View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11624_low_30 (Length: 229)

Name: NF11624_low_30
Description: NF11624
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11624_low_30
NF11624_low_30
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (21-212)||(41900014-41900205)
chr2 (20-177)||(41900241-41900398)
chr2 (23-177)||(41900433-41900587)
chr2 (14-120)||(41899962-41900068)
chr2 (1-208)||(41899826-41900033)
chr2 (1-84)||(41900094-41900177)
chr2 (20-126)||(41900532-41900638)
chr2 (158-212)||(41900302-41900356)
chr2 (8-81)||(41900289-41900362)
chr2 (18-126)||(41900340-41900448)
[»] chr4 (35 HSPs)
chr4 (14-212)||(24421181-24421379)
chr4 (1-204)||(24470475-24470678)
chr4 (1-137)||(24421112-24421248)
chr4 (1-137)||(24477393-24477529)
chr4 (18-137)||(24420536-24420655)
chr4 (14-136)||(24470344-24470466)
chr4 (2-137)||(24470668-24470803)
chr4 (18-137)||(24470971-24471090)
chr4 (19-146)||(24420335-24420462)
chr4 (2-212)||(24420605-24420815)
chr4 (14-210)||(24421231-24421427)
chr4 (2-137)||(24420920-24421055)
chr4 (19-126)||(24471164-24471271)
chr4 (14-212)||(24477462-24477660)
chr4 (14-99)||(24420526-24420611)
chr4 (1-212)||(24470379-24470590)
chr4 (17-99)||(24471018-24471100)
chr4 (2-120)||(24477458-24477576)
chr4 (14-114)||(24470296-24470396)
chr4 (14-137)||(24420824-24420947)
chr4 (158-212)||(24470344-24470398)
chr4 (8-113)||(24420416-24420521)
chr4 (1-114)||(24470715-24470828)
chr4 (1-114)||(24471098-24471211)
chr4 (8-72)||(24420841-24420905)
chr4 (53-137)||(24477075-24477159)
chr4 (56-120)||(24477650-24477714)
chr4 (14-137)||(24421160-24421283)
chr4 (1-120)||(24421225-24421344)
chr4 (41-111)||(24420466-24420536)
chr4 (8-114)||(24420895-24421001)
chr4 (41-111)||(24471090-24471160)
chr4 (1-50)||(24406416-24406465)
chr4 (1-50)||(24406518-24406567)
chr4 (163-212)||(24471164-24471213)
[»] scaffold0879 (5 HSPs)
scaffold0879 (1-137)||(4526-4662)
scaffold0879 (2-137)||(4719-4854)
scaffold0879 (44-212)||(4425-4593)
scaffold0879 (1-120)||(4430-4549)
scaffold0879 (14-137)||(4491-4614)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (19-140)||(52821222-52821343)
chr1 (20-120)||(11879442-11879542)
chr1 (14-111)||(11879484-11879581)
chr1 (32-137)||(11879598-11879703)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 164; Significance: 8e-88; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 8e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 41900205 - 41900014
Alignment:
Q  21 acaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttacaa 120  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41900205 acaagtcaccaccacatccttctccctcacctcctccaccgtatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttacaa 41900106  T
Q  121 atctcccccgccaccatatgcatcactacccctttcttatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgtct 212  Q
    |||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41900105 atctcctccaccaccatatgcatcgctacccctttcttatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgtct 41900014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 20 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 41900398 - 41900241
Alignment:
Q  20 tacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttaca 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  41900398 tacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccacctccatatgtctaca 41900299  T
Q  120 aatctcccccgccaccatatgcatcactacccctttcttatgtctacaactctccacc 177  Q
    | ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| || |||||    
T  41900298 agtctcctcctccaccatctgcatcactacccctttcttacatctacaagtccccacc 41900241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 79; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 23 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 41900587 - 41900433
Alignment:
Q  23 aagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttacaaat 122  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||   ||||| || || |    
T  41900587 aagtcaccaccacctccctctccttcacctcctccgccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccatcaccacaacctaagtatgtctataagt 41900488  T
Q  123 ctcccccgccaccatatgcatcactacccctttcttatgtctacaactctccacc 177  Q
    |||| || ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| || |||||    
T  41900487 ctcctcctccaccatctgcatcactacccctttcttacatctacaagtccccacc 41900433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 14 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 41900068 - 41899962
Alignment:
Q  14 tatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatg 113  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| || || ||||| || || || |||||||| ||||||||||    
T  41900068 tatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgtctacaagtccccaccaccaccttccccctcaccacctcctccatatg 41899969  T
Q  114 tttacaa 120  Q
    |||||||    
T  41899968 tttacaa 41899962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 41900033 - 41899826
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacca 100  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||  ||||| |||||||| ||||| || || ||||| || || || |||||     
T  41900033 acctccaccaccatatgtctacaagtccccaccaccaccttccccctcaccacctcctccatatgtttacaagtccccaccaccgccttccccgtcaccc 41899934  T
Q  101 ccgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccatatgcatcactacccctttcttatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccac 200  Q
    || ||||||||||  ||||| ||||| || |||||||   | ||||  || | | | ||||| ||||| ||||||||||| || ||| |||||||||| |    
T  41899933 cctcctccatatgcgtacaagtctcctcccccaccatcaccttcaccgcctcctccatatgtttacaagtctccacctccaccttcttcttcacctcctc 41899834  T
Q  201 caccatat 208  Q
    ||||||||    
T  41899833 caccatat 41899826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 41900177 - 41900094
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacc 84  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||  || || |||||||| |||||||||||||||||    
T  41900177 acctcctccaccgtatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttacaaatctcctccacc 41900094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 41900638 - 41900532
Alignment:
Q  20 tacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttaca 119  Q
    ||||| || |||||||| || ||||||||||  |||||||| ||| | || || || || |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||    
T  41900638 tacaaatctccaccaccaccatctccttcaccacctccaccttatatttataagtcaccaccacctccctctccttcacctcctccgccatatgtctaca 41900539  T
Q  120 aatctcc 126  Q
    |||||||    
T  41900538 aatctcc 41900532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 158 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 41900356 - 41900302
Alignment:
Q  158 tatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgtct 212  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  41900356 tatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccacctccatatgtct 41900302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 41900362 - 41900289
Alignment:
Q  8 ccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctcc 81  Q
    ||||| ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||  || || |||||||||||||| ||||||||    
T  41900362 ccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccacctccatatgtctacaagtctcctcc 41900289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 41900448 - 41900340
Alignment:
Q  18 tctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgttta 117  Q
    |||||||||| |||||||| || || || ||||  |||||||| ||| | ||||| || || |||||||| ||||||||||  || || |||||||| ||    
T  41900448 tctacaagtccccaccaccaccatccccatcaccacctccaccttatatttacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtcta 41900349  T
Q  118 caaatctcc 126  Q
    |||||||||    
T  41900348 caaatctcc 41900340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 67; Significance: 6e-30; HSPs: 35)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 14 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 24421379 - 24421181
Alignment:
Q  14 tatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatg 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  24421379 tatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatg 24421280  T
Q  114 tttacaaatctcccccgccaccatatgcatcactacccctttcttatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgtct 212  Q
    | ||||| ||||| || |||||||   | ||||  ||||   ||||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  24421279 tctacaagtctcctcctccaccatcaccctcacctcccccaccttatgtttacaagtcaccaccacctccatccccttcacctcctcctccatatgtct 24421181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 204
Target Start/End: Original strand, 24470475 - 24470678
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacca 100  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||| || || || ||||| |||||||||||     
T  24470475 acctcccccgccctatgtttacaagtcaccaccacctccttccccttcacctcctcctccatatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacct 24470574  T
Q  101 ccgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccatatgcatcactacccctttcttatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccac 200  Q
    || || |||||||| || ||   ||| || ||||| | | |||||| ||| | | | ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| |    
T  24470575 cccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccttctcctcccc 24470674  T
Q  201 cacc 204  Q
    ||||    
T  24470675 cacc 24470678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 24421248 - 24421112
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacca 100  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||| || || ||||| || || || || |||    
T  24421248 acctcccccaccttatgtttacaagtcaccaccacctccatccccttcacctcctcctccatatgtctacaagtcaccaccaccaccatccccatctcca 24421149  T
Q  101 ccgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccat 137  Q
    || ||||||||| ||||||| || || || |||||||    
T  24421148 ccacctccatatatttacaagtccccaccaccaccat 24421112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 24477529 - 24477393
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacca 100  Q
    |||||| || || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||   |||||| |  || ||||| ||||||    
T  24477529 acctccacctccatatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctcccccaccatatgtctacaagagtcctcctctaccttctccatcacca 24477430  T
Q  101 ccgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccat 137  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||    
T  24477429 ccacctccatatgtctacaagtctcctcctccaccat 24477393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 24420655 - 24420536
Alignment:
Q  18 tctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgttta 117  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||  || || ||||||||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  24420655 tctacaagtcaccaccaccaccatccccttcaccaccacctccatatgtctataagtcccctcctcctccttctccttcaccccctcctccatatgttta 24420556  T
Q  118 caaatctcccccgccaccat 137  Q
    ||||||||| || |||||||    
T  24420555 caaatctcctcccccaccat 24420536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 14 - 136
Target Start/End: Original strand, 24470344 - 24470466
Alignment:
Q  14 tatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatg 113  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||| |||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||    
T  24470344 tatgtctacaagtcaccacctcctccatcaccttcacctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatg 24470443  T
Q  114 tttacaaatctcccccgccacca 136  Q
    | ||||| ||||| || ||||||    
T  24470444 tctacaagtctcctcctccacca 24470466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Original strand, 24470668 - 24470803
Alignment:
Q  2 cctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccac 101  Q
    ||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| || || || || || || || || ||||    
T  24470668 cctcccccaccctatatttataagtcgccaccacctccatctccttcacctcctcctccatatgtctacaagtcaccacctccaccatccccatctccac 24470767  T
Q  102 cgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccat 137  Q
    | || |||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  24470768 caccaccatatgtctacaaatctccacccccaccat 24470803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 18 - 137
Target Start/End: Original strand, 24470971 - 24471090
Alignment:
Q  18 tctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgttta 117  Q
    ||||||||||||||||||| || || |||||||  || || ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  24470971 tctacaagtcaccaccaccaccatccccttcaccaccccctccatacgtctataagtcccctcctcctccttctccttcaccccctcctccatatgttta 24471070  T
Q  118 caaatctcccccgccaccat 137  Q
    ||||||||| || |||||||    
T  24471071 caaatctcctcccccaccat 24471090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 24420462 - 24420335
Alignment:
Q  19 ctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttac 118  Q
    |||||| || ||||| || |||||||| |||| |||||||||||||| ||| || || || |||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  24420462 ctacaaatctccacctccaccttctccatcacctcctccaccatatggctataagtcaccgccacctccttcgccttcaccaccgcctccttatatttac 24420363  T
Q  119 aaatctcccccgccaccatatgcatcac 146  Q
    || ||||| || ||||||| | ||||||    
T  24420362 aagtctccacctccaccatctccatcac 24420335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 24420815 - 24420605
Alignment:
Q  2 cctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccac 101  Q
    ||||| ||||||||| | || ||||| ||||||||||| ||||| || | ||| ||||||||||| ||||| || || || || || ||||| || ||||    
T  24420815 cctcctccaccctatatttataagtcgccaccacctccatctccctctcctcccccaccatatgtttacaagtcaccacctccaccgtctccatccccac 24420716  T
Q  102 cgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccatatgcatcactacccctttcttatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccacc 201  Q
    | |||||||| ||||| |||||||| || ||||||| | | |||| ||| | | | ||| ||||||| || ||||| || || || |||||||| |||||    
T  24420715 cacctccatacgtttataaatctcctcctccaccatctccttcaccaccgcctccatatatctacaagtcaccaccaccaccatccccttcaccaccacc 24420616  T
Q  202 accatatgtct 212  Q
     ||||||||||    
T  24420615 tccatatgtct 24420605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 14 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 24421427 - 24421231
Alignment:
Q  14 tatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatg 113  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || | |||||| |||||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| || || |||||||    
T  24421427 tatgtgtacaagtccccaccacctccatctccctctcctcctcctccatatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctcccccaccatatg 24421328  T
Q  114 tttacaaatctcccccgccaccatatgcatcactacccctttcttatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgt 210  Q
    | || ||   ||| || ||||| | | |||||| ||| | | | ||||||||||| ||||| ||||| || || || |||||||| ||||| |||||    
T  24421327 tctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccctcacctcccccaccttatgt 24421231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 24421055 - 24420920
Alignment:
Q  2 cctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccac 101  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||| || |  |||||||||||||||||||| || || || || || || || || ||||    
T  24421055 cctcccccaccatatgtatataaatcaccaccacccccatctccatccccccctccaccatatgtctacaagtcaccacctccaccatccccatctccac 24420956  T
Q  102 cgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccat 137  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  24420955 cacctccatatgtctacaaatctccacccccaccat 24420920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 19 - 126
Target Start/End: Original strand, 24471164 - 24471271
Alignment:
Q  19 ctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttac 118  Q
    |||||| || ||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||||| |  || || |||||||| || ||||||||||||||||| ||| |||||    
T  24471164 ctacaaatctccacctccaccttctccatcacctcctccaccatatgtctataggtcaccgccacctccttcgccttcaccaccgcctccttatatttac 24471263  T
Q  119 aaatctcc 126  Q
    || |||||    
T  24471264 aagtctcc 24471271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 24477660 - 24477462
Alignment:
Q  14 tatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatg 113  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| ||||  || | ||| || ||| ||||||||||||| || || ||||| |||||||  || || || |||||||    
T  24477660 tatgtgtacaagtccccaccacctccatctctctctcctccgcctccacatgtctacaaatcaccacctcctccgtctcctttccctcccccaccatatg 24477561  T
Q  114 tttacaaatctcccccgccaccatatgcatcactacccctttcttatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgtct 212  Q
    | || ||   ||| || ||||||| | | ||||  || | | | ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  24477560 tctataagagtccaccaccaccatctccctcacctccacctccatatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctcccccaccatatgtct 24477462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 24420611 - 24420526
Alignment:
Q  14 tatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacc 99  Q
    |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||    
T  24420611 tatgtctataagtcccctcctcctccttctccttcaccccctcctccatatgtttacaaatctcctcccccaccatctccttcacc 24420526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 24470379 - 24470590
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacca 100  Q
    |||||||||||| |||||||| |||   |||||||| || ||||| ||||  || || |||||||||||||| |||||||| || ||  | || |||||     
T  24470379 acctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatgtctacaagtctcctcctccaccaacaccctcacct 24470478  T
Q  101 ccgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccatatgcatcactacccctttcttatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccac 200  Q
    || || || ||||||||||| || || || || || |   | ||||  || | | | ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |    
T  24470479 cccccgccctatgtttacaagtcaccaccacctccttccccttcacctcctcctccatatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctcccc 24470578  T
Q  201 caccatatgtct 212  Q
    ||||||||||||    
T  24470579 caccatatgtct 24470590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 99
Target Start/End: Original strand, 24471018 - 24471100
Alignment:
Q  17 gtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacc 99  Q
    ||||| ||||| || || ||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||    
T  24471018 gtctataagtcccctcctcctccttctccttcaccccctcctccatatgtttacaaatctcctcccccaccatctccttcacc 24471100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 2 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 24477576 - 24477458
Alignment:
Q  2 cctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccac 101  Q
    ||||||||||| |||||||| |||   |||||||| || ||||| |||| ||| || |||||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| |    
T  24477576 cctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccatctccctcacctccacctccatatgtctacaagtcaccacctcctccatctccttcacctc 24477477  T
Q  102 cgcctccatatgtttacaa 120  Q
    | || |||||||| |||||    
T  24477476 ccccaccatatgtctacaa 24477458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 114
Target Start/End: Original strand, 24470296 - 24470396
Alignment:
Q  14 tatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatg 113  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || | |||||| |||||||||||||| || || || ||||| || |||||||| || || |||||||    
T  24470296 tatgtgtacaagtccccaccacctccatctccctctcctcctcctccatatgtctacaagtcaccacctcctccatcaccttcacctcccccaccatatg 24470395  T
Q  114 t 114  Q
    |    
T  24470396 t 24470396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 24420947 - 24420824
Alignment:
Q  14 tatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatg 113  Q
    ||||||||||| || ||||| || || || |||||||  |||||||||||||| || || || || |||||||| || ||||| || || ||||||||||    
T  24420947 tatgtctacaaatctccacccccaccatcaccttcaccccctccaccatatgtatataagtcaccaccacctccttccccttcccctcctcctccatatg 24420848  T
Q  114 tttacaaatctcccccgccaccat 137  Q
    ||||||| || || || |||||||    
T  24420847 tttacaagtccccacccccaccat 24420824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 158 - 212
Target Start/End: Original strand, 24470344 - 24470398
Alignment:
Q  158 tatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgtct 212  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  24470344 tatgtctacaagtcaccacctcctccatcaccttcacctcccccaccatatgtct 24470398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 24420521 - 24420416
Alignment:
Q  8 ccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctc 107  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||||||  ||||| |||||   |||||||||||| || || || ||||| ||||| || || |    
T  24420521 ccaccctatgtctataagtcacctccacctccttcagcttcaccacctcctccatactactacaaatctccacctccaccttctccatcacctcctccac 24420422  T
Q  108 catatg 113  Q
    ||||||    
T  24420421 catatg 24420416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 114
Target Start/End: Original strand, 24470715 - 24470828
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacca 100  Q
    |||||| || || |||||||||||||||||||| || || || || || |  || ||||||||||||||||||||||| || || || || ||||||||     
T  24470715 acctcctcctccatatgtctacaagtcaccacctccaccatccccatctccaccaccaccatatgtctacaaatctccacccccaccatcaccttcaccc 24470814  T
Q  101 ccgcctccatatgt 114  Q
    || || ||||||||    
T  24470815 cctccaccatatgt 24470828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 114
Target Start/End: Original strand, 24471098 - 24471211
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacca 100  Q
    |||||| |||||||||||| | |||||||| |||||||||||  ||||||  ||||| |||||   |||||||||||| || || || ||||| |||||     
T  24471098 acctcctccaccctatgtccataagtcacctccacctccttcagcttcaccacctcctccatactactacaaatctccacctccaccttctccatcacct 24471197  T
Q  101 ccgcctccatatgt 114  Q
    || || ||||||||    
T  24471198 cctccaccatatgt 24471211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 24420905 - 24420841
Alignment:
Q  8 ccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaa 72  Q
    ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| | |||||| |||||||| |||||    
T  24420905 ccaccatatgtatataagtcaccaccacctccttccccttcccctcctcctccatatgtttacaa 24420841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 53 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 24477159 - 24477075
Alignment:
Q  53 cctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccat 137  Q
    ||||| ||||||||||| ||  | || || ||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  24477159 cctcctccatatgtctataaggcaccacctcctccatctccatccccaccacctccatatgtttacaaatctccacccccaccat 24477075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 56 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 24477714 - 24477650
Alignment:
Q  56 ccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttacaa 120  Q
    ||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  24477714 ccaccttatgtctataagtctcctccaccaccatctccctcaccacctcctccatatgtgtacaa 24477650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 14 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 24421283 - 24421160
Alignment:
Q  14 tatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatg 113  Q
    |||||||||||||| || || || || || || |||| ||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||| || |||||||| || ||||||||||    
T  24421283 tatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccctcacctcccccaccttatgtttacaagtcaccaccacctccatccccttcacctcctcctccatatg 24421184  T
Q  114 tttacaaatctcccccgccaccat 137  Q
    | ||||| || || || |||||||    
T  24421183 tctacaagtcaccaccaccaccat 24421160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 24421344 - 24421225
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacca 100  Q
    |||||||||||| |||||||| |||   |||||||| || ||||| ||||  || || |||||||||||||| |||||||| || || || || |||||     
T  24421344 acctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccctcacct 24421245  T
Q  101 ccgcctccatatgtttacaa 120  Q
    || || || |||||||||||    
T  24421244 cccccaccttatgtttacaa 24421225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 24420536 - 24420466
Alignment:
Q  41 tctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccata 111  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||    
T  24420536 tctccttcaccccctccaccctatgtctataagtcacctccacctccttcagcttcaccacctcctccata 24420466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 8 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 24421001 - 24420895
Alignment:
Q  8 ccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctc 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| || || || || || |  || || |||||||||||||||||||| || || || || |||||||| || || |    
T  24421001 ccaccatatgtctacaagtcaccacctccaccatccccatctccaccacctccatatgtctacaaatctccacccccaccatcaccttcaccccctccac 24420902  T
Q  108 catatgt 114  Q
    |||||||    
T  24420901 catatgt 24420895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 41 - 111
Target Start/End: Original strand, 24471090 - 24471160
Alignment:
Q  41 tctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccata 111  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||| | || || ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||    
T  24471090 tctccttcacctcctccaccctatgtccataagtcacctccacctccttcagcttcaccacctcctccata 24471160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 24406465 - 24406416
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcac 50  Q
    |||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||    
T  24406465 acctcctccaccttatgtctttaagtcaccaccacctccttcgccttcac 24406416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 24406567 - 24406518
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcac 50  Q
    |||||| ||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||||    
T  24406567 acctcctccaccttatgtctttaagtcaccaccacctccttcgccttcac 24406518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 163 - 212
Target Start/End: Original strand, 24471164 - 24471213
Alignment:
Q  163 ctacaactctccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgtct 212  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  24471164 ctacaaatctccacctccaccttctccatcacctcctccaccatatgtct 24471213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 5)
Name: scaffold0879
Description:

Target: scaffold0879; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 137
Target Start/End: Original strand, 4526 - 4662
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacca 100  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||| || || ||||| || || || || |||    
T  4526 acctcccccaccatatgtttacaagtcaccaccacctccatccccttcacctcctcctccatatgtctacaagtcaccaccaccaccatccccatctcca 4625  T
Q  101 ccgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccat 137  Q
    || ||||||||| ||||||| || || || |||||||    
T  4626 ccacctccatatatttacaagtccccaccaccaccat 4662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Original strand, 4719 - 4854
Alignment:
Q  2 cctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccac 101  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || ||||| || |  |||||||||||||||||||| || || || || || || || || ||||    
T  4719 cctcccccaccatatgtatataaatcaccaccacccccatctccatccccccctccaccatatgtctacaagtcaccacctccaccatccccatctccac 4818  T
Q  102 cgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccat 137  Q
    | ||||||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  4819 cacctccatatgtctacaaatctccacccccaccat 4854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 212
Target Start/End: Original strand, 4425 - 4593
Alignment:
Q  44 ccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttacaaatctcccccgccaccatatgcat 143  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||   | |    
T  4425 ccttcacctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccct 4524  T
Q  144 cactacccctttcttatgtctacaactctccacctcctccctctccttcacctccaccaccatatgtct 212  Q
    |||  ||||   | ||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| || ||||||||||    
T  4525 cacctcccccaccatatgtttacaagtcaccaccacctccatccccttcacctcctcctccatatgtct 4593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 120
Target Start/End: Original strand, 4430 - 4549
Alignment:
Q  1 acctcccccaccctatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcacca 100  Q
    |||||||||||| |||||||| |||   |||||||| || ||||| ||||  || || |||||||||||||| |||||||| || || || || |||||     
T  4430 acctcccccaccatatgtctataagagtccaccaccaccctctccatcaccaccacctccatatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccctcacct 4529  T
Q  101 ccgcctccatatgtttacaa 120  Q
    || || ||||||||||||||    
T  4530 cccccaccatatgtttacaa 4549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0879; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 137
Target Start/End: Original strand, 4491 - 4614
Alignment:
Q  14 tatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatg 113  Q
    |||||||||||||| || || || || || || |||| ||| ||||||||||| ||||| || || |||||||| || |||||||| || ||||||||||    
T  4491 tatgtctacaagtctcctcctccaccatcaccctcacctcccccaccatatgtttacaagtcaccaccacctccatccccttcacctcctcctccatatg 4590  T
Q  114 tttacaaatctcccccgccaccat 137  Q
    | ||||| || || || |||||||    
T  4591 tctacaagtcaccaccaccaccat 4614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000003; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 19 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 52821343 - 52821222
Alignment:
Q  19 ctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttac 118  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||   ||| ||||||||||| || |||||||| || || || || || ||   ||||    
T  52821343 ctacaagtcacctccaccaccttcaccttcacctcctccaccttactactataaatctcctcctccaccctctccctcccctcctccaccttactattac 52821244  T
Q  119 aaatctcccccgccaccatatg 140  Q
    || |||||||| ||||||||||    
T  52821243 aagtctcccccaccaccatatg 52821222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 20 - 120
Target Start/End: Original strand, 11879442 - 11879542
Alignment:
Q  20 tacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttaca 119  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||||||||  || || || ||||| ||||| || || ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  11879442 tacaagtcaccaccaccaccaactccttcaccaccacctccttatgtgtacaagtcaccaccaccgccatctccttcaccaccacctccttatgtgtaca 11879541  T
Q  120 a 120  Q
    |    
T  11879542 a 11879542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 14 - 111
Target Start/End: Original strand, 11879484 - 11879581
Alignment:
Q  14 tatgtctacaagtcaccaccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccata 111  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||  || || || ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||| ||||| || |||||    
T  11879484 tatgtgtacaagtcaccaccaccgccatctccttcaccaccacctccttatgtgtacaagtcaccaccaccaccctcaccttccccaccaccaccata 11879581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 32 - 137
Target Start/End: Original strand, 11879598 - 11879703
Alignment:
Q  32 ccacctccttctccttcacttcctccaccatatgtctacaaatctcctccacctccctctccttcaccaccgcctccatatgtttacaaatctcccccgc 131  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| || || ||   |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||   |||||| ||||| || |    
T  11879598 ccaccaccttctccttcacctccacctccttactactacaaatctcctccaccaccctcaccttccccaccaccaccatactattacaagtctcctccac 11879697  T
Q  132 caccat 137  Q
    ||||||    
T  11879698 caccat 11879703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University