View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11621_low_1 (Length: 1193)

Name: NF11621_low_1
Description: NF11621
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11621_low_1
NF11621_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-1172)||(42444544-42445698)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1135; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1135; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1172
Target Start/End: Complemental strand, 42445698 - 42444544
Alignment:
Q  18 acatcagctgagagactgaaaccattgagttcatcattcatgagaatcatggcggcaccacctgctctttgtacttcctgtcctttggcaattcttccta 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445698 acatcagctgagagactgaaaccattgagttcatcattcatgagaatcatggcggcaccacctgctctttgtacttcctgtcctttggcaattcttccta 42445599  T
Q  118 taccccctcccctctcacacaaaacaacctttcctctgaagtcaatgtcactcaaggatccattagcacaaaatgaagattctactttgccatttattcc 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445598 taccccctcccctctcacacaaaacaacctttcctctgaagtcaatgtcactcaaggatccattagcacaaaatgaagattctactttgccatttattcc 42445499  T
Q  218 tgcatatgctaagggcaacagtgttggagagaaatcggaaggctggaaaacagattcgccctcaaattcttccccatttccaagcactgctgttgccaca 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445498 tgcatatgctaagggcaacagtgttggagagaaatcggaaggctggaaaacagattcgccctcaaattcttccccatttccaagcactgctgttgccaca 42445399  T
Q  318 atggttctgtcaatagtgcttgctccaactgtgagcatccatggggctccattaaccaaggaggcatcagaaggaccaaagtttcctgctgcaatactta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445398 atggttctgtcaatagtgcttgctccaactgtgagcatccatggggctccattaaccaaggaggcatcagaaggaccaaagtttcctgctgcaatactta 42445299  T
Q  418 caaagattcccttctgaattgctgcaaaagcgcctatggcagtgctatcattgaaaaatggaggaggctcacttagaccaagtgatatcgatattacatc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445298 caaagattcccttctgaattgctgcaaaagcgcctatggcagtgctatcattgaaaaatggaggaggctcacttagaccaagtgatatcgatattacatc 42445199  T
Q  518 cacaccatcctccacagctgcatctaatgccgcaagtatattactctcggcacagtcttctccaaagcacactttgtaaattgctaggtgagcatgagga 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445198 cacaccatcctccacagctgcatctaatgccgcaagtatattactctcggcacagtcttctccaaagcacactttgtaaattgctaggtgagcatgagga 42445099  T
Q  618 gccatccctgctgccgtacctttagcatttcctagcacttctgcattgtcgacaaaagcaccagccgctgtacttgctgtgtgagtcccgtgtccatcct 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42445098 gccatccctgctgccgtacctttagcatttcctagcacttctgcattttcgacaaaagcaccagccgctgtacttgctgtgtgagtcccgtgtccatcct 42444999  T
Q  718 catcaattggtgcttcagctttctctccttttactgctgcattgttgaaggatcttgctccaattaatttgttgttacaaactgtaccattaagttcgca 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42444998 catcaattggtgcttcagctttctctccttttactgctgcattgttgaaggatcttgctccaattaatttgttgttacaaactgtaccattaagtttgca 42444899  T
Q  818 tctccctttccatttcgacggtggtggtggtattcctgcgtcactaaacgaaggatgatcatcaggtgtgattcctgaatctagaacaccaataataatt 917  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444898 tctccctttccatttcgacggtggtggtggtattcctgcgtcactaaacgaaggatgatcatcaggtgtgattcctgaatctagaacaccaataataatt 42444799  T
Q  918 ccctttccaaaatttgattccttccaaaatccgatattttgctgcaaccccaagaaatctggggtatgtgtggtttgacgacgtagtgtcctttcgggat 1017  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444798 ccctttccaaaatttgattccttccaagatccgatattttgctgcaaccccaagaaatctggggtatgtgtggtttgacgacgtagtgtcctttcgggat 42444699  T
Q  1018 gagctgaaacaaaaccattcttctgttcaacagctctcaactcttcttgagttagtcttgcggcaaaaccactcaacacatttctgtatgaataaatcat 1117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42444698 gagctgaaacaaaaccattcttctgttgaacagctctcaactcttcttgagttagtcttgcggcaaaaccactcaacacatttcggtatgaataaatcat 42444599  T
Q  1118 tcgcggttgttcatcagagctcataaccgtagttggcatgaatgaatgatgccag 1172  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42444598 tcgcggttgttcatcagagctcataaccgtagttggcatgaatgaatgatgccag 42444544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University