View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11581_low_3 (Length: 995)

Name: NF11581_low_3
Description: NF11581
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11581_low_3
NF11581_low_3
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-991)||(42449806-42450778)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 945; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 945; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 991
Target Start/End: Complemental strand, 42450778 - 42449806
Alignment:
Q  19 acttccattacattccttacacatcacaaacctcaaacttccacacccttcacaaactcctaatgcccttggaatcccttccaaaagaacacctaatttt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42450778 acttccattacattccttacacatcacaaacctcaaacttccacacccttcacaaactcctaatgcccttggaatcccttccaaaagaacacctaatttt 42450679  T
Q  119 tcttcatcttccaatttcataacttcatccactcctccaacaaaccttcccttcacaaacacaacaggaacttgaacttgtttcattcccataagcttcc 218  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42450678 tcttcatcttccaatttcataatttcatccactcctccaacaaaccttcccttcacaaacacaacaggaacttgaacttgtttcattcccataagcttcc 42450579  T
Q  219 ttaattcctccttaaacccagaatccatagacacatcgcgctcacgcaaacacacacaatacgattcaatgatcgatcgaactttgttacaatcctcaaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42450578 ttaattcctccttaaacccagaatccattgacacatcgcgctcacgcaaacacacacaatacgattcaatgatcgatcgaactttgttacaatcctcaaa 42450479  T
Q  319 tgtctttctgattcctctcaatgtggttgtgtagattacaacagaattttctcctcccggaggacacttgttctcaaacaagttcaaaagggcaattgta 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42450478 tgtctttctgattcctctcaatgtggttgtgtagattacaacagaattttctcctcccggaggacacttgttctcaaacaagttcaaaagggcaattgaa 42450379  T
Q  419 tcgagagattttctcgctcttcgtgtttttggtgttgcaaaaacaattctcttgatttgttcctcctcttctgaaagttccttttcataggatgcaataa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42450378 tcgagagattttctcgctcttcgtgttttcggtgttgcaaaaacaattctcttgatttgttcttcctcttctgaaagttccttttcataggatgcaataa 42450279  T
Q  519 tctctggatcaaacaaaggactaggaacagaaccaggactttttctcacactctcattcccaaaactgtttcttcttgcagaaaatggagaccctttcaa 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42450278 tctctggatcaaacaaaggactaggaacagaaccaggactttttctcacactctcattcccaaaactgtttcttcttgcagaaaatggagaccctttcaa 42450179  T
Q  619 attcttaggagaagaatttgtggtagatttcaaaattcccttaggactataatccaaacgtctaacaccacctcttaccatattagtaacttgaacctta 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42450178 attcttaggagaagaatttgtggtagatttcaaaattcccttaggactataatccaaacgtctaacaccacctcttaccatattagtaacttgaacctta 42450079  T
Q  719 ttctctttccccaatggcttcttaagtgtagattttggagacccatattgactaagaaacttcaatggacttcttgtgtcagaagccataaacccacgaa 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42450078 ttctctttccccaatggcttcttaagtgtagattttggagacccatattgactaagaaacttcaatggacttcttgtgtcagaagccataaacccacgaa 42449979  T
Q  819 gaaaaggtgcggactttgggcttttcttgggtaaatttgaaatgggtaccccttcttcaagaccctccatgagttcccaagcattgatgttgaagacagt 918  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42449978 gaaaaggtgcggactttgggcttttcttgggaaaatttgaaatgggtaccccttcttcaagaccctccatgagttcccaagcattgatgttgaagacagt 42449879  T
Q  919 ttctgggtctttgtggggtggtgatgggtttgatttgggttctgtttttgactctgtttgtgtctctgcttct 991  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42449878 ttctgggtctttgtggggtggtgatgggtttgatttgggttctgtttttgactctgtttgtgtctctgtttct 42449806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University