View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11579_low_3 (Length: 845)

Name: NF11579_low_3
Description: NF11579
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11579_low_3
NF11579_low_3
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (1-835)||(2807249-2808083)
chr3 (1-835)||(2837922-2838756)
chr3 (1-835)||(2855132-2855966)
chr3 (1-835)||(5412868-5413702)
chr3 (1-835)||(2759196-2760030)
chr3 (1-835)||(2769051-2769885)
chr3 (1-835)||(2818539-2819373)
chr3 (1-835)||(2748977-2749811)
chr3 (1-835)||(2797343-2798177)
chr3 (190-835)||(2790491-2791136)
chr3 (1-143)||(2790349-2790491)
chr3 (484-570)||(3201409-3201495)
chr3 (101-162)||(21945671-21945732)
chr3 (101-162)||(22104770-22104831)
chr3 (101-162)||(22187035-22187096)
chr3 (106-162)||(21930473-21930529)
chr3 (106-162)||(22028052-22028108)
chr3 (106-162)||(22034569-22034625)
chr3 (107-162)||(22052786-22052841)
chr3 (106-193)||(22208072-22208159)
chr3 (112-170)||(22368262-22368320)
chr3 (109-158)||(22436996-22437045)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (5-835)||(5474-6304)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (778-835)||(11116821-11116880)
chr1 (640-703)||(11116878-11116940)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (101-162)||(27294595-27294656)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 835
Target Start/End: Original strand, 2807249 - 2808083
Alignment:
Q  1 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggaattgaaggccaaaaagaacaattgtctggttggctattggatggtgcagctgagcgcgcagtga 100  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||  || || |||| || |||||| |||| ||||||| |||| |||||||||| | ||||    
T  2807249 tcttccctttttattgaagaaagagaaattgtaggatttgaattcccaagagaagaaatgtctgtttggttattggagggtgtagctgagcgcacggtga 2807348  T
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacggcaaactttgattgtcgtgcttgcgt 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  || |||||||||||||||||||| |    
T  2807349 tttcggtggtaggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgatagccaaacggtaacaacacactttgattgtcgtgcttgcat 2807448  T
Q  201 cacagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaaccgaagaccctcttccaaataagttacgcaaa 300  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807449 cgcagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaataagttacgcaaa 2807548  T
Q  301 ttggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatgggaagaagatttttccgacc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  2807549 ttggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgacc 2807648  T
Q  401 aggttgaaatggccatgcctaacaacaaaaaaggtagcaggatcataatcacaactagaatgatgcaagctgcagattttttcaagaaatcatttctagt 500  Q
    |||||||| | || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2807649 aggttgaatttgctatgcctaacaacaataaaggtagtaggatcataatcacaactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttctagt 2807748  T
Q  501 ccatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatttgaacttggtcagcgttgtccattagag 600  Q
     |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |  ||  ||||||   |||    
T  2807749 tcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagattcgatcttgatgggcactgtccaccggag 2807848  T
Q  601 cttgaggctgtgtcaaaagaaattgttgaaaaatgcaagcagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaagataaaacaataa 700  Q
    ||||||||| |||||| ||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||    
T  2807849 cttgaggctatgtcaatagatattgttcgaaaatgcaagcagctacctttggcaattgtagctattggcggtctactttcaacaaaatataaaacaataa 2807948  T
Q  701 ttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcgtggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttgttacttagttatgatggcct 800  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||| |    
T  2807949 tggaatgggaaaaggtgagtcaaaatctgagcttggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttatcactgagttacgatggctt 2808048  T
Q  801 accttactacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
     || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2808049 gccctactacttgaaaccctgcattttgtattttg 2808083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 2838756 - 2837922
Alignment:
Q  1 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggaattgaaggccaaaaagaacaattgtctggttggctattggatggtgcagctgagcgcgcagtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| || | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |    
T  2838756 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggatttgaaggcccaagagaagaaatatatggttggttattggagggtgcagctgagcgcacagtca 2838657  T
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacggcaaactttgattgtcgtgcttgcgt 200  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||    
T  2838656 tatcagtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagccaaaaggtaacagcaaactttgattgttatgcttgcgt 2838557  T
Q  201 cacagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaaccgaagaccctcttccaaataagttacgcaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||| | | ||| | ||||    
T  2838556 cacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccacagatgttgcacaaa 2838457  T
Q  301 ttggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatgggaagaagatttttccgacc 400  Q
      ||||||| | |||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  2838456 aaggatgaccagtcactgattgaagaagtgaggcaatacctccaacataagaggtacttgatattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgacc 2838357  T
Q  401 aggttgaaatggccatgcctaacaacaaaaaaggtagcaggatcataatcacaactagaatgatgcaagctgcagattttttcaagaaatcatttctagt 500  Q
    || ||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||      
T  2838356 agattgaatttgccatgcctaataacaataaaggtagtaggatcataatcactactagaatgatgcatgttgcagaatttttcaagaaatcctttctaac 2838257  T
Q  501 ccatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatttgaacttggtcagcgttgtccattagag 600  Q
     ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||  ||||    
T  2838256 tcatattcataacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgtaagaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccaccagag 2838157  T
Q  601 cttgaggctgtgtcaaaagaaattgttgaaaaatgcaagcagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaagataaaacaataa 700  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| |    
T  2838156 cttaaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaaatgcaagcagctacctctggcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatga 2838057  T
Q  701 ttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcgtggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttgttacttagttatgatggcct 800  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |  || ||||||||  ||||    
T  2838056 ttgaatggcaaaacgtgagtgaaaatatgagactggaattgggacgtaatgcccatttaactagtctaacaaagattttatctctcagttatgacagcct 2837957  T
Q  801 accttactacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
     || ||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  2837956 gccgtactatttaaaaccatgcattttgtattttg 2837922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 475; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 2855966 - 2855132
Alignment:
Q  1 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggaattgaaggccaaaaagaacaattgtctggttggctattggatggtgcagctgagcgcgcagtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||  | ||||||||  |||||    
T  2855966 tcttcccttttcattgaagaaacagaagttgtaggcattgaaggcccaaaagaagaattgtctggttggttattggaaggtatatctgagcgcaaagtga 2855867  T
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacggcaaactttgattgtcgtgcttgcgt 200  Q
    |||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |    
T  2855866 tttcagtggtgggaatggggggtataggaaaaactactcttgccaagctaatttttgacagccaaaaggtaacaacaaactttgattgtcgtgcttgcat 2855767  T
Q  201 cacagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaaccgaagaccctcttccaaataagttacgcaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||   | ||| | ||||    
T  2855766 cacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagaccctcttccactgatgttgcacaaa 2855667  T
Q  301 ttggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatgggaagaagatttttccgacc 400  Q
     |||||||| | ||||||||| || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  2855666 atggatgaccagtcactgattatacaagtaaggcaatacctgcaacataagaggtatttggtattctttgatgatgtttggcaagaagatttttccgacc 2855567  T
Q  401 aggttgaaatggccatgcctaacaacaaaaaaggtagcaggatcataatcacaactagaatgatgcaagctgcagattttttcaagaaatcatttctagt 500  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||      
T  2855566 aggttgaatttgccatgcctaataacaataaaggtagtaggatcataatcactactagaatgatgcatgttgcagaatttttcaagaaatcctttctaac 2855467  T
Q  501 ccatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatttgaacttggtcagcgttgtccattagag 600  Q
     ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  || |||||||  ||||    
T  2855466 tcatattcataacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgtaagaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccaccagag 2855367  T
Q  601 cttgaggctgtgtcaaaagaaattgttgaaaaatgcaagcagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaagataaaacaataa 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| |    
T  2855366 cttgaggctgtgtcaaaagaaattgttctaaaatgcaagcagctacctctggcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatga 2855267  T
Q  701 ttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcgtggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttgttacttagttatgatggcct 800  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |  || ||||||||  ||||    
T  2855266 ttgaatggcaaaacgtgagtgaaaatatgagattggaattgggacgtaatgcccatttaaccaatctaacaaagattttatctctcagttatgacagcct 2855167  T
Q  801 accttactacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
     || ||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  2855166 gccgtactatttaaaaccatgcattttgtattttg 2855132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 467; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 835
Target Start/End: Original strand, 5412868 - 5413702
Alignment:
Q  1 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggaattgaaggccaaaaagaacaattgtctggttggctattggatggtgcagctgagcgcgcagtga 100  Q
    |||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  |||| |    
T  5412868 tcttccctattcattacagaaacagaagttgtaggaattgaaggtccaaaagaagaattgtctggttggttattggatggtgcagcggaacgtacagtca 5412967  T
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacggcaaactttgattgtcgtgcttgcgt 200  Q
    | ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  5412968 tatcagtggtaggaatggggggcctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagccaaaaggtatcagcacactttgattgttgtgcttgcgt 5413067  T
Q  201 cacagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaaccgaagaccctcttccaaataagttacgcaaa 300  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||| |||||||  | | ||||| ||||    
T  5413068 aacagtttctcaatcatacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattttgtcggggaactgaagactctcttccgcagatgttacacaaa 5413167  T
Q  301 ttggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatgggaagaagatttttccgacc 400  Q
     ||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || ||||    
T  5413168 atggatgaccggtcactgattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaacaagatttctctgacc 5413267  T
Q  401 aggttgaaatggccatgcctaacaacaaaaaaggtagcaggatcataatcacaactagaatgatgcaagctgcagattttttcaagaaatcatttctagt 500  Q
    |||||||| | || |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||    
T  5413268 aggttgaatttgcgatgcctaaaaacaataaaggtagtaggatcataatcaccactagaatgatgcaagttgcggattttttcaaaaaatcctttctagt 5413367  T
Q  501 ccatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatttgaacttggtcagcgttgtccattagag 600  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || ||| ||||||||||||||  |  ||||||||  |||    
T  5413368 atatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactttactgcaagaaggtgtttggatttgaacttggtgggaattgtccatcggag 5413467  T
Q  601 cttgaggctgtgtcaaaagaaattgttgaaaaatgcaagcagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaagataaaacaataa 700  Q
    ||| ||| ||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||| |    
T  5413468 cttcaggatgtatcgaaagaaattgttcgaaaatgcaagcagcttcctctagaaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatta 5413567  T
Q  701 ttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcgtggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttgttacttagttatgatggcct 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  5413568 ttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcctggaattaggacgtaatgcccatttaacgagtctaacaaagattctgtcacttagttacgatggcct 5413667  T
Q  801 accttactacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5413668 tccttactacttgaaaccatgcattttgtattttg 5413702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 835
Target Start/End: Original strand, 2759196 - 2760030
Alignment:
Q  1 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggaattgaaggccaaaaagaacaattgtctggttggctattggatggtgcagctgagcgcgcagtga 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| || | | ||||||| ||||||| ||| ||||||| ||| ||||||    
T  2759196 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggatttgaaggcccaaaagaagaactatatggttggttattggagggttcagctgaacgcacagtga 2759295  T
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacggcaaactttgattgtcgtgcttgcgt 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||||||||  |||||| |    
T  2759296 tttcagtggtaggaatggggggtctcggcaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaacacagtttgattgtcaagcttgcat 2759395  T
Q  201 cacagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaaccgaagaccctcttccaaataagttacgcaaa 300  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  2759396 cgtagtttctcaatcatacactgtgagaggattactgataaaaatgatggcgcaattttgtcaggaaactgaagaccctcttccaaagaagttacacaaa 2759495  T
Q  301 ttggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatgggaagaagatttttccgacc 400  Q
     |||||||||  |||||||||  ||| || ||| ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2759496 atggatgacaggtcactgattacagaggtaaggaaatacctagaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttccgacc 2759595  T
Q  401 aggttgaaatggccatgcctaacaacaaaaaaggtagcaggatcataatcacaactagaatgatgcaagctgcagattttttcaagaaatcatttctagt 500  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759596 aggttgaatttgccatgcctaataacaacaaaggtagtaggatcataatcaccactagaattatgcaagttgcagattttttcaagaaatcatttctagt 2759695  T
Q  501 ccatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatttgaacttggtcagcgttgtccattagag 600  Q
     |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||   ||||||||||   |||    
T  2759696 tcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatatgatcttggagggcgttgtccaccggag 2759795  T
Q  601 cttgaggctgtgtcaaaagaaattgttgaaaaatgcaagcagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaagataaaacaataa 700  Q
    |||||||||||| |||||||||||||  |||| | |||||| || ||  | |||||||| ||| ||| |||  ||||||||||||||  |||||| || |    
T  2759796 cttgaggctgtggcaaaagaaattgtgcaaaagttcaagcaactacctcttgcaattgtggccgttgctggtctactttcaacaaaatctaaaaccatga 2759895  T
Q  701 ttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcgtggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttgttacttagttatgatggcct 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  2759896 ttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatttgagcctggagttggggtgtaatacccatttaacgagtctaacaaagattttgtcgcttagttatgatggcct 2759995  T
Q  801 accttactacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
     ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2759996 gcctcactacttgaaaccatgcattttgtattttg 2760030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 835
Target Start/End: Original strand, 2769051 - 2769885
Alignment:
Q  1 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggaattgaaggccaaaaagaacaattgtctggttggctattggatggtgcagctgagcgcgcagtga 100  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||| || |||| |||| | ||||||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||    
T  2769051 tcttccctctttattgaagaaacagaaattgtaggattggaaggcccaagagaagaattatttggttggttattggagggtgcagctaagcgcacagtga 2769150  T
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacggcaaactttgattgtcgtgcttgcgt 200  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  2769151 tatcagtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaaactagtttatgacagccaaaaggtaactgcaaactttgattgtcgtgcttgcat 2769250  T
Q  201 cacagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaaccgaagaccctcttccaaataagttacgcaaa 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| | ||||| ||||    
T  2769251 cacagtttctcaatcatacactgtgagagggttactgataaaaatgatggagcaattttgtcaggaaactgaagaacctctgctaaagatgttacacaaa 2769350  T
Q  301 ttggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatgggaagaagatttttccgacc 400  Q
     |||||||||  |||||| |  |||| || ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2769351 atggatgacatgtcactggtaatagaggtaaggaaatacctacaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttccgacc 2769450  T
Q  401 aggttgaaatggccatgcctaacaacaaaaaaggtagcaggatcataatcacaactagaatgatgcaagctgcagattttttcaagaaatcatttctagt 500  Q
    |||||||| |  ||||||| || ||||| ||| |||| ||||||||||| || || ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2769451 aggttgaattttccatgccaaataacaataaacgtagtaggatcataataaccacaagaatgatgcatgttgcagattttttcaagaaatcctttctagt 2769550  T
Q  501 ccatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatttgaacttggtcagcgttgtccattagag 600  Q
     |||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |  ||  ||||||  ||||    
T  2769551 tcatgttcttaacatgcaacttttgcctcctaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagcattcagatttgaacttgatgggcaatgtccaccagag 2769650  T
Q  601 cttgaggctgtgtcaaaagaaattgttgaaaaatgcaagcagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaagataaaacaataa 700  Q
    ||| || |  |||| ||||||||||||  ||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||  || |||||||||||  |||||||| ||    
T  2769651 cttcagtccatgtctaaagaaattgttcgaaaatgcaagcagctacctctggcaattgtagccattggtggtctattttcaacaaaatctaaaacaagaa 2769750  T
Q  701 ttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcgtggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttgttacttagttatgatggcct 800  Q
     |||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  2769751 ctgaatggcaaaaggtgagtcaaaagctaaacctggagttgggacgtaatgcccatttatctagtctaacaaagattttgtctcttagttatgatggcct 2769850  T
Q  801 accttactacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2769851 tccttactacttgaaaccatgcattttgtattttg 2769885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 835
Target Start/End: Original strand, 2818539 - 2819373
Alignment:
Q  1 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggaattgaaggccaaaaagaacaattgtctggttggctattggatggtgcagctgagcgcgcagtga 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  | |||| || | | ||||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  2818539 tcttctcttttcattgaagaaacagaaatcgtaggatttgaaggcccgagagaagaactatatggttggttattggagggtgcagccgagcgcacagtga 2818638  T
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacggcaaactttgattgtcgtgcttgcgt 200  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||||||||| |||||| |    
T  2818639 tatcagtggtaggaatggggggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaacacagtttgattgtcgagcttgcat 2818738  T
Q  201 cacagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaaccgaagaccctcttccaaataagttacgcaaa 300  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||||||  || | | |  |||||||||    
T  2818739 cgtagtttctcaatcatacactgtgagaggattactgataaaaatgatggagcaattttatcaggaagctgaagaccctgatctagagattttacgcaaa 2818838  T
Q  301 ttggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatgggaagaagatttttccgacc 400  Q
     |||||||||  | ||||||| |||| || ||| ||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2818839 atggatgacaggttactgattatagaggtaaggaaatacctagaacataagaggtatttaatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttccgacc 2818938  T
Q  401 aggttgaaatggccatgcctaacaacaaaaaaggtagcaggatcataatcacaactagaatgatgcaagctgcagattttttcaagaaatcatttctagt 500  Q
    |||||||| | |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2818939 aggttgaatttgccatgcccaataacaacaaaggtagtaggatcataatcaccacaagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcatttctagt 2819038  T
Q  501 ccatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatttgaacttggtcagcgttgtccattagag 600  Q
     |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||   |||||||||   ||     
T  2819039 tcatgttcacaacttgcaacttttgactccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttaggtctgagcttggtggtcgttgtccaccggaa 2819138  T
Q  601 cttgaggctgtgtcaaaagaaattgttgaaaaatgcaagcagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaagataaaacaataa 700  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||  | || |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||| || |    
T  2819139 cttgaggttgtggcaaaagaaattgttcaaaaattcaagcaattacctttggcaatcgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaaccatga 2819238  T
Q  701 ttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcgtggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttgttacttagttatgatggcct 800  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  2819239 tcgaatggcaaaaggtgagtcaaaatttgagcctggagttggaacgtaatgcccatttaacgagtctaacaaagattttgtcgcttagttatgatggcct 2819338  T
Q  801 accttactacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
     ||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  2819339 ccctcactacctgaaaccatgcattttgtattttg 2819373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 411; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 835
Target Start/End: Original strand, 2748977 - 2749811
Alignment:
Q  1 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggaattgaaggccaaaaagaacaattgtctggttggctattggatggtgcagctgagcgcgcagtga 100  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| |||| || ||||||| || ||||||| || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||| | ||||    
T  2748977 tcttctctttttattgaagaaacagaagttgttggtattgaagtcccaaaagaagaactgtctggttggttattggatggtgaagctgagcgcacggtga 2749076  T
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacggcaaactttgattgtcgtgcttgcgt 200  Q
    | || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  2749077 tatccgtggtaggaatgggaggcctaggaaaaaccactcttgccaagctagtttttgaaagcaaaaaggtatcagcacactttgattgtcgtgcttgcgt 2749176  T
Q  201 cacagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaaccgaagaccctcttccaaataagttacgcaaa 300  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||| |   ||  ||||| ||||||   | | ||||| ||||    
T  2749177 cacagtttctcaatcttacactgtgagaggtttgttgataaacatgatggagcaattctgtcggagtactaaagactctcttctgcagatgttacacaaa 2749276  T
Q  301 ttggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatgggaagaagatttttccgacc 400  Q
     |||||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||    
T  2749277 atggatgaccagtcactaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgacgtatggcaagaagattttgcggacc 2749376  T
Q  401 aggttgaaatggccatgcctaacaacaaaaaaggtagcaggatcataatcacaactagaatgatgcaagctgcagattttttcaagaaatcatttctagt 500  Q
    ||||| || | |||||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||||||| | | ||||||||||||||| ||||| ||||||      
T  2749377 aggttcaatttgccatgccaaataacaataaaggtagtaggattatcatcaccactagaatgatgtatgttgcagattttttcaaaaaatcctttctaac 2749476  T
Q  501 ccatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatttgaacttggtcagcgttgtccattagag 600  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||   | |||||||| |||     
T  2749477 tcatattcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaacttttctgcaagagagtatttagatatgagcttggtggacattgtccatcagaa 2749576  T
Q  601 cttgaggctgtgtcaaaagaaattgttgaaaaatgcaagcagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaagataaaacaataa 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||| ||  | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||||| |    
T  2749577 cttgaggctgtgtcaaaagaaattgttcaaaagtgcaggcagctacctctagcaattgtagctattggtggtttactttcaacaaaatctaaaacaatga 2749676  T
Q  701 ttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcgtggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttgttacttagttatgatggcct 800  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||  |||||  ||||||| | | ||||||||||||||| ||    
T  2749677 ttgaatggcaaaaggtgagtgaaaatctgagtctggaattaggacgtaatgcccatttaacgtgtctagtaaagattctatcacttagttatgatggact 2749776  T
Q  801 accttactacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
     ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2749777 tccttattacttgaaaccatgcattttgtattttg 2749811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 835
Target Start/End: Original strand, 2797343 - 2798177
Alignment:
Q  1 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggaattgaaggccaaaaagaacaattgtctggttggctattggatggtgcagctgagcgcgcagtga 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||| |||||||||  |  ||| |||||||||||||| || | || ||  ||||||||||| ||||||    
T  2797343 tcttccctttttattgaagaaactgcaattgtcggatttgaaggcccgagggaagaattgtctggttggttactagagggcacagctgagcgcacagtga 2797442  T
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacggcaaactttgattgtcgtgcttgcgt 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||| |    
T  2797443 tttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgccaagctagttttcgacagtcaaaaggtaacaacaaaatttgattgtcgtgcttgcat 2797542  T
Q  201 cacagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaaccgaagaccctcttccaaataagttacgcaaa 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |  |||| |||||||||||| ||||||||   ||||| |||  |||||||    | | ||||| ||||    
T  2797543 cacagtttctcaatcatacaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgtagcgaaactgaaagccctcttttgcagatgttacacaaa 2797642  T
Q  301 ttggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatgggaagaagatttttccgacc 400  Q
     |||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||    
T  2797643 atggatgacaagtcattgattatacaagtgaggcaatacctgcaacataaaaagtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagacttttctgacc 2797742  T
Q  401 aggttgaaatggccatgcctaacaacaaaaaaggtagcaggatcataatcacaactagaatgatgcaagctgcagattttttcaagaaatcatttctagt 500  Q
    |||||||| | ||||||||||| ||||| ||||  |  |||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  2797743 aggttgaatttgccatgcctaataacaacaaagcaaataggatcatcatcaccacgagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaatcctttcaagt 2797842  T
Q  501 ccatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatttgaacttggtcagcgttgtccattagag 600  Q
     |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||  || |||||||  ||||    
T  2797843 tcatgttcacaacttgcaacttttgacaccaaacaaatcatgggaactcttctgcaagaaagcattcagatttgaggttggtgggcattgtccaccagag 2797942  T
Q  601 cttgaggctgtgtcaaaagaaattgttgaaaaatgcaagcagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaagataaaacaataa 700  Q
    ||| |  |  |||||| |||||| |||  ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  || |||| ||||||| ||||||  | |    
T  2797943 cttaactccatgtcaatagaaatagttcgaaaatgcaagcagctacccctggcaattgtagccattggtggtctattttcgacaaaagctaaaactgtga 2798042  T
Q  701 ttgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcgtggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttgttacttagttatgatggcct 800  Q
     ||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |  |||||||| ||| ||||    
T  2798043 ctgaatggaaaatggtgagtcaaaatctgaacctggagttgggacgcaatgcccatttaactagtcttacaaagattttatctcttagttacgatagcct 2798142  T
Q  801 accttactacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
     ||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2798143 tcctttttacttgaaaccatgcattttgtattttg 2798177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 282; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 190 - 835
Target Start/End: Original strand, 2790491 - 2791136
Alignment:
Q  190 cgtgcttgcgtcacagtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaaccgaagaccctcttccaaata 289  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||| ||| |  |||| |||||||||||| ||||||||   ||||| |||| |||||||    | |    
T  2790491 cgtgcttgcatcaccgtttctcaatcattcaccgtgagggggatattgatcaacatgatggaggaattttgtagcgaaactgaaggccctcttttgcaga 2790590  T
Q  290 agttacgcaaattggatgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatgggaagaaga 389  Q
     ||||| |||| |||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  2790591 tgttacacaaaatggatgacaagtcactcattctacaagtgaggcaatacctgaaacataaaaagtatttgatattcttcgatgatgtatggcaagaaga 2790690  T
Q  390 tttttccgaccaggttgaaatggccatgcctaacaacaaaaaaggtagcaggatcataatcacaactagaatgatgcaagctgcagattttttcaagaaa 489  Q
    ||||||||||||| ||||| | ||||| || || ||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2790691 tttttccgaccagattgaatttgccattccaaataacaataaaggttgtaggatcataatcaccactagaatgatgcaagttgcagattttttcaagaaa 2790790  T
Q  490 tcatttctagtccatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatttgaacttggtcagcgtt 589  Q
    || |||||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||  || ||    
T  2790791 tcttttctagttcatgttcacaacttgcaacttttgacaccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagcattcagatttgagcttggtgggcatt 2790890  T
Q  590 gtccattagagcttgaggctgtgtcaaaagaaattgttgaaaaatgcaagcagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaaga 689  Q
    |||||  ||||||| ||    |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |  ||||  |||||||||||||||     
T  2790891 gtccaccagagcttaagttcatgtcaaaagaaattgttcgaaaatgcaagcagctacccctggcaattgtagccgtcagtggtctactttcaacaaaagc 2790990  T
Q  690 taaaacaataattgaatggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcgtggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttgttacttagt 789  Q
    ||||||  | | ||||||| ||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |  || |||    
T  2790991 taaaaccgtgactgaatggaaaatggtgagtcaaaacctgaacctggagttgggacgtaatgcccatttatctagtctaacaaagattttatctctgagt 2791090  T
Q  790 tatgatggcctaccttactacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
    |||||| |||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2791091 tatgatagcctgccctactacttgaaaccatgcattttgtattttg 2791136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Original strand, 2790349 - 2790491
Alignment:
Q  1 tcttcccttttcattgaagaaacagaaattgtaggaattgaaggccaaaaagaacaattgtctggttggctattggatggtgcagctgagcgcgcagtga 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||||||||  |  ||| |||||||||||||| ||||||| ||  ||||||||||| ||||||    
T  2790349 tcttcccttttcattgaagaaactgcaattgtcggatttgaaggcccgagggaagaattgtctggttggttattggagggcacagctgagcgcacagtga 2790448  T
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgc 143  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2790449 tttcagtggttggaatgggaggtctaggaaaaaccactcttgc 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 484 - 570
Target Start/End: Original strand, 3201409 - 3201495
Alignment:
Q  484 aagaaatcatttctagtccatgttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttaga 570  Q
    |||||||| ||||| || ||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || | |||||||    
T  3201409 aagaaatcttttcttgttcatattcaccacctacaacctttgcctccaaacaaagcgtgggaactgttttgcaacaaggcatttaga 3201495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 162
Target Start/End: Original strand, 21945671 - 21945732
Alignment:
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagc 162  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  21945671 tttccgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgacagc 21945732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 162
Target Start/End: Original strand, 22104770 - 22104831
Alignment:
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagc 162  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  22104770 tttcggtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagagagtttttgacagc 22104831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 101 - 162
Target Start/End: Original strand, 22187035 - 22187096
Alignment:
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagc 162  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  22187035 tttctgtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagc 22187096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 162
Target Start/End: Original strand, 21930473 - 21930529
Alignment:
Q  106 gtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagc 162  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  21930473 gtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagc 21930529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 162
Target Start/End: Original strand, 22028052 - 22028108
Alignment:
Q  106 gtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagc 162  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  22028052 gtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagc 22028108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 106 - 162
Target Start/End: Original strand, 22034569 - 22034625
Alignment:
Q  106 gtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagc 162  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  22034569 gtggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagc 22034625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 107 - 162
Target Start/End: Original strand, 22052786 - 22052841
Alignment:
Q  107 tggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagc 162  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||||  |||||||||||||    
T  22052786 tggtaggaatgggagggcaaggaaaaacaactctagccaagaaagtttttgacagc 22052841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 106 - 193
Target Start/End: Original strand, 22208072 - 22208159
Alignment:
Q  106 gtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacggcaaactttgattgtcgtg 193  Q
    ||||| || |||||||| | ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||| || |||| |  | | |||||||||||||||    
T  22208072 gtggttgggatgggagggcaaggtaaaacaactcttgccaagcaagtttttgacagcaaagaggttattggatactttgattgtcgtg 22208159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 112 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 22368320 - 22368262
Alignment:
Q  112 ggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggt 170  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||  ||||||||||| |||||||||    
T  22368320 ggaatgggaggactgggaaaaaccactctagccaagaaagtttttgacaaccaaaaggt 22368262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 22437045 - 22436996
Alignment:
Q  109 gtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttga 158  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  22437045 gtaggaatgggagggcaaggaaaaactactctggccaagaaagtttttga 22436996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 459; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 459; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 6304 - 5474
Alignment:
Q  5 cccttttcattgaagaaacagaaattgtaggaattgaaggccaaaaagaacaattgtctggttggctattggatggtgcagctgagcgcgcagtgatttc 104  Q
    ||||||| ||||||||||| ||| |||||||| | ||||||| || |||  |||| | ||||||| |||||||  || ||||||||||| | || |||||    
T  6304 ccctttttattgaagaaactgaagttgtaggattcgaaggcccaagagaggaattatatggttggttattggagagtccagctgagcgcaccgtaatttc 6205  T
Q  105 agtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacggcaaactttgattgtcgtgcttgcgtcaca 204  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||| || ||    
T  6204 agtggtaggaatgggaggtatagggaaaaccactcttgccaagctagtttttgacagccaaaaggtaacaacacaatttgattgtcgtgcttgcatcgca 6105  T
Q  205 gtttctcaatcatacactgtgagagggttgatgataaacatgatggagcaattttgtcaggaaaccgaagaccctcttccaaataagttacgcaaattgg 304  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  | | ||||| |||| |||    
T  6104 gtttctcaaacatacaccgtgagagggttactcataaacatgatggagcaattttgtcgggaaactgaagaccctcttccgcaaatgttacacaaaatgg 6005  T
Q  305 atgacaaatcactgattgtagaagtgaggcaatacttgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatgggaagaagatttttccgaccaggt 404  Q
    ||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  6004 atgacaagtcattaattatagaagtgaggcaatacctgcaacataagaggtatttgatattctttgatgatgtatggcaagaagatttttctgaccaggt 5905  T
Q  405 tgaaatggccatgcctaacaacaaaaaaggtagcaggatcataatcacaactagaatgatgcaagctgcagattttttcaagaaatcatttctagtccat 504  Q
    |||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||  | ||| || |||||||||||||| ||| |||| |||    
T  5904 tgaatttgccatgcctaataacaataaaggtagtaggattataatcaccacaagaatgatgcttgttgccgaatttttcaagaaatcctttatagttcat 5805  T
Q  505 gttcacaacctgcaacttttgcctccaaacaaagcatgggaactcttctgcaagaaagtatttagatttgaacttggtcagcgttgtccattagagcttg 604  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||  || ||||||| | |||||||    
T  5804 gttcacaaactgcaactcttgcctccaaacaaagtatgggaactcttctgcaaaaaagtatttagatttgaacctggtgggcattgtccacttgagcttg 5705  T
Q  605 aggctgtgtcaaaagaaattgttgaaaaatgcaagcagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaagataaaacaataattga 704  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||  ||||    
T  5704 aggctgtatcaaaagaaattgttaaaaaatgcaagcagctacctcttgcaattgtagccattggtggtctactttcaacaaaatctaaaacaatggttga 5605  T
Q  705 atggcaaaaggtgagtcaaaatctgagcgtggagttgggacgtaatgcccatttaacaagtctaacaaagattttgttacttagttatgatggcctacct 804  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  5604 atggcaaaaggtgagtcaaaatttgagcctagagttggaacgtaatgcccatttaacgagtctaacaaagattttgtcacttagttatgatggcctgcct 5505  T
Q  805 tactacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5504 tactacttgaaaccatgcattttgtattttg 5474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 778 - 835
Target Start/End: Complemental strand, 11116880 - 11116821
Alignment:
Q  778 ttgttacttagttatgatggcctaccttac--tacttgaaaccgtgcattttgtattttg 835  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  11116880 ttgttacttagttatgatggcctaccttactatacttgaaaccatgcattttgtattttg 11116821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 640 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 11116940 - 11116878
Alignment:
Q  640 cagcttcccttggcaattgtagccattggtggcttactttcaacaaaagataaaacaataattg 703  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  11116940 cagcttcctttggcaattgtagccattggtggcctactttcaacaaaaga-aaaacaatgattg 11116878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 101 - 162
Target Start/End: Original strand, 27294595 - 27294656
Alignment:
Q  101 tttcagtggtaggaatgggaggtctaggaaaaactactcttgccaagctagtttttgacagc 162  Q
    |||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||| | ||||  |||||||||||||    
T  27294595 tttctgtggtaggaatgggaggacaaggaaaaaccactctagtcaagaaagtttttgacagc 27294656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University