View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11585_low_14 (Length: 391)

Name: NF11585_low_14
Description: NF11585
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11585_low_14
NF11585_low_14
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (14-375)||(39219110-39219471)
chr4 (14-375)||(39225636-39225997)
chr4 (14-375)||(47114117-47114479)
chr4 (14-359)||(40055903-40056248)
chr4 (14-375)||(235048-235409)
chr4 (14-205)||(40055711-40055902)
chr4 (210-374)||(3190281-3190445)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (14-375)||(35418191-35418552)
chr5 (14-375)||(36101127-36101486)
chr5 (31-375)||(5912025-5912369)
chr5 (31-375)||(5918960-5919304)
chr5 (14-375)||(6750093-6750454)
chr5 (14-375)||(38485247-38485609)
chr5 (181-375)||(41195004-41195198)
chr5 (14-157)||(41195196-41195337)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (14-375)||(16861207-16861569)
chr1 (14-375)||(40769232-40769595)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (14-375)||(10569645-10570007)
chr3 (14-375)||(8545624-8545985)
chr3 (14-375)||(10566395-10566757)
chr3 (14-375)||(29673601-29673963)
chr3 (14-375)||(20282908-20283264)
chr3 (64-148)||(8529500-8529584)
chr3 (260-343)||(21561475-21561561)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (14-375)||(47019411-47019770)
chr7 (31-352)||(24185274-24185596)
chr7 (123-375)||(20349633-20349885)
chr7 (14-72)||(20348364-20348422)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (70-375)||(10267215-10267517)
chr8 (90-196)||(18308338-18308445)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Original strand, 39219110 - 39219471
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39219110 ggacatcaataatctggatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 39219209  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39219210 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaatttctcaagaaagaatataataat 39219309  T
Q  214 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39219310 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacacataataccttagggtgctagttgaaaggatattgga 39219409  T
Q  314 tacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39219410 tacgattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaactcttggtaat 39219471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Original strand, 39225636 - 39225997
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39225636 ggacatcaataatctggatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 39225735  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39225736 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattacctcaaattgtcaatagaaaaattctcaagaaagaatataataat 39225835  T
Q  214 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39225836 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgga 39225935  T
Q  314 tacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  39225936 tacgattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaactcttggtaat 39225997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 47114479 - 47114117
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47114479 ggacatcaataattcagatagatcaatatatatgcgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 47114380  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaa-gttctcaagaaagaatataataa 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47114379 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctactggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaaagttctcaagaaagaatataataa 47114280  T
Q  213 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47114279 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacatctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgg 47114180  T
Q  313 atacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47114179 atacgattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaactcttggtaat 47114117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 14 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 40056248 - 40055903
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40056248 ggacatcaataatctggatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 40056149  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  40056148 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaaattctcaagaaagaatataataat 40056049  T
Q  214 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  40056048 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgga 40055949  T
Q  314 tacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatcc 359  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40055948 tacgattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatcc 40055903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Original strand, 235048 - 235409
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  235048 ggacatcaataattcggatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 235147  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataat 213  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  235148 atagagatgtgatcattaaactgactcaattgagaatttctaatggtcgacattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataat 235247  T
Q  214 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  235248 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacaactaataccttagggtgctagttgaaaggatattaga 235347  T
Q  314 tacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  235348 tacgattaaatacttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaattcttggtaat 235409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 14 - 205
Target Start/End: Original strand, 40055711 - 40055902
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40055711 ggacatcaataatctggatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 40055810  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaat 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40055811 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttataatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaaattctcaagaaagaat 40055902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 210 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 3190445 - 3190281
Alignment:
Q  210 taattttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatat 309  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||| |  ||||| ||||||||||| ||| | |||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||    
T  3190445 taattttctttgacgtgagattgttataataattaccgagttatatattgtattttaattctaaacacctaatacgttagagtgttagttgaaaaaatat 3190346  T
Q  310 tggatacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaa 374  Q
    ||| ||  |||||||  || ||||| |||| | | || |||||| |||||||  |||| ||||||    
T  3190345 tgggtaagattaaatatttatataactaataattgattaagatgagatccgttaactcatggtaa 3190281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 35418552 - 35418191
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35418552 ggacatcaataatctggatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 35418453  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataat 213  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35418452 atagagatgtggtcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattacctcaaattgtcaatagaaaaattctcaagaaagaatataataat 35418353  T
Q  214 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35418352 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgga 35418253  T
Q  314 tacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35418252 tacgattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaactcttggtaat 35418191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 36101486 - 36101127
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36101486 ggacatcaataattcggatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 36101387  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36101386 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattacctcaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataat 36101287  T
Q  214 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  36101286 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacaccta--accttagggtgttagttgaaaggatattgga 36101189  T
Q  314 tacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  36101188 tacgattaaatgtttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaactcttggtaat 36101127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 31 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 5912369 - 5912025
Alignment:
Q  31 atagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcatatagagatgtgatcatt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5912369 atagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcatatagagatgtggtcatt 5912270  T
Q  131 gaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataattttctttgacctgagat 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5912269 gaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattacctcaaattgtcaatagaaaaattctcaagaaagaatataataattttctttgacctgagat 5912170  T
Q  231 tgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattggatacaattaaatgcttgt 330  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  5912169 tgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattggatacgattaaatgcttgt 5912070  T
Q  331 ataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  5912069 ataattaatgactaatcaagatgggattcgtcaactcttggtaat 5912025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 31 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 5919304 - 5918960
Alignment:
Q  31 atagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcatatagagatgtgatcatt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5919304 atagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcatatagagatgtggtcatt 5919205  T
Q  131 gaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataattttctttgacctgagat 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5919204 gaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattacctcaaattgtcaatagaaaaattctcaagaaagaatataataattttctttgacctgagat 5919105  T
Q  231 tgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattggatacaattaaatgcttgt 330  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  5919104 tgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattggatacgattaaatgcttgt 5919005  T
Q  331 ataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  5919004 ataattaatgactaatcaagatgggattcgtcaactcttggtaat 5918960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Original strand, 6750093 - 6750454
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6750093 ggacatcaataatctggatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 6750192  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataat 213  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6750193 atagagatgtggtcattgaactgacttaactgagaatttctaatggtcgatattacctcaaattgtcaatagaaaaattctcaagaaagaatataataat 6750292  T
Q  214 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6750293 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattcttaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgga 6750392  T
Q  314 tacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6750393 tacgattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaactcttggtaat 6750454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Original strand, 38485247 - 38485609
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38485247 ggacatcaataattcgggtagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaatatatctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 38485346  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaat-tgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa 212  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38485347 atagtgatatgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccacaaaaatgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa 38485446  T
Q  213 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgg 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38485447 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatattatttattgtattttgattctgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgg 38485546  T
Q  313 atacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38485547 atacgattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaactcttggtaat 38485609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 181 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 41195198 - 41195004
Alignment:
Q  181 aatagaaaagttctcaagaaagaatataataattttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacaccta 280  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41195198 aatagaaaaattctcaagaaagaatataatgattttctttgacctgagattgtcatggtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacaccta 41195099  T
Q  281 ataccttagggtgctagttgaaaagatattggatacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  41195098 ataccttagggtgctagttgaaaggatattggatacgattaaatacttatataattaatgactaatcaagatgagatccgtcaactcttggtaat 41195004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 14 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 41195337 - 41195196
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41195337 ggacatcaataattcggatagatcaatatat--gtgataatctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 41195240  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaat 157  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41195239 atagtgatgtgatcattgaactgactcgactgagaatttctaat 41195196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 299; Significance: 1e-168; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 16861569 - 16861207
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16861569 ggacatcaataattcggatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaatatatctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 16861470  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaat-tgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa 212  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16861469 atagtgatatgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccacaaaaatgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa 16861370  T
Q  213 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16861369 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgg 16861270  T
Q  313 atacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16861269 atacgattaaatgcttgtataatttatgactaatcaagatgggatccgtcaactcttggtaat 16861207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Original strand, 40769232 - 40769595
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatat--atatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgc 111  Q
    |||||| | ||||||| ||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40769232 ggacattaataattcggatagatcaatatatatatgtgataatctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgc 40769331  T
Q  112 atatagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataata 211  Q
    ||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  40769332 atatagtaatgtgatcattgaagtgactcgactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaaatgtcaatagaaaaattctcaagaaagaatataatg 40769431  T
Q  212 attttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattg 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  40769432 attttctttgacctgagattgtcatggtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattt 40769531  T
Q  312 gatacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  40769532 gatacgattaatttcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaattcttggtaat 40769595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Original strand, 10569645 - 10570007
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10569645 ggacatcaataatctggatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaatatatctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 10569744  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaat-tgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa 212  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10569745 atagtgatatgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccacaaaaatgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa 10569844  T
Q  213 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10569845 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgg 10569944  T
Q  313 atacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10569945 atacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaactcttggtaat 10570007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Original strand, 8545624 - 8545985
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8545624 ggacatcaataattcggatagatcaatatatatgtgataatctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagattatgcat 8545723  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataat 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  8545724 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataacaat 8545823  T
Q  214 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgga 313  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  8545824 ttttcttgacctgagattgtcatagtaatcaacatgttatttattgtattttggttctgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgaa 8545923  T
Q  314 tacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||    
T  8545924 tacgattaaatgcttgtataattaatgactaattaagatgagatccgtcaactcttggtaat 8545985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Original strand, 10566395 - 10566757
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10566395 ggacatcaataatctggatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaatatatctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 10566494  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaat-tgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa 212  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10566495 atagtgatatgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccacaaaaatgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa 10566594  T
Q  213 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10566595 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgg 10566694  T
Q  313 atacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  10566695 atacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaactcttgataat 10566757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 29673963 - 29673601
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29673963 ggacatcaataattcgggtagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaatatatctcatttattaaattacatatataaatgatgcat 29673864  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaat-tgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa 212  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29673863 atagtgatatgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccacaaaaatgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa 29673764  T
Q  213 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29673763 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgg 29673664  T
Q  313 atacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29673663 atacgattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcaactcttggtaat 29673601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Original strand, 20282908 - 20283264
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20282908 ggacatcaataattcgggtagatcaatatatatgtgatagtttttattggataaagattaatatatctcatttattaaattacatatatagatcatgcat 20283007  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaat-tgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa 212  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||  | | ||||||||| ||||||||||| |||||||| |    
T  20283008 atagtgatatgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccacaaaaatttaaatagaaaaattctcaagaaaaaatataatga 20283107  T
Q  213 ttttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgg 312  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||     ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20283108 tttt-tttgacctgagattgtcatggtaattaacatgttatttattgtattttgattctgaacac-----accttagggtgctagttgaaaggatattgg 20283201  T
Q  313 atacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  20283202 atacgattaaatacttgtataattaatgactaatcaagatgagatccgtcaactcttggtaat 20283264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 64 - 148
Target Start/End: Original strand, 8529500 - 8529584
Alignment:
Q  64 ataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcatatagagatgtgatcattgaactgactcaactgaga 148  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||| |||||    
T  8529500 ataaaaattaataaatctcatttattaaattatacatatagatgatgcatatggtgatatgatcattgaactaactcaattgaga 8529584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 260 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 21561561 - 21561475
Alignment:
Q  260 tattttgattatgaacacctaataccttagggtg---ctagttgaaaagatattggatacaattaaatgcttgtataattaatgact 343  Q
    |||||||||| | |||| ||||||||||||||||   |||||||||| |||||| || |  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  21561561 tattttgattcttaacatctaataccttagggtgttgctagttgaaaggatattagaaattattaaatacttgtataattaatgact 21561475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 14 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 47019770 - 47019411
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 113  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47019770 ggacatcaataattcggatagatcaatatat--gtgatagtctttattggataaaggttaataaatctcatttattaaattacatatatagatgatgcat 47019673  T
Q  114 atagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataat 213  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  47019672 atagagacgtgatcattgaactgactcaactcagaatttctaatggccgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaataaagaatataataat 47019573  T
Q  214 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattgga 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47019572 tttctttgacctgagattgtcatagtaattaacatgttatttattgtattttgattctggacacctaataccttagggtgctagttgaaaggatattgga 47019473  T
Q  314 tacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||| ||||||||    
T  47019472 tacgattaaatgcttgtataactaatgattaatcaagatgggatccttcaacttttggtaat 47019411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 31 - 352
Target Start/End: Original strand, 24185274 - 24185596
Alignment:
Q  31 atagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcatatagagatgtgatcatt 130  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  24185274 atagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagattgat--gtctcatttattaaactacatatatagatgatgcatatagtgatgtgatcaat 24185371  T
Q  131 gaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataa-----ttttctttgacct 225  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||     |||| ||||||||    
T  24185372 gaactaactcaagtgagaatttctaatggacgatattaccttac--tgtaaatagaaaagttctcaagaaagaatattataaataatttttttttgacct 24185469  T
Q  226 gagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattggatacaattaaatg 325  Q
    |||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24185470 gagattgtcataataattaacatattatttattatattttgattctgaacacctaacaccttagggtgctagttgaaaggatattggatacaattaaatg 24185569  T
Q  326 cttgtataattaatgactaatcaagat 352  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||    
T  24185570 cttgtataattaataactaatcaagat 24185596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 9e-86
Query Start/End: Original strand, 123 - 375
Target Start/End: Original strand, 20349633 - 20349885
Alignment:
Q  123 tgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattaccttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataattttctttga 222  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20349633 tgatccttgaactgactcaattgagaatttctaatggtcgatattaccataaaatctcaatagaaaaattctcaagaaagaatataataattttctatga 20349732  T
Q  223 cctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgattatgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattggatacaattaa 322  Q
    | ||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||| |||||    
T  20349733 catgagattttcatgataattaacatgttatttattgtattttgattctgaacacctaataccttagggttctagttgaaaggataatgaatacgattaa 20349832  T
Q  323 atgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactcttggtaat 375  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||    
T  20349833 atacttgtataattaatgactaatcaagatgtgatccatcaactattggtaat 20349885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 14 - 72
Target Start/End: Original strand, 20348364 - 20348422
Alignment:
Q  14 ggacatcagtaattcgaatagatcaatatatatgtgatagtctttattggataaagatt 72  Q
    |||||||| |||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20348364 ggacatcaataatttaagtagatcaatatatatgtgatagcctttattggataaagatt 20348422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 167; Significance: 2e-89; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 70 - 375
Target Start/End: Original strand, 10267215 - 10267517
Alignment:
Q  70 attaataagtctcatttattaaattacatatatagatgatgcatatagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatattac 169  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  10267215 attaatatgtatcatttattaaattacatatatagatgatgcatatagtgatatggttattgaactgactcacctgagaatttctaatgatcgatattac 10267314  T
Q  170 cttaaattgtcaatagaaaagttctcaagaaagaatataataattttctttgacctgagattgtcatagtaattaacacgttatttattgtattttgatt 269  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  10267315 cttaaattgtcga-agaaaaattctcaagaaagaatataatgatttaatttgatctgagaatgtcatagtaattgacatgttatttattgcattttgatt 10267413  T
Q  270 atgaacacctaataccttagggtgctagttgaaaagatattggatacaattaaatgcttgtataattaatgactaatcaagatgggatccgtcgactctt 369  Q
     ||| |||||||| |||||||||  ||||| ||| |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||    
T  10267414 ctgatcacctaattccttagggttttagtttaaaggatattggatccgattaaatacttgtataattaatgactaatcaagat--gacccgtcaactctt 10267511  T
Q  370 ggtaat 375  Q
    ||||||    
T  10267512 ggtaat 10267517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 90 - 196
Target Start/End: Original strand, 18308338 - 18308445
Alignment:
Q  90 aaattacatatatagatgatgcatatagagatgtgatcattgaactgactcaactgagaatttctaatggtcgatatta-ccttaaattgtcaatagaaa 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |   ||| ||||||||||||    
T  18308338 aaattacatatatagatgatgcatatagtgatatgatcattgaagtgactcaactgagaatttctaatggtcaatattatcacaaaaatgtcaatagaaa 18308437  T
Q  189 agttctca 196  Q
    | ||||||    
T  18308438 aattctca 18308445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University