View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11605_low_3 (Length: 770)

Name: NF11605_low_3
Description: NF11605
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11605_low_3
NF11605_low_3
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-750)||(19754963-19755712)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 662; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 662; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 750
Target Start/End: Complemental strand, 19755712 - 19754963
Alignment:
Q  1 attccgtcaatcattctcaagaaaatccagataatggtaacaatgtaattgatggagaagcagctgtgaagggccccataaagaaaaatcgagggcgtaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19755712 attccgtcaatcattctcaagaaaatctagataatggtaacaatgtaactgatggaaaagctgttgtgaagggccccataaagaaaaatcgagggcgtaa 19755613  T
Q  101 agaaggcaaacctgctagtgcacattcatgcgttggagataatgcgtcgaaggtatctctacttaactttgagaattcccttaattttctttaacaaacc 200  Q
    | |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19755612 acaaggcaaacctagtagtacacattcatgcgttggagataatgcgtcgaaggtatctctacttaactttgagaattcccttaattttctttaacaaacc 19755513  T
Q  201 ttctttattaacttcgacttttttatgtgtttaagggtgctaaagttagcaatgccgaaacgggcaagcaacaaacacctccttccacttttaaccagtc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19755512 ttctttattaacttcgactttttaatgtgtttcagggtgctgaagttagcaatgccgaaacgggcaagcaacaaacacctccttccacttttaaccagtc 19755413  T
Q  301 aattgaccccatctttgaggacaatatgatagttgactctagtcctcccaaagatgatgaagaccgagagaaaatgctttctgaacctcctcaagatttg 400  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19755412 aattaaccccatctttgaggacaatatgataattgactctagtcctcccaaagatgatgaagacccagagaaaatgctttctgaacctcctcaagatttg 19755313  T
Q  401 aatgctaaaagtgttgaagatgatcaacaacacatttatgaagaaaatgaagggggtccatctccggtcgaaggtggaaaaagtaaagaacctcgtgggt 500  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19755312 aatgataaaagtgttgaagatgatcaacaacacattgatgaagaaaatgaagggggtccatctctggtcgaaagtggaaaaagtaaagaacctcgtgggt 19755213  T
Q  501 tgaactctgaagatgatacaaagcacactgacactgatggggaaggtcgtaaagaatatgtcaaagaatctaaagatgaatctaaacaagattctccaaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19755212 tgaactctgaagatgatacaaagcacactgacactgatggggaaggtcgtaaagaatatgtcaaagaatctaaagatgaatctaaacaagattctccaaa 19755113  T
Q  601 gacaaaatctcctactccagtgacaaattctaccactgtgactataagtcaagaggagtttgatgtgctgaaagaacgtgacccttttgaggcccttgat 700  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19755112 gacaaaatctcctactcgagtgacaaattctaccagtgtgacaataagtcaagaggagtttgatgtgctgaaagaacgtgacccttttgaggcccttgat 19755013  T
Q  701 cttatgttggttggtaatatcctcccttcaaatactgacacagagtcttc 750  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19755012 cttatgttggttggtaatatcctcccttcaaatactgacacagagtcttc 19754963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University