View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11628_high_1 (Length: 939)

Name: NF11628_high_1
Description: NF11628
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11628_high_1
NF11628_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (17-923)||(44879749-44880655)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 882; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 882; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 923
Target Start/End: Original strand, 44879749 - 44880655
Alignment:
Q  17 agggaagttgccggtgcgtaaaatcagagacaaatttgaccgatagttacaatttcagagatgaaatttcctattcactccttcctctttactataaaat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879749 agggaagttgccggtgcgtaaaatcagagacaaatttgaccgatagttacaatttcagagatgaaatttcctattcactccttcctctttactataaaat 44879848  T
Q  117 tcaatatacgatacactcacctgttcctagaagctgcgaaaagttactcgtcctgatttgcaaagcgcggtatgtaaaattcattggagcacctgataag 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879849 tcaatatacgatacactcacctgttcctagaagctgcgaaaagttactcgtcctgatttgcaaagcgcggtatgtaaaattcattggagcacctgataag 44879948  T
Q  217 accaatgaactttccatctctcttttcaaagttctttttctatgaacactgtaatacagtaacatacatagcnnnnnnntgagaactatcattcctaaaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  44879949 accaatgaactttccatctctcttttcaaagttctttttctatgaacactgtaatacagtaacatacatagcaaaaaaatgagaactatcattcctaaaa 44880048  T
Q  317 caattggaataatcacagccttctccttagcactccccattccatcagaagaactattagaacttccatcttgtccttccggtgtccatgaactattggc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880049 caattggaataatcacagccttctccttagcactccccattccatcagaagaactattagaacttccatcttgtccttccggtgtccatgaactattggc 44880148  T
Q  417 tctaaccttcacaaacaaagtagaacttgtatcttcaaaaccaccgaaatttaaactcctcaacacccaacaaaatggtctctcctcattgagtccataa 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880149 tctaaccttcacaaacaaagtagaacttgtatcttcaaaaccaccgaaatttaaactcctcaacacccaacaaaatggtctctcctcattgagtccataa 44880248  T
Q  517 acagaagcaacacaatcacaatctgataaacatgcatcaccacattttgataaagaagaaacatcactctcactaaaattagctattattgatgattcag 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880249 acagaagcaacacaatcacaatctgataaacatgcatcaccacattttgataaagaagaaacatcactctcactaaaattagctattattgatgattcag 44880348  T
Q  617 aaaaataataattagtttgctgcaccattgaaattctaaactttgatgtcatgttttcattttggccattagtacattttccaacaagagatgaattctc 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880349 aaaaataataattagtttgctgcaccattgaaattctaaactttgatgtcatgttttcattttggccattagtacattttccaacaagagatgaattctc 44880448  T
Q  717 ataacattgtccatctctaccagctttagaagttcctggcaaacaagtgcaagatgcatttgtcttagttctatccaatttacaaactccattgccacaa 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880449 ataacattgtccatctctaccagctttagaagttcctggcaaacaagtgcaagatgcatttgtcttagttctatccaatttacaaactccattgccacaa 44880548  T
Q  817 attccaccaatatcacatggatttgaaactgcagcccattgtgtcacccattgtttcgatccatttacgtcttcccaacgatacaaccgcaaatttccgt 916  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  44880549 attccaccaatatcacatggatttgaaactgcagcccattgtgtcacccattgtttcgatccatttacgtcttcccaacgatacaaccgtaaatttccgt 44880648  T
Q  917 tctcttc 923  Q
    |||||||    
T  44880649 tctcttc 44880655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University