View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1158_low_5 (Length: 601)

Name: NF1158_low_5
Description: NF1158
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1158_low_5
NF1158_low_5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (30-591)||(8522090-8522657)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (30-418)||(42122646-42123034)
chr5 (31-415)||(42116886-42117285)
chr5 (30-415)||(42128044-42128428)
chr5 (30-400)||(34241102-34241466)
chr5 (30-395)||(34233329-34233688)
chr5 (147-370)||(41714176-41714393)
chr5 (30-284)||(41618194-41618448)
chr5 (30-391)||(41572555-41572910)
chr5 (30-88)||(41714094-41714152)
chr5 (485-546)||(42116793-42116854)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (30-431)||(11117289-11117697)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (33-395)||(25523573-25523943)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (33-344)||(11994940-11995254)
chr2 (33-366)||(12247654-12247990)
chr2 (181-297)||(32682381-32682497)
chr2 (41-265)||(9423281-9423506)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 489; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 8522657 - 8522090
Alignment:
Q  30 aatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagcca 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522657 aatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagcca 8522558  T
Q  130 acaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 229  Q
    ||||||||||| |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8522557 acaacttttgcagtgaagagaagtttgaatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgattggaataggcattggatattatat 8522458  T
Q  230 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttca 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  8522457 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccaaagttca 8522358  T
Q  330 atcacgaatca------gaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttctgttaaaac 423  Q
    |||||||||||      |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522357 atcacgaatcagaatcagaatcagatggtgcaaatgtcgtagttttgttgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttctgttaaaac 8522258  T
Q  424 aagcttgactcttttgatcttgctagtttgattttcagttgtaagtttgtggtctcaggtctgtttataagtgcacgccacatgttgtgttatataataa 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  8522257 aagcttgactcttttgatcttgctagtttgattttcagttgtaagtttatggtctcaggtctgtttataagtgcatgccacaagttgtgttatataataa 8522158  T
Q  524 aattccaagttcatgtatatgttagtgtataaaatataattcaaatttatacgacccttttacctttg 591  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  8522157 aattccaagttcatgtatatgttagtgtataaaatataattcaaatttatatgacctttttaactttg 8522090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 30 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 42123034 - 42122646
Alignment:
Q  30 aatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagcca 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42123034 aatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaaaaaatgtggacctgaacaacattctccaccttcagcca 42122935  T
Q  130 acaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 229  Q
    | |||| |||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  42122934 agaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaatatgcattggatattatat 42122835  T
Q  230 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttca 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||| || |||||| ||| ||||   ||| |||||    
T  42122834 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtccgcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagggcacatggttca 42122735  T
Q  330 atcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttctgtt 418  Q
    | || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| ||| |||| |||||| |||||||||||||||    
T  42122734 accatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgttgtagttactttatctgttgtgtgttggttttttactttctgtt 42122646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 31 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 42117285 - 42116886
Alignment:
Q  31 atacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaa 130  Q
    |||||||| |||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||| |||||| ||  |||||||||    
T  42117285 atacatttccaaatgattcctacaaaggaaacttgggtttatgtggatttccgttgtcaaagatttgtggacctgaacatcattctccaatttcagccaa 42117186  T
Q  131 caac---ttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattat 227  Q
    ||||   |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  42117185 caacagcttttgcagtgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatatttt 42117086  T
Q  228 atgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagtt 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  ||||||||| ||     
T  42117085 atgtttttaattggaaagcctagatggattgtgatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgaaaagaagaacaagaatgagaaggaaccatggta 42116986  T
Q  328 caatca------------cgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttct 415  Q
    ||| ||             |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||| | ||||||||||||    
T  42116985 caaccatgaatcagaatcagaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgttgttgttattttctctattgtgtgttagttttttactttct 42116886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 30 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 42128428 - 42128044
Alignment:
Q  30 aatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcacct-tcagcc 128  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||  |||  ||  | |  | |    
T  42128428 aatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtcaaagaattgtggacctgaacaa--ttccacaattctttgac 42128331  T
Q  129 aacaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattata 228  Q
    ||||||| |||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  42128330 aacaactcttggagtgaagagaaatttagatttggatggaaaccagtggcgattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatattata 42128231  T
Q  229 tgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttc 328  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||| ||| ||||   ||| ||||    
T  42128230 tgtttttaattgaaaagtctagatggcttgttatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagggcacatggttc 42128131  T
Q  329 aatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttct 415  Q
    || || |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||| |||| | || | ||||||||||||    
T  42128130 aaccatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgttctagttattttctctattgtgtattagttttttactttct 42128044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 30 - 400
Target Start/End: Original strand, 34241102 - 34241466
Alignment:
Q  30 aatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagcca 129  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  34241102 aatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagcca 34241201  T
Q  130 acaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 229  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  34241202 acaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggccttggatattatat 34241301  T
Q  230 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttca 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||  | ||| ||| ||| || || ||    
T  34241302 gtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacataagtgaggagaaacaatggtcca 34241401  T
Q  330 atcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgtt 400  Q
    | || |||||      |||||||||||||||| |||||||||| || |  ||||||||||| |||| ||||    
T  34241402 accatgaatc------agatggtgcaaatgtcatagttttattattctggttattttctctattgtgtgtt 34241466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 30 - 395
Target Start/End: Original strand, 34233329 - 34233688
Alignment:
Q  30 aatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagcca 129  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  34233329 aatacatttacaaatgattcttataaagggaacttggggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggaccggaacaacattctccaccttcagcca 34233428  T
Q  130 acaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 229  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||    
T  34233429 acaacttttggagtgaagagaaatttggctttggatggaaaccagtggcaattggttatggatgtggatttgtgtttggaataggccttggatattatat 34233528  T
Q  230 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttca 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || || |||  | ||| ||| ||| || || ||    
T  34233529 gtttttaattggaaagcctagatggtttgtgatgatatttggtggtcatcctaagagaagagtgaataggagaacataagtgaggagaaacaatggtcca 34233628  T
Q  330 atcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgt 395  Q
    | || |||||      |||||||||||||||| |||||||||| || |  ||||||||||| ||||    
T  34233629 accatgaatc------agatggtgcaaatgtcatagttttattattctggttattttctctattgt 34233688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 147 - 370
Target Start/End: Original strand, 41714176 - 41714393
Alignment:
Q  147 gagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagc 246  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||    
T  41714176 gagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattgggtattacatgtttttgatcggaaagc 41714275  T
Q  247 ctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttcaatcacgaatcagaatta 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | | || |||||||||| ||||| | || |||||| || ||||| ||        
T  41714276 ctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagagaatagtgacagggagaacaagaatgaggaggaccaatggttcaaccatgaatc-ga---- 41714370  T
Q  347 gatggtgcaaatgtcgtagtttta 370  Q
     |||||||||||||||||||||||    
T  41714371 -atggtgcaaatgtcgtagtttta 41714393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 30 - 284
Target Start/End: Original strand, 41618194 - 41618448
Alignment:
Q  30 aatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagcca 129  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| |  |||| |||||||||||||||| | | | || |||    
T  41618194 aatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaacaacattctccgcttccaccca 41618293  T
Q  130 acaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 229  Q
    ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || || ||||||||| |||||| || | |    
T  41618294 acaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattggaataggccttggatgttttgt 41618393  T
Q  230 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaag 284  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||| ||||||    
T  41618394 gttgttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaag 41618448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 30 - 391
Target Start/End: Original strand, 41572555 - 41572910
Alignment:
Q  30 aatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagcca 129  Q
    ||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||| |  |||| |||||||||||||||| | | | || |||    
T  41572555 aatacattttccaatgactcatatgaaggaaacttgggattatgcggatttcccttgtcaaagaaatgtgaacctgaacaacattctccgcttccaccca 41572654  T
Q  130 acaacttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 229  Q
    ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || || ||||||||| |||||| || | |    
T  41572655 acaacctttggagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggctattggatatggatgtggaatggttattggaataggccttggatgttttgt 41572754  T
Q  230 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttca 329  Q
    ||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||| ||||||   ||||| | ||| |||| |||| ||| ||| |  ||| | |||    
T  41572755 gttgttaaccggaaagcctagatggcttgtgatgatggttggaggtcaacctaagcaaagagttacaaggaggataagagtgaggagaattcatggctca 41572854  T
Q  330 atcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctctt 391  Q
    | || ||||      ||||||||||| ||||  ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  41572855 accatgaat------tagatggtgcagatgtgatagttttattgttctgattattttctctt 41572910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 30 - 88
Target Start/End: Original strand, 41714094 - 41714152
Alignment:
Q  30 aatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtc 88  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  41714094 aatacatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtc 41714152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 485 - 546
Target Start/End: Complemental strand, 42116854 - 42116793
Alignment:
Q  485 tgtttataagtgcacgccacatgttgtgttatataataaaattccaagttcatgtatatgtt 546  Q
    |||||| | ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  42116854 tgtttacatgtgcatgccacaagatgtgttatataataaaattccaagtttatatatatgtt 42116793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 30 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 11117697 - 11117289
Alignment:
Q  30 aatacatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagcca 129  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11117697 aatacatttacaaatgattcctatgaaggaaattcagggttatgtggattacccttgtcaaagaaatgtggacctgaacaacattctccaccttcagcca 11117598  T
Q  130 acaacttttgc----gg--tgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggata 223  Q
    |||||| || |    ||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  11117597 acaactcttcctcttggaatgaagagaaatttggatttggatggaaagcagtggcaattggatatgcatgtggatttgtgattggaataagcattggata 11117498  T
Q  224 ttatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccat 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||| ||| |||    |||    
T  11117497 ttatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagagaagagtgacaaggagaacaagagtgaggagcgcacat 11117398  T
Q  324 agttcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgtctgttgggtttttactttctg-ttaaaa 422  Q
     |||||| || |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||||||  |||  |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  11117397 ggttcaaacatgaatcagaatcagatggtgcaaatgtcatagttttattgtcgtagttactttctccgttgggtgttggttttttactttctgtttaaaa 11117298  T
Q  423 caagcttga 431  Q
     ||||||||    
T  11117297 taagcttga 11117289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 173; Significance: 1e-92; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 33 - 395
Target Start/End: Original strand, 25523573 - 25523943
Alignment:
Q  33 acatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaaca 132  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  25523573 acatttacaaatgattcctatgaaggaaacttggggttatgtggatttcccttgtcaaagagatgtggacttgaacaacattctccaccttcacccaaca 25523672  T
Q  133 a---cttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 229  Q
    |   ||||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||    
T  25523673 aaaacttttggagtgaagagaaatttggatttggatggataccggtggtaattggatatggatgtggatttctgattggaataggcattggatattgtat 25523772  T
Q  230 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagt--- 326  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||       
T  25523773 gtttttagttggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggcggtcagcctaagagaaaggtgaaaaaaaggacaagaatgaggaggaatcatggtaca 25523872  T
Q  327 ----tcaatcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagttttattgttgtaattattttctcttttgt 395  Q
        | ||||| |||||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||    
T  25523873 gccatgaatca-gaatcagaatcagatgatgcaaatgtcatag-tttattgttttagttattttctcttttgt 25523943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 33 - 344
Target Start/End: Original strand, 11994940 - 11995254
Alignment:
Q  33 acatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaaca 132  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  11994940 acattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtgaatttcccttgtcaaagaagtgcggacctgaacaacgttctccaccttcacccaaca 11995039  T
Q  133 ac---ttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 229  Q
    ||   ||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| |||    
T  11995040 acagcttttcgagtgaagagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgtat 11995139  T
Q  230 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttca 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||  ||||||||| || ||    
T  11995140 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagaacaagagtgagtaggaaccatggtgca 11995239  T
Q  330 atcacgaatcagaat 344  Q
    | || ||||||||||    
T  11995240 accatgaatcagaat 11995254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 33 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 12247990 - 12247654
Alignment:
Q  33 acatttacaaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaaca 132  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |||||  |||||||   ||||    
T  12247990 acattttcaaatgattcatatgtaggaaacttggagttatgtggatttcccttgtcaaagaagtgtggacctgaacaatattctcaaccttcacttaaca 12247891  T
Q  133 ac---ttttgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatat 229  Q
    ||   |||||  | || | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||| |||    
T  12247890 acagcttttggagcgacgcgaaatttggatttggatggaaaccggtggcaattggatatggatgtggatttgtgattggaataggcctcggatattgtat 12247791  T
Q  230 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcctaagaggagagtgaaaagaaggacaagaatgacgaggaaccatagttca 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||  ||||||||| || ||    
T  12247790 gtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgatatttggtggtcagcctaaaagaagagtgaaaaggagaacaagagtgagtaggaaccatggtgca 12247691  T
Q  330 atcacgaatcagaattagatggtgcaaatgtcgtagt 366  Q
    | || |||||||||| | ||||||  |||||||||||    
T  12247690 accatgaatcagaatcaaatggtggcaatgtcgtagt 12247654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 181 - 297
Target Start/End: Original strand, 32682381 - 32682497
Alignment:
Q  181 ttggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtcatgatatttggtggtcagcc 280  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||    
T  32682381 ttggatatggatgtggatttgtgattggaataggcattggatactttatgtttttaattggaaagcctagatggcttgtgatgataattggtggtcatcc 32682480  T
Q  281 taagaggagagtgaaaa 297  Q
    |||||| ||||||||||    
T  32682481 taagagaagagtgaaaa 32682497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 41 - 265
Target Start/End: Original strand, 9423281 - 9423506
Alignment:
Q  41 aaatgattcttatgaaggaaacttggatttatgtggattacccttgtcaaaaatgtgtggacctgaacaacattctgcaccttcagccaacaactt---t 137  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||  |||||  |||| ||||||| ||  |  ||||||||| ||| | ||||| || ||||| ||||||| ||   |    
T  9423281 aaatgatttttatgaaggaaactgggggttatg--gatttcccttgtaaatgaaatgtggacctaaacgaaattctacaacttcacccaacaaattatat 9423378  T
Q  138 tgcggtgaggagaaatttggatttggatggaaaccagtggcaattggatacggatgtggatttgtgatcggaataggcattggatattatatgtttttaa 237  Q
    |||  ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||| | |||| |||| |||||| || |||| | ||||    
T  9423379 tgcaatgaagagaaatttggatttggatggaaatcagtggcaattggatatggatgtggaatggtgcttggaaaaggccttggatgttgtatgctgttaa 9423478  T
Q  238 ttggaaagcctagatggcttgtcatgat 265  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  9423479 ttggaaagcctagatggcctgtgatgat 9423506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University