View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11590_low_2 (Length: 273)

Name: NF11590_low_2
Description: NF11590
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11590_low_2
NF11590_low_2
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (25-260)||(4784443-4784678)
chr7 (25-260)||(4816872-4817107)
chr7 (11-260)||(4863162-4863411)
chr7 (13-257)||(4697786-4698030)
chr7 (25-260)||(4846629-4846864)
chr7 (19-260)||(4712668-4712909)
chr7 (10-260)||(4666208-4666458)
chr7 (10-233)||(4661104-4661327)
chr7 (28-233)||(4630209-4630414)
chr7 (10-230)||(4643007-4643227)
chr7 (10-233)||(4652820-4653043)
chr7 (61-230)||(4636160-4636329)
chr7 (10-228)||(4671945-4672163)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-203)||(18926332-18926525)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (22-203)||(5479212-5479396)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 25 - 260
Target Start/End: Original strand, 4784443 - 4784678
Alignment:
Q  25 gctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacaccagttgcgataaaac 124  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784443 gctacaaacaacttcgaagatatttttatcatcggggttggagggttcggcaatgtgtacaaaggttatattgatggagttacaccagttgcgataaaac 4784542  T
Q  125 gtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggtttcacttattggata 224  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784543 gtcttaaaccaggttctcaacaaggtgtgaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggtttcacttattggata 4784642  T
Q  225 ttgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatga 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784643 ttgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatga 4784678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 25 - 260
Target Start/End: Original strand, 4816872 - 4817107
Alignment:
Q  25 gctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacaccagttgcgataaaac 124  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816872 gctacaaacaacttcgaagatatttttatcatcggggttggagggttcggcaatgtgtacaaaggttatattgatggagttacaccagttgcgataaaac 4816971  T
Q  125 gtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggtttcacttattggata 224  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4816972 gtcttaaacctggttctcaacaaggtgttaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggtttcacttattggata 4817071  T
Q  225 ttgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatga 260  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817072 ttgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatga 4817107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 11 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 4863411 - 4863162
Alignment:
Q  11 cagagatgagagctgctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacacc 110  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||    
T  4863411 cagagataagagctgctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagacatacc 4863312  T
Q  111 agttgcgataaaacgtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggtt 210  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4863311 tgttgcgataaaacgtcttaaaccaggttctcaacaaggtataaatgagttcatgaatgagatcgaattactctctcagcttcgtcatattcacttggtt 4863212  T
Q  211 tcacttattggatattgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatga 260  Q
    || || |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||    
T  4863211 tctctcattggatattgcaacgaaggtgaggagatgattctcgtttatga 4863162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 13 - 257
Target Start/End: Original strand, 4697786 - 4698030
Alignment:
Q  13 gagatgagagctgctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacaccag 112  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| || |||| || |||||| |    
T  4697786 gagataagagccgctacaaacaacttcgaagatatttttatcattggagttggagggtttggtaacgtgttcaaaggttacatcgatgaaggtacacctg 4697885  T
Q  113 ttgcgataaaacgtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggtttc 212  Q
    | || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  4697886 tagcaataaaacgtttgaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcatgaatgaaatcgagttgctctctcaacttcgtcacattcacttggtttc 4697985  T
Q  213 acttattggatattgcaatgaaggtgtagagatgattctcgttta 257  Q
     || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  4697986 tctcattggatattgcaacgaaggtgcagagatgattctcgttta 4698030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 25 - 260
Target Start/End: Original strand, 4846629 - 4846864
Alignment:
Q  25 gctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacaccagttgcgataaaac 124  Q
    |||||||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| | ||||| |||||||||||||    
T  4846629 gctacaaacaacttcgaagatatttttatcattggagctggagggttcggcaacgtgtacaaaggttacatcaatggactcacacctgttgcgataaaac 4846728  T
Q  125 gtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggtttcacttattggata 224  Q
    ||| |||||||||||||| | ||||| |||| || ||| ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  4846729 gtcgtaaaccgggttctcgataaggtctaaatgaattcatgaatgaaatcgagatgctctctcagcttcgtcatattcacttggtttccctcattggata 4846828  T
Q  225 ttgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatga 260  Q
    |||||| |||| || |||||||||||| ||||||||    
T  4846829 ttgcaacgaagatgcagagatgattctagtttatga 4846864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 260
Target Start/End: Original strand, 4712668 - 4712909
Alignment:
Q  19 agagctgctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacaccagttgcga 118  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | ||| |||||||    
T  4712668 agagccgctacaaacaacttcgaagatatttttatcatcggggttggaggattcggcaacgtgtacaaaggttacattgatggactcatacctgttgcga 4712767  T
Q  119 taaaacgtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggtttcacttat 218  Q
    ||||||||| ||||  |||||||| ||||||| |||| || ||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||    
T  4712768 taaaacgtcgtaaattgggttctcgacaaggtctaaatgaattcatgaatgaaatcgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttagtttccctcat 4712867  T
Q  219 tggatattgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatga 260  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  4712868 tggatattgcaatgaagatgcagagatgattcttgtttatga 4712909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 4666458 - 4666208
Alignment:
Q  10 gcagagatgagagctgctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacac 109  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||   ||||    
T  4666458 gcagagatcagagcagccacaaacaactttgacgatgatttcatcatcggagttggagggtttggcaacgtgtacaaaggttgtgtcgatggatccacac 4666359  T
Q  110 cagttgcgataaaacgtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggt 209  Q
      ||||| |||||||| || ||| | || |||||||||||||  ||||||||| |||| || || || ||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  4666358 ttgttgccataaaacgcctcaaatcaggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaacgaaatcgaattgctctctcagcttcgccacattcacttggt 4666259  T
Q  210 ttcacttattggatattgcaatgaaggtgtagagatgattctcgtttatga 260  Q
     || ||| | |||||||||||||| |    |||||||||||| ||||||||    
T  4666258 atcccttgtgggatattgcaatgacgacacagagatgattctggtttatga 4666208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 4661327 - 4661104
Alignment:
Q  10 gcagagatgagagctgctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacac 109  Q
    |||||||| ||||| || ||||| |||||||| |||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||   ||||    
T  4661327 gcagagatcagagcagccacaaaaaactttgatgatgatttcatcattggagttggagggtttggcaacgtgtacaaaggttgtgttgatggatcaacac 4661228  T
Q  110 cagttgcgataaaacgtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggt 209  Q
      |||||||| ||||| || ||| |||| |||||||||||||| ||||||||| |||| || || ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  4661227 ttgttgcgattaaacgcctcaaatcgggctctcaacaaggtgtcaacgagttcatgaacgaaatcgagttgctctcccagcttcgccacattcatttggt 4661128  T
Q  210 ttcacttattggatattgcaatga 233  Q
     || || || |||||||| |||||    
T  4661127 gtccctcatgggatattgtaatga 4661104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 28 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 4630414 - 4630209
Alignment:
Q  28 acaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacaccagttgcgataaaacgtc 127  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||| | | ||||||   ||||| |||||||||||||| |    
T  4630414 acaaacaactttgacaatgatttcatcatcggatttggagggtttgggaacgtgtacaaaggttgtgtcgatggatccacacctgttgcgataaaacgcc 4630315  T
Q  128 ttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggtttcacttattggatattg 227  Q
    | ||| | || |||||||||||||  ||||||||| |||| || || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||| | ||||||||    
T  4630314 tcaaatcaggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaacgaaatcgagttgctctcccagcttcgccacattcacttggtgtcccttgtaggatattg 4630215  T
Q  228 caatga 233  Q
    ||||||    
T  4630214 caatga 4630209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 10 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 4643227 - 4643007
Alignment:
Q  10 gcagagatgagagctgctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacac 109  Q
    |||||||| | ||| |||||||||||||| || |||  ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||   ||||    
T  4643227 gcagagatcaaagcagctacaaacaacttcgatgatgcttttatcatcggagttggagggtttggcaacgtgtacaaaggttgtgttgatggatccacac 4643128  T
Q  110 cagttgcgataaaacgtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggt 209  Q
      |||||| | || || || ||| |||| |||||||||||||  ||||||||| ||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  4643127 ttgttgcggttaagcgcctcaaatcgggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgaaatcgagttgctctcccagcttcgccacattcacttggt 4643028  T
Q  210 ttcacttattggatattgcaa 230  Q
     || ||  | |||||||||||    
T  4643027 gtccctcgtgggatattgcaa 4643007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 10 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 4653043 - 4652820
Alignment:
Q  10 gcagagatgagagctgctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacac 109  Q
    |||||||| | ||| || ||||| ||||| || ||| |||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||  || ||||||   |  |    
T  4653043 gcagagatcaaagcagccacaaataacttcgatgatgttttcatcatcggtgttggaggatttggcaacgtgtacaaaggttgcatcgatggatccatgc 4652944  T
Q  110 cagttgcgataaaacgtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggt 209  Q
    | |||||||||||||| || ||| | || |||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||    
T  4652943 ctgttgcgataaaacgcctcaaatctggctctcaacaaggtgccaacgagttcatgaatgagatcgagttactctcccagcttcgccacattcacttggt 4652844  T
Q  210 ttcacttattggatattgcaatga 233  Q
     || ||  | ||||||||||||||    
T  4652843 atccctcgtgggatattgcaatga 4652820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 61 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 4636329 - 4636160
Alignment:
Q  61 gttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacaccagttgcgataaaacgtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagt 160  Q
    ||||| ||||| || || |||||||||||||  |||||||||   ||||| |||||||||||||| || |   |||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  4636329 gttggggggtttgggaatgtgtacaaaggtttcattgatggatccacacccgttgcgataaaacgcctcaggtcgggctctcaacaaggtgcaaatgagt 4636230  T
Q  161 tcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggtttcacttattggatattgcaa 230  Q
    || |||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||| | |||||||||||    
T  4636229 tcatgaacgagatcgagttgctctcccagcttcgccacattcacttggtatcccttgtgggatattgcaa 4636160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 10 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 4672163 - 4671945
Alignment:
Q  10 gcagagatgagagctgctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacac 109  Q
    |||||||| | ||| || ||||||||||| || |||  ||  ||||| |||||||||||||| || ||| |||||||||||| | | ||||||   ||||    
T  4672163 gcagagatcaaagcagccacaaacaacttcgatgatgcttctatcatcggagttggagggtttggaaacctgtacaaaggttgtgtcgatggatccacac 4672064  T
Q  110 cagttgcgataaaacgtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattcacttggt 209  Q
      ||||| |||||||| || ||| |||| ||||| |||||||  ||||||||| |||| || || ||||| |||||||| ||||| || |||||||||||    
T  4672063 ttgttgccataaaacggctcaaatcgggctctcagcaaggtgccaacgagttcatgaacgaaatcgagttactctctcaacttcgccacattcacttggt 4671964  T
Q  210 ttcacttattggatattgc 228  Q
     || ||  |||||||||||    
T  4671963 atccctcgttggatattgc 4671945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 62; Significance: 7e-27; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 203
Target Start/End: Original strand, 18926332 - 18926525
Alignment:
Q  10 gcagagatgagagctgctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattgatggagttacac 109  Q
    |||||||| | ||| || ||||| |||||||| |||  ||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  || |||  |   ||||    
T  18926332 gcagagataaaagcagccacaaataactttgatgatgatttaatcatcggagttggagggtttggcaacgtgtataaaggtttcatcgataaatccacac 18926431  T
Q  110 cagttgcgataaaacgtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattca 203  Q
    | ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |  ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||    
T  18926432 ccgttgcaataaaacgtctcaaaccaggctctcaacaaggggccaacgagttcatgaatgagatcgagttgctctctcaacttcgccacattca 18926525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 203
Target Start/End: Original strand, 5479212 - 5479396
Alignment:
Q  22 gctgctacaaacaactttgacgatattttcatcattggagttggagggttcggcaacgtgtacaaaggttatattga---tggagttacaccagttgcga 118  Q
    ||||| ||||||||||| |||||  | |||||  | ||||||||||| |||||| | ||||||||||| || |||||   |||    ||||  ||||| |    
T  5479212 gctgccacaaacaacttcgacgaactcttcattgtcggagttggaggattcggccatgtgtacaaaggctacattgacaatggttcaacacaggttgcaa 5479311  T
Q  119 taaaacgtcttaaaccgggttctcaacaaggtgtaaacgagttcttgaatgagattgagttgctctctcagcttcgtcatattca 203  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| | ||||| || ||  |||||||  ||||||||||||||||    
T  5479312 taaaacggcttaaaccgggttcacaacaaggtgaaaatgagttcatcaatgaaatcgacatgctctcgaagcttcgtcatattca 5479396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University