View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1157_low_7 (Length: 471)

Name: NF1157_low_7
Description: NF1157
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1157_low_7
NF1157_low_7
[»] chr4 (53 HSPs)
chr4 (45-466)||(27425517-27425939)
chr4 (45-458)||(27565964-27566377)
chr4 (45-408)||(27420168-27420535)
chr4 (45-444)||(27412400-27412791)
chr4 (45-444)||(27570062-27570463)
chr4 (45-444)||(27415347-27415748)
chr4 (45-283)||(27423111-27423349)
chr4 (45-291)||(27563359-27563608)
chr4 (49-280)||(27444811-27445033)
chr4 (45-188)||(27497335-27497478)
chr4 (45-186)||(27468340-27468481)
chr4 (45-186)||(27514877-27515018)
chr4 (52-188)||(27527145-27527281)
chr4 (52-232)||(27585628-27585808)
chr4 (45-186)||(27489946-27490087)
chr4 (45-188)||(27478896-27479039)
chr4 (45-188)||(27485956-27486099)
chr4 (45-130)||(27475592-27475677)
chr4 (45-130)||(27503964-27504049)
chr4 (45-175)||(27524521-27524651)
chr4 (49-198)||(27557463-27557612)
chr4 (49-213)||(27486942-27487106)
chr4 (49-188)||(27506682-27506821)
chr4 (58-191)||(27431174-27431307)
chr4 (49-197)||(27498390-27498538)
chr4 (49-213)||(27513793-27513957)
chr4 (45-186)||(27508838-27508979)
chr4 (49-213)||(27469419-27469583)
chr4 (49-213)||(27526129-27526293)
chr4 (92-213)||(27501276-27501397)
chr4 (49-197)||(27476662-27476810)
chr4 (49-196)||(27502824-27502971)
chr4 (45-191)||(17970280-17970426)
chr4 (49-191)||(27414321-27414463)
chr4 (48-213)||(27500354-27500519)
chr4 (49-213)||(27479860-27480024)
chr4 (49-188)||(27424531-27424670)
chr4 (58-197)||(27554284-27554423)
chr4 (49-130)||(27411473-27411554)
chr4 (355-408)||(27516917-27516970)
chr4 (316-457)||(27563639-27563770)
chr4 (49-213)||(27505719-27505883)
chr4 (49-213)||(27523420-27523584)
chr4 (355-413)||(27466588-27466646)
chr4 (49-130)||(27567297-27567378)
chr4 (349-442)||(27422949-27423044)
chr4 (355-413)||(27473661-27473719)
chr4 (344-413)||(27557259-27557329)
chr4 (49-130)||(27419088-27419169)
chr4 (49-110)||(27559257-27559318)
chr4 (49-130)||(27571665-27571746)
chr4 (239-283)||(27500527-27500571)
chr4 (239-279)||(27516798-27516838)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (45-188)||(1756770-1756913)
chr5 (45-188)||(1754672-1754815)
chr5 (49-197)||(1754258-1754406)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (45-203)||(38024888-38025046)
chr3 (45-203)||(38031340-38031498)
chr3 (45-191)||(50909941-50910087)
chr3 (45-191)||(55084767-55084913)
chr3 (46-191)||(50911883-50912028)
chr3 (45-191)||(48840725-48840870)
chr3 (45-191)||(50904805-50904951)
chr3 (45-191)||(38028779-38028925)
chr3 (45-191)||(38043884-38044030)
chr3 (58-191)||(38033805-38033938)
chr3 (45-191)||(38040094-38040240)
chr3 (45-191)||(38036806-38036952)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (45-188)||(21607309-21607452)
chr8 (45-191)||(21604767-21604913)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (45-191)||(3073550-3073696)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 53)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 45 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 27425939 - 27425517
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27425939 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggatcacatac 27425840  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatga 244  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27425839 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatga 27425740  T
Q  245 taccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaatatttagttttnnnnnnngacctgtaagcaagaagcaagtttttgaaattgga 344  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27425739 taccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaatattcagttttaaaaaaagacctgtaagcaagaagcaagtttttgaaattgga 27425640  T
Q  345 atggtttaggatgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagataaaagaatatggaaaaactgttggctacttgaatga 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27425639 atggtttaggatgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagataagagaatatggaaaaactgttggctacttgaatga 27425540  T
Q  445 ctagtgaacgag-aataatctac 466  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  27425539 ctagtgaacgagaaataatctac 27425517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 45 - 458
Target Start/End: Original strand, 27565964 - 27566377
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||  |||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| |     
T  27565964 gaggccacccattggatgatcatatccatgctcttcctcaacttgtatcagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatggggatcacaaat 27566063  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatga 244  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||| ||  |||||||||| || |||| |    
T  27566064 cgcttttgtttctctccaacatacactgcaagatatccctttggcacgtccacaacttttgaaactgctcggtttccaacaaatgatgcccttttgataa 27566163  T
Q  245 taccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaatatttagttttnnnnnnngacctgtaagcaagaagcaagttttt-gaaattgg 343  Q
    ||| ||  |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| | || |||||       ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27566164 tactagggaaacgaaaacccattgctgtatgcgttcaaacttgagaaaaattggtttt-aaaaaagacttgtaagcaagaagcaagtttttggaaattgg 27566262  T
Q  344 aatggtttaggatgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagataaaagaatatggaaaaactgttggctacttgaatg 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27566263 aatggtttaggatgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtaaccatgaatatatatagataaaagaatattgaaaaactgttggctacttgaatg 27566362  T
Q  444 actagtgaacgagaa 458  Q
    | | ||||| |||||    
T  27566363 atttgtgaaggagaa 27566377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 45 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 27420535 - 27420168
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||| ||||    
T  27420535 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaacttgactcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgatacggggattaaatac 27420436  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatga 244  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27420435 cgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagattttgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatga 27420336  T
Q  245 taccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaatatttagttt----tnnnnnnngacctgtaagcaagaagcaagtttttgaaat 340  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  | ||||             || | |||||||  | ||||||||||||||    
T  27420335 taccagggaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaactttagaagaaatggtttaaaaataaaataaacttttaagcaaagaccaagtttttgaaat 27420236  T
Q  341 tggaatggtttaggatgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagat 408  Q
      ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27420235 ctgaatgctttaggatgtgaatgttttgtgttggtcctaaatgcttgtagccttgaatatatatagat 27420168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 45 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 27412791 - 27412400
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  27412791 gaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaac 27412692  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatga 244  Q
    ||      ||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27412691 cg------tttctctccaacatacacggcaatatatccctttggcatgtcaacagcttttgaaactgctcggtttgcagaaaatgatgcccttctgatga 27412598  T
Q  245 taccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaatatttagttttnnnnnnngacctgtaagcaagaagcaagtttttgaaattgga 344  Q
    ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |    |  | ||| |       ||| ||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  27412597 taccagagaaacgaaaacccatttttgtatgtgttagaacttaaattcaaatggttgtaggaa--gacttgtaagcaagaagcaagtttttgaaattaaa 27412500  T
Q  345 atggtttaggatgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagataaaagaatatggaaaaactgttggctacttgaatga 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||  ||||||||||||||||    
T  27412499 atggtttaggatgtgaatgatttgtgtttgtcctaaatgcttgcagccatgaatatatatagataaaagaatattgagaaaccattggctacttgaatga 27412400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 45 - 444
Target Start/End: Original strand, 27570062 - 27570463
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| |||||| | ||||||||||  ||||| ||||||    
T  27570062 gaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacatac 27570161  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatga 244  Q
    ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||    
T  27570162 cgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacatccacagcttttgaagctgatcggtttccagaaaaagatgcccttctgatga 27570261  T
Q  245 taccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaatatttag-ttttnnnnnnngacctgtaagcaagaagcaagtttttgaaattgg 343  Q
    ||||||    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  | | ||||        || | ||||||| || ||||||||| | ||| |    
T  27570262 taccagggggacgaaaacccatttttgtatgtgttaacacttgagaataaatggtttttaaataaaaacttttaagcaataaccaagtttttcagatttg 27570361  T
Q  344 aatggtttaggatgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagataaaagaat-atggaaaaactgttggctacttgaat 442  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || | | ||||||||||| ||||||||| || || ||||  ||||||||||||||    
T  27570362 aatgctttaggatgtgaatgatttgtgttggttctaaatgcttgcagtcatgaatatatatagttaaaagaataattgagaaaccattggctacttgaat 27570461  T
Q  443 ga 444  Q
    ||    
T  27570462 ga 27570463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 45 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 27415748 - 27415347
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |     
T  27415748 gaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagtatgatatggggatcacaaat 27415649  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatga 244  Q
    |||||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||  |  |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  27415648 cgcttttgttt---tccaacatacactgcaagatatccctttggcacatccacaacttttgaaattactcggcttgcagaaaatgatgactttctgatga 27415552  T
Q  245 taccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaatatttagttttnnnnnnng---acctgtaagcaagaagcaagtttttgaaatt 341  Q
    ||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||       |   |  ||| ||||| || |||||||||||||      
T  27415551 tactagggacacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaagaaattgttttaaaataagataaattgt-agcaataa-caagtttttgaaaac 27415454  T
Q  342 ggaatggtttaggatgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagataaaaga----atatggaaaaactgttggctact 437  Q
     ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||    |||| || |||| ||||||||||    
T  27415453 tgaatgctttaggatgtgaatgttttgtgttggtcctaaatgcttgtagccttgaatataaatagatgaaagaattcatattgagaaacagttggctact 27415354  T
Q  438 tgaatga 444  Q
    |||||||    
T  27415353 tgaatga 27415347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 45 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 27423349 - 27423111
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||| |    
T  27423349 gaggccacccatgggatgattgtaaccaaactcttcctcggcttgactcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatatgcggatcacatgc 27423250  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatga 244  Q
    ||  | ||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||   || |||||||||||||||||| ||| ||||||| |    
T  27423249 cgtgtctgtttctatccaacatatacagcaagatatctctttggcatgtccgcagcttttgatattgctcggtttgcagaaaatgaggcccttctgataa 27423150  T
Q  245 taccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaa 283  Q
    ||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  27423149 taccagagaaacggatacccattgttgtatgtgttaaaa 27423111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 291
Target Start/End: Original strand, 27563359 - 27563608
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||  || ||||||||  ||| |||||||||||||||||  ||||| |||       
T  27563359 gaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgatacggggatcacaatt 27563458  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaa---atgatgcctttctga 241  Q
    | ||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| | | |||||||| ||| || ||   |||||| | |||| |    
T  27563459 ctcttttgtttatctccaacgtacactgcaagatagccctttggcacgtccacaacttttgtaactgatcggcttgaagtaaacgatgatgaccttctaa 27563558  T
Q  242 tgataccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaacttgagaa 291  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  27563559 tgataccaggtaaacgaaaacccattgctgagtgtgttaaaacttgagaa 27563608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 49 - 280
Target Start/End: Original strand, 27444811 - 27445033
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || | ||||||   |||| ||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| ||| ||    
T  27444811 ccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctct 27444910  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatgcctttctgatgatacc 248  Q
    |   || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||| || | ||||||||         ||| |||||||||||||    
T  27444911 tcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaagatgtttggtttgca---------gcccttctgatgatacc 27445001  T
Q  249 agcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgtta 280  Q
     |  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27445002 ggttaaacgaaaacccattcttgtatgtgtta 27445033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 45 - 188
Target Start/End: Original strand, 27497335 - 27497478
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || | ||||||  |||||||||| |||||||| || ||||| ||| ||    
T  27497335 gaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaac 27497434  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 188  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27497435 cgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27497478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 45 - 186
Target Start/End: Original strand, 27468340 - 27468481
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||| |||| ||    
T  27468340 gaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgatacagggactacaaac 27468439  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatcccttt 186  Q
    |||    |||||||||||||||| || |||| ||| ||||||    
T  27468440 cgcaccagtttctctccaacatacaccgcaacatagcccttt 27468481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 45 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 27515018 - 27514877
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||| |||| ||    
T  27515018 gaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacagggactacaaac 27514919  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatcccttt 186  Q
    |||    |||||||||||||||| || |||| ||| ||||||    
T  27514918 cgcaccagtttctctccaacatacaccgcaacatagcccttt 27514877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 52 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27527281 - 27527145
Alignment:
Q  52 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgctttt 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  || ||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||| || |    
T  27527281 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccgtttct 27527182  T
Q  152 gtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 188  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  27527181 gtttatctccaacatacaccgcaagatagccctttgg 27527145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 52 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 27585808 - 27585628
Alignment:
Q  52 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgctttt 151  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||  || ||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||| ||| | | |||||    
T  27585808 cccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcatcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgatacggggatcacaaatctctttt 27585709  T
Q  152 gtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgatg 232  Q
    |||| || |||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||| || ||||||||    
T  27585708 gtttatcaccaacgcacactgcgagatatccctttggcacgtccacaacttttgaaactgatcggcttgaagtaaatgatg 27585628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 45 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 27490087 - 27489946
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||| |||| || |||||||||||||||| ||| |||||||| |  |||| |||| ||    
T  27490087 gaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgattcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatgacacagggactacaaac 27489988  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatcccttt 186  Q
    || |||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||    
T  27489987 cgtttttgtttctctccaacatacactacaacatagcccttt 27489946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 45 - 188
Target Start/End: Original strand, 27478896 - 27479039
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||    
T  27478896 gaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaac 27478995  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 188  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27478996 cgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27479039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 45 - 188
Target Start/End: Original strand, 27485956 - 27486099
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  ||| ||    
T  27485956 gaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattgggacaacaaac 27486055  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 188  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27486056 cgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27486099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 45 - 130
Target Start/End: Original strand, 27475592 - 27475677
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  27475592 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgata 27475677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 45 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 27504049 - 27503964
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 130  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27504049 gaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27503964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 45 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 27524651 - 27524521
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || | ||   ||    
T  27524651 gaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgatacaggaactatgaac 27524552  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaa 175  Q
    ||| |  |||||||||||||||| |||||||    
T  27524551 cgcgtcagtttctctccaacatacactgcaa 27524521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 49 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 27557612 - 27557463
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| |||||| ||||| |||| | |||||||  |||| |||  || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| ||| ||    
T  27557612 ccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaatgatggttggtttaagtatgacattgggatcacaaacctct 27557513  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccaca 198  Q
    |   || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||    
T  27557512 tcatttcctctccaacatatacggcaagatatccccttggcacatccaca 27557463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 49 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27487106 - 27486942
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| | ||| |||  |||  |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||| ||| ||||||    
T  27487106 ccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagtatgataaagggatcacaaaccgct 27487007  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 213  Q
    |   ||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  27487006 tcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagcttttgaagatgat 27486942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 49 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 27506821 - 27506682
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||     
T  27506821 ccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgcg 27506722  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 188  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27506721 tctgtttctctccgacatatactgcaacatagccctttgg 27506682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 58 - 191
Target Start/End: Original strand, 27431174 - 27431307
Alignment:
Q  58 ggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcttttgtttct 157  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||||   |||| |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||   ||  |    
T  27431174 ggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcat 27431273  T
Q  158 ctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    | |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27431274 ccccaacatatactgcaatatatccctttggcac 27431307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 27498538 - 27498390
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| |||||||||||| | || | ||||||   |||  |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | || |    
T  27498538 ccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatatagggatcacaaaacgtt 27498439  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccac 197  Q
    |   || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  27498438 tcatttcctctccaacatatactgctagatatccctttggcatgtccac 27498390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 49 - 213
Target Start/End: Original strand, 27513793 - 27513957
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| |||||||||||| || | | ||| |||  |||  |||| || ||||| || || | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  27513793 ccacccattggatgatcatattcatattgttcttcagcttggttcaacaattcttggaacgaggtttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgct 27513892  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 213  Q
    |   ||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  27513893 tcattttctctcctacatacactgctagatatccttttggcacgtcaacagcttttgaagatgat 27513957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 45 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 27508979 - 27508838
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||   ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |  || |  ||| |     
T  27508979 gaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttcctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgacacaggaacgacaaaa 27508880  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatcccttt 186  Q
    ||| |  |||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  27508879 cgcgtcagtttctctccaacatacactgcaacatagcccttt 27508838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 49 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27469583 - 27469419
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||| | ||| |||  ||| ||||| |  ||||| ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| ||| ||||||    
T  27469583 ccacccattggatgttcatattcaaattgttcttcagcttggctcaacagttcttgtaatgatgtttgcttcaaatatgatatagggatcacaaaccgct 27469484  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 213  Q
    |   ||||||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  27469483 tcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagcttttgaagatgat 27469419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 49 - 213
Target Start/End: Original strand, 27526129 - 27526293
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||| | |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||||  || || ||| ||||||    
T  27526129 ccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgct 27526228  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 213  Q
    |   ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || || ||| |||| |||| ||||    
T  27526229 tcattttctctccaacatacactgctagatatccctttggaacatcgacaccttttgaagatgat 27526293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 92 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27501397 - 27501276
Alignment:
Q  92 tcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||   || |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||    
T  27501397 tcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttcctctccaacatatactgctagacatccctttggaac 27501298  T
Q  192 gtccacagctttcgaagctgat 213  Q
     || ||| |||| |||| ||||    
T  27501297 ctcgacaccttttgaagatgat 27501276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 27476810 - 27476662
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  |  ||||| ||||| | |||||||||||||||||  || || ||| ||||||    
T  27476810 ccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttcttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgct 27476711  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccac 197  Q
    |   |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  27476710 tcattttctcaccaacatacactgctagatatccctttggaacgtccac 27476662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 49 - 196
Target Start/End: Original strand, 27502824 - 27502971
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||  ||| ||||  |||||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||| || ||| ||||||    
T  27502824 ccacccattggatggtcatatccaaattcttccacagcttggctcagcaagtcttgaaatgaagtttgattcaaatatgacattggaatcacaaaccgct 27502923  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtcca 196  Q
    |    |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||    
T  27502924 tcatcttctctcctacataaacggcaagatatccttttggcacatcca 27502971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 17970426 - 17970280
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||     ||||||  |||| ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||| ||    
T  17970426 gaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttcaagtatgacgtagggatcacaaac 17970327  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |||||   || ||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  17970326 cgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttggcac 17970280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 191
Target Start/End: Original strand, 27414321 - 27414463
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||  || || ||| ||||      
T  27414321 ccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgtc 27414420  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |   ||| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||    
T  27414421 tcattttatctccaacgtagactgcaagatagccttttggcac 27414463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 213
Target Start/End: Original strand, 27500354 - 27500519
Alignment:
Q  48 gccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 147  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||| |||| ||||  || ||||| |||||   |||||| ||||||||||| ||||| ||| | |||    
T  27500354 gccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagattggctcagcaattcttggaatgaactttggtttaagtatgatatagggatcacaaatcgc 27500453  T
Q  148 ttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 213  Q
    ||   ||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||| |||| ||||    
T  27500454 ttcattttctctcctacgtacactgctagatatccttttggtacgtccacagattttgaagatgat 27500519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 49 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 27480024 - 27479860
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  |||  |||| || | ||| ||||||| |||||||||||||||||  || || ||| | ||||    
T  27480024 ccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaacgct 27479925  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 213  Q
    |   ||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||| | |||| |||| ||||    
T  27479924 tcattttctctcctacgtatactgctagatagccttttggcacgtccaaaccttttgaagatgat 27479860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 188
Target Start/End: Original strand, 27424531 - 27424670
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||| | |  || ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| || ||| |||||     
T  27424531 ccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatactggaatcacaaaccgcc 27424630  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 188  Q
    |   ||  ||||||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  27424631 tcatttgatctccaacatagactgcgagatagccttttgg 27424670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 58 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 27554423 - 27554284
Alignment:
Q  58 ggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcttttgtttct 157  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||  |||| |||  || |||||||| ||||||||| | ||  | || ||||  || ||| |||||||   || ||    
T  27554423 ggatgatcatatccaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaacgatggttggcttaacaaagaaattgatatcacaaaccgcttcatttcct 27554324  T
Q  158 ctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccac 197  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  27554323 ctccaacatatactgcaaggtatccctttggcacatccac 27554284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 49 - 130
Target Start/End: Original strand, 27411473 - 27411554
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 130  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||   |||| | | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27411473 ccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaagtatgata 27411554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 355 - 408
Target Start/End: Original strand, 27516917 - 27516970
Alignment:
Q  355 atgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagat 408  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | |||||||||||||    
T  27516917 atgtgaatgatttgtgttggtgctaaatgcttgcagccatgaatatatatagat 27516970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 316 - 457
Target Start/End: Original strand, 27563639 - 27563770
Alignment:
Q  316 taagcaagaagcaagtttttgaaattggaatggtttaggatgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagataaaagaa 415  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||   ||||||         ||| | || | ||||||||||||||||||||    
T  27563639 taagcaataaccaagtttttgaaatttgaatgctttaggatgtgaatgatt--agttggt--------attgcaaccatgaatatatatagataaaagaa 27563728  T
Q  416 tatggaaaaactgttggctacttgaatgactagtgaacgaga 457  Q
    ||| | |||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||    
T  27563729 tattgcaaaactattggctacttgaatgattggtgaaggaga 27563770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 213
Target Start/End: Original strand, 27505719 - 27505883
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||| | |||||||  |||  |||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||||  || || ||| ||||||    
T  27505719 ccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgct 27505818  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 213  Q
    |   ||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| |||| | |||| |||| ||||    
T  27505819 tcattttctctcctacgtacactgctagatacccctttggcacctccaaaccttttgaagatgat 27505883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 213
Target Start/End: Original strand, 27523420 - 27523584
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| ||||| |||||| |||| | ||||||   ||  ||||| || ||||| ||||| | ||||||||| |||||||  || || ||| ||||||    
T  27523420 ccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattcttggaatgaagtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgct 27523519  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgat 213  Q
    |   ||||||||| || || ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  27523520 tcattttctctcctacgtacactgctagatagccctttggaacgtccacagcttttgaagatgat 27523584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 355 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 27466646 - 27466588
Alignment:
Q  355 atgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagataaaag 413  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||| | ||||||||||||| ||||    
T  27466646 atgtgaatgatttgtgttggtgctaaaggcttgcagccatgaatatatatagatgaaag 27466588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 49 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 27567378 - 27567297
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 130  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||   |||| | | ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27567378 ccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaagtatgata 27567297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 349 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 27423044 - 27422949
Alignment:
Q  349 tttaggatgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatat--atatagataaaagaatatggaaaaactgttggctacttgaat 442  Q
    |||||||||||||||||| | |||||| ||||||| || || ||| ||| ||  |||||||||||||||| | || ||||  ||||||||||||||    
T  27423044 tttaggatgtgaatgattagagttggttctaaatggttctaacctataaaatttatatagataaaagaattttgagaaaccattggctacttgaat 27422949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 355 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 27473719 - 27473661
Alignment:
Q  355 atgtgaatgatttgtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagataaaag 413  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||| | ||||||||||||| ||||    
T  27473719 atgtgaatgatttgtgttgatgctaaaggcttgcagccatgaatatatatagatgaaag 27473661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 344 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 27557329 - 27557259
Alignment:
Q  344 aatggtttaggatgtgaatgattt-gtgttggtcctaaatgcttgtagcctttaatatatatagataaaag 413  Q
    |||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |  | ||||||||||||| ||||    
T  27557329 aatgctttaggttgtgaatgattttgtgttggtcctaaatgcttgcaactatgaatatatatagatgaaag 27557259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 130
Target Start/End: Original strand, 27419088 - 27419169
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 130  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||    
T  27419088 ccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgata 27419169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 110
Target Start/End: Original strand, 27559257 - 27559318
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatga 110  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||| | |||||||||    
T  27559257 ccacccattggatgatcatatccaaactcttcttctgattggcttaataactattgaaatga 27559318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 27571746 - 27571665
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 130  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||    
T  27571746 ccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgata 27571665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 239 - 283
Target Start/End: Original strand, 27500527 - 27500571
Alignment:
Q  239 tgatgataccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgttaaaa 283  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27500527 tgatgatactaggtaaacgaaaacccattgttgtacgtgttaaaa 27500571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 239 - 279
Target Start/End: Original strand, 27516798 - 27516838
Alignment:
Q  239 tgatgataccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgtgtt 279  Q
    ||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  27516798 tgatgatactaggtaaacgaaaacccattgttgtatgtgtt 27516838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 45 - 188
Target Start/End: Original strand, 1756770 - 1756913
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||  ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  1756770 gaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttcttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaac 1756869  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 188  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  1756870 cgcttctgtttctctccaacattcactgcaagatagccctttgg 1756913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 45 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 1754815 - 1754672
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||| |    
T  1754815 gaggccacccattggatgatcatatccaaactcttccgcagcttgactcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagtatgatattgggatcacatgc 1754716  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 188  Q
    || || ||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||    
T  1754715 cgtttctgtttctctccaatatacactgcaacatagccctttgg 1754672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 49 - 197
Target Start/End: Original strand, 1754258 - 1754406
Alignment:
Q  49 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgct 148  Q
    |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||   | |  || | ||||||||| | |||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||    
T  1754258 ccacccatcggatgatcatattcaaactgttcctcagatttgtttagcaatttttgaaatgacgattggttcaagtatgatacggggatcacaaaccgct 1754357  T
Q  149 tttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccac 197  Q
    |   ||  |||||||||||||| || |||||||| |||||| |||||||    
T  1754358 tcatttcttctccaacatatacagctagatatccttttggctcgtccac 1754406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 71; Significance: 6e-32; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 45 - 203
Target Start/End: Original strand, 38024888 - 38025046
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| || ||||| ||| ||    
T  38024888 gaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaac 38024987  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagcttt 203  Q
    |||||   || |||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||    
T  38024988 cgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttggtacattcacagcttt 38025046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 45 - 203
Target Start/End: Original strand, 38031340 - 38031498
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| || ||||| ||| ||    
T  38031340 gaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaac 38031439  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagcttt 203  Q
    |||||   || |||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||    
T  38031440 cgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttggtacattcacagcttt 38031498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 45 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 50910087 - 50909941
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||| |||| |||| ||||||||| | ||||||||||||||| || ||||| ||| ||    
T  50910087 gaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaac 50909988  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |||     || |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  50909987 cgcagcatttgctctccaacatacactgcaagataaccctttggcac 50909941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 45 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 55084913 - 55084767
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| ||    
T  55084913 gaggccacccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagtcttgaaatgatggttggttcaagtaagacatagggatcacaaac 55084814  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |||||   ||||||||||||||| ||||||||| | || ||||||||    
T  55084813 cgcttcattttctctccaacatacactgcaagacacccttttggcac 55084767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 46 - 191
Target Start/End: Original strand, 50911883 - 50912028
Alignment:
Q  46 aggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatacc 145  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||| |||    
T  50911883 aggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacttggggatcacaaacc 50911982  T
Q  146 gcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    | ||    || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  50911983 gtttcatcttgtctccaacatataccgcaagatagccctttggcac 50912028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 45 - 191
Target Start/End: Original strand, 48840725 - 48840870
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| | || |||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||  || ||||||||| |     
T  48840725 gaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggcttggttcaagtatggcatggggattacaaat 48840823  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |||||    | |||||| || || | |||||||||||||||||||||    
T  48840824 cgcttcatctcctctccgacgtacaatgcaagatatccctttggcac 48840870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 45 - 191
Target Start/End: Original strand, 50904805 - 50904951
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || || |||||   | ||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| || ||  |||| ||| ||    
T  50904805 gaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaagtaggacatatggatcacaaac 50904904  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |||||   ||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  50904905 cgcttcatttcttctccaacgtacactgcaagatatccctttggcac 50904951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 45 - 191
Target Start/End: Original strand, 38028779 - 38028925
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||| |     
T  38028779 gaggccgcccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaat 38028878  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |||||   || ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  38028879 cgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcac 38028925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 45 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 38044030 - 38043884
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||  ||||||||||| || | ||| ||||||||||| || ||||| ||| ||    
T  38044030 gaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagtatgacatagggatcacaaac 38043931  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |||||   || ||||||||  || ||||||||||| | |||||||||    
T  38043930 cgcttcatttcctctccaaagtacactgcaagatagctctttggcac 38043884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 58 - 191
Target Start/End: Original strand, 38033805 - 38033938
Alignment:
Q  58 ggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcttttgtttct 157  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||| |||||||   || ||    
T  38033805 ggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaaccgcttcatttgct 38033904  T
Q  158 ctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    ||||||  || ||||||||||| |||||||||||    
T  38033905 ctccaatgtacactgcaagatagccctttggcac 38033938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 191
Target Start/End: Original strand, 38040094 - 38040240
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||| |     
T  38040094 gaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaat 38040193  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |||||   || ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  38040194 cgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcac 38040240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 45 - 191
Target Start/End: Original strand, 38036806 - 38036952
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| || | ||||||||| | ||||||||||||||  || ||||  ||| ||    
T  38036806 gaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaattttgaaatgaagcttggttcaagtatggcatggggacaacaaac 38036905  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    || ||   || ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  38036906 cgtttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcac 38036952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 64; Significance: 9e-28; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 45 - 188
Target Start/End: Original strand, 21607309 - 21607452
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | | ||||||||||||| || ||||| ||| ||    
T  21607309 gaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagctcggttcaagtatgacatggggataacaaac 21607408  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttgg 188  Q
    |||||   || ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  21607409 cgcttcatttgctctccaacatataccgcaagatatccctttgg 21607452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 45 - 191
Target Start/End: Original strand, 21604767 - 21604913
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||| |     
T  21604767 gaggccgcccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaat 21604866  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |||||   || |||||| || || ||||||||||| |||||||||||    
T  21604867 cgcttcatttgctctcctacttacactgcaagatagccctttggcac 21604913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 45 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 3073696 - 3073550
Alignment:
Q  45 gaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacatac 144  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||     ||||||  |||| ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||| ||    
T  3073696 gaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttcaagtatgacgtagggatcacaaac 3073597  T
Q  145 cgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 191  Q
    |||||   || ||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  3073596 cgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttggcac 3073550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University