View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11581_low_4 (Length: 835)

Name: NF11581_low_4
Description: NF11581
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11581_low_4
NF11581_low_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-821)||(42798587-42799407)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 797; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 797; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 821
Target Start/End: Original strand, 42798587 - 42799407
Alignment:
Q  1 gcatgtaatgaattcacttgacattgggaatgcgtttttattcttctctaagcagcttctaacggaggtcaggaagtccttcactgtaatagttctgtca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42798587 gcatgtaatgaattcacttgacattgggaatgcgtttttattcttctctaagtagcttctaacggaggtcaggaagtccttcactgtaatagttctgtca 42798686  T
Q  101 aaatgtgaacatccaatgagtatgtagtaatgaaacagatagaacaactaaagaaagaaatatagaagatatcagcaatgcggtctaaacacagttttaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42798687 aaatgtgaacatccaatgagtatgtagtaatgaaacagatagaacaactaaagaaagaaagatagaagatatcagcaatgcggtctaaacacagttttaa 42798786  T
Q  201 taaaaggtccgcgtccacagttcaggtcgtgacacaaggattttgatgtctctgaccgtgattgaggtcgcatcagccatatttgacaacatttctcagc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42798787 taaaaggtccgcgtccacagttcaggtcgtgacacaaggtttttgatgtctctgaccgtgattgaggtcgcatcagccatatttgacaacatttctcagc 42798886  T
Q  301 aatatcaaggactgtggcgcaactgcgaatcacaatttaaaacctctgacatacctataatcatgatagatttctggagcagttagcaagaattgaacat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42798887 aatatcaaggactgtggcgcaactgcgaatcacaatttaaaacctctgacatacctataatcatgatagatttctggagcagttagcaagaattgaacat 42798986  T
Q  401 ctcgcaagcttatattaccaactgccgtggtgccacctcttttgattacaggcacccctccaaccctctttttcctcatctctttaaatgcttgaaggac 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42798987 ctcgcaagcttatattaccaactgccgtggtgccacctcttttgattacaggcacccctccaaccctctttttcctcatctctttaaatgcttgaaggac 42799086  T
Q  501 tggttcatcctcataaacctgaaaagaatgaaacgatccattgtcaagttcatcaagatcgacaagcttgctttacttgaaaggggaaatgaaataacta 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42799087 tggttcatcctcataaacctgaaaagaatgaaacgatccattgtcaagttcatcaagatcgacaagtttactttacttgaaaggggaaatgaaataacta 42799186  T
Q  601 ttttgaagcattttccatatatgcacacacatttaagaaatgcaagatagcattttactctgtatgcactagagttatgcagaattcatacttgacaagg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42799187 ttttgaagcattttccatatatgcacacacatttaagaaatgcaagatagcattttactctgtatgcactagagttatgcagaattcatacttgacaagg 42799286  T
Q  701 ttcaatgcaatgagagcttatatgatatagtacacaccttgatgatctgttttggtgtcacaaggggaagaccaacatcagatagttccttggttcccca 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42799287 ttcaatgcaatgagagcttatatgatatagtacacaccttgatgatctgttttggtgtcacaaggggaagaccaacatcagatagttccttggttcccca 42799386  T
Q  801 actttcgaaccattgatgtcc 821  Q
    |||||||||||||||| ||||    
T  42799387 actttcgaaccattgaagtcc 42799407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University