View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11614_low_23 (Length: 366)

Name: NF11614_low_23
Description: NF11614
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11614_low_23
NF11614_low_23
[»] chr4 (46 HSPs)
chr4 (18-362)||(27425826-27426170)
chr4 (153-350)||(27412690-27412887)
chr4 (153-351)||(27420433-27420631)
chr4 (153-341)||(27415656-27415845)
chr4 (154-351)||(27569967-27570164)
chr4 (185-334)||(27503964-27504113)
chr4 (185-334)||(27475528-27475677)
chr4 (180-351)||(27468271-27468442)
chr4 (159-335)||(27423263-27423439)
chr4 (154-362)||(27565869-27566077)
chr4 (180-351)||(27514916-27515087)
chr4 (196-334)||(27524566-27524704)
chr4 (185-332)||(27508896-27509043)
chr4 (180-340)||(27478827-27478987)
chr4 (153-356)||(27497239-27497442)
chr4 (188-334)||(27563298-27563444)
chr4 (180-351)||(27506723-27506894)
chr4 (240-332)||(27490004-27490096)
chr4 (235-340)||(27485942-27486047)
chr4 (197-334)||(27585730-27585867)
chr4 (227-334)||(27411447-27411554)
chr4 (227-353)||(27424505-27424631)
chr4 (256-350)||(27527187-27527281)
chr4 (236-341)||(27444794-27444899)
chr4 (236-341)||(27431148-27431253)
chr4 (227-334)||(27567297-27567404)
chr4 (236-334)||(27414304-27414402)
chr4 (236-334)||(27479943-27480041)
chr4 (236-341)||(27557524-27557629)
chr4 (237-341)||(27498450-27498554)
chr4 (198-334)||(27571665-27571801)
chr4 (18-101)||(27565731-27565814)
chr4 (226-332)||(17970343-17970449)
chr4 (236-334)||(27526112-27526210)
chr4 (236-314)||(27559240-27559318)
chr4 (236-341)||(27460513-27460618)
chr4 (237-341)||(27473927-27474031)
chr4 (238-350)||(27501343-27501455)
chr4 (236-351)||(27487008-27487123)
chr4 (236-334)||(27505702-27505800)
chr4 (237-334)||(27419072-27419169)
chr4 (236-341)||(27500338-27500443)
chr4 (238-351)||(27502809-27502922)
chr4 (236-284)||(27495628-27495676)
chr4 (236-334)||(27476729-27476827)
chr4 (236-288)||(27466909-27466961)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (185-351)||(1756706-1756872)
chr5 (157-346)||(1754718-1754906)
chr5 (238-351)||(1754243-1754356)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (157-351)||(55084811-55085005)
chr3 (226-351)||(50909985-50910110)
chr3 (235-351)||(38024874-38024990)
chr3 (235-351)||(38031326-38031442)
chr3 (226-345)||(48840702-48840820)
chr3 (232-351)||(38043928-38044047)
chr3 (236-329)||(50904792-50904885)
chr3 (235-332)||(50911868-50911965)
chr3 (157-332)||(38028687-38028862)
chr3 (157-332)||(38040002-38040177)
chr3 (235-331)||(38036792-38036888)
chr3 (157-332)||(38033696-38033875)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (235-351)||(21607295-21607411)
chr8 (157-332)||(21604675-21604850)
chr8 (226-311)||(21634608-21634693)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (226-332)||(3073613-3073719)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 46)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 18 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 27426170 - 27425826
Alignment:
Q  18 aaaacgtagaagagctgcttgagtagttgaattcattctcattaaacaaaacatatttacaatttgccaatctaatggtcatttccttctcatcttttag 117  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27426170 aaaacgtaaaagagctgcttgagtagttgaattcattctcattaaacaaaacatatttacaatttgctaatctaatggtcatttccttctcatcttttag 27426071  T
Q  118 aatttgatgagataactagaatacnnnnnnntatttctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatat 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27426070 aatttgatgagataactagaatacaaaaaaatatttctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcataggccattcaagcgagatgtcatat 27425971  T
Q  218 gttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatgg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27425970 gttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatgg 27425871  T
Q  318 ttggttcaagtatgatattgggattacataccgcctttgcttctc 362  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  27425870 ttggttcaagtatgatattgggatcacataccgcttttgtttctc 27425826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 153 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27412887 - 27412690
Alignment:
Q  153 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 252  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  27412887 tctactaaactatgtcagtttcttttggtgtcagattcatagcccattcgagcgagatgttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgagg 27412788  T
Q  253 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccg 350  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  27412787 ccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccg 27412690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 153 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 27420631 - 27420433
Alignment:
Q  153 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 252  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||    
T  27420631 tctactaaactatgtcagactcttttggtctcagattcatagcccattgaagcaagaagttatatgttgaaagacatcttccgtgcaaggaatggtgagg 27420532  T
Q  253 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| |||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  27420531 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaacttgactcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgatacggggattaaataccgc 27420433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 153 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 27415845 - 27415656
Alignment:
Q  153 tctactaaactatgtcagtctgttttg-gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgag 251  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||| ||||||||| ||| |||||||||||||| || |||||||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  27415845 tctactaaactatgtcagtctcttttttgtgttagattcatattccgttcaagcgagatgttatgtgttgaaagacatcttctgtgcaaggaatggtgag 27415746  T
Q  252 gccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggat 341  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27415745 gccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagtatgatatggggat 27415656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 154 - 351
Target Start/End: Original strand, 27569967 - 27570164
Alignment:
Q  154 ctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggc 253  Q
    |||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||  || |||| ||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  27569967 ctactaaactatgtcagtctcttctggtgttagattcatatcccgttcatgcgagatgttatatgttgaaagatatcttcggtgcaaggaatggtgaggc 27570066  T
Q  254 cacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 351  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| |||||| | ||||||||||  ||||| |||||||||    
T  27570067 cacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatacggggatcacataccgc 27570164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 185 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 27504113 - 27503964
Alignment:
Q  185 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 284  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| || || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27504113 agattcatagtccattcaagcaagaagttatgtgttggaagacatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttc 27504014  T
Q  285 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    |||   ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27504013 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27503964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 185 - 334
Target Start/End: Original strand, 27475528 - 27475677
Alignment:
Q  185 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 284  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27475528 agattcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 27475627  T
Q  285 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    |||   ||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  27475628 ctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgata 27475677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 180 - 351
Target Start/End: Original strand, 27468271 - 27468442
Alignment:
Q  180 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 279  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||  | |||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27468271 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgttggaagacatcttccgtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27468370  T
Q  280 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 351  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||| |||| |||||    
T  27468371 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgatacagggactacaaaccgc 27468442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 159 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 27423439 - 27423263
Alignment:
Q  159 aaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccaccc 258  Q
    |||||| || ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||| || |||||||| || ||||| || |||||||||| |||||||||||||    
T  27423439 aaactacgttagtctattttggtgtttgattcatagtccattcaagtgagaagttatatgttggaaaacatcttccgtgcaaggaacggtgaggccaccc 27423340  T
Q  259 atgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 335  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||   ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27423339 atgggatgattgtaaccaaactcttcctcggcttgactcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatat 27423263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 154 - 362
Target Start/End: Original strand, 27565869 - 27566077
Alignment:
Q  154 ctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggc 253  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| || |||||||||||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||   ||||||||||||||||    
T  27565869 ctactaaactatgtcagtctaatttggtgttaggttcatagtccattcaagcaagaagttatatgttggaagacatcttcgccacaaggaatggtgaggc 27565968  T
Q  254 cacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcct 353  Q
    ||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| |||  |||  |||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||||| ||| | ||| |    
T  27565969 cacccattggatgatcatatccatgctcttcctcaacttgtatcagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatggggatcacaaatcgctt 27566068  T
Q  354 ttgcttctc 362  Q
    ||| |||||    
T  27566069 ttgtttctc 27566077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 180 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 27515087 - 27514916
Alignment:
Q  180 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 279  Q
    |||| ||||||||||||||||||||  |||  | ||||| || || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27515087 gtgtaagattcatagtccattcaaggaagaaattatatgctggaagacatcttctgtacaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27514988  T
Q  280 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 351  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||| |||| |||||    
T  27514987 tcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgatacagggactacaaaccgc 27514916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 196 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 27524704 - 27524566
Alignment:
Q  196 ccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgac 295  Q
    ||||||||||  || || |||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||     
T  27524704 ccattcaagcatgaagttatatgttggaagacatcttcggtgcacggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgat 27524605  T
Q  296 tcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  27524604 tcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgata 27524566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 185 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 27509043 - 27508896
Alignment:
Q  185 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 284  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  27509043 agattcatagtccattgaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcatggaatggtgaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttc 27508944  T
Q  285 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 332  Q
    ||||   ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  27508943 ctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatga 27508896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 180 - 340
Target Start/End: Original strand, 27478827 - 27478987
Alignment:
Q  180 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 279  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||| ||| || |||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  27478827 gtgtaagaatcatagcccattcaagcaagaagttatatgttggaacacatcttcggagcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaat 27478926  T
Q  280 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattggga 340  Q
    ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  27478927 tcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatattggga 27478987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 153 - 356
Target Start/End: Original strand, 27497239 - 27497442
Alignment:
Q  153 tctactaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgagg 252  Q
    |||||||||||| |||||||| |||    || | ||| |||| |||||||||||||| || ||  |||| || ||||  || ||||||||||||||||||    
T  27497239 tctactaaactacgtcagtctctttccacgtgaaatttatagcccattcaagcgagaagttatgcgttggaagacattttcagtgcaaggaatggtgagg 27497338  T
Q  253 ccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgcc 352  Q
    |||||  |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || | ||||||  |||||||||| |||||||| || ||||| ||| |||||     
T  27497339 ccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagatagggatcacaaaccgct 27497438  T
Q  353 tttg 356  Q
    ||||    
T  27497439 tttg 27497442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 188 - 334
Target Start/End: Original strand, 27563298 - 27563444
Alignment:
Q  188 ttcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctc 287  Q
    |||||||  ||||||||||||| || |||||||||||  |||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  27563298 ttcatagctcattcaagcgagaagttatatgttgaaaggcatcttcagtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttc 27563397  T
Q  288 aaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
       ||||||||  || ||||||||  ||| |||||||||||||||||    
T  27563398 ggcttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgata 27563444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 180 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 27506894 - 27506723
Alignment:
Q  180 gtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaac 279  Q
    |||||||||| || |  ||||||||| ||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  27506894 gtgtcagatttatggctcattcaagcaagaagttatgtgttgaaagacatcttcagtgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaat 27506795  T
Q  280 tcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 351  Q
    ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  27506794 tcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgc 27506723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 240 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 27490096 - 27490004
Alignment:
Q  240 aggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 332  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||   |||| |||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27490096 aggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgattcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatga 27490004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 235 - 340
Target Start/End: Original strand, 27485942 - 27486047
Alignment:
Q  235 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||   |  || ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  27485942 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 27486041  T
Q  335 ttggga 340  Q
    ||||||    
T  27486042 ttggga 27486047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 197 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 27585867 - 27585730
Alignment:
Q  197 cattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgact 296  Q
    ||||||||||| | || |||||||  ||  |||| || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| ||   ||||||    
T  27585867 cattcaagcgataagttatatgtttgaaggcatcttctgtgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgact 27585768  T
Q  297 caataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    ||  || ||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  27585767 catcaaatcttgaaacaatggttggttcaagtatgata 27585730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 227 - 334
Target Start/End: Original strand, 27411447 - 27411554
Alignment:
Q  227 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaa 326  Q
    |||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||   |||| | | ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  27411447 catcctcgctgcaaggaattgtgagaccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaa 27411546  T
Q  327 gtatgata 334  Q
    ||||||||    
T  27411547 gtatgata 27411554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 227 - 353
Target Start/End: Original strand, 27424505 - 27424631
Alignment:
Q  227 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaa 326  Q
    |||||||| |||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||| | |  || ||||||||||| |||||||||||    
T  27424505 catcctcgctgcacggaatggtaagaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaa 27424604  T
Q  327 gtatgatattgggattacataccgcct 353  Q
    |||||||| ||| || ||| |||||||    
T  27424605 gtatgatactggaatcacaaaccgcct 27424631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 256 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27527281 - 27527187
Alignment:
Q  256 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccg 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||  || ||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||| ||||    
T  27527281 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccg 27527187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 236 - 341
Target Start/End: Original strand, 27444794 - 27444899
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 335  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || | ||||||   |||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  27444794 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 27444893  T
Q  336 tgggat 341  Q
    ||||||    
T  27444894 tgggat 27444899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 236 - 341
Target Start/End: Original strand, 27431148 - 27431253
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 335  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||| | ||||||   |||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27431148 tgcaaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 27431247  T
Q  336 tgggat 341  Q
    ||||||    
T  27431248 tgggat 27431253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 227 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 27567404 - 27567297
Alignment:
Q  227 catcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaa 326  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||   |||| | | ||| |||||||| ||||||||||||||    
T  27567404 catcttcgctgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaa 27567305  T
Q  327 gtatgata 334  Q
    ||||||||    
T  27567304 gtatgata 27567297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 334
Target Start/End: Original strand, 27414304 - 27414402
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    |||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27414304 tgcacggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaagtatgata 27414402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 27480041 - 27479943
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  |||  |||| || | ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  27480041 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaacttttggaatgatgtttggttcaagtatgata 27479943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 236 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 27557629 - 27557524
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 335  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| | |||||||  |||| |||  || |||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  27557629 tgcatggaatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaatgatggttggtttaagtatgacat 27557530  T
Q  336 tgggat 341  Q
    ||||||    
T  27557529 tgggat 27557524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 27498554 - 27498450
Alignment:
Q  237 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatatt 336  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| | || | ||||||   |||  |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||     
T  27498554 gcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatata 27498455  T
Q  337 gggat 341  Q
    |||||    
T  27498454 gggat 27498450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 198 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 27571801 - 27571665
Alignment:
Q  198 attcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactc 297  Q
    |||||||||||| || | || | | ||| ||||||||  ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| |     
T  27571801 attcaagcgagaagtaagatttaggaattcatcctcgccgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgattt 27571702  T
Q  298 aataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    | ||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||    
T  27571701 agtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgata 27571665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 101
Target Start/End: Original strand, 27565731 - 27565814
Alignment:
Q  18 aaaacgtagaagagctgcttgagtagttgaattcattctcattaaacaaaacatatttacaatttgccaatctaatggtcattt 101  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||   || ||||||||  |||||||||||||||||    
T  27565731 aaaacatagaagagctgcttgaatagtcgaattcattgtcgttaaacaaaattgatatacaatttatcaatctaatggtcattt 27565814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 226 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 17970449 - 17970343
Alignment:
Q  226 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 325  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||     ||||||  |||| ||||||||| | ||||||||    
T  17970449 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 17970350  T
Q  326 agtatga 332  Q
    |||||||    
T  17970349 agtatga 17970343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 236 - 334
Target Start/End: Original strand, 27526112 - 27526210
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    |||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  27526112 tgcaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgata 27526210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 236 - 314
Target Start/End: Original strand, 27559240 - 27559318
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatga 314  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||| | |||||||||    
T  27559240 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaactcttcttctgattggcttaataactattgaaatga 27559318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 27460618 - 27460513
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 335  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  || ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||    
T  27460618 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatat 27460519  T
Q  336 tgggat 341  Q
     |||||    
T  27460518 agggat 27460513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 237 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 27474031 - 27473927
Alignment:
Q  237 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatatt 336  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  || ||||| ||||||  ||| ||||| ||||||||     
T  27474031 gcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatata 27473932  T
Q  337 gggat 341  Q
    |||||    
T  27473931 gggat 27473927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 238 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 27501455 - 27501343
Alignment:
Q  238 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattg 337  Q
    |||||||| ||||| |||||| | |||||||| ||| |||| | ||||||   |||  |||| |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  27501455 caaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaacaagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattg 27501356  T
Q  338 ggattacataccg 350  Q
    |||| ||| ||||    
T  27501355 ggatcacaaaccg 27501343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 236 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 27487123 - 27487008
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 335  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||| | ||| |||  |||  |||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  27487123 tgcaaggaatagtaagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattcttgaaacgatggttggtttaagtatgataa 27487024  T
Q  336 tgggattacataccgc 351  Q
     ||||| ||| |||||    
T  27487023 agggatcacaaaccgc 27487008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 236 - 334
Target Start/End: Original strand, 27505702 - 27505800
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||| |||| | |||||||  |||  |||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  27505702 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgata 27505800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 237 - 334
Target Start/End: Original strand, 27419072 - 27419169
Alignment:
Q  237 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||  ||||| | | ||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||    
T  27419072 gcaaggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgata 27419169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 236 - 341
Target Start/End: Original strand, 27500338 - 27500443
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 335  Q
    |||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||| |||| ||||  || ||||| |||||   |||||| |||||||||||    
T  27500338 tgcaaggaatagtgatgccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagattggctcagcaattcttggaatgaactttggtttaagtatgatat 27500437  T
Q  336 tgggat 341  Q
     |||||    
T  27500438 agggat 27500443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 351
Target Start/End: Original strand, 27502809 - 27502922
Alignment:
Q  238 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattg 337  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||  ||| ||||  |||||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||    
T  27502809 caaggaatagtaagaccacccattggatggtcatatccaaattcttccacagcttggctcagcaagtcttgaaatgaagtttgattcaaatatgacattg 27502908  T
Q  338 ggattacataccgc 351  Q
    | || ||| |||||    
T  27502909 gaatcacaaaccgc 27502922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 236 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 27495676 - 27495628
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 284  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||| | |||||||||||||    
T  27495676 tgcaaggaatggtgagaccacccattggatgattaaatccaaactcttc 27495628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 236 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 27476827 - 27476729
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    |||||||||| || || |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||  ||| ||||  |  ||||| ||||| | |||||||||||||||||    
T  27476827 tgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttcttggaatgaggtttggttcaagtatgata 27476729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 236 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27466961 - 27466909
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctca 288  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| | |||||||    
T  27466961 tgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctca 27466909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 185 - 351
Target Start/End: Original strand, 1756706 - 1756872
Alignment:
Q  185 agattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttc 284  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  1756706 agattcatagcccattcaagcaagaggtaatatgttggaaggcatcttcggtgcaaggaatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttc 1756805  T
Q  285 ctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 351  Q
     |||  ||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  1756806 ttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgc 1756872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 157 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 1754906 - 1754718
Alignment:
Q  157 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 256  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| | | | ||| |||| ||||| |||| ||| || |||| ||  || ||||| || |||||| |||||||||||||||    
T  1754906 ctaaactatgtcactctcttttg-tatgaaatttatagcccatttaagctagaagttatattttcgaagacatcttctgtgcaaagaatggtgaggccac 1754808  T
Q  257 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacat 346  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||| |||  |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  1754807 ccattggatgatcatatccaaactcttccgcagcttgactcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagtatgatattgggatcacat 1754718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 238 - 351
Target Start/End: Original strand, 1754243 - 1754356
Alignment:
Q  238 caaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattg 337  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||| |||   | |  || | ||||||||| | |||||||||||||||||  |    
T  1754243 caaggaatagtgagaccacccatcggatgatcatattcaaactgttcctcagatttgtttagcaatttttgaaatgacgattggttcaagtatgatacgg 1754342  T
Q  338 ggattacataccgc 351  Q
    |||| ||| |||||    
T  1754343 ggatcacaaaccgc 1754356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 157 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 55085005 - 55084811
Alignment:
Q  157 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 256  Q
    |||| |||||||| ||| |||  |||| ||||| ||||| |||| |||||||| || |||||    || ||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  55085005 ctaatctatgtcaatctctttcagtgtaagatttatagttcattgaagcgagaagtaatatgaaagaaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccac 55084906  T
Q  257 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatattgggattacataccgc 351  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||     ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||| |||||    
T  55084905 ccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagtcttgaaatgatggttggttcaagtaagacatagggatcacaaaccgc 55084811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 226 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 50910110 - 50909985
Alignment:
Q  226 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 325  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| | |||| |||| |||| ||||||||| | ||||||||    
T  50910110 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagttttgaaatgaagcttggttca 50910011  T
Q  326 agtatgatattgggattacataccgc 351  Q
    ||||||| || ||||| ||| |||||    
T  50910010 agtatgacatggggataacaaaccgc 50909985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 235 - 351
Target Start/End: Original strand, 38024874 - 38024990
Alignment:
Q  235 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |    
T  38024874 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38024973  T
Q  335 ttgggattacataccgc 351  Q
    | ||||| ||| |||||    
T  38024974 tggggataacaaaccgc 38024990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 235 - 351
Target Start/End: Original strand, 38031326 - 38031442
Alignment:
Q  235 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||| |    
T  38031326 gtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagcttggttcaagtatgaca 38031425  T
Q  335 ttgggattacataccgc 351  Q
    | ||||| ||| |||||    
T  38031426 tggggataacaaaccgc 38031442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 226 - 345
Target Start/End: Original strand, 48840702 - 48840820
Alignment:
Q  226 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 325  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||| | || |||||| |||||||||||||| | ||||||||    
T  48840702 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggcttggttca 48840800  T
Q  326 agtatgatattgggattaca 345  Q
    ||||||  || |||||||||    
T  48840801 agtatggcatggggattaca 48840820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 9e-21
Query Start/End: Original strand, 232 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 38044047 - 38043928
Alignment:
Q  232 tcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatg 331  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||  ||||||||||| || | ||| ||||||||||    
T  38044047 tcggtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagtatg 38043948  T
Q  332 atattgggattacataccgc 351  Q
    | || ||||| ||| |||||    
T  38043947 acatagggatcacaaaccgc 38043928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 236 - 329
Target Start/End: Original strand, 50904792 - 50904885
Alignment:
Q  236 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagta 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||   | ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  50904792 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagtcttgaaatgaagtttggttcaagta 50904885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 235 - 332
Target Start/End: Original strand, 50911868 - 50911965
Alignment:
Q  235 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 332  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  50911868 gtgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 50911965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 157 - 332
Target Start/End: Original strand, 38028687 - 38028862
Alignment:
Q  157 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 256  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  38028687 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 38028786  T
Q  257 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 332  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||    
T  38028787 ccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 38028862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 332
Target Start/End: Original strand, 38040002 - 38040177
Alignment:
Q  157 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 256  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  38040002 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 38040101  T
Q  257 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 332  Q
    |||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||    
T  38040102 ccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 38040177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 235 - 331
Target Start/End: Original strand, 38036792 - 38036888
Alignment:
Q  235 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatg 331  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| || | ||||||||| | ||||||||||||||    
T  38036792 gtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaattttgaaatgaagcttggttcaagtatg 38036888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 157 - 332
Target Start/End: Original strand, 38033696 - 38033875
Alignment:
Q  157 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 256  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| |||||||| || |||||    || ||||| || ||||| ||||| |||| ||| |    
T  38033696 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagcgagaagtaatatgcaagaaaacatcttctgtgcagggaattgtgatgccgc 38033795  T
Q  257 ccatg----ggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 332  Q
    ||||     ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  38033796 ccattaattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaagttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 38033875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 235 - 351
Target Start/End: Original strand, 21607295 - 21607411
Alignment:
Q  235 gtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgata 334  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||| |||||| || | | ||||||||||||| |    
T  21607295 gtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagttttgaaaggaagctcggttcaagtatgaca 21607394  T
Q  335 ttgggattacataccgc 351  Q
    | ||||| ||| |||||    
T  21607395 tggggataacaaaccgc 21607411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 332
Target Start/End: Original strand, 21604675 - 21604850
Alignment:
Q  157 ctaaactatgtcagtctgttttggtgtcagattcatagtccattcaagcgagatgtcatatgttgaaatacatcctcggtgcaaggaatggtgaggccac 256  Q
    |||| ||||||||||||  ||| |||| ||||| |||| ||||| ||| |||| || |||||    || || || || ||||||||||| |||||||| |    
T  21604675 ctaatctatgtcagtctcctttagtgtaagatttatagcccattgaagtgagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgc 21604774  T
Q  257 ccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatga 332  Q
    |||| ||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||| | || ||||||||| | |||||||||||||||    
T  21604775 ccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgttttgaaatgaagcttggttcaagtatga 21604850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 226 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 21634693 - 21634608
Alignment:
Q  226 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaa 311  Q
    ||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||  |||||||||||||||| ||||||||   ||||||||  |||||||||||    
T  21634693 acatcttcggtgcaaggaattgtgaagccgcccattcgatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaa 21634608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 226 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 3073719 - 3073613
Alignment:
Q  226 acatcctcggtgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttca 325  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||     ||||||  |||| ||||||||| | ||||||||    
T  3073719 acatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggttca 3073620  T
Q  326 agtatga 332  Q
    |||||||    
T  3073619 agtatga 3073613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University