View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11602_high_15 (Length: 316)

Name: NF11602_high_15
Description: NF11602
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11602_high_15
NF11602_high_15
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (1-297)||(22767377-22767673)
chr5 (15-288)||(15988883-15989156)
chr5 (15-288)||(20204735-20205008)
chr5 (64-274)||(41940920-41941130)
chr5 (15-288)||(8387866-8388139)
chr5 (67-288)||(30222985-30223206)
chr5 (15-173)||(12660211-12660369)
chr5 (61-288)||(27533086-27533314)
chr5 (16-288)||(4267891-4268151)
chr5 (15-208)||(26597591-26597784)
chr5 (16-198)||(27292304-27292486)
chr5 (15-188)||(25730688-25730861)
chr5 (15-164)||(11375647-11375796)
chr5 (125-207)||(16074597-16074679)
chr5 (153-297)||(34653864-34654007)
chr5 (15-165)||(37448028-37448178)
chr5 (205-288)||(12660124-12660207)
chr5 (183-221)||(37447990-37448028)
chr5 (70-135)||(34652442-34652507)
chr5 (253-286)||(25730623-25730656)
chr5 (252-288)||(27292226-27292262)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-298)||(9328722-9329018)
chr7 (15-284)||(16731717-16731986)
chr7 (15-284)||(17709851-17710120)
chr7 (15-288)||(22289021-22289294)
chr7 (63-288)||(1581395-1581620)
chr7 (14-231)||(17877245-17877462)
chr7 (16-173)||(16098385-16098542)
chr7 (26-288)||(29201100-29201356)
chr7 (63-224)||(30493791-30493952)
chr7 (209-288)||(16098263-16098342)
chr7 (40-141)||(34578437-34578538)
chr7 (75-170)||(30824668-30824763)
chr7 (193-289)||(11745953-11746049)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-298)||(32577168-32577463)
chr4 (1-298)||(49119520-49119804)
chr4 (1-298)||(28425965-28426250)
chr4 (15-284)||(49951097-49951366)
chr4 (1-287)||(37245972-37246262)
chr4 (15-288)||(21321307-21321580)
chr4 (15-288)||(29655800-29656072)
chr4 (15-286)||(18442279-18442549)
chr4 (15-298)||(2064623-2064906)
chr4 (15-288)||(28537921-28538192)
chr4 (15-288)||(55734789-55735062)
chr4 (15-288)||(51259663-51259937)
chr4 (15-279)||(51735105-51735370)
chr4 (15-288)||(56065409-56065682)
chr4 (30-224)||(43840456-43840650)
chr4 (15-196)||(41835445-41835626)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (15-288)||(88339-88612)
chr2 (16-286)||(12130773-12131043)
chr2 (14-288)||(34696037-34696309)
chr2 (14-288)||(34718449-34718721)
chr2 (15-286)||(18345621-18345879)
chr2 (30-221)||(44017467-44017658)
chr2 (19-288)||(26198471-26198742)
chr2 (15-87)||(9709910-9709982)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (1-287)||(7127004-7127290)
chr8 (15-288)||(478190-478463)
chr8 (1-284)||(8451243-8451526)
chr8 (15-288)||(40588864-40589122)
chr8 (16-286)||(23853726-23853984)
chr8 (15-178)||(13414913-13415076)
chr8 (1-134)||(185711-185842)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-288)||(36733473-36733763)
chr1 (15-288)||(25682431-25682704)
chr1 (15-288)||(51113095-51113368)
chr1 (15-288)||(4394939-4395211)
chr1 (15-272)||(48949858-48950115)
chr1 (34-298)||(24538279-24538544)
chr1 (70-288)||(5609119-5609337)
chr1 (16-288)||(44527045-44527305)
chr1 (15-198)||(52109324-52109507)
chr1 (15-156)||(48166149-48166290)
chr1 (15-190)||(16816934-16817108)
chr1 (170-218)||(17507308-17507356)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (15-288)||(14679939-14680215)
chr6 (16-288)||(28106919-28107191)
chr6 (15-207)||(15606128-15606320)
chr6 (117-221)||(11731885-11731989)
chr6 (120-288)||(30802209-30802377)
chr6 (15-152)||(15053309-15053446)
chr6 (152-288)||(19364217-19364352)
chr6 (210-288)||(29368365-29368443)
chr6 (16-89)||(30802126-30802199)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (15-287)||(42340411-42340682)
chr3 (16-288)||(53496824-53497084)
chr3 (16-221)||(46007148-46007354)
chr3 (15-221)||(55199358-55199564)
chr3 (121-231)||(1070850-1070960)
chr3 (15-220)||(2615341-2615546)
chr3 (66-173)||(48227308-48227415)
chr3 (183-288)||(36310798-36310903)
chr3 (15-155)||(647345-647485)
chr3 (16-148)||(27941129-27941261)
[»] scaffold0446 (1 HSPs)
scaffold0446 (15-231)||(23-239)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 233; Significance: 1e-129; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Original strand, 22767377 - 22767673
Alignment:
Q  1 aagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaat 100  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  22767377 aagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccccgggaat 22767476  T
Q  101 ctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactga 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22767477 ctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatgattactgtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactga 22767576  T
Q  201 gttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgatgatgtc 297  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  22767577 gttgttaccttgcactctattttggccgtgtggcacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctaatgttgtc 22767673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Original strand, 15988883 - 15989156
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    |||||||| |||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||  |  |  | ||||| ||| ||||     
T  15988883 gagtaaggttactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgctcgcgaaagtctctgacataacac 15988982  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15988983 gcaaaagttgtaatatggttgcggtcatggaacgcgacatccatatttcacttcaacaacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 15989082  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||||||  |||||  |||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  15989083 ctctattatgctcgtgttgcacaaccgctagtgaaggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 15989156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 20205008 - 20204735
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||  ||  |||| |||||| ||||| ||    
T  20205008 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcctggataaatttcccgcgggagtctctagcacaaaat 20204909  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  20204908 gtaaaagatgtaatatggttatggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcatttggtttctcccaaactgagttattaccttaca 20204809  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||| ||   ||||  ||||||||   |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20204808 ctctattttgcttgtgttgcacaaccaagggtgagggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 20204735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 64 - 274
Target Start/End: Original strand, 41940920 - 41941130
Alignment:
Q  64 catttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgc 163  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||| |||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41940920 catttcgtttgagctcgaataaatttcccacgggagtctttaacactacacacaaaagatgtaagatagttacggtcatggaacgcggcatccacattgc 41941019  T
Q  164 acttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaac 263  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| || ||||||  ||||||| || | || || |||||||||||    
T  41941020 acttcaaccacatctcgctcggtttctcccaaattgggttgataccttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggcgagggttgtttatgaac 41941119  T
Q  264 ctcttgccatt 274  Q
    |||||||||||    
T  41941120 ctcttgccatt 41941130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 8388139 - 8387866
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||  | || ||||||||||||||     
T  8388139 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgttcgttgccatttcgtttgagcctgaatgaattgcccacgagagtctctaacacaacac 8388040  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    || |||||||||| ||  | ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  8388039 gcgaaagatgtaatattttaacggtcatgaaacgcggcatccacattgtacttcaaccacgtctcacgcggtttctcccagactgagttgttagcttgca 8387940  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  8387939 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgtcattgctgccatgcatct 8387866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 67 - 288
Target Start/End: Original strand, 30222985 - 30223206
Alignment:
Q  67 ttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcact 166  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||  |||||||    
T  30222985 ttcgtttgagcccgaataaattgcccatggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacagtcatggaacgcgacgtccatgttgcact 30223084  T
Q  167 tcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctc 266  Q
    |  |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||   | |||| || ||||||||||||||    
T  30223085 ttgaccacgtctcgcacggtttctcccaaacagagttgttaccttgcactctattctgcccgtgttgcacaactgttggtgagggctgtttatgaacctc 30223184  T
Q  267 ttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||| ||||| || |||||||||    
T  30223185 ttgtcattgttgtcatgcatct 30223206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 15 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 12660369 - 12660211
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||| || ||| ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||     
T  12660369 gagtaagactactgcctcccgctctaacactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgtccatgaaagtctctaacacaacac 12660270  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 173  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12660269 gcaaaagatgtaagatggttacgttcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 12660211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 61 - 288
Target Start/End: Original strand, 27533086 - 27533314
Alignment:
Q  61 taccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaa-gatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccaca 159  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  27533086 taccatttcgtttgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcaaaaagatgtaaactggttacgatcatggaacgcgacatccaca 27533185  T
Q  160 ttgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttat 259  Q
    || |||||||  |  ||||||| || ||||||||||||| |  | |||||||||||| |||| || | ||||  ||||||| || |||| ||||||||||    
T  27533186 ttacacttcagtcgcgtctcgcgcgatttctcccaaactaaactattaccttgcactatattctgtctgtgttgcacaaccggtggtgagggatgtttat 27533285  T
Q  260 gaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  27533286 gaacctcttgtcattgttgccatgcatct 27533314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 4268151 - 4267891
Alignment:
Q  16 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 115  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | |||||| ||||||||| |||||||||| ||  | || |||||||||||||| |    
T  4268151 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccattttgtttgagcctgaataaattgcccacgagagtctctaacacaacacg 4268052  T
Q  116 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 215  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||| | |||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||            |||||||    
T  4268051 caaaagatgtaatatggttacaatcaagaaacgcggcgtccacgttgcactttaaccatgactcgttcggtttctcccaaa------------cttgcac 4267964  T
Q  216 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||||| || ||||||  |||||||  | ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4267963 tctattctgcccgtgttgcacaaccgatggtgaacgatttttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 4267891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 15 - 208
Target Start/End: Original strand, 26597591 - 26597784
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||  ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||     
T  26597591 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaattgtcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgtccacgggagtctctaacacaacac 26597690  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttac 208  Q
    || |||||||||| ||| | | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | || |||||||||||||| ||||||||    
T  26597691 gcgaaagatgtaatatgttgatgatcatgaaacgcggcatccacattgcacttcaaccacgtcttacacgatttctcccaaactgtgttgttac 26597784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 16 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 27292486 - 27292304
Alignment:
Q  16 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 115  Q
    |||||||||| | |||||||||  |||||| |  ||||||  || | |||||| |||||||||||||||||||| ||  | || ||||||||||||||||    
T  27292486 agtaaggctattgcctcccccttcaaaacaataatatttgtccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacgagagtctctaacacaacatg 27292387  T
Q  116 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 198  Q
    ||||| |||||| ||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  27292386 caaaatatgtaatatggttactatcatggaacgtgacatccacattgcacttcaaccatgactcgttcggtttctcccaaact 27292304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 15 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 25730861 - 25730688
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||  ||  | ||  |||||||||||||     
T  25730861 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagctcgaataaatttcccgcgtgagactctaacacaacac 25730762  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggttt 188  Q
    |  |||  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25730761 gtgaaaattgtaatatggttacggtcatggaacgcggaatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcggttt 25730688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 15 - 164
Target Start/End: Original strand, 11375647 - 11375796
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| ||||| | || | |||||||||||||| ||||||||||   |   | || |||||||||||||||    
T  11375647 gagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttactcgctgccatttcgtttgagtccgaataaatcacctgcgagagtctctaacacaacat 11375746  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgca 164  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  11375747 gcaaaagttgtaatatggttacgttcatggaacgcagcatccacattgca 11375796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 125 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 16074679 - 16074597
Alignment:
Q  125 taagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgtta 207  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  16074679 taagatggttacgttcatggaacgcggcatccacattgcactttgaccacgtctcgcacggtttctcctaaactaagttgtta 16074597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 153 - 297
Target Start/End: Original strand, 34653864 - 34654007
Alignment:
Q  153 atccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatgga 252  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||  |||||  ||||||  ||  ||| ||     
T  34653864 atccacattgcacttcaaccacgtctcgtgcggtttctcccaaacttagttgttgcc-tgcactctattctgcacgtgttgcacaactggtgttgagggt 34653962  T
Q  253 tgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgatgatgtc 297  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  34653963 tgtttatgaatcttttgccattgttgccatgcatctagtgatgtc 34654007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 15 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 37448178 - 37448028
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||  ||||||| |  || || ||| | |||||||| | |||||| ||||||| ||||||| |||||||  | || |||||||||||||||    
T  37448178 gagtaaggctaccgcctcccctttcaacactgtcatgtttgcacgctgccattttgtttgagtccgaatacattgtccacgagagtctctaacacaacat 37448079  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcac 165  Q
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  37448078 ataaacgatgtaagatggttatggtcatggaacacgacatccacatcgcac 37448028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 205 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 12660207 - 12660124
Alignment:
Q  205 ttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||||||||||||||||||| || |||  ||||||| || || |||  |||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||    
T  12660207 ttaccttgcactctattatgtccatgttgcacaaccggtggtaatgcctgtttatgaatctcttgccattactgccatgtatct 12660124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 37448028 - 37447990
Alignment:
Q  183 cggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctatt 221  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37448028 cggtttctcccaaactgagctgttaccttgcactctatt 37447990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 70 - 135
Target Start/End: Original strand, 34652442 - 34652507
Alignment:
Q  70 gtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggtta 135  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  34652442 gtttgagaccggataaattgcccacgggagtctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggtta 34652507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 253 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 25730656 - 25730623
Alignment:
Q  253 tgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 286  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25730656 tgtttatgaacctcttggcattgctgccatgcat 25730623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 252 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27292262 - 27292226
Alignment:
Q  252 atgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  27292262 atgtttatgaacctcttgccattgttgacatgcatct 27292226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 298
Target Start/End: Original strand, 9328722 - 9329018
Alignment:
Q  1 aagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaat 100  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  9328722 aagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatattttcccgttgccatttcgtttgagctcgaataaattgtccc-gggaat 9328820  T
Q  101 ctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactga 200  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9328821 ctctaacacaacacgcaaatgatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactga 9328920  T
Q  201 gttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgatgatgtcc 298  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  9328921 gttgttaccttgcactctattctagccgtgtggcacaaccagtagtgatggatgtttatgaacatcttgccattgctgccatgcatctaatgttgtcc 9329018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 15 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 16731986 - 16731717
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  16731986 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgccctctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgggaatctctaacacaacat 16731887  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16731886 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 16731787  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 284  Q
    ||||||||||   ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16731786 ctctattatgcatgtgttgcacaactggtggtgagtgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 16731717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 15 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 17710120 - 17709851
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  17710120 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgccctctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgggaatctctaacacaacat 17710021  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17710020 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 17709921  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 284  Q
    ||||||||||   ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17709920 ctctattatgcatgtgttgcacaactggtggtgagtgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 17709851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 22289294 - 22289021
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||     
T  22289294 gagtaaggcaaccacctccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgccatttcgtctgagtccgaatgaattgcccacgggaatctctaacacaacac 22289195  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22289194 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcacttaaaccacgtctcacgcggcttctcccaaactgagttgttagcttgca 22289095  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||| || ||||||  |||||||  |  ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  22289094 ctctattctgcccgtgttgcacaaccgatgatgagggttgtttatgaacctcctgtcattgctgccatgcatct 22289021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 63 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 1581620 - 1581395
Alignment:
Q  63 ccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattg 162  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||   ||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  1581620 ccatttcgtttgagcccggataaactatccgctggagtctctagcacaacacgcaaaagatgtaatatggttatggtcatggaacgcagcatccacattg 1581521  T
Q  163 cacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaa 262  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||  |||||   ||||||  | |||| |||||||||||||    
T  1581520 cacttcaaccacatctcgctcagtttctcccaaactgagttgttacgttgcactatactttgttcgtgttgtacaaccgatggtgagggatgtttatgaa 1581421  T
Q  263 cctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1581420 cctcttgccattgttgccaagcatct 1581395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 14 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 17877462 - 17877245
Alignment:
Q  14 tgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaaca 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | | ||||||||||||| ||||| || |  || ||||| ||| |||| | |||    
T  17877462 tgagtaaggctacttcctccccctccaatactgtcatatttccccgctgcgatttcgtttgagcacgaatgaacttcccatgggagtctataacgccaca 17877363  T
Q  114 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgc 213  Q
     |||| | |||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17877362 cgcaacaaatgtaatatggttacaatcatggaacgcgacatccacattgcatttcaaccacgtctcgctcggtttctcccaaattgagttgttaccttgc 17877263  T
Q  214 actctattatggccgtgt 231  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  17877262 actcgattatgcccgtgt 17877245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 16098542 - 16098385
Alignment:
Q  16 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 115  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||| |    
T  16098542 agtaaggctactacctctccctccaaaattgtcatatttgttcgtttccatttcgtttgagcccgaataaattgcctatgggagtctctaacacaacacg 16098443  T
Q  116 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 173  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  16098442 caaaagaagtaatatggttacggtcatggaacgatgcgtccacattgcacttcaacca 16098385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 26 - 288
Target Start/End: Original strand, 29201100 - 29201356
Alignment:
Q  26 ctacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgg--gaatctctaacacaacatgcaaaagat 123  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||  || |  ||||||||||||||||||||||| || ||      || ||||||| ||||||||||||||||    
T  29201100 ctacctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgtcatttcgtttgagcccgaataaactggccacacatgagtctctaatacaacatgcaaaagat 29201199  T
Q  124 gtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattat 223  Q
     ||| ||||        |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |    
T  29201200 ataatatgg--------atggaaagcggcatcaacattgcacttcaaccacgtctcgtgcggtttctcccaaactgagctattaccttgcactgtatttt 29201291  T
Q  224 ggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    | ||||||  |||||||  | |||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  29201292 gtccgtgttgcacaaccgatggtgagggctgtttatgaacctcttgtcattgctgtcatgcatct 29201356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 63 - 224
Target Start/End: Original strand, 30493791 - 30493952
Alignment:
Q  63 ccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattg 162  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| || || |||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||    
T  30493791 ccatttcgtttgagcctgagtaaattgcccatgagaatttctaacacaacacgcaaaatatgtaagttggttacagtcatggaatgcgacatccatattg 30493890  T
Q  163 cacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatg 224  Q
    ||||| ||||| || ||| ||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  30493891 cactttaaccacgtttcgttcgatttcttccaaactgtgttgttatcttgcactttattatg 30493952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 209 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 16098342 - 16098263
Alignment:
Q  209 cttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16098342 cttgcactctattatgcccgtgttgcacaaccggtggtgaatgatgtttaggaacctcttgccattgatgccatgcatct 16098263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 40 - 141
Target Start/End: Original strand, 34578437 - 34578538
Alignment:
Q  40 aaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggt 139  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||    
T  34578437 aaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtctgagcccgaataaattgcccacgggaatttcgaacacaacacgcaaaagatgtaatatgttaacggt 34578536  T
Q  140 ca 141  Q
    ||    
T  34578537 ca 34578538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 170
Target Start/End: Original strand, 30824668 - 30824763
Alignment:
Q  75 agcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaa 170  Q
    |||||||||||||| | |  || | |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| || |  ||||||||||||||||||||    
T  30824668 agcccgaataaattattcgcggcagtctctaacacaacatgcaaaagatgtaatatgactacagtcatgaaatgtagcatccacattgcacttcaa 30824763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 193 - 289
Target Start/End: Original strand, 11745953 - 11746049
Alignment:
Q  193 caaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctg 289  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| || | ||||  ||||||| || |||| || |||||||| |||| ||||||||  || ||||||||||    
T  11745953 caaactgagttgttactttgcactctattctgtctgtgttgcacaaccggtggtgagggttgtttatgcacctgttgccattattgtcatgcatctg 11746049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 298
Target Start/End: Original strand, 32577168 - 32577463
Alignment:
Q  1 aagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaat 100  Q
    |||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  32577168 aagtaaatagcagcgagtaaggctagtacctccccctccaaaacagtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccc-gggaat 32577266  T
Q  101 ctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactga 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32577267 ctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatggttaaggtcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccatgtctc-ctcggtttctcccaaactga 32577365  T
Q  201 gttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgatgatgtcc 298  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  32577366 gttgttaccttgcactatattctggccgtgttgcacaaacggtagtgacggatgtttatgaacctcttgccattgccgccatgcatctaatgttgtcc 32577463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 298
Target Start/End: Original strand, 49119520 - 49119804
Alignment:
Q  1 aagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaat 100  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||             |||||    
T  49119520 aagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcctgttgccatttcgtttgagcccgaa-------------ggaat 49119606  T
Q  101 ctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactga 200  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||     
T  49119607 ctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcagccatgtctcgcttggtttatcccaaactgg 49119706  T
Q  201 gttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgatgatgtcc 298  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  49119707 gttgttaccttacactctattctggccgtgtggcacaaccaatagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctaatgctgtcc 49119804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 28426250 - 28425965
Alignment:
Q  1 aagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaat 100  Q
    |||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||             |||||    
T  28426250 aagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcctgttgccatttcgtttgagcccgaa-------------ggaat 28426164  T
Q  101 ctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact-g 199  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |    
T  28426163 ctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcagccatgtctcgcttggtttatcccaaactgg 28426064  T
Q  200 agttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgatgatgtcc 298  Q
     ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  28426063 ggttgttaccttacactctattctggccgtgtggcacaaccaatagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctaatgctgtcc 28425965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 15 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 49951366 - 49951097
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||| |||    
T  49951366 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattggccgcgagaatctctaacacagcat 49951267  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49951266 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaatgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctccaaaactgagttgttaccttgca 49951167  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 284  Q
    |||||||||| | ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49951166 ctctattatgcctgtgttgcacaactggtggtgagcgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 49951097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Original strand, 37245972 - 37246262
Alignment:
Q  1 aagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccct-gggaa 99  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||     
T  37245972 aagtgaatagcatcgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgtttccatttcgtttgtgcccgaataaatt-tccctcgggag 37246070  T
Q  100 tctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactg 199  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37246071 tctctaacacaacatgcagaggatgtaagacgattacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaacta 37246170  T
Q  200 agttgttac----cttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 287  Q
    |||||||||    ||||||| |||||  || | |||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  37246171 agttgttacgtaccttgcaccctattccggtcatgttgcacaaccggtagtgagggatgtttatgaacctcatgccattgctgccatgcatc 37246262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 21321580 - 21321307
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||| |  ||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||  | || ||||||| |||||||    
T  21321580 gagtaaggctattgtctccccctccaaaactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaatttcccgcgagagtctctaatacaacat 21321481  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  21321480 gcaaaagttgtaatatggttacggtcatggaacgcaacatccacattgcacttcaaccacgtttcgctcgatttctcccaaactgtgttgttgccttgca 21321381  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||||||  |||||   |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  21321380 ctctattatgctcgtgttgtacaaccggtagtgagggatgtttatgaacatcttgccattgctgccaagcatct 21321307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Original strand, 29655800 - 29656072
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||  |||||||||||||     
T  29655800 gagtaaggctactgcctctccctccaaaacagtcatatttgcccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacgggagcctctaacacaacaa 29655899  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
     |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  29655900 -caaaagatgtaagagggttacgatcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccatgtctcactcggtttcttccaaactgagatattaccttgca 29655998  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
     ||||||||| || |||  |||| || || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29655999 ttctattatgcccatgttgcacacccggtggtgatgaatgtttatgaacctctttccattgctgccatgcatct 29656072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 18442279 - 18442549
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||     
T  18442279 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatattttcccgcttccatttcgtttgagcccgaataaattgcccatgggagtctctaacacaacac 18442378  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18442379 gcaaaagttgtaatatggttgcggtcatggaacgcgacatccgcattgcacttcaaccacgtctcgctcggtttctcccaaacagagttgttaccttgca 18442478  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 286  Q
    ||||||| || | || |  ||||||| ||  ||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  18442479 ctctattttgtctgtattgcacaaccggtgatga-ggttgtttatgaacatcttgccattgttgccatgcat 18442549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 2064906 - 2064623
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||  || || ||| ||||||| || |  ||||| ||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||     
T  2064906 gagtaaggctactgcctcccccttcaatactgtcatatttgcccgctgtcattttgtttgagcccgaataaattatccgcgggagtctctaacacaacac 2064807  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2064806 gcagaggatgtaatatggttacggtcatggaacgtggcgtccacattgcacttcaaccacgactcgctcagtttctcccaaactgagttgttaccttgca 2064707  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatctgatgatgtcc 298  Q
    ||||||| || ||||||  |||||||  | |||| || |||||| |||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||    
T  2064706 ctctattttgtccgtgttgcacaaccgatggtgaaggttgtttacgaacctcttgccattgttgtcatgcatctaaagatgtcc 2064623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Original strand, 28537921 - 28538192
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  ||||  || ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||     
T  28537921 gagtaaggctactgcctccccctc--aaactatcatattttcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgtgggagtctctaacacaacac 28538018  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28538019 gcaaaatatgtaatatggttacgatcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccacgtctcgttcggtttctcccaaactgaattgttaccttgca 28538118  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||| | || ||||||   |||| | || ||||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  28538119 ctctactgtgcccgtgttgtacaatcggtggtgagtggtgtttatgaacctcttgccattgttgacatgcatct 28538192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 55735062 - 55734789
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| ||||||||||||||     
T  55735062 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgctcgcttccatttcgtttgagcccgaacaaattgctcatgggagtctctaacacaacac 55734963  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||||||||| ||||||  | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  55734962 gcaaaagatgtaatatggttgagatcatggagcgcgacatccacattgcacttcaaccacatctcgctcggtttctcccaaaccgagttgttaccttgca 55734863  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||| || | || |  |||||||  |  |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  55734862 ctctattttgtctgtattgcacaaccgatgatgatggttgtttatgaacatcttgccattgttgccatacatct 55734789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 8e-61
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Original strand, 51259663 - 51259937
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccc-tctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaaca 113  Q
    ||||||||| ||| |||||||| || ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||  | || ||||||||||||||    
T  51259663 gagtaaggcaactgcctcccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgagagtctctaacacaaca 51259762  T
Q  114 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgc 213  Q
    | | |||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51259763 tacgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcagttcaaccacgtctcacgcggtttctcccaaactgagttgttagcttgc 51259862  T
Q  214 actctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||||||| || ||||||  | ||| |  |  ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51259863 actctattctgcccgtgttgcgcaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatct 51259937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 15 - 279
Target Start/End: Original strand, 51735105 - 51735370
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||   || | ||||||||||||||     
T  51735105 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcacgctgtcatttcgtttaagcccgaataaattgtcaacggaagtctctaacacaacac 51735204  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
     |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||    
T  51735205 acaaaagatgtaagatggttacaatcatggaacgcggcatccacgttgcacttcaaccacgtctcgctcggtttcgcccaaactgagatgttacattgca 51735304  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaa-ccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgc 279  Q
    | ||||| || |  |||  ||||| | |   | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51735305 ccctattctgcctatgttgcacaatcgatgggggagggatgtttatgaacctcttgccattgctgc 51735370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 114; E-Value: 8e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 56065682 - 56065409
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||| ||||||     
T  56065682 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaaaacaacac 56065583  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  56065582 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtctcacacagtttctcccaaactgagttgttagcttgca 56065483  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |   || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  56065482 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgacgagggttgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatct 56065409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 30 - 224
Target Start/End: Original strand, 43840456 - 43840650
Alignment:
Q  30 ctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaaga 129  Q
    ||||||||| || || ||| ||||||  || | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  43840456 ctccccctccaacactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgaccccgaataaattgtccacgggagtctctaacacaaaacgcaaaagatgtaaga 43840555  T
Q  130 tggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatg 224  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  43840556 tggttatgctcatagaacgcggcatccacgttgaacttcaaccacgtctcgtgcggtctctcccaaactaagttgttgtcttgcactctattatg 43840650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 15 - 196
Target Start/End: Original strand, 41835445 - 41835626
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| |||||||  | |  ||||| ||||||||||||||||||||||   | || ||||||||||||||     
T  41835445 gagtaaggctactgcatccccctccaaaactgtcatatttgccagctgtcattttgtttgagcccgaataaattgtctgcgagagtctctaacacaacac 41835544  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaa 196  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  41835545 gcaaaagttgtaatatggttacgttcaaggaacgtggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcgatttctcccaaa 41835626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 88612 - 88339
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| | || ||||||| ||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||    
T  88612 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccattgccatttcatttgagcccgaataaattgcccgcgagagtctctaacacaacat 88513  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  88512 gcaaaagttgtaatatggttacggtcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgtgttgttgccttgca 88413  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||||||  |||||   |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||    
T  88412 ctctattatgctcgtgttgtacaaccggtagtgagggatgtttatgaacatcttgccattgttgtcatgcatct 88339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 6e-68
Query Start/End: Original strand, 16 - 286
Target Start/End: Original strand, 12130773 - 12131043
Alignment:
Q  16 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 115  Q
    |||||||||||| |||||||||| || ||  || ||||||| || |  |||||||||||||||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||||||      
T  12130773 agtaaggctactgcctccccctccaacactatcatatttgctcgctgtcatttcgtttgagcccgaataatttgcccgcgggagtctctaacacaacacc 12130872  T
Q  116 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 215  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12130873 caaaagatagaatatggttacggtcatggaacggggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcgatttctcccaaattgagttgttaccttgcac 12130972  T
Q  216 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 286  Q
    ||| ||    ||||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12130973 tctgtttgtcccgtgttgcacaaccggtggtgatggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcat 12131043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Original strand, 34696037 - 34696309
Alignment:
Q  14 tgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaaca 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||  || |||||||||||||||||| ||  |||| |||||||| |||||    
T  34696037 tgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccat--cgattgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacgcaaca 34696134  T
Q  114 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgc 213  Q
     ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34696135 cgcaaaagatgtaatatgcttatggtcatggaatgtggcatccacgttgtacttcaaccacgactcgcgcagtttctcccaaactgagttgttaccttgc 34696234  T
Q  214 actctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    | |||||||||  ||||   |||   || | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34696235 attctattatgttcgtgatgcaccggcaatggtgatggttgtgtatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 34696309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 14 - 288
Target Start/End: Original strand, 34718449 - 34718721
Alignment:
Q  14 tgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaaca 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||  || |||||||||||||||||| ||  |||| |||||||| |||||    
T  34718449 tgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccat--cgattgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacgcaaca 34718546  T
Q  114 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgc 213  Q
     ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34718547 cgcaaaagatgtaatatgcttatggtcatggaatgtggcatccacgttgtacttcaaccacgactcgcgcagtttctcccaaactgagttgttaccttgc 34718646  T
Q  214 actctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    | |||||||||  ||||   |||   || | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34718647 attctattatgttcgtgatgcaccggcaatggtgatggttgtgtatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 34718721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 286
Target Start/End: Original strand, 18345621 - 18345879
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||  | ||||||||  ||  || | ||||||||||||||     
T  18345621 gagtaaggctactgcctccccctc-aaaactgtcatatttgtccgttaccatttcgtttgagttcaaataaattacccacggaagtctctaacacaacac 18345719  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||            ||||||    
T  18345720 gcaaaagaagtaatatggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcgttcggtttcttccaaa------------cttgca 18345807  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 286  Q
    ||||||| || ||||||  ||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18345808 ctctattctgcccgtgttgcacaaccggtggtgaatgatgtttatgaacctcttgccattactgccatgcat 18345879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 30 - 221
Target Start/End: Original strand, 44017467 - 44017658
Alignment:
Q  30 ctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaaga 129  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||||  ||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  44017467 ctccccctccaaaactgtcatatttgcacggtgtcattttatttgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcgaaagatgtaaga 44017566  T
Q  130 tggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctatt 221  Q
    |||| | | |||  |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||||||||||| ||||    
T  44017567 tggtcatgatcacagaacgcggaattcgcattgcacttcaaccatgtctcgctcggcttcttcaaaacttagctgttaccttgcactttatt 44017658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 19 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 26198742 - 26198471
Alignment:
Q  19 aaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaa 118  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||| ||| ||||||  || ||||||||  ||||||| ||||||||||| ||    || ||||||||||| ||  |||    
T  26198742 aaggctactgcatccccctccaaaactgtcatatttgttcgctaccattttatttgagctcgaataaattgcccacatgagtctctaacacagcacacaa 26198643  T
Q  119 aagatgtaagatggttacggtcatg------gaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttg 212  Q
    |||||| || ||| ||| ||| |||      ||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||  |  |||||||| |||| || |||||| |||    
T  26198642 aagatgcaatatgattatggtaatgaaaatggaacgcgacatccacaatacacttcaaccacgtctcgtgcaatttctcccgaactaagctgttactttg 26198543  T
Q  213 cactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    || |||||| ||  |||||  |||| ||||| |||| |||   |||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  26198542 cattctattctgttcgtgttgcacacccagtggtga-gga---ttatgaacctcttgtcattgatgtcatgcatct 26198471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 15 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 9709982 - 9709910
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaat 87  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  9709982 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgttcgttgccatttcgtttgagcctgaataaat 9709910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 155; Significance: 3e-82; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 7127290 - 7127004
Alignment:
Q  1 aagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaat 100  Q
    |||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||| |||| ||||||| |||| || ||||||||||  ||| | || |    
T  7127290 aagtgaatagcatcgagtaaggctactacctccccctccaaaactttcatatttgcccgtttccatttcatttgtgcacgaataaatttcccccgagagt 7127191  T
Q  101 ctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactga 200  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  7127190 ctctaacacaacatgcagaggatgtaagacggttacgttcatggaacgcggcatccacattccacttcaaccatgtctcgctcggcttctcccaaactaa 7127091  T
Q  201 gttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 287  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||| ||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7127090 gttgttaccttgccccctattctggctgtgttgcacaaccggtagtgagggatgtttatgaacctcatgccattgctgccatgcatc 7127004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 7e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Original strand, 478190 - 478463
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||     
T  478190 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgttgccattttgtttgagcccggataaattgaccatggaaatctctaacacaacac 478289  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
     |||||||||| ||||||||  ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |    
T  478290 acaaaagatgttagatggttgtggtcatggaacgttgcatccacattacacttcaaccacatctcgcttggtttctcccaaattgagatgttaccttgga 478389  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||| || | ||||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  478390 ctctattttgcctgtgttgcacaaccactggtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 478463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 284
Target Start/End: Original strand, 8451243 - 8451526
Alignment:
Q  1 aagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaat 100  Q
    |||||||| |||  |||||| |||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | || ||| |||||||||||||||||||||||    || |    
T  8451243 aagtgaatggaatcgagtaaagctactgcctccccctccaacactgtcatatttgcccgcttcctttttgtttgagcccgaataaattgtccacaagagt 8451342  T
Q  101 ctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactga 200  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||    
T  8451343 ctctaacacaacatccaaaagatgtaaaatggttacggtcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccacgtctcgcacggtttctcccaaattga 8451442  T
Q  201 gttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 284  Q
      | | ||||||||||||||| ||   ||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8451443 actatgaccttgcactctattttgctggtgttgcacaacctgtggtgatggctgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 8451526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Original strand, 40588864 - 40589122
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||  ||||             | |||     
T  40588864 gagtacggctactgcctccccctccaaaactgttatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattg--cctg-------------ctacaa 40588948  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40588949 gcaaaagttgttatatggttacgttcatggaacgcggcatccacgttgcacttcaaccacgtctcactcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 40589048  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||| ||||| ||||||  ||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40589049 ctctgttatgcccgtgttgcacaaccggtggtgagggctgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 40589122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 16 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 23853984 - 23853726
Alignment:
Q  16 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 115  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||| ||| |||||   || |  |||||||||||| ||||||||||||| ||  |||| ||||||||| |||| |    
T  23853984 agtaaggctactgcctcaccctccaaaactgtcatatttttccgctgtcatttcgtttgaacccgaataaattgcccacgggagtctctaacataacacg 23853885  T
Q  116 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 215  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||            |||||||    
T  23853884 caaaagatgtaatatagttacggtcatggaacgcggcgtccacatcgcacttcaaccacgtctcgttcggtttctcccaaa------------cttgcac 23853797  T
Q  216 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 286  Q
    ||||||||| | ||||  ||||||| || ||||   |||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  23853796 tctattatgcctgtgttgcacaacctgtggtgaataatgtttatgaacctcttgccattgttgtcatgcat 23853726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 15 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 13415076 - 13414913
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||| ||  |  | ||||||| | ||||     
T  13415076 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgaaagtctctaaaaaaacac 13414977  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtct 178  Q
     |||||| ||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  13414976 acaaaagttgtaatatggttacgttcatggaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtct 13414913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 134
Target Start/End: Original strand, 185711 - 185842
Alignment:
Q  1 aagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaat 100  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| |    
T  185711 aagtgaatagtatcgagtaaggctacttcctcccc-tccaaaactgtcatatttgcccgtttccatttcgtttgagcccagataaatt-tccctcggagt 185808  T
Q  101 ctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggtt 134  Q
    |||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  185809 ctcttacacaacgtgcagaagatgtaagacggtt 185842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 136; Significance: 6e-71; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 36733763 - 36733473
Alignment:
Q  1 aagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaat 100  Q
    |||||||||  | |||||||| ||||| |||||||||| ||||| | | ||||| | ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||  | || |    
T  36733763 aagtgaataacattgagtaagactactgcctccccctccaaaactgccatatttacccgttgtcattttgtttgagcccgaataaattgtccacgagagt 36733664  T
Q  101 ctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccac--attgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 198  Q
    |||||||||||||  |||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36733663 ctctaacacaacacacaaaaggtgtaagatggttatagtcatgaaacgcggcatccacatattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctccgaaact 36733564  T
Q  199 gagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtga-tggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
     |||| |||||||||| |||||| ||||| |||  ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36733563 cagttattaccttgcattctattttggccttgttgcacaaccggtagtgaggggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 36733473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 25682704 - 25682431
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  25682704 gagtaaggctactgcctccccctccaacactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccagataaattgcccacgggagtctctaacacaacac 25682605  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| || |||||||    
T  25682604 gcaaaagatgtaagatggttacgttcatgaaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcacacggtttctcccaaattgagttcttgccttgca 25682505  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||| |  || |||  ||||| | |   | | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  25682504 ctctattctacccatgttgcacaatcggcgataagggttgtttatgaatctcttgccattgctgccatgcatct 25682431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 3e-60
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 51113368 - 51113095
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  51113368 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaacggttatatttgctcgttgccatttcgtttgagtccgaatgaattgcccacgggagtctctaacacaacac 51113269  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51113268 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacacggcatccacattgcactttaaccacgtctcacacgatttctcccaaactgagttgttagcttgca 51113169  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51113168 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggctgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcatct 51113095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 4395211 - 4394939
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||| | ||||||| || |||||  || ||||||| || | |||||||| ||||||||| |||||||| ||  | || ||||||||||| |||    
T  4395211 gagtaaggctagtgcctccccttc-aaaactctcatatttgcccgctgccatttcgattgagcccggataaattgcccacgagagtctctaacacagcat 4395113  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  4395112 gcaaaagttgtgatatggttacggtcatggaacgcggcttccacattgcacttcagccacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttgtcttgca 4395013  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||| |||||   ||||  ||  ||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||    
T  4395012 ctctgttatgcatgtgttgcattaccggtagcgagggatgtttataaacctcttgccattgttgtcatgcatct 4394939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 15 - 272
Target Start/End: Original strand, 48949858 - 48950115
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||||  || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |   |||| ||||||||||||||     
T  48949858 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactttcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgccaacgggagtctctaacacaacac 48949957  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  48949958 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcacttcaaccacgtctcacgcggtttctcccaatctgagttgttagcttgca 48950057  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgcca 272  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| |||||    
T  48950058 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgcca 48950115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 34 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 24538544 - 24538279
Alignment:
Q  34 ccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggt 133  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  | | ||| |||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||  |||||||| |||  ||||    
T  24538544 ccctccaaaactgtcgtatttgcctgctgccaattcgtttgagcccgaataaattatccacgggagtctctaacacaacacacaaaagatctaacttggt 24538445  T
Q  134 tacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtga 233  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |  |||      
T  24538444 tacggttatagaacgcggcatccacattgcatttcgaccaggtctcacttggtttctctcaaactgagatgttaccttgcactctattctgcctatgttg 24538345  T
Q  234 cacaaccagtagtgatggatgtttatg-aacctcttgccattgctgccatgcatctgatgatgtcc 298  Q
    ||||||  || |||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  24538344 cacaactggtggtgagggatgtttatgaaacctcttgccattgttgtcatgcatctaatgatgtcc 24538279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 70 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 5609337 - 5609119
Alignment:
Q  70 gtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttca 169  Q
    ||||||||||||||||||||  | || || |||||| |||| || || |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5609337 gtttgagcccgaataaattgctcgtgtgagtctctagcacagcacgcgaaagttgtaatatggttacagtcatggaacgcgacatccacattgcacttca 5609238  T
Q  170 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttg 269  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||   |  |||  |||||  ||  ||||||||||||||||    
T  5609237 accacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttgccttgcactctattatgcctgtgttgtattaccgatagtggaggccgtttatgaacctcttg 5609138  T
Q  270 ccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  5609137 ccattgctaccatgcatct 5609119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 44527305 - 44527045
Alignment:
Q  16 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 115  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | |||||| |||||||||||||||||||| ||    || |||||||||||||| |    
T  44527305 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacaagagtctctaacacaacacg 44527206  T
Q  116 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 215  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||            |||||||    
T  44527205 caaaagatgtaatatggttacagtcatggaacgcggcgtccacattgcactttaaccatgactcggtcggtttctcccaaa------------cttgcac 44527118  T
Q  216 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||||||||| ||||||  |||||||  | || |   || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44527117 tctattatgcccgtgttgcacaaccgatggtaaactatttttatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 44527045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 52109507 - 52109324
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||   || ||||||| || | |||||||||||||||| |||||||||||||   ||| |||||||||||||||    
T  52109507 gagtaaggctactgcatccccctccaaaatgatcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcctgaataaattgtccacaggagtctctaacacaacat 52109408  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 198  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||||||| ||||   |||||||||||||||||    
T  52109407 gcaaaagatataagatgattacggtcatggaacacaacgtccacattacacttcaaccacgtctttgtcggtttctcccaaact 52109324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 15 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 48166290 - 48166149
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||| |  ||||| ||| ||||| ||| ||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  48166290 gagtaaggctattgtctcccactccaaaactgtcatatttgctcgctgccatttcatttgagcccgaataaattgaccacgggagtctctaacacaacac 48166191  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatcc 156  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48166190 acaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgtggcatcc 48166149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 15 - 190
Target Start/End: Original strand, 16816934 - 16817108
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| ||||||| || ||||  ||| ||||||| |  | |||||| | |||||| |||||||||||  |  | || ||||||| |||| |     
T  16816934 gagtaaggctactgcctcccc-tccaaaattgtcatatttgcccactgccattttgattgagctcgaataaattgcacgcgagagtctctaaaacaatac 16817032  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttct 190  Q
     |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  16817033 acaaaagatgtaatatggttacagacatggaacgcggcgtccgcattgcacttcaaccacatctcactcggtttct 16817108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 17507356 - 17507308
Alignment:
Q  170 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactct 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  17507356 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagatattaccttgcactct 17507308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 14680215 - 14679939
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccct---gggaatctctaacacaa 111  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | ||||||| ||||||||  ||||||||| ||     |||| ||||||||||||    
T  14680215 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatattttcccgctgccatttcatttgagccataataaattgcccgccgcgggagtctctaacacaa 14680116  T
Q  112 catgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttacctt 211  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14680115 catgcaaaagatgtaatgtggttgcggtcatggaacgcggtatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttacctt 14680016  T
Q  212 gcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||||||||||||  |||||  |||||| ||| ||||  | |||||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  14680015 gcactctattatgctcgtgttgcacaactagtggtgagagttgtttatgaacctctttccattgtggccatgcatct 14679939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 16 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 28107191 - 28106919
Alignment:
Q  16 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 115  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||  || | |||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||      
T  28107191 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatctgtccgctgccatttcgtttgagcctgaataaattgtccacgggagtctctaacacaacaca 28107092  T
Q  116 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 215  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28107091 cgaaagatgtaagatggttacgatcatggaacgtggcttcctcgttgcacttcaaccacgtctcgtttggtttctcccaaactgagatgttaccttgcac 28106992  T
Q  216 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||||| ||   ||||  |||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28106991 tctattttgcatgtgttgcacaaccaatggtgaaagatgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcatct 28106919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 207
Target Start/End: Original strand, 15606128 - 15606320
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | ||| | || | |||||| |||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||||||||||     
T  15606128 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatgttttcccgctgccattttgtttgagcccgaataagttgcccatgggagtctctaacacaacac 15606227  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgtta 207  Q
    | ||||||||||| ||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  15606228 gaaaaagatgtaatatggttacgatcgtgaaatgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgtgcggtttctcccaaactgagttgtta 15606320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 117 - 221
Target Start/End: Original strand, 11731885 - 11731989
Alignment:
Q  117 aaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcact 216  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11731885 aaaagatgtaatattgttacagtcatggaatgcgtcatctacattgcacttccaccacgtctcgctcagtttctcccaagctgagttgttaccttgcact 11731984  T
Q  217 ctatt 221  Q
     ||||    
T  11731985 atatt 11731989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 120 - 288
Target Start/End: Original strand, 30802209 - 30802377
Alignment:
Q  120 agatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactcta 219  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||| ||||||| ||| |  |||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30802209 agatgtaagatggttacattcattgaatgcggcatccacaatgcactttaactacctctcgcttagtttttcccaaactgagttggtaccttgcactcta 30802308  T
Q  220 ttatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    || || | ||||  |||||||  | |||| || ||||||||||  |||| |||||| || |||||||||    
T  30802309 ttctgcctgtgttccacaaccgttggtgagggctgtttatgaatgtcttaccattgttgtcatgcatct 30802377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 15 - 152
Target Start/End: Original strand, 15053309 - 15053446
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || ||  || ||||| | || |  ||| | |||||||||||||||||||||||   | | ||||||||||||||     
T  15053309 gagtaaggctactgcctccccctccaacactatcatatttacccgctgtcatcttgtttgagcccgaataaattgtccactgaagtctctaacacaacac 15053408  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggc 152  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||    
T  15053409 gcaaaagatgtaagatggttaccgacatgaaacgcggc 15053446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 152 - 288
Target Start/End: Original strand, 19364217 - 19364352
Alignment:
Q  152 catccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatgg 251  Q
    |||||||| ||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||  ||||  |  | |||| ||    
T  19364217 catccacaatgcactttaaccac-tctcgctcagtttctcccaaactgagttgttaccttgcactcgattttgctcgtgttgcacatgcgttggtgaggg 19364315  T
Q  252 atgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
     ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  19364316 ttgtttatgaacctctcgccattgttgtcatgcatct 19364352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 210 - 288
Target Start/End: Original strand, 29368365 - 29368443
Alignment:
Q  210 ttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    |||||||||||| ||  ||||| ||||||||  || |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29368365 ttgcactctattgtgctcgtgttacacaaccgataatgaatgatgtttatgaacctcttgccattgctgtcatgcatct 29368443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 16 - 89
Target Start/End: Original strand, 30802126 - 30802199
Alignment:
Q  16 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattg 89  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||| ||| ||||||| || | |||||| |||| |||||||||||||||    
T  30802126 agtaaggctactgcctcccccaccaaaactgtcatatttgcccgctgccattttgtttaagcccgaataaattg 30802199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 101; Significance: 5e-50; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 287
Target Start/End: Original strand, 42340411 - 42340682
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||| ||||| | |||||||||| || || ||| ||| ||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||     
T  42340411 gagtagggctattgcctccccctccaacactgtcatatctgcccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgtccacgagagtctctaacacaacac 42340510  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    |||||||||||||||||||| | | ||| |||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||  |    
T  42340511 gcaaaagatgtaagatggttgccgacatagaac-caacatccacattgcacttcaaccacgtctcgcacggtttctctcaaactgagttgttgccttaga 42340609  T
Q  215 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatc 287  Q
    ||||||| ||  |||||  ||||||| || |||| || |||||||||| |||||||||||| || ||||||||    
T  42340610 ctctattctgcacgtgttgcacaaccggtggtgagggctgtttatgaatctcttgccattgttgtcatgcatc 42340682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 16 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 53497084 - 53496824
Alignment:
Q  16 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 115  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| |||  |||||  || |  ||||| |||||||||||||||||||| ||    || |||||||||||||| |    
T  53497084 agtaaggctactgcctccccctcaaaaactgtcacatttgtccgctgtcattttgtttgagcccgaataaattgcccacaagagtctctaacacaacacg 53496985  T
Q  116 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 215  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||            |||||||    
T  53496984 caaaagatgtaatatggttacggtcatggaacgcggcgtccacattgcactttaaccatgactcggtcggtttctcccaaa------------cttgcac 53496897  T
Q  216 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcatct 288  Q
    ||| || || ||||||  |||||||  | ||||  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  53496896 tctgttctgcccgtgttgcacaaccgatggtgaacgatttttatgaacctcttgtcattgctgccatgcatct 53496824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 16 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 46007354 - 46007148
Alignment:
Q  16 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaa-cacaacat 114  Q
    ||||||||||||  ||||||||  ||||  ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| |||  | || ||||||| || ||||     
T  46007354 agtaaggctactgtctccccctaaaaaattgtcgtatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattttccacgagagtctctaaacaaaacac 46007255  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    ||||||||| ||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  46007254 gcaaaagatataagatggttacaataatggaacacggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctttgtttttcccaaactgagttgttatcctgca 46007155  T
Q  215 ctctatt 221  Q
    || ||||    
T  46007154 ctttatt 46007148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 55199564 - 55199358
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| |||||    | |  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  55199564 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttatcagctgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaacacaacac 55199465  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    || |||||||||| ||  | ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55199464 gcgaaagatgtaatatattgacggtcatgaaacgtggcatccacattgcacgtcaaccacatctcacgcggtttctcccaaactgagttgttagcttgca 55199365  T
Q  215 ctctatt 221  Q
    || ||||    
T  55199364 ctttatt 55199358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 121 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1070960 - 1070850
Alignment:
Q  121 gatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctat 220  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||    
T  1070960 gatgtaagatggttacgatcatggaaggcaacatccacattgcagttcaaccatgtctcgcgcggtttctcctaaactgaggttttaccttgctctctat 1070861  T
Q  221 tatggccgtgt 231  Q
    |||| ||||||    
T  1070860 tatgtccgtgt 1070850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 15 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 2615546 - 2615341
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||  || ||||||| || | ||| ||||||||||||||||| ||||| ||     |  ||||||||||||      
T  2615546 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactatcatatttgcccgctgccaattcgtttgagcccgaatgaattgcccacaaaagcctctaacacaacgc 2615447  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
     ||||| |||||| ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| |||| || || |||||||||||||||   ||||| |||||    
T  2615446 acaaaaaatgtaatatggttatgatcatgaaacgcggtatccacattgcatttcaaccacgtcttgcacgatttctcccaaactgaaccgttactttgca 2615347  T
Q  215 ctctat 220  Q
    ||||||    
T  2615346 ctctat 2615341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 66 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 48227415 - 48227308
Alignment:
Q  66 tttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcac 165  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||    
T  48227415 tttcgtttaagcccgaataaattgcccgcgagagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaacatggttacggtaatgaaatgcggcatccacattgtac 48227316  T
Q  166 ttcaacca 173  Q
    ||||||||    
T  48227315 ttcaacca 48227308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 183 - 288
Target Start/End: Original strand, 36310798 - 36310903
Alignment:
Q  183 cggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccat 282  Q
    ||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  36310798 cggtttctttcaaactgaattgtcaccttgcactctattatggccgtgttgcacaatcagttgtgagggttgtttatgaacctcttgccattgctgcaat 36310897  T
Q  283 gcatct 288  Q
    | ||||    
T  36310898 gtatct 36310903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 15 - 155
Target Start/End: Original strand, 647345 - 647485
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaa-tctctaacacaaca 113  Q
    |||||||||| || |||||||||| | ||| ||| |||| || || | |||||||||||||||||| | |||||| ||  | ||| ||||||||||||||    
T  647345 gagtaaggctgctgcctccccctccataactgtcatattagcccgctgccatttcgtttgagcccggaaaaattg-cctagagaagtctctaacacaaca 647443  T
Q  114 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatc 155  Q
     ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  647444 cgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacgcggcatc 647485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 16 - 148
Target Start/End: Original strand, 27941129 - 27941261
Alignment:
Q  16 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 115  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||  || ||||||  || | |||||| ||||||| |||||||||||||||  | |||||||||| |||||| |    
T  27941129 agtaaggctactgcctccccctccaaaactatcatatttgtccgctgccattttgtttgagtccgaataaattgtcctcgagaatctctaatacaacacg 27941228  T
Q  116 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacg 148  Q
    ||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||    
T  27941229 caaaaaatataatatggttacgatcatgaaacg 27941261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0446 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0446
Description:

Target: scaffold0446; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 239 - 23
Alignment:
Q  15 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 114  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||  |||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||| ||||||     
T  239 gagtaaggcaactgcctccccctcccaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaaaacaacac 140  T
Q  115 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 214  Q
    || ||||||   | ||| | ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  139 gcgaaagatngtatatgttgacggtcatgaaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtctcacacagtttctcccaaactgagttgttagcttgca 40  T
Q  215 ctctattatggccgtgt 231  Q
     ||| || || ||||||    
T  39 gtctgttctgcccgtgt 23  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University