View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11598_high_1_N (Length: 918)

Name: NF11598_high_1_N
Description: NF11598
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11598_high_1_N
NF11598_high_1_N
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-898)||(53693711-53694616)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 819; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 819; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 898
Target Start/End: Complemental strand, 53694616 - 53693711
Alignment:
Q  1 ctaccaaataagttaaagtgcaccacatcaatggaaaaatgagatcaaggacaaattcataatgattaatatttgcacgtcaaattgaaagaatttgtaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694616 ctaccaaataagttaaagtgcaccacatcagtggaaaaatgagatcaaggacaaattcataatgattaatatttgcacgtcaaattgaaagaatttgtaa 53694517  T
Q  101 ttgtatggaccaaaacctaagtttgttatatttgcaaagaccatttacatatttaattatttatttttatagcgattgttgaatttggccaagtaattga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694516 ttgtatggaccaaaacctaagtttgttatatttgcaaagaccatttacatatttaattatttatttttatagcgattgttgaatttggccaagtaattga 53694417  T
Q  201 tatggtttgctcttaaaataaaattagatgtgnnnnnnnnnnnnaaggaataaaaagagatgtattgtttgttacatcatatagctcagtcttgatataa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  53694416 tatggtttgctcttaaaataaaattagatgtgtttttattttttaaggaataaaaagagatgtattgtttgttacatcatatagctcagtcttgaaataa 53694317  T
Q  301 aaagagatggatttaaacaagacataattatcaaattcacatttctccctattgtccttttcgtcctctcatatggcctcaaatgacaagatttttagat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694316 aaagagatggatttaaacaagacataattatcaaattcacatttctccctattgtccttttcgtcctctcatatggcctcaaatgacaagatttttagat 53694217  T
Q  401 tattatccaacatgatctcttaaactttccctccacttagttaaccatttgaaaaccattcataactcatttacatagcaaataaacctc--aatactat 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  53694216 tattatccaacatgatctcttaaactttccctccacctagttaaccatttgaaaaccattcataactcatttacatagcaaataaacctcaaaatactat 53694117  T
Q  499 aggggaggttacatataacctcaaatttttgctggatttacctaagtcccaacttaagcttgatttatccgactctgttaaacactctccttctatgaga 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53694116 aggggaggttacatataacctcaaatttttgctggatttacctaagtcccaacttaagcttgatttatccgactctgttaaacactctccttctatgaga 53694017  T
Q  599 gttcttgtaacaggattaattgattgcattgca-----ttgtgaaggaggaaacactttagtgttgctttgaatcctctacatctatg-tttgctttgat 692  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53694016 gttcttgtaacaggattaattgattgcattgcatcaagttgtgaaggaggaaacactttagtgttgctttgaatcctctacatctatgttttgctttgat 53693917  T
Q  693 gatagagaacatgttgaaacattggactataactgaaacattccaccactcatggttactgaacatggagtgcttttggtggtacatggcattctgttag 792  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693916 gatagagaacatgttgaaacattggactataactgaaacattccaccactcatggttactgaacatggagtgcttttggtggtacatggcattctgttag 53693817  T
Q  793 attggagttggtttgagcttcatcatcttgtttgctcaaagaatcatcagtatcataatacagttttggttcctgaccaacctatatattttgtcattgt 892  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53693816 attggagttggtttgagcttcatcatcttgtttgctcaaagaatcatcagtatcataatacagttttggttcctgaccaacctatatattttgtcattgt 53693717  T
Q  893 tatcat 898  Q
    ||||||    
T  53693716 tatcat 53693711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University