View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11614_low_21 (Length: 376)

Name: NF11614_low_21
Description: NF11614
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11614_low_21
NF11614_low_21
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (19-345)||(4711882-4712208)
chr7 (18-345)||(4845821-4846148)
chr7 (19-328)||(4666917-4667226)
chr7 (20-308)||(4662990-4663275)
chr7 (18-263)||(4630971-4631213)
chr7 (31-351)||(4653476-4653793)
chr7 (22-305)||(4697003-4697283)
chr7 (108-305)||(4636859-4637056)
chr7 (108-366)||(4783731-4783989)
chr7 (108-344)||(4816160-4816396)
chr7 (19-302)||(4863927-4864207)
chr7 (212-362)||(4647471-4647619)
chr7 (193-305)||(4643673-4643785)
chr7 (190-308)||(4672675-4672793)
chr7 (19-166)||(4643848-4643992)
chr7 (100-173)||(4672837-4672910)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-345)||(18925553-18925875)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 345
Target Start/End: Original strand, 4711882 - 4712208
Alignment:
Q  19 aattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatacca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711882 aattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatacca 4711981  T
Q  119 ttcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttga 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4711982 ttcccaattacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttga 4712081  T
Q  219 ttctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatatt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4712082 ttctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatatt 4712181  T
Q  319 ttggctgaacaatacgctgatgtgatt 345  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  4712182 ttggctgaacaatacgctgatgtgatt 4712208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 18 - 345
Target Start/End: Original strand, 4845821 - 4846148
Alignment:
Q  18 caattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatacc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  4845821 caattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagtttttatggaagtgatcatctaaactatttaaacaatact 4845920  T
Q  118 attcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttg 217  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4845921 attccaaattacactgcaccagaagctgtatacttaactgcaagaagttatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcgaagttg 4846020  T
Q  218 attctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatat 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4846021 attctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttaccaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatat 4846120  T
Q  318 tttggctgaacaatacgctgatgtgatt 345  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  4846121 tttggctgaactatatgctgatgtgatt 4846148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 19 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 4667226 - 4666917
Alignment:
Q  19 aattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatacca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||  |||||| |  || ||||  ||||||||||||||||||| | ||||| |    
T  4667226 aattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagttattttggacctgatcatccaaactatttacaaaatacta 4667127  T
Q  119 ttcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttga 218  Q
    |||| || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  | |||| |||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  4667126 ttccaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttatggaatggatgccaaagagaattataatgtgacatggaattttaaagttga 4667027  T
Q  219 ttctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatatt 318  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  4667026 ttctatttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgattggcatatcaagaatccaggtgatagagtttttcagatttttatagatgatatt 4666927  T
Q  319 ttggctgaac 328  Q
     |||||||||    
T  4666926 atggctgaac 4666917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 20 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 4663275 - 4662990
Alignment:
Q  20 attgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccat 119  Q
    ||||||| | ||||| ||||| |||| |||| | ||||||||||||||||||||||| || || ||||   ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4663275 attgggaaaatgattctcctcgttacttggagatagaatatccacaaagtgtatcaagtgattttgga---gatcatctaaactatttaaacaataccat 4663179  T
Q  120 tcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgat 219  Q
    ||| || ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||    
T  4663178 tccaaattacactgcaccagaaactgtatacttaactgcaagaaattatggaaagtatgtgacagaggattataatgtaacttggaattttgaggttgat 4663079  T
Q  220 tctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttat 308  Q
    |||  |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||  ||||||||||||||| | |||||||| |||||    
T  4663078 tcttcttttacatacatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatatcataaataaaggtgatagaatgtttcagatttttat 4662990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 18 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 4631213 - 4630971
Alignment:
Q  18 caattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatacc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||  |||||||||| |  || ||||    |||||| |||||||||||||||||||    
T  4631213 caattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaagaatatccacttagtgtatcaagttattttggac---atcatctaaactatttaaacaatacc 4631117  T
Q  118 attcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttg 217  Q
    ||| | || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||    
T  4631116 atttcaaattacactgcaccagaagctgtttacttaactgcgagaagttatggaatggatgcaacaaaggattacaatgtaacttggaattttgaagttg 4631017  T
Q  218 attctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttga 263  Q
    |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4631016 attcttcttttacttatatggtaagattacatttttgtgagtttga 4630971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 31 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 4653793 - 4653476
Alignment:
Q  31 gattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattcccaaataca 130  Q
    |||| ||||| |||| | || ||| ||||||||| ||||||||||| || || || ||   ||||||  ||||||  ||||||||| ||||| || ||||    
T  4653793 gattatcctcgttacttagagaaacaatatccactaagtgtatcaagtgattttgtaa---atcatctcaactataaaaacaatacaattccaaattaca 4653697  T
Q  131 ctgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttac 230  Q
      |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |  |||||    
T  4653696 tcgcaccagaagctgtatacctaactgcgagaagttatggaatgaatgtcacagaggattacaatgtaacttggaatttcgaagttgactcaacatttac 4653597  T
Q  231 ttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattttggctgaacaa 330  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  || ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||| | |||||||||| |    
T  4653596 ttatatggtcaggttacatttttgtgaatttgattggcgtatcaaggataaaggtgatagagttttccagatatttatacatgatttcttggctgaacca 4653497  T
Q  331 tacgctgatgtgattacatgg 351  Q
     | |||||||||||| |||||    
T  4653496 aatgctgatgtgatttcatgg 4653476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 22 - 305
Target Start/End: Original strand, 4697003 - 4697283
Alignment:
Q  22 tgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccattc 121  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||  |||||| || || |  |    ||||||  ||||||  |||||| |||||||    
T  4697003 tgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatcttaactatgaaaacaacaccattc 4697099  T
Q  122 ccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgattc 221  Q
      || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||      
T  4697100 aaaattacactgcaccagaagctgtgtacttaactgcaagaagtcgtggattggatgagacagaggatttcaatgtaacttggaatttcgaagttgatgt 4697199  T
Q  222 tagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 305  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  4697200 tggttttacttatatggtaaggttgcatttttgtgagtttgatcagcatatcaaaaatataggtgatagagtctttcaaatatt 4697283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 108 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 4637056 - 4636859
Alignment:
Q  108 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 207  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||     
T  4637056 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggaatgtatgagacaaaggattataatgtaacttggaac 4636957  T
Q  208 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatt 305  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  4636956 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaactataaaggtgatagagtctttcagatatt 4636859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 108 - 366
Target Start/End: Original strand, 4783731 - 4783989
Alignment:
Q  108 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 207  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  4783731 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaac 4783830  T
Q  208 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 307  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || |    
T  4783831 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttca 4783930  T
Q  308 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcctttg 366  Q
    |  |||||| ||||||||||||    ||||||||||| |  |||  |||||||||||||    
T  4783931 tagatgatagtttggctgaacatgctgctgatgtgataaggtggagtggtgctcctttg 4783989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 108 - 344
Target Start/End: Original strand, 4816160 - 4816396
Alignment:
Q  108 aaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaat 207  Q
    |||||||  |||||| || |||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||     
T  4816160 aaacaatgtcattccaaattacattgcaccagaaggtgtttacttaactgcaagaagttatggaatgtatgagacagaggattacaatgtaacttggaac 4816259  T
Q  208 ttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatattta 307  Q
    ||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||  |  | ||||||||| |||||||||| || |    
T  4816260 tttgaagttgattctgcttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgattggcatatcaaacaggatggtgatagaatttttcagattttca 4816359  T
Q  308 tcaatgatattttggctgaacaatacgctgatgtgat 344  Q
    |  |||||| |||||||||||  |  |||||||||||    
T  4816360 tagatgatagtttggctgaactttttgctgatgtgat 4816396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 4864207 - 4863927
Alignment:
Q  19 aattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatacca 118  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||  |||||| || || |  |    ||||||  ||||||  |||||| ||||    
T  4864207 aattgggacaatgattttcctcgttacttggagaaacaatatccacaaagcatatcaagtgattttaaac---atcatcttaactatgaaaacaacacca 4864111  T
Q  119 ttcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttga 218  Q
    |||  || |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||| |||  | |||  |||||||| || |||||||||||||||||  |||||||    
T  4864110 ttcaaaattacactgcaccagaagttgtgtacttaactgcaagaagttacggacagtatgccacagaggagtacaatgtaacttggaattttgaagttga 4864011  T
Q  219 ttctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagat 302  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||  ||||||||    
T  4864010 ttctaattttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccgaatataacaaataaaggtgatagagcctttcagat 4863927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 212 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 4647619 - 4647471
Alignment:
Q  212 aagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaa 311  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   | ||| ||||||  |||||||| ||||||||| || |||||  |    
T  4647619 aagttgattctggttttacttatatggtaaggttac--ttttgtgagtttgattgacatataaagaattcaggtgatacagtttttcatatgtttataga 4647522  T
Q  312 tgatattttggctgaacaatacgctgatgtgattacatgggctggtgctcc 362  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  4647521 tgatattttggctgaacattatgctgatgtgattgcatgggctggtgctcc 4647471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 193 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 4643785 - 4643673
Alignment:
Q  193 aatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagag 292  Q
    |||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| |  ||||||||||||||||    
T  4643785 aatgtaacttggaattttgaggttgattctggttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatccggatataacaaataaaggtgatagag 4643686  T
Q  293 tttttcagatatt 305  Q
    | |||||||||||    
T  4643685 tctttcagatatt 4643673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 190 - 308
Target Start/End: Complemental strand, 4672793 - 4672675
Alignment:
Q  190 tataatgtaacttggaatttcaaagttgattctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgata 289  Q
    ||||||||||||||||||||  | |||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||  |||| ||||||||    
T  4672793 tataatgtaacttggaattttgaggttgattcttctttcacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgacaggcttatcattaatacaggtgata 4672694  T
Q  290 gagtttttcagatatttat 308  Q
    |||  |||||||| |||||    
T  4672693 gagcctttcagatttttat 4672675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 19 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 4643992 - 4643848
Alignment:
Q  19 aattgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaatacca 118  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||| |||| ||| ||||||| | ||| ||||||| || ||||| |    |||||| |||||||||||| ||| |||    
T  4643992 aattgggacaatgattatcctcgttacttggagaaacaatatccgctaagcgtatcaaatgattatgaac---atcatctaaactatttaaaaaatgcca 4643896  T
Q  119 ttcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagtt 166  Q
    |||| || |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  4643895 ttccaaattacactgcaccagaagctgtttatttaactgcaagaagtt 4643848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 100 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 4672910 - 4672837
Alignment:
Q  100 aactatttaaacaataccattcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaat 173  Q
    |||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  4672910 aactttttaaacaataccattccaaattacactgcaccagaagctgtttacgtaactgcaagaagttatggaat 4672837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 20 - 345
Target Start/End: Original strand, 18925553 - 18925875
Alignment:
Q  20 attgggacagtgattttcctctttacctggaaaaagaatatccacaaagtgtatcaactgtttatggaagtgatcatccaaactatttaaacaataccat 119  Q
    |||||||||  |||||||||| |||| |||| ||| ||||||||| ||||||||||| || || |  |    || |||  |||||| |||||||||||||    
T  18925553 attgggacaacgattttcctcgttacttggagaaacaatatccactaagtgtatcaaatgattttacac---ataatctcaactatataaacaataccat 18925649  T
Q  120 tcccaaatacactgcaccagaagctgtatactttactgcaagaagttatggaatggatgtgacagaggattataatgtaacttggaatttcaaagttgat 219  Q
    ||| || ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  18925650 tccaaactacacggcaccagaagttgtatacttaactgcaagaagttatggaatggatgcgacaaaggattataatgtaacttggaattttgaagttgat 18925749  T
Q  220 tctagttttacttatatggtaaggttacatttttgtgagtttgatctgcttatcaagaataaaggtgatagagtttttcagatatttatcaatgatattt 319  Q
    |||   ||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||||  || ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||  |||||| ||    
T  18925750 tctgcctttacttatttggtaagattgcatttttgcgagtttgattggcatataaagaatcaaggtgatagagtttttcagatttttatagatgataatt 18925849  T
Q  320 tggctgaacaatacgctgatgtgatt 345  Q
    ||||||||| | | ||||||||||||    
T  18925850 tggctgaacgaaatgctgatgtgatt 18925875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University