View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11628_high_6 (Length: 413)

Name: NF11628_high_6
Description: NF11628
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11628_high_6
NF11628_high_6
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (1-408)||(3299619-3300026)
chr5 (1-408)||(3392512-3392919)
chr5 (34-374)||(1163333-1163676)
chr5 (21-374)||(40418404-40418758)
chr5 (34-279)||(1850063-1850293)
chr5 (21-374)||(39879941-39880297)
chr5 (21-374)||(38987826-38988180)
chr5 (21-374)||(39726545-39726906)
chr5 (22-149)||(39168974-39169101)
chr5 (95-137)||(39400042-39400084)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (21-154)||(25912122-25912252)
chr4 (230-374)||(44444395-44444543)
chr4 (234-329)||(25911951-25912046)
chr4 (84-144)||(44444614-44444674)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 396; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Original strand, 3299619 - 3300026
Alignment:
1 cttctggaggagtagatacaaaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3299619 cttctggaggagtagatacaaaccttcctgctgccattttgatcaccaaaattagttatgccgaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataa 3299718  T
101 gtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3299719 gtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccat 3299818  T
201 ccatttgacacaaccatcaaatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3299819 ccatttgacacaaccatcaaatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcac 3299918  T
301 ttctattgatgttttgttacttccaataaccaaaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctatttattccgataacaagaacaactagttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3299919 ttctattgatgttttgttacttccaataaccaaaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctatttattccgataacaagaacaactagttc 3300018  T
401 ttctcact 408  Q
    || |||||    
3300019 ttttcact 3300026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 396; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 408
Target Start/End: Original strand, 3392512 - 3392919
Alignment:
1 cttctggaggagtagatacaaaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3392512 cttctggaggagtagatacaaaccttcctgctgccattttgatcaccaaaattagttatgccgaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataa 3392611  T
101 gtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3392612 gtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccat 3392711  T
201 ccatttgacacaaccatcaaatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcac 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3392712 ccatttgacacaaccatcaaatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcac 3392811  T
301 ttctattgatgttttgttacttccaataaccaaaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctatttattccgataacaagaacaactagttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3392812 ttctattgatgttttgttacttccaataaccaaaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctatttattccgataacaagaacaactagttc 3392911  T
401 ttctcact 408  Q
    || |||||    
3392912 ttttcact 3392919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 34 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 1163676 - 1163333
Alignment:
34 ccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaaga 133  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
1163676 ccattttgattaccaagattagttttgctaaagaggagaatggtagagttgttcctgttcaggataagtgggaatctggttatcaactcttcttaaaaga 1163577  T
134 tctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaaatccccctttaga 233  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || | ||  | ||| ||||||||||       
1163576 tctacaacaagaccctaaactcctcttcgaccaaagagcaatctaccgaaatccaacctactgccatccatctggcccactcttcagatcccccttttat 1163477  T
234 agacctttttatccattggaggatttgcttgatg---gatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataac 330  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1163476 agacctttttttccattggaggatttgcttgatggatgatgatctacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataac 1163377  T
331 caaaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 374  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
1163376 aaaaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttatattt 1163333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 21 - 374
Target Start/End: Original strand, 40418404 - 40418758
Alignment:
21 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
40418404 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgccgaagag---aatggtagagttgttgctcttcatgataagtgggaatctgattatcaac 40418500  T
121 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatc-a 219  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||  ||||||| ||| ||||||  || |  ||| |||     || ||      
40418501 tcttcttcaatgatctacaacaagacactaaactcctcttcaacgtaagagcagcctaccgagatcaaaccaaaagctacacatatgatgggcccttcgt 40418600  T
220 aatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgtta 319  Q
    ||||||||  ||  |||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| | || ||||||||||     
40418601 aatccccc-ctaccagaccttttgttccattggaggacttgcttgacggatgatctagttactagcttaaacaaaaatcacttttgttaatgttttgttt 40418699  T
320 cttccaataac--caaaa--caaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 374  Q
     ||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
40418700 gttccaataacaacaaaaatcaaggaagatgcttttcatttattaggttctttctattt 40418758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 34 - 279
Target Start/End: Original strand, 1850063 - 1850293
Alignment:
34 ccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaaga 133  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1850063 ccattttgattaccaagattagttttgctaaagaggagaatggtagagttattcctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaaga 1850162  T
134 tctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaaatccccctttaga 233  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||               ||||||||| ||||||||||||||||| || | || |||||| |||||| ||||||    
1850163 tttacaacaagaccctaaactcctcttcg---------------accgaaatccaaccaactgccatccatctggcccacccatcagatccccttttaga 1850247  T
234 agacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccactt 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
1850248 agacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatctactt 1850293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 374
Target Start/End: Original strand, 39879941 - 39880297
Alignment:
21 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
39879941 aaccttcctgctgccattttgatcagcaagattagttatgccgaagtg---aatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaac 39880037  T
121 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatca- 219  Q
    ||||||| || |||||||||||| ||||||||||| |||||  |  |||||||  ||||||| ||| ||||||  || |  ||| |||     || |||     
39880038 tcttcttcaatgatctacaacaaaacactaaactcatcttcagcgtaagagcagcctaccgagatcaaaccaaaagctacacatatgatgggcccttcag 39880137  T
220 aatccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgtta 319  Q
    ||||||||  ||  |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| | |||||||||| ||     
39880138 aatccccc-ctaccagacctttttttccattggaggacttgcttgacggatgatctagttactagcttaaacaaaaatcacttttgttgatgtttt-ttt 39880235  T
320 cttccaataacca-------aaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 374  Q
     |||||||||  |       || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
39880236 gttccaataataacaacaacaatcaaggaagatgcttttcatttattaggttctttctattt 39880297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 21 - 374
Target Start/End: Original strand, 38987826 - 38988180
Alignment:
21 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
38987826 aaccttcctgctgccattttgatcagcaagattagttatgccgaagtg---aatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaac 38987922  T
121 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaa 220  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| || |||| |||||| |   || ||||  ||||||||||| || ||||  | |  ||| ||||    || ||      
38987923 tcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttcaagataacagcagcctaccgaaatccaaacaaccactacacatatgacgggcccttcgt 38988022  T
221 atccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttac 320  Q
    |  ||||  ||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| | | || |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||      
38988023 agacccccctaccagaccttttgatccattggaggacttgcttgacggatgatctagtcactagcttaaacaaaaatcacttttgttgatgttttgtttg 38988122  T
321 ttccaataacca----aaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 374  Q
    |||||||||| |    || |||||||| |||| |||||||||||| || |||||||||    
38988123 ttccaataacaacaacaatcaaggaagctgctcttcatttattaggttctttctattt 38988180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 21 - 374
Target Start/End: Original strand, 39726545 - 39726906
Alignment:
21 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
39726545 aaccttcctgctgccattttgatcagcaagattagttatgccgaagtg---aatggtagagttgttgctgtcaaggataagtgggaatctgattatcaac 39726641  T
121 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaactcctcttcgaccgaagagcaatctaccgaaatcgaaccaactgccatccatttgacacaaccatcaa 220  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| || |||| |||||| |   || ||||  ||||||||||| || ||||  | |  ||| ||||    || ||      
39726642 tcttcttcaatgatctacaacaagaccctcaactactcttcaagataacagcaccctaccgaaatccaaacaaccactacacatatgacgggcccttcgt 39726741  T
221 atccccctttagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgat----ccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttg 316  Q
    |  ||||  ||  ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||    | | |||| |||||||||||| ||||| | | |||||||||||    
39726742 agacccccctatcagaccttttgatccattggaggacttgcttgacggatgatctagctagttactagcttaaacaaaaatcacctttgttgatgttttg 39726841  T
317 ttacttccaataacca-------aaacaaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 374  Q
    ||  |||||||||  |       || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
39726842 tttgttccaataataacaacaacaatcaaggaagatgcttttcatttattaggttctttctattt 39726906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 22 - 149
Target Start/End: Original strand, 39168974 - 39169101
Alignment:
22 accttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtaga---gttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatca 118  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||   | || || |||||||||   ||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||    
39168974 accttcctgctgcaattttgattaccaagagtagttatg---atgaagaaaatggtagaattgttgttgttgttgagggtaagtgggaatctgattatca 39169070  T
119 actcttcttaaaagatctacaacaagacact 149  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||    
39169071 actctttttaaaagatctacaacaagacact 39169101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 137
Target Start/End: Original strand, 39400042 - 39400084
Alignment:
95 ggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatcta 137  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
39400042 ggataagtggcaatctgattatcaactcttcttagaagatcta 39400084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 96; Significance: 6e-47; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 21 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 25912252 - 25912122
Alignment:
21 aaccttcctgctgccattttgatcaccaagattagttatgcccaagaggagaatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 120  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
25912252 aaccttcatgctgccattttgatcaccaagattagttatgccgaagag---aatggtagagttgttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaac 25912156  T
121 tcttcttaaaagatctacaacaagacactaaact 154  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||| |||||||    
25912155 tcttcttaaattatctacagcaagaccctaaact 25912122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 230 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 44444543 - 44444395
Alignment:
230 tagaagacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataa 329  Q
    ||||||| |||||  |||||| ||||| |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||   ||||||||    
44444543 tagaagatcttttgttccattagaggacttgcttgacggatgatctagttacaagcttaaacaaaaatcacttttgttgatgttttgtttactccaataa 44444444  T
330 ccaaaa----caaggaagatgcttttcatttattagcttttttctattt 374  Q
    | ||||    ||||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||    
44444443 cgaaaacaatcaaggaatatgcctttcatttattaggttatttctattt 44444395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 234 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 25912046 - 25911951
Alignment:
234 agacctttttatccattggaggatttgcttgatggatgatccacttacaagcttaaacaaacatcacttctattgatgttttgttacttccaataa 329  Q
    |||||||||  |||||||||||| |||||||| |||||||| | |||| |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||  |||||||||    
25912046 agaccttttgttccattggaggacttgcttgacggatgatctagttactagcttaaacaaaaatcacttttgttgatgttttgtttgttccaataa 25911951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 44444674 - 44444614
Alignment:
84 gttgctgttcaggataagtgggaatctgattatcaactcttcttaaaagatctacaacaag 144  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||    
44444674 gttgttgttcaggataaattggaatctgattataaacttttcttaaaatatctaaaacaag 44444614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University