View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF11622_low_20 (Length: 391)
Name: NF11622_low_20
Description: NF11622
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF11622_low_20 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 19 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 12931043 - 12930678
Alignment:
| Q |
19 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn---tgaa |
115 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||| |
|
|
| T |
12931043 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaatgaa |
12930944 |
T |
|
| Q |
116 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
215 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930943 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
12930844 |
T |
|
| Q |
216 |
ctccactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatag |
315 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930843 |
ctccactctctc--acacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttatag |
12930746 |
T |
|
| Q |
316 |
agatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctc |
383 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
12930745 |
agatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctc |
12930678 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 12935786 - 12935424
Alignment:
| Q |
22 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn---tgaacac |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
12935786 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaagaaactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaatgaacac |
12935687 |
T |
|
| Q |
119 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
218 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935686 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
12935587 |
T |
|
| Q |
219 |
cactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagaga |
318 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935586 |
cactctctc--acacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttactctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
12935489 |
T |
|
| Q |
319 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctc |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
12935488 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctc |
12935424 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 156 - 234
Target Start/End: Original strand, 26504985 - 26505063
Alignment:
| Q |
156 |
aaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctctcacaca |
234 |
Q |
| |
|
|||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
26504985 |
aaaaccacagtacaaactccaaaaaatattcaactataataaaaaatattacaatattctttcaactctctttcacaca |
26505063 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 112 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 15589060 - 15588948
Alignment:
| Q |
112 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaata |
211 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| || ||||||||||| || |||| |||||| || | ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||| |||||||||| | |
|
|
| T |
15589060 |
tgaacatcaatatttattttgaaaaaccctctattaatgagagaaaaatcaagtgacaaactctaaaaaatatttcactttatcaaacaatattacaaca |
15588961 |
T |
|
| Q |
212 |
ttctctccactct |
224 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| |
|
|
| T |
15588960 |
ttttctccactct |
15588948 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 30 - 75
Target Start/End: Original strand, 26504850 - 26504895
Alignment:
| Q |
30 |
tcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaa |
75 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
26504850 |
tcgacgagtttaatggaagtgtaaattaaaatttcaaaatccaaaa |
26504895 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 21 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 14179057 - 14178693
Alignment:
| Q |
21 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn----tgaac |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| |
|
|
| T |
14179057 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcaataaaaaaaatgaac |
14178958 |
T |
|
| Q |
117 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178957 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
14178858 |
T |
|
| Q |
217 |
tccactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttataga |
316 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178857 |
tccactctctc--acacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttataga |
14178760 |
T |
|
| Q |
317 |
gatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctc |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
14178759 |
gatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctc |
14178693 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 19 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 14174305 - 14173939
Alignment:
| Q |
19 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn----tga |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| |
|
|
| T |
14174305 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagtgataaaaaaaatga |
14174206 |
T |
|
| Q |
115 |
acaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattc |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14174205 |
acaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattc |
14174106 |
T |
|
| Q |
215 |
tctccactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttata |
314 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14174105 |
tctccactctctc--acacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttata |
14174008 |
T |
|
| Q |
315 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctc |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
14174007 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctc |
14173939 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 19 - 383
Target Start/End: Original strand, 28611565 - 28611931
Alignment:
| Q |
19 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn----tga |
114 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||| |
|
|
| T |
28611565 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatga |
28611664 |
T |
|
| Q |
115 |
acaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattc |
214 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611665 |
acaccaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattc |
28611764 |
T |
|
| Q |
215 |
tctccactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttata |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611765 |
tctccactct--ctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttata |
28611862 |
T |
|
| Q |
315 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctc |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28611863 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctc |
28611931 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 21 - 383
Target Start/End: Original strand, 28606805 - 28607169
Alignment:
| Q |
21 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn----tgaac |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| | ||| |
|
|
| T |
28606805 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaattaac |
28606904 |
T |
|
| Q |
117 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28606905 |
accaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
28607004 |
T |
|
| Q |
217 |
tccactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttataga |
316 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28607005 |
tccactct--ctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttataga |
28607102 |
T |
|
| Q |
317 |
gatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctc |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
28607103 |
gatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctc |
28607169 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 278; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 44161949 - 44161588
Alignment:
| Q |
22 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn----tgaaca |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |
|
|
| T |
44161949 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatgaaca |
44161850 |
T |
|
| Q |
118 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
44161849 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaat--tctct |
44161752 |
T |
|
| Q |
218 |
ccactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagag |
317 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161751 |
ccactctctt--acacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtaagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
44161654 |
T |
|
| Q |
318 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctc |
383 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |
|
|
| T |
44161653 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattattcctctc |
44161588 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 22 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 11104829 - 11104477
Alignment:
| Q |
22 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn-tgaacacca |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
11104829 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagctgtagcgataaaaatgaacacca |
11104730 |
T |
|
| Q |
121 |
atatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcca |
220 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104729 |
atatttaacatagaaaatcctctaatatcgagggtaaa-ccacgggacaaactccgaaaaatattccaccatatctaagaatattacaatattctctcca |
11104631 |
T |
|
| Q |
221 |
ctctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagagatg |
320 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104630 |
ctctcttacacaca---aagagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcaaatgctattattttataacacctagaagttatagagatg |
11104534 |
T |
|
| Q |
321 |
atacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattttt |
377 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104533 |
atatccacccggtgtatttttcctacactctctggatttactcaacactctattttt |
11104477 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 21 - 323
Target Start/End: Original strand, 48826701 - 48827000
Alignment:
| Q |
21 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnnt--gaacac |
118 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |
|
|
| T |
48826701 |
ttgttgggatcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaattcaa--gagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatagaaaaagaacac |
48826798 |
T |
|
| Q |
119 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
218 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826799 |
caatatttaacgtggaaaatcctctaataccgagggaaaaatcacgggacaa-ctccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctt |
48826897 |
T |
|
| Q |
219 |
cactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagaga |
318 |
Q |
| |
|
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826898 |
cgctctctt--acacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagattcactcctatttgaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
48826995 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 117 - 218
Target Start/End: Original strand, 48708155 - 48708256
Alignment:
| Q |
117 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||| || ||||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48708155 |
accaatatttaacatgaaaaactctataatactaagagaaaaaccacgtgacaaactccaaaaaatatttcattatattaaaaaatattacaatattctc |
48708254 |
T |
|
| Q |
217 |
tc |
218 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
48708255 |
tc |
48708256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 133 - 292
Target Start/End: Original strand, 24726288 - 24726442
Alignment:
| Q |
133 |
gaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctctcaca |
232 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||| ||||| | |
|
|
| T |
24726288 |
gaaaaccatctaatatcaagggaaaagccacgagacaaactctgaaaaatattccattatattaaagaacataataatattctctccattctct----ta |
24726383 |
T |
|
| Q |
233 |
cacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattat |
292 |
Q |
| |
|
| ||| |||||||| |||| ||||| |||||||||| ||| |||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
24726384 |
ccgacacgagatacactatattgttttccgtgagacc-actcctattcaaatgttattat |
24726442 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 34907503 - 34907141
Alignment:
| Q |
22 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn---tgaacac |
118 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
34907503 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaatgaacac |
34907404 |
T |
|
| Q |
119 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
218 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907403 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
34907304 |
T |
|
| Q |
219 |
cactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagaga |
318 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907303 |
cactctctc--acacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagaga |
34907206 |
T |
|
| Q |
319 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctc |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
34907205 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctc |
34907141 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 22 - 383
Target Start/End: Original strand, 37040426 - 37040789
Alignment:
| Q |
22 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn----tgaaca |
117 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37040426 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatgaaca |
37040525 |
T |
|
| Q |
118 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
37040526 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattttct |
37040625 |
T |
|
| Q |
218 |
ccactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagag |
317 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37040626 |
ccactct--ctcacacacacaagagatacaatatagtgttttccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatagag |
37040723 |
T |
|
| Q |
318 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctc |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
37040724 |
atgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctc |
37040789 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 15290597 - 15290243
Alignment:
| Q |
19 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaa-gagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn----tg |
113 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||| || |
|
|
| T |
15290597 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaatccaaaaagagattggatcttgcagcgcagccttagcgataaaaaaaatg |
15290498 |
T |
|
| Q |
114 |
aacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatatt |
213 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290497 |
aacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggtataaaccacgggacaaactccaaaagattttccactatatttaagaatattacaatatt |
15290398 |
T |
|
| Q |
214 |
ctctccactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttat |
313 |
Q |
| |
|
||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290397 |
ctctccact--ctcttacacacacaagagatacaatatagtgttt-ccgtgagacccactcctattcgaatgctat--tatttcagcacctagaagttat |
15290303 |
T |
|
| Q |
314 |
agagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatt |
374 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
15290302 |
agagatgatacccacccggtgtattttt-ccacactttctggatttagtcaacactctatt |
15290243 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 22 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 12099361 - 12099060
Alignment:
| Q |
22 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn-tgaacacca |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||| |||| | || |
|
|
| T |
12099361 |
tgttgggctcgacgagtttaacgcgagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagatatgatcttgcagctcaccgatagcgataaaaatgaaaagca |
12099262 |
T |
|
| Q |
121 |
atatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcca |
220 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12099261 |
atattttacgtgaaaaaccctctaatgacgaaggaaaaaccaagggacaaactccgaaaaaatttcaactatattaaagaatattacaatattctctcca |
12099162 |
T |
|
| Q |
221 |
ctctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagagatg |
320 |
Q |
| |
|
|| |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||| |||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
12099161 |
ct--ctcttacacgcacaagagacacaatattgtgtttctagtgagactcactcctattcaaatgatattattttataacacctaaaagttatagagatg |
12099064 |
T |
|
| Q |
321 |
atac |
324 |
Q |
| |
|
|||| |
|
|
| T |
12099063 |
atac |
12099060 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 169 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 12082227 - 12082021
Alignment:
| Q |
169 |
aaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagac |
268 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
12082227 |
aaactccaaaaaatattccactatattaa-gaatattacaatattttctccactctctt--acacggaaaagagatacaatatagtgtttctaatgagac |
12082131 |
T |
|
| Q |
269 |
ctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacac |
368 |
Q |
| |
|
|| |||||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||| | | ||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
12082130 |
tcgctcctattcaaatgttattattttatagcgcctagaagttatagagataatacctacccgatatatttttccc-ctttttctggatttacccaacac |
12082032 |
T |
|
| Q |
369 |
tctatttttct |
379 |
Q |
| |
|
|||| |||||| |
|
|
| T |
12082031 |
tctaattttct |
12082021 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 114 - 258
Target Start/End: Original strand, 2757307 - 2757448
Alignment:
| Q |
114 |
aacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatatt |
213 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || ||| |||| |||| || | |||||||||| | |||||| | ||||| |||||||||||||| || |||||| || |||| |
|
|
| T |
2757307 |
aacaccaatatttaatatgaaaacccctttaatgcttaaggaaaaaccatgagacaaattttgaaaa-tattccactatatttaaaaatattgcactatt |
2757405 |
T |
|
| Q |
214 |
ctctccactctctctcacacacacaagagatacaatatagtgttt |
258 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2757406 |
ctctccactctcttt--cacactcaagagatacaatatagtgttt |
2757448 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 12084751 - 12084669
Alignment:
| Q |
22 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagc |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||| || ||||||| |
|
|
| T |
12084751 |
tgttgggctcaacgagcttaacacgagggtaaattaaaatttcaaaatccaatagacattggatcttgtagcgcaacggtagc |
12084669 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 19 - 82
Target Start/End: Original strand, 2757210 - 2757273
Alignment:
| Q |
19 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattg |
82 |
Q |
| |
|
|||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
2757210 |
acttgttgtgttcaacgagcttattacaagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaagaaattg |
2757273 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 22 - 369
Target Start/End: Original strand, 29106878 - 29107224
Alignment:
| Q |
22 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn-tgaacacca |
120 |
Q |
| |
|
||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
29106878 |
tgttgggatcgaggagcttaatgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagattggatcttgcagcgcagcggtagcgttaaaaatgaacacca |
29106977 |
T |
|
| Q |
121 |
atatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcca |
220 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29106978 |
atatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcca |
29107077 |
T |
|
| Q |
221 |
ctctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagagatg |
320 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
29107078 |
--ctctcttacacacacaagagatacaa-atagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttttagcacctagaagttataaagatg |
29107174 |
T |
|
| Q |
321 |
ata-cccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacact |
369 |
Q |
| |
|
||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29107175 |
ataccccacccaatgtatttttcccacactctctggatttactcaacact |
29107224 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 21 - 377
Target Start/End: Original strand, 42910992 - 42911346
Alignment:
| Q |
21 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn-tgaacacc |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | | |||||||| |
|
|
| T |
42910992 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtggaaattaaaattttaaaatccaaaagagattagatcttgcagcgcagcggcaacgataaaaatgaacacc |
42911091 |
T |
|
| Q |
120 |
aatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcc |
219 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911092 |
aatatttaacatggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaa-tattccactatatttaagaatattacaatattctctcc |
42911190 |
T |
|
| Q |
220 |
actctctctcacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagagat |
319 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911191 |
actct--ctcacacacacaaaagatacaatatagtgtttcccttgagacctacttctattctaatgctattattttatagcaccaagaagttatagagat |
42911288 |
T |
|
| Q |
320 |
gatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattttt |
377 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911289 |
gatacccacccagtgtattttttccacactctctggatttactcaacactctattttt |
42911346 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 113 - 203
Target Start/End: Original strand, 38997230 - 38997320
Alignment:
| Q |
113 |
gaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
203 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
38997230 |
gaacagcaatattttacgtcgaaaaccctctaatatcgaacgaaaaactacgggacaaactccaaaaaataatccattatattaaagaata |
38997320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 102
Target Start/End: Original strand, 38994696 - 38994779
Alignment:
| Q |
19 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggta |
102 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38994696 |
acttgttgggcttgacgatcttaatgctagtgtaaattaaaattccaaaacccaaacaaaattggatcttgcagtgcagcggta |
38994779 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 77
Target Start/End: Original strand, 38997135 - 38997193
Alignment:
| Q |
19 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaga |
77 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
38997135 |
acttgttgggttcgaagggcttaatgcgggtgtaaattaaaattccagaatccaaaaga |
38997193 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 21 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 8539549 - 8539185
Alignment:
| Q |
21 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagcnnnnnnn--tgaacac |
118 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||| |
|
|
| T |
8539549 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaattctaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtaacaataaaaaatgaacat |
8539450 |
T |
|
| Q |
119 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
218 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
8539449 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaagatattccactatatttaagaatattacaatattatctc |
8539350 |
T |
|
| Q |
219 |
cactctctctcacacacacaagagatacaa---tatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatag |
315 |
Q |
| |
|
|||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
8539349 |
cact--ctcttacacacacaagagatacaatattatagtgttt-ccgtgagacccactcctattcgattgctattattttacagcacctaaaagttatag |
8539253 |
T |
|
| Q |
316 |
agatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctc |
383 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
8539252 |
agatgatacccatccgatgtatttttcccacactctctgaatttactgaacactatatttttcctctc |
8539185 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 99; Significance: 9e-49; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 9e-49
Query Start/End: Original strand, 240 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 51302306 - 51302168
Alignment:
| Q |
240 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggtgtattt |
339 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302306 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcgaatgcaattgttttatagcacctagaagttatagagatgattcccacccggtgtattt |
51302207 |
T |
|
| Q |
340 |
ttcccacactctctggatttactcaacactctatttttc |
378 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
51302206 |
tatccacactctctggatttactcaatactctatttttc |
51302168 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 51303022 - 51302937
Alignment:
| Q |
19 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcacagcggtagc |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
51303022 |
acttgttgggatcgacgagcttaatgcaagtgtaaattaaaatttcaaaatccaaaacagattggatcttgcagcgcagcggtagc |
51302937 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 112 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 51302344 - 51302308
Alignment:
| Q |
112 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatac |
148 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302344 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatac |
51302308 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 73; Significance: 3e-33; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 203
Target Start/End: Original strand, 2100199 - 2100379
Alignment:
| Q |
22 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattgga-tcttgcagcacagcggtagcnnnnnnnt-gaacacc |
119 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || | |||||||||| || || | ||||| | |
|
|
| T |
2100199 |
tgttgggctcgacgagcttaacacaagtgtaaattaaaattccaaaattcataagagatttgaattttgcagcacaacgataatgataaaattgaacatc |
2100298 |
T |
|
| Q |
120 |
aatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
203 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2100299 |
aatatttaaggtggaaaaccctttaataatgagcgaaaaac---ggggcaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
2100379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 196 - 246
Target Start/End: Original strand, 2100723 - 2100771
Alignment:
| Q |
196 |
aaagaatattacaatattctctccactctctctcacacacacaagagatac |
246 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
2100723 |
aaagaatattacaatattctctcca--ctctcttacatacacaagagatac |
2100771 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University