View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11631_high_1 (Length: 422)

Name: NF11631_high_1
Description: NF11631
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11631_high_1
NF11631_high_1
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-417)||(3575897-3576313)
chr6 (1-417)||(3563918-3564334)
chr6 (1-417)||(3569566-3569982)
chr6 (1-417)||(3584905-3585321)
chr6 (1-400)||(3572630-3573029)
chr6 (1-274)||(3577896-3578169)
chr6 (1-417)||(13275846-13276260)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-417)||(38356933-38357349)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 353; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 353; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 3576313 - 3575897
Alignment:
Q  1 atccaaacatagagaacatagctagcctaccattcttaagttctttcacctttatctctgcaaaagcctctgggtcgtcagcgaggcccaatgggtcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3576313 atccaaacatagagaacatagctagcctaccattcttaagttctttcacctttaactctgcaaaagcctctgggtcgtcagcgaggcccaatgggtcaaa 3576214  T
Q  101 gcttccacctgggtagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagataacttggacagcccat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3576213 gcttccacctgggtagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagataacttggacagcccat 3576114  T
Q  201 atagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagcccaccctcactaaaaatttgggatcctgccttgaaccatacagcct 300  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  3576113 atagcaaggatactttgtgcgtggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtcctccctcactaaagatttgagatcctgccttgaaccacacagcct 3576014  T
Q  301 cgccgaatttgacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcaagttcacggtt 400  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3576013 cgccgaatttcacaccattgcgagacaagagctcggggaagacacatcccaaagctcctaacatagcccatctactgtggatgacctcgagttcacggtt 3575914  T
Q  401 cttggcaaatgtctctg 417  Q
    |||||||||||||||||    
T  3575913 cttggcaaatgtctctg 3575897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 3564334 - 3563918
Alignment:
Q  1 atccaaacatagagaacatagctagcctaccattcttaagttctttcacctttatctctgcaaaagcctctgggtcgtcagcgaggcccaatgggtcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||| || || || || |||||||| ||||||||    
T  3564334 atccaaacatagagaacatagctaacctaccattttttagttctttcaccttcaactctgcaaaagcctcgggatcttcggcaaggcccaaggggtcaaa 3564235  T
Q  101 gcttccacctgggtagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagataacttggacagcccat 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3564234 gctgccacctgggtagagtgggtcaaccacctcaccgagaggtccaccagcaatacggtaaccctcaacagcacccattaagataacttggacagcccat 3564135  T
Q  201 atagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagcccaccctcactaaaaatttgggatcctgccttgaaccatacagcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3564134 atagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagcccaccctcactaaaaatttgggatcctgccttgaaccatacagcct 3564035  T
Q  301 cgccgaatttgacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcaagttcacggtt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3564034 cgccgaatttgacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcgagttcacggtt 3563935  T
Q  401 cttggcaaatgtctctg 417  Q
     ||||||||||||||||    
T  3563934 tttggcaaatgtctctg 3563918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 3569982 - 3569566
Alignment:
Q  1 atccaaacatagagaacatagctagcctaccattcttaagttctttcacctttatctctgcaaaagcctctgggtcgtcagcgaggcccaatgggtcaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||||| || || || || |||||||| ||||||||    
T  3569982 atccaaacatagagaacatagctaacctaccattttttagttctttcaccttcaactctgcaaaagcctcgggatcttcggcaaggcccaaggggtcaaa 3569883  T
Q  101 gcttccacctgggtagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagataacttggacagcccat 200  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||    
T  3569882 gctgccacctgggtagagtggatcgactacctcgcctagaggtccaccagcaatacggtaaccctccacggcgcccattaagataacttggactgcccat 3569783  T
Q  201 atagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagcccaccctcactaaaaatttgggatcctgccttgaaccatacagcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  3569782 atagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcactaaagatttgggatcctgccttgaaccacacggcct 3569683  T
Q  301 cgccgaatttgacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcaagttcacggtt 400  Q
    | |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3569682 caccgaattgtacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcgagttcacggtt 3569583  T
Q  401 cttggcaaatgtctctg 417  Q
    |||||||||||||||||    
T  3569582 cttggcaaatgtctctg 3569566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Original strand, 3584905 - 3585321
Alignment:
Q  1 atccaaacatagagaacatagctagcctaccattcttaagttctttcacctttatctctgcaaaagcctctgggtcgtcagcgaggcccaatgggtcaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  3584905 atccaaacatagagaacatcgctaacctaccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctcggggtcctcagcaaggcccaatgggtcaaa 3585004  T
Q  101 gcttccacctgggtagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagataacttggacagcccat 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3585005 gcttccacctggatagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccttcaacagctcccattaagataacttggacagcccaa 3585104  T
Q  201 atagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagcccaccctcactaaaaatttgggatcctgccttgaaccatacagcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  3585105 atagcaaggatgctttgtgcatggactaggcttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcactaaagatttgagatcctgccttaaaccacacagcct 3585204  T
Q  301 cgccgaatttgacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcaagttcacggtt 400  Q
    | |||||||| |||||||||||||  ||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  3585205 caccgaatttcacaccattgcgagccaagagttctgggaagacacatcctaaggcacccaacatagcccatctactatgaatgacctcgagttcacggtt 3585304  T
Q  401 cttggcaaatgtctctg 417  Q
     ||||||||||||||||    
T  3585305 tttggcaaatgtctctg 3585321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 3573029 - 3572630
Alignment:
Q  1 atccaaacatagagaacatagctagcctaccattcttaagttctttcacctttatctctgcaaaagcctctgggtcgtcagcgaggcccaatgggtcaaa 100  Q
    |||||||||| || |||||||||| ||| ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  3573029 atccaaacatggaaaacatagctaaccttccatttttgagttctttcacctttaactctgcaaaagcctctgggtcatcagctaggcctaatgggtcaaa 3572930  T
Q  101 gcttccacctgggtagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagataacttggacagcccat 200  Q
     || ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  3572929 actaccacctgggtagagtgggtcgacaacctcaccgagaggtccacctgcaatacgataaccctcaacagcacccattaagataacttggacagcccat 3572830  T
Q  201 atagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagcccaccctcactaaaaatttgggatcctgccttgaaccatacagcct 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||    
T  3572829 atagcaaggatgctttgtgcatggactagacttggatttcccaagtagtcaagtccaccctcactaaagatttgagatcctgccttgaaccacacggcct 3572730  T
Q  301 cgccgaatttgacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcaagttcacggtt 400  Q
    | |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  3572729 caccgaatttaacaccattgcgagccaagagctcagggaagacacatcccaaggctcccaacatagcccacctactgtgaatgacctctagttcacggtt 3572630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 3578169 - 3577896
Alignment:
Q  1 atccaaacatagagaacatagctagcctaccattcttaagttctttcacctttatctctgcaaaagcctctgggtcgtcagcgaggcccaatgggtcaaa 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3578169 atccaaacatcgagaacatagctaacctgccattcttgagttctttaacctttaactctgcaaaagcctctgggtcgtctgcgaggcccaatgggtcaaa 3578070  T
Q  101 gcttccacctgggtagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagataacttggacagcccat 200  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||     
T  3578069 gcttccaccggggtagagtggatcgactacctcaccaagaggtccatcggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagatagctaggacaacccaa 3577970  T
Q  201 atagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagcccaccctcactaaaaatttg 274  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||    
T  3577969 atagcaaggatgctttgtgcgtggactaggcttgggttacccaagtagtcaagccctccatcactaaagatttg 3577896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 13276260 - 13275846
Alignment:
Q  1 atccaaacatagagaacatagctagcctaccattcttaagttctttcacctttatctctgcaaaagcctctgggtcgtcagcgaggcccaatgggtcaaa 100  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||  |||||||| || | |||| ||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||| ||    
T  13276260 atccaaacatagaaaacatggctaacctaccattcttaatctctttcactttcaactctacaaaagcttctgggtcatcggcgagacccaatgggtcgaa 13276161  T
Q  101 gcttccacctgggtagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagataacttggacagcccat 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||   ||||||    
T  13276160 gctaccacctgggtagagtgggtcaatcacctcaccaagaggtccaccagcaatacggtaaccctcaacagcacccatcaagataacttggcaggcccat 13276061  T
Q  201 atagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagcccaccctcactaaaaatttgggatcctgccttgaaccatacagcct 300  Q
    || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||  |  | |    
T  13276060 atggcaaggatgctttgtgcatgtacaagacttgggttgcccaaatagtctagcccaccctcactaaagatttgggacctggccttgaacca-ccgactt 13275962  T
Q  301 cgccgaatttgacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcaagttcacggtt 400  Q
    |||| ||| |||| ||||| || |  || | || |||||| ||||| || | |||  | ||||| |||||||||  |||||| |||||||||||||||||    
T  13275961 cgccaaatgtgacgccattacgcgccaacaactaagggaacacacaacctagggc-tcgaacatggcccatctagagtggataacctcaagttcacggtt 13275863  T
Q  401 cttggcaaatgtctctg 417  Q
     || |||||||||||||    
T  13275862 ttttgcaaatgtctctg 13275846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 38357349 - 38356933
Alignment:
Q  1 atccaaacatagagaacatagctagcctaccattcttaagttctttcacctttatctctgcaaaagcctctgggtcgtcagcgaggcccaatgggtcaaa 100  Q
    |||| |||||||||||||| ||||  ||||| ||||| ||||| || ||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38357349 atccgaacatagagaacatggctaatctaccgttcttgagttccttaaccttcaactctgcgaaagcctctgggtcgtcagctaggcccaatgggtcaaa 38357250  T
Q  101 gcttccacctgggtagagtgggtcgactacctcaccaagaggtccaccggcaatacggtaaccctcaacagctcccattaagataacttggacagcccat 200  Q
    ||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||     
T  38357249 gctgcctcctgggtatagtgggtcaacaacctcaccaagaggaccaccagcaatacggtaaccttcaacagcgcccatcaagataacttgggtagcccag 38357150  T
Q  201 atagcaaggatgctttgtgcatggactagacttgggttacccaagtagtcaagcccaccctcactaaaaatttgggatcctgccttgaaccatacagcct 300  Q
    || ||||| ||||| || |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  38357149 atggcaagaatgctctgagcatggaccaaacttgggttacccaagtagtcaagtccaccctcgctaaagatctgggatccggccttgaaccatacagcct 38357050  T
Q  301 cgccgaatttgacaccattgcgagataagagctcagggaagacacatcccaaggcacccaacatagcccatctactgtggatgacctcaagttcacggtt 400  Q
    | |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  38357049 caccgaatttaacaccattgcgagacaaaagctctgggaaaacacatcccaaggctcccaacatagcccacctactatggatgacttcaagttcacggtt 38356950  T
Q  401 cttggcaaatgtctctg 417  Q
    |||||| ||||||||||    
T  38356949 cttggcgaatgtctctg 38356933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University