View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1158_low_22 (Length: 461)

Name: NF1158_low_22
Description: NF1158
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1158_low_22
NF1158_low_22
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (1-427)||(27105369-27105795)
chr3 (1-427)||(27098370-27098796)
chr3 (65-428)||(27085768-27086131)
chr3 (1-428)||(27069648-27070075)
chr3 (150-428)||(27062730-27063002)
chr3 (129-428)||(27041354-27041653)
chr3 (1-228)||(27056539-27056765)
chr3 (1-196)||(27045639-27045834)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 27105369 - 27105795
Alignment:
Q  1 aatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggttcaaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27105369 aatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggttcaaaa 27105468  T
Q  101 tccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27105469 tccttcaacttgcgtctaataccagctacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctg 27105568  T
Q  201 caattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaagctttgttaacatttcaccctccacattaaaacaatattt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27105569 caattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaagctttgttaacatttcaccctccacattaaaacaatattt 27105668  T
Q  301 cttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtttagttattgatcca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27105669 cttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtttagttattgatcca 27105768  T
Q  401 ataagtctctctctttcccacacaggt 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  27105769 ataagtctctctctttcccacacaggt 27105795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 427
Target Start/End: Original strand, 27098370 - 27098796
Alignment:
Q  1 aatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggttcaaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27098370 aatttcatagagtggcctttcatcgagctcactaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggatcaaaa 27098469  T
Q  101 tccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctg 200  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27098470 tccttcaagttgcgtctaatacctgctacaatggtcagtactgtttcaccattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccaaacataacctg 27098569  T
Q  201 caattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaagctttgttaacatttcaccctccacattaaaacaatattt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| || | ||||||||||||||     
T  27098570 caattgattcaaaagttgtgaaccttatatttccactttccttcatcaagctcaacttaagccttgttatcatttcaccatcaatattaaaacaatattg 27098669  T
Q  301 cttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtttagttattgatcca 400  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  27098670 cttcataactgtagtgttgtgttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgttcagttattgatcca 27098769  T
Q  401 ataagtctctctctttcccacacaggt 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  27098770 ataagtctctctctttcccacacaggt 27098796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 65 - 428
Target Start/End: Original strand, 27085768 - 27086131
Alignment:
Q  65 gaattcccataataaccattaggtaaaggttcaaaatccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagtt 164  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| |||||  | ||||||| | | |||||  ||||||| | |||||||    
T  27085768 gaattcccataataccctttaggtaaagtatcataatcctttaagttgcgtctactaccaactgcaatggttagcgctgttaaaccattgcttttaagtt 27085867  T
Q  165 ttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaagctt 264  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||  | || |||| ||||||||||||||||||||  |    
T  27085868 ttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaaccttatattttcattttcattcatcaaactcaacttaagtct 27085967  T
Q  265 tgttaacatttcaccctccacattaaaacaatatttcttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcata 364  Q
    | ||| |||||||||||| || |||||||||||||  || || |  ||||| || | |||||| | ||| ||||||| || |||||||||   || |||     
T  27085968 tcttatcatttcaccctctactttaaaacaatattgtttaattatcgtagtattattttgatttacaaagggtgaaagtgaaacagattctcggtccatg 27086067  T
Q  365 gggctttctggaaatggttgtttagttattgatccaataagtctctctctttcccacacaggtt 428  Q
    || | || |||||| | |||| ||| |||||||||||   || | |||||||||||||||||||    
T  27086068 ggacattgtggaaaagtttgtatagctattgatccaacttgtttttctctttcccacacaggtt 27086131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 428
Target Start/End: Original strand, 27069648 - 27070075
Alignment:
Q  1 aatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggttcaaaa 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||   |||||||| |     |||||||| ||||| || || |||||||  ||||||    
T  27069648 aatttcatagagtggcatttcatcgagctcactcacttttaaaacaacttttgcatccatggtagaattcccgtaataccctttcggtaaagtatcaaaa 27069747  T
Q  101 tccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctg 200  Q
    ||| |||| || ||||| ||||||  ||  ||  ||| || ||||| | ||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  27069748 tccatcaagttacgtctcataccaactaacatattcagcattgttttatcattgctgctaagctttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctg 27069847  T
Q  201 caattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaaactcaacttaagctttgttaacatttcaccctccacattaaaacaatattt 300  Q
    |||    |||||||||||| |||| |||   | ||||||  ||||||||||||||||||||  |||||| | |||| ||||| || |||||| ||||||     
T  27069848 caagaacttcaaaagttgtaaaccctattttttcacttttattcatcaaactcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaagaatattg 27069947  T
Q  301 cttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtttagttattgatcca 400  Q
    ||| |||| |||||| ||   |||||||| ||| |||||||||||||||||||   ||| ||| || | || |||||| |||||| ||| ||||||||||    
T  27069948 cttaataattgtagtattagtttgattcacaaagggtgaaaatgcaacagattttctgtccatgggacattgtggaaaaggttgtatagctattgatcca 27070047  T
Q  401 ataagtctctctctttcccacacaggtt 428  Q
    |   || | |||||||||||||||||||    
T  27070048 acttgtgtttctctttcccacacaggtt 27070075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 150 - 428
Target Start/End: Original strand, 27062730 - 27063002
Alignment:
Q  150 cattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttatacctccactttccttcatcaa 249  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||    
T  27062730 cattgctgctaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaaccttatat------tttcgttcatcaa 27062823  T
Q  250 actcaacttaagctttgttaacatttcaccctccacattaaaacaatatttcttcataactgtagtgttgtcttgattcagaaaaggtgaaaatgcaaca 349  Q
    ||||||||||||  |||||| | |||| ||||| || ||||||||||||| ||| |||| | |||| ||   |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  27062824 actcaacttaagtcttgttatcgtttcgccctctactttaaaacaatattgcttaataattttagtattaggttgattcacaaagggtgaaaatgcaaca 27062923  T
Q  350 gattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtttagttattgatccaataagtctctctctttcccacacaggtt 428  Q
    |||||  ||| ||| |||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||   |  | |||||||||||||||||||    
T  27062924 gattctctgtccatggggcattgtggaaatggttgtgtagttattgttccaacttggttttctctttcccacacaggtt 27063002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 129 - 428
Target Start/End: Original strand, 27041354 - 27041653
Alignment:
Q  129 caatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctgcaattgattcaaaagttgtgaaccttat 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||    
T  27041354 caatggtcaacactgtttcaccattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgacctccacacataacctgcaagcacttcaaaagttgtgaacctcat 27041453  T
Q  229 acctccactttccttcatcaaactcaacttaagctttgttaacatttcaccctccacattaaaacaatatttcttcataactgtagtgttgtcttgattc 328  Q
       | || |||  |||||||||||||| |||||   ||||| |||||||||||| || |||||||||||||  || || |  ||||| || | ||||||     
T  27041454 tttttcatttttattcatcaaactcaatttaagtcctgttatcatttcaccctctactttaaaacaatattgtttaattatcgtagtattattttgattt 27041553  T
Q  329 agaaaaggtgaaaatgcaacagattccttgttcatagggctttctggaaatggttgtttagttattgatccaataagtctctctctttcccacacaggtt 428  Q
    | ||| ||||||| || |||||||||   || ||| || | || |||||| |||| | ||| |||||||| ||   || | |||||||||||||||||||    
T  27041554 acaaagggtgaaagtgaaacagattctcggtccatgggacattgtggaaaaggttttatagctattgatcgaacttgtttttctctttcccacacaggtt 27041653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 228
Target Start/End: Original strand, 27056539 - 27056765
Alignment:
Q  1 aatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggttcaaaa 100  Q
    |||||||||||||||| |||| | |||||| || |||||||| |||   ||| |||| | |   ||||| ||||| || || ||||||||||  ||| ||    
T  27056539 aatttcatagagtggcatttcgttgagctcactcacttttaaaacaacatttacatctatagtagaatttccatattaccctttaggtaaagtatcataa 27056638  T
Q  101 tccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacataacctg 200  Q
    |||| ||| |||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  27056639 tcctccaagttgcgtctaataccaactgcaatggtcagcactgtttcaccattgctgttaagttttaaggctcttgctcttgacctctacacataacctg 27056738  T
Q  201 caattgattcaaaagttgtgaaccttat 228  Q
    ||| | | ||||||||||||||||||||    
T  27056739 caagt-actcaaaagttgtgaaccttat 27056765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 27045639 - 27045834
Alignment:
Q  1 aatttcatagagtggcctttcatcgagctcgctaacttttaacacagtgtttgcatcaacacatgaattcccataataaccattaggtaaaggttcaaaa 100  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||||||||   ||| |||| |||   | ||| |||||||| ||  |||| ||||| ||| ||    
T  27045639 aatttcatagagtggcatttcattgagctcactaacttttaacacaacttttccatccacagtagtattaccataataccctataggcaaaggatcataa 27045738  T
Q  101 tccttcaacttgcgtctaataccagttacaatggtcaacactgtttcaccattgttgttaagttttaaggctcttgctcttgatctccacacataa 196  Q
     | ||||   ||||||||||||||  ||  ||  |||||| |||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27045739 cctttcatgctgcgtctaataccaactaacatattcaacattgtttttccattgttgctaagttgtaaggctcttgctcttgacctccacacataa 27045834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University