacagcagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttc 22831423  T
Q  212 agatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttc 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22831422 agatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttc 22831336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 14 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 22805898 - 22805613
Alignment:
Q  14 ggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22805898 ggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacacaagcattattcattctcaaactataatcatgttcctcaaacttgtgtttatgttgttt 22805799  T
Q  114 tttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcag 213  Q
    |||| ||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  22805798 tttcatgttacattagtagcaagtgaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggttttgctgagttaacctcag 22805699  T
Q  214 atggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttcc 299  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |  | ||  | ||   ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  22805698 atggcatactaagactcaccaatgatacagaacaagtaataggtcatgctttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttcc 22805613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 16 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 22859006 - 22858724
Alignment:
Q  16 acaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttt 115  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||| |||||||| | |||    
T  22859006 acaaaatcttataaataacaaacaccgaacagaactacacaagcattgttcattcacaaactaaaatcatgttcctcaagtttgtctttatgttatgttt 22858907  T
Q  116 tcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagat 215  Q
     |||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  22858906 gcttgttacattggtagcaagtgaagacaacggtttcatctataaaggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcaact 22858807  T
Q  216 ggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttc 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  22858806 ggcttactaagactcaccaatgatatcgggcaagatacagcacatgctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacacttc 22858724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 22810232 - 22809951
Alignment:
Q  18 aaaatcttataaataataaacaccgaacag---aactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgtttt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  22810232 aaaatcttataaataataaacattgaacagcagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttcctcaagcttgtgtttatgttgtttt 22810133  T
Q  115 ttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcaga 214  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  22810132 ttcttgttacattagtagcaagtaaagataacagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaaccccaga 22810033  T
Q  215 tggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacact 296  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |  |  || | || | |||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||    
T  22810032 tggcttactaagactcaccaatgatacagaacatgaaaaaggacatgctttctatccaaatcctgtagttttcaaaaacact 22809951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 22815616 - 22815331
Alignment:
Q  16 acaaaatcttataaataataaa-caccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaacta-taatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttt 113  Q
    |||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||    
T  22815616 acaaaatcttataaataacaaaacatcaaacagaactacagaagcattgttcattcacaaactaataatcatgttcctcaaacatgtgttcatgttgttt 22815517  T
Q  114 tttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcag 213  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||     
T  22815516 tttctcgttacattggtagcaagtgtagacaacagtttcatatataatggattccaatcatcacatttaaatcttgatggtattgctgagttaacctcaa 22815417  T
Q  214 atggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttcc 299  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |    ||  | || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  22815416 atggcttactaaaactcaccaatgatacagaaagagccaaaggatatgctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacacttcc 22815331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 22840645 - 22840356
Alignment:
Q  16 acaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||    
T  22840645 acaaaatcttataaataataaacaccaaacagaactacagaagcatcatttattcacaaactataatcatgttcatcaaacttgtgttcatgttgttttt 22840546  T
Q  116 tcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatct------ataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaact 209  Q
    || |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| |     
T  22840545 tcatgttacattggtagcaagtatagacaacagtttcatctataaatataatggattccaatcatcaaatttatatcttgatggtaccgctgagttagcc 22840446  T
Q  210 tcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttcc 299  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||    | ||| | || | | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  22840445 tcaactggcttactaagactcaccaatgatacaaaacaagaaaaaggacaagctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacacttcc 22840356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 32 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 22898836 - 22898568
Alignment:
Q  32 aataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaacta---taatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttacattg 128  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  22898836 aataaacactaaacagaactacagaatcattatt-attcacaaactactataatcatgttcctcaagcttgcgttcatgttgttttttcatgttacattg 22898738  T
Q  129 gtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagac 228  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||  |||||||||| ||||    
T  22898737 gtagcaagtaaagataacagtttcatctataatggtttccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttacttagac 22898638  T
Q  229 tcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttc 298  Q
    ||||||||||||||  || ||| | |||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||    
T  22898637 tcaccaatgataccaagcaagaaaaagcacatgctttctatccaaatcctatagttttcaagaacacttc 22898568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 16 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 22842760 - 22842526
Alignment:
Q  16 acaaaatcttataaataataaacaccgaacag---aactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  22842760 acaaaatcttataaataataaacattgaacagcagaactacagaagcattgttcattcacaaacaataatcatgttcctcaagcttgtgtttatgttgtt 22842661  T
Q  113 ttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataat------ggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagtta 206  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||      |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  22842660 ttttcttgttacattggtagcaagtgaagacaacagtttcatctataataatagaggattccaatcatttcatttgtatcttgatggtattgctgagtta 22842561  T
Q  207 acttcagatggcttactaagactcaccaatgatac 241  Q
    || |||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  22842560 acctcaggtggcttaccaagactcaccaatgatac 22842526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 26 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 22876492 - 22876220
Alignment:
Q  26 ataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttaca 125  Q
    ||||||||||||||   ||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||||  ||  |||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  22876492 ataaataataaacaatcaacagaactgcataagcattatt-atccacaaactataatcatgttcttcaggcttgtgttcatgttgttttatcttgttaca 22876394  T
Q  126 ttggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaa 225  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  22876393 ttggtagcaagtgaagaaaacagtttcatctataatggattccaatcatcaaatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaatggcttactaa 22876294  T
Q  226 gactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttcc 299  Q
     ||||||||||||||| |     || | || | ||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  22876293 aactcaccaatgatacagaatatgaaaaaggacatggtttctatccaaatcctatagttttcaaaaacacttcc 22876220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 26 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 22889868 - 22889596
Alignment:
Q  26 ataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttaca 125  Q
    |||||||| |||||  |||| |||||  | |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  22889868 ataaataagaaacaatgaaccgaactgtataagcattatt-attcacaacctataatcatgttcctcagacatgtgttcatgttgttttttcatgttaca 22889770  T
Q  126 ttggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaa 225  Q
    ||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  22889769 ttggttgcaagtgaagacaacagtttcatatataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaactacaaatggcttactaa 22889670  T
Q  226 gactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttcc 299  Q
     ||||||||||||||| |    ||| | || | ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  22889669 aactcaccaatgatacagaaagagacaaaggacatggtttctatccaaatccaatagttttcaaaaacacttcc 22889596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 26 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 22894520 - 22894248
Alignment:
Q  26 ataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttttcttgttaca 125  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22894520 ataaataataaacactgaacagaactgtataagcattatt-attcacaaactataatcatgttcctcaggcttgtgtttatgttgttttttcttgttaca 22894422  T
Q  126 ttggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaa 225  Q
    |||||  ||||| |||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||  ||||||||||||    
T  22894421 ttggtaccaagtgaagacaaaagtttcatctataatgatttccaatcatctcatttgtatcttgatggtattgctaatttaacctccaatggcttactaa 22894322  T
Q  226 gactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttcc 299  Q
    ||||||||||||| |||   | ||| | |||| |||||||||||||||| | ||||||||| || |||||||||    
T  22894321 gactcaccaatgacaccaaacaagaaaaagcacatgctttctatccaaaccctatagttttgaagaacacttcc 22894248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 97 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 22881076 - 22880868
Alignment:
Q  97 ttgtgtttatgttgttttttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataa------tggattccaatcatcacatttatatcttga 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||      ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22881076 ttgtgtttatgttgttttttcttgttacattgatagcaagtgaagaaaacagtttcatctataaatacaatggattccattcatcacatttatatcttga 22880977  T
Q  191 tggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaa 290  Q
    |||||||||| || |||  ||| ||||||||||||||||||||||||| || |    ||  | || |||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  22880976 tggtattgctaaggtaaactcaaatggcttactaagactcaccaatgacacagaaagagccaaaggatatgctttctatccaaatcctatagttttcaaa 22880877  T
Q  291 aacacttcc 299  Q
    |||||||||    
T  22880876 aacacttcc 22880868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 14 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 22873734 - 22873589
Alignment:
Q  14 ggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttt 113  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||| || |||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||  |||||| | |||||||||    
T  22873734 ggacaaaatcatataaataataaacactgaatagaactgcataagcattatt-attcacaatccataatcatgttcctcaggcttgtgctcatgttgttt 22873636  T
Q  114 tttcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataa 160  Q
    | |||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  22873635 tatcttgttacattagtagcaagtgaagacaacagtttcatctataa 22873589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 22886090 - 22885988
Alignment:
Q  16 acaaaatcttataaataataaacaccgaaca--------gaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||    
T  22886090 acaaaatcttataaataataaacaccgaacactcgaacagaactacagaagcatgattcattctcaaactataatcatgttcctcagacttgtgttcatg 22885991  T
Q  108 ttg 110  Q
    |||    
T  22885990 ttg 22885988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 147 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 22914124 - 22914032
Alignment:
Q  147 agtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagatggcttactaagactcaccaatgat 239  Q
    |||||||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||| ||||||||| | |||||||||    
T  22914124 agtttcacatataatggtttcaaatcatcacatttatatcttgatggtgttgctgaattaacctcaaatggtttactaagattaaccaatgat 22914032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 22841228 - 22841175
Alignment:
Q  12 ttggacaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattatt 65  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || ||| ||||||    
T  22841228 ttggacaaaatcttataaataataaacactgaacataactgcataagaattatt 22841175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 22881115 - 22881079
Alignment:
Q  45 cagaactacagaagcattattcattcacaaactataa 81  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22881115 cagaactacagaagtattattcattcacaaactataa 22881079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 161 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 22885969 - 22885937
Alignment:
Q  161 tggattccaatcatcacatttatatcttgatgg 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22885969 tggattccaatcatcacatttatatcttgatgg 22885937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 259 - 296
Target Start/End: Complemental strand, 22885934 - 22885897
Alignment:
Q  259 atgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacact 296  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  22885934 atgctttctatccaaatcctatagttttcaaaaacact 22885897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 16 - 299
Target Start/End: Original strand, 21150127 - 21150410
Alignment:
Q  16 acaaaatcttataaataataaacaccgaacagaactacagaagcattattcattcacaaactataatcatgttccacaaacttgtgtttatgttgttttt 115  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||      
T  21150127 acaaaatcttataaataataaacatcaaacagaactacagaagcattgttcattcacaaactataatcatgttcctcaagcttgtgtttatgttgtttaa 21150226  T
Q  116 tcttgttacattggtggcaagtaaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacttcagat 215  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  21150227 tcttgttacattggtagcaagtgaagataacagtttcatctataatggattccaatcatcacatttatatcttgatggtattgctgagttaacctcaaat 21150326  T
Q  216 ggcttactaagactcaccaatgataccgggccagatacagcatatgctttctatccaaatcatatagtttttaaaaacacttcc 299  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| |  |  || | ||   |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  21150327 ggcttactaagactcactagtgatacagatcatgaaatagggcatgctttctatccaaatcctatagttttcgaaaacacttcc 21150410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University