View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11634_high_3 (Length: 773)

Name: NF11634_high_3
Description: NF11634
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11634_high_3
NF11634_high_3
[»] chr6 (18 HSPs)
chr6 (20-752)||(33641464-33642196)
chr6 (302-755)||(31566250-31566706)
chr6 (144-752)||(33306987-33307605)
chr6 (283-755)||(33390571-33391043)
chr6 (302-752)||(33360999-33361449)
chr6 (302-755)||(33060053-33060506)
chr6 (281-752)||(33412419-33412890)
chr6 (302-752)||(33403112-33403562)
chr6 (223-752)||(33265383-33265916)
chr6 (223-752)||(33274527-33275060)
chr6 (302-752)||(33288076-33288526)
chr6 (576-752)||(9169359-9169535)
chr6 (621-680)||(12781322-12781381)
chr6 (282-390)||(9169554-9169662)
chr6 (629-680)||(12785512-12785563)
chr6 (628-680)||(12782073-12782125)
chr6 (23-75)||(33413002-33413054)
chr6 (629-680)||(12786252-12786303)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (302-752)||(17437818-17438268)
chr2 (130-180)||(17437673-17437724)
[»] scaffold1749 (1 HSPs)
scaffold1749 (253-752)||(647-1146)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (253-752)||(9408-9907)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (355-752)||(31501308-31501705)
chr4 (359-752)||(31496142-31496535)
chr4 (360-741)||(31476203-31476584)
chr4 (355-734)||(31030271-31030650)
chr4 (355-734)||(31020390-31020769)
chr4 (348-734)||(31488776-31489162)
chr4 (616-729)||(31529056-31529169)
chr4 (625-752)||(31162151-31162278)
chr4 (635-711)||(31482317-31482393)
chr4 (627-665)||(31159861-31159899)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 577; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 577; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 752
Target Start/End: Original strand, 33641464 - 33642196
Alignment:
Q  20 caaatggcccacggggaagctgtcaagaaggaacccgtgaattccaaaactccattattgaaagcaagaaccatacggcttcattcatgtttacaaatag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33641464 caaatggcccacggggaagctgtcaagaaggaacccgtgaattccaaaactccattattgaaagcaagaaccatacggcttcattcatgtttacaaatag 33641563  T
Q  120 tgattgacttataaaccaatcaataattattgaaaagaaggtgccacgaaatcaacgcttataaacttgttcataatatttatatatgcattttttaagt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33641564 tgattgacttataaaccaatcaataattattgaaaagaaggtgccacgaaatcaacgcttataaacttgttcataatatttatatatgcattttttaagt 33641663  T
Q  220 tcattcataatattgatatgtgccttttttaattgatagattcacgttgcctaatcaacttctctaaaaatttagcttacttagatggctagtagcagca 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33641664 tcattcataatattgatatgtgccttttttaattgatagattcacgttgcccaatcaacttctctaaaaatttagcttacttagatggctagtagcagca 33641763  T
Q  320 actcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttct 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  33641764 actcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttgactgattttct 33641863  T
Q  420 ttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaa 519  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| ||| | |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| ||    
T  33641864 ttttgatgcccttgaatcaaaaggcattatggtatttcgggatgacattaatcttcaaaaaggtgaatatataggatctgagcttcttcgagcaatcgaa 33641963  T
Q  520 ggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctg 619  Q
     ||||||| ||||  || || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  33641964 agatctcatgtttacgtagcagtcttctcaagaaactatgcttcctcaacatggtgccttcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggattag 33642063  T
Q  620 aaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagatt 719  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33642064 aaaaacatgttcttcctattttttatgatgttgatccttctgaggtacgaaagcaaagtggaatttattgggaagcttttgtcaaacatgaacaaagatt 33642163  T
Q  720 ccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    || |||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  33642164 ccaacaagactttcaaatggtgtcaagatggag 33642196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 302 - 755
Target Start/End: Original strand, 31566250 - 31566706
Alignment:
Q  302 agatggctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaa--agaaaa-attattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcg 398  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||  ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||    
T  31566250 agatggctagcagcagtaactcatctacagctcttgtaacttcttcaagaagaaactattattatgatgtatttgtcactttcagaggtgaagacactcg 31566349  T
Q  399 caacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcct 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31566350 caacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcct 31566449  T
Q  499 gagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagattt 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31566450 gagcttcttcgagcaatccaaggatctcatgtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagattt 31566549  T
Q  599 gtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttt 698  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31566550 gtgaatgcattgaggaatctgaaaaacatgttcttcttgttttctatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtgggatttattctgaagcttt 31566649  T
Q  699 tgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggagaga 755  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31566650 tgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggagaga 31566706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 144 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 33307605 - 33306987
Alignment:
Q  144 aattattgaaaagaaggtgccacgaaatcaacgcttataaacttgttc----ataatatttatata-tgcattttttaagttcattcataatattgatat 238  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  33307605 aattattggtaagaaggtgccacgaaatcaacgcttataaacttgttcgttcataatatttatataatgcattttttaagttcatttataacattgatat 33307506  T
Q  239 gtgccttttttaattga-tagattcac----gttgcctaatcaacttctctaaaaatttagcttacttagatggctagtagcagcaactcatctttagct 333  Q
     ||| ||||||  || | |   ||||     ||||||  ||| | | |||||||| || |||||| | |||||||||| |||| ||| || |||||||||    
T  33307505 atgctttttttttttaagttccttcataatagttgccatatccaatcctctaaaatttcagcttaatcagatggctagcagcaacaattcttctttagct 33307406  T
Q  334 cttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgcctttg 433  Q
    ||||| ||||||||||  || || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| |||    
T  33307405 cttgtgacttcttcaagaaacaactattatgatgtgtttgtcaccttcagaggtgaagacactcgcaacaactttactgattttctttttgatgcccttg 33307306  T
Q  434 aaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttt 533  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  33307305 aaacaaaaggcatttttgcatttcgggatgacactaatcttcaaaagggtgaatctatagaacctgagctccttcgagcaatcgaaggatctcgggtttt 33307206  T
Q  534 tgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttctt 633  Q
    |||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| || || ||||   ||||||| |||||    
T  33307205 tgttgcagtcttctcaaggaactatgcttcctcaacatggtgcctgcaagaattagagaagatatgtaaatgcgttcagagatccagaaaacatattctt 33307106  T
Q  634 cctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctc 733  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |     
T  33307105 cctgttttttatgatgttgatccttctgtggttcgaaagcaaagtgggatttattgtgaagcctttgtcaaacatgaacaaagattccaacaagactttg 33307006  T
Q  734 agatggtgtcaagatggag 752  Q
    |||||||||||||||||||    
T  33307005 agatggtgtcaagatggag 33306987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 283 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 33391043 - 33390571
Alignment:
Q  283 ctaaaaatttagcttacttagatggctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctaca 382  Q
    ||||| |||||||||| | |||||||||| |  ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| |     
T  33391043 ctaaacatttagcttattcagatggctagcaatagcaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaaaaagatattattatgatgtgtttgtcaccttcc 33390944  T
Q  383 gaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaagg 482  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  33390943 gaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgccctggaaacaaaaggcattcttgtatttcgggataacagaaatcttcaaaaagg 33390844  T
Q  483 tgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaa 582  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  33390843 tgaatccataggacctgaacttcttcaatcaatcgaaggatctcaggtttatgttgcggttttctcaagaaactatgctttctcaacatggtgtttgcaa 33390744  T
Q  583 gaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtggga 682  Q
    ||| ||||||||||||| |||||  |  | ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  33390743 gaaatagagaagatttgggaatgtgtccaaggatccgaaaaacttgttcttcctgttttttatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggaa 33390644  T
Q  683 tttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggagaga 755  Q
    |||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  33390643 tttatgataaagcttttgtcaaacatgaacaaagattccaacaaaactctcagatggtgtcaagatggagaga 33390571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 267; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 302 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 33361449 - 33360999
Alignment:
Q  302 agatggctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaa 401  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  33361449 agatggctagcagcaacaactcatcttcagctcttgtgacttcttcaaagaaaaatcattatgatgtgtttgtcatctttagaggtgaagacactcgcaa 33361350  T
Q  402 caatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgag 501  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||  |||||| || ||||||| ||||||||||||||| || || |||    
T  33361349 caatttcactgattttctttttgatgcccttcaaacaaaaggcattattgtatttttggatgacactaatcttccaaaaggtgaatccatcggacccgag 33361250  T
Q  502 cttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtg 601  Q
    ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||    
T  33361249 ctcattcgagcaatcgaaggatctcaggtttttgttgcattcttttcaagaaactatgcttcctcaacatggtgtttgcaagaattagaaaagatatgtg 33361150  T
Q  602 aatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgc 701  Q
    |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| |||||||  |||||||||||     
T  33361149 aatgcattaagggatcaggaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggtgcggaagcaaagtgagatttatagtgaagcttttgt 33361050  T
Q  702 caaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||||    
T  33361049 caaacatgaacaaagattccaacaagactctaagaaggtgtcaatatggag 33360999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 302 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 33060506 - 33060053
Alignment:
Q  302 agatggctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaa 401  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  33060506 agatggctagcagcagcaaatcatcttcagctcttgtgacttcttcaaagaaaaatcattatgatgtgtttgtcacctttagaggtgaagatactcgcaa 33060407  T
Q  402 caatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgag 501  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||||||||||  |  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  33060406 caatttcactgattttctttttgatgcccttgaaacaaaaggcattatggtatttcgggatgtcattaatcttcaaaaaggtgaatgcataggacctgag 33060307  T
Q  502 cttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtg 601  Q
    ||| |||| |||||| ||  |||||||||||  |||||  |||||||||  || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  33060306 ctttttcgtgcaatcgaaatatctcaggtttacgttgcgatcttctcaaagaactatgcttcctcaacgtggtgcttgcaagaattagaaaagatatgtg 33060207  T
Q  602 aatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgc 701  Q
    |||||||| |||| || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||  |||||||||||     
T  33060206 aatgcattaaggggtcgggaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggtgcggaagcaaagtggaatttatagtgaagcttttgt 33060107  T
Q  702 caaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggagaga 755  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||    
T  33060106 caaacatgaacaaagattccaacaagactctatgaaggtgtcaagatggagaga 33060053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 281 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 33412890 - 33412419
Alignment:
Q  281 ctctaaaaatttagcttacttagatggctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcaccta 380  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||| |  || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||     
T  33412890 ctctaaaaatttagcttaatcaaatggccaacagtagcaactcatctttagctcttgtgacttcttcaagaagaaattattatgatgtgtttgtcacctt 33412791  T
Q  381 cagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaa 480  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||| || |||| ||||||| ||||||||| |||||    
T  33412790 cagaggtgaagacactcgcaacaatttcactgattatctttttgatgcacttgaaaccaaaggtatttatgcatttagggatgacacaaatcttaaaaaa 33412691  T
Q  481 ggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgc 580  Q
    ||||||  |||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| || || ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| |||    
T  33412690 ggtgaagtcataggacctgagctccttcgtgcaatcgaaggatctcaggttttcgtcgcagtcttttcaaggaactatgcttcctcaacatggtgcctgc 33412591  T
Q  581 aagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgg 680  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||  || ||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||    
T  33412590 aagaattagaaaagatctgtgaatgtgttcagggacctgaaaaacacgttcttcctgttttttatgatattgatccttctgaggtgcggaagcaaagtgg 33412491  T
Q  681 gatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||    
T  33412490 gatttattgtgaatcttttgtcaaacatgaacaaagattccaacaagaccctcataaggtgtcaagatggag 33412419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 302 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 33403562 - 33403112
Alignment:
Q  302 agatggctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaa 401  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  | ||||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  33403562 agatggctagcagcagcaactcgtcttcagctcttgtgacttcttcaagaagaaattattacgatgtgtttatcacctttagaggtgaagacactcggaa 33403463  T
Q  402 caatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgag 501  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||| ||||| || ||||||||| | ||||||||| |||  || |||    
T  33403462 caatttcactgattttctttttgatgcccttgaaacaaaaggcatttttgcatttcgagatgacactaatcttcaacagggtgaatccttagaacccgag 33403363  T
Q  502 cttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtg 601  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||    
T  33403362 cttcttcgagcaatcaaaggatttcaggttttcgttgtcgtcttttcaaggaactatgcttcctcaacatggtgcttaaaagaattagagaagatatgtg 33403263  T
Q  602 aatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgc 701  Q
    ||||| || |||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| ||||     
T  33403262 aatgcgttaagggatccaaaaaacatgttattcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcgaaagcaaagtggtatttattgtgaagcctttgt 33403163  T
Q  702 caaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    ||| |||||| ||||||||| ||||| || | |||||||||||||||||||    
T  33403162 caagcatgaaaaaagattccaacaaggctttgagatggtgtcaagatggag 33403112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 223 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 33265916 - 33265383
Alignment:
Q  223 ttcataatattgatatgtgccttttttaattgatagattca----cgttgcctaatcaacttctctaaaaatttagcttacttagatggctagtagcagc 318  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||    |||||||  ||  | | ||||||||||||| |||| | |||||||||| | ||||    
T  33265916 ttcataatattaatatatgctttttttaagtgatagattcattcacgttgccatatacaatcctctaaaaatttaacttattcagatggctagcaccagc 33265817  T
Q  319 aactcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttc 418  Q
    |||||||||| || |||||  ||||| ||||  | ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||    
T  33265816 aactcatcttcagttcttgggacttcatcaagaagaaattattatgatgtatttgtcaccttcagaggtgaagatactcggaacaatttcacagattttc 33265717  T
Q  419 tttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatcca 518  Q
    ||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||  |||||| || ||||||| ||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||| |    
T  33265716 tttttgatgcccttcaaacaaaaggcattattgtattttcggatgacactaatcttccaaaaggtgaatccattggacccgagctccttcgagcaatcga 33265617  T
Q  519 aggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatct 618  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||||     
T  33265616 aggatctcaagtttttgttgcggtcttttcaataaactatgcttcctcaacatggtgtttacaagaattagaaaagatatgtgaatgcgttaagggatca 33265517  T
Q  619 gaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagat 718  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||   |||||||||||||||||||  |||||| |||  |||||||||||||||||    
T  33265516 ggaaaacatgttcttccagttttctatgatgttgatccctctgatgtgagaaagcaaagtgggatttatggtgaagcctttatcaaacatgaacaaagat 33265417  T
Q  719 tccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    ||| ||||||   ||||| |||||||| ||||||    
T  33265416 tccaacaagaacatcagaaggtgtcaaaatggag 33265383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 223 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 33275060 - 33274527
Alignment:
Q  223 ttcataatattgatatgtgccttttttaattgatagattca----cgttgcctaatcaacttctctaaaaatttagcttacttagatggctagtagcagc 318  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||    |||||||  ||  | | ||||||||||||| |||| | |||||||||| | ||||    
T  33275060 ttcataatattaatatatgctttttttaagtgatagattcattcacgttgccatatacaatcctctaaaaatttaacttattcagatggctagcaccagc 33274961  T
Q  319 aactcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttc 418  Q
    |||||||||| || |||||  ||||| ||||  | ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||    
T  33274960 aactcatcttcagttcttgggacttcatcaagaagaaattattatgatgtatttgtcaccttcagaggtgaagatactcggaacaatttcacagattttc 33274861  T
Q  419 tttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatcca 518  Q
    ||||||||||| || |||||||||| ||| ||||||||  |||||| || ||||||| ||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||| |    
T  33274860 tttttgatgcccttcaaacaaaaggcattattgtattttcggatgacactaatcttccaaaaggtgaatccattggacccgagctccttcgagcaatcga 33274761  T
Q  519 aggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatct 618  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||| || |||||||     
T  33274760 aggatctcaagtttttgttgcggtcttttcaataaactatgcttcctcaacatggtgtttacaagaattagaaaagatatgtgaatgcgttaagggatca 33274661  T
Q  619 gaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagat 718  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||   |||||||||||||||||||  |||||| |||  |||||||||||||||||    
T  33274660 ggaaaacatgttcttccagttttctatgatgttgatccctctgatgtgagaaagcaaagtgggatttatggtgaagcctttatcaaacatgaacaaagat 33274561  T
Q  719 tccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    ||| ||||||   ||||| |||||||| ||||||    
T  33274560 tccaacaagaacatcagaaggtgtcaaaatggag 33274527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 302 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 33288526 - 33288076
Alignment:
Q  302 agatggctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaa 401  Q
    |||||||||| ||||||||||||||  ||||| | || || |||  || || |||| |||| || |||||| ||||||  ||||| || |||||||||||    
T  33288526 agatggctagcagcagcaactcatccatagctatggtgacatctagaaggagaaatcattacgacgtgtttatcacctttagaggcgatgacactcgcaa 33288427  T
Q  402 caatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgag 501  Q
    |||||||| || || ||| || |||||  || ||||||| ||||||| || |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33288426 caatttcactggttatctattagatgctcttaaaacaaacggtatttatgcatttagggatgacaccaatcttcaaaaaggtgaatccataggacctgag 33288327  T
Q  502 cttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtg 601  Q
    || |||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  33288326 ctccttcgagcaatcgaaggatcccaggttttcgttgcagtattctcaagaaactatgcttcctcaacatggtgcttgcaggaattagaaaagatatgtg 33288227  T
Q  602 aatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgc 701  Q
    ||||  || | | |||   ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||| ||| |    
T  33288226 aatgtgttcatgtatcaagaaaacacattcttccagttttctatgatgttgatccttctgaggtgcgaaagcaaagtgggatttatggtgaagcctttac 33288127  T
Q  702 caaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33288126 catacatgaacaaacattccaacaagactctcagatggtgtcaagatggag 33288076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 576 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 9169535 - 9169359
Alignment:
Q  576 cttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaa 675  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||  ||   | ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  9169535 cttgcaagaattagaaaagatatgtgaatgtgttcgtgtatcaggaaaacatgttcttcttgttttctatgatgttgatccttctgaggtgcgaaagcaa 9169436  T
Q  676 agtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||| ||||||||| |||||||    
T  9169435 agtgggatttattgtgaagcatttgccaaacatgaacaaagattcaaataagattctcacatggtgtcaggatggag 9169359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 621 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 12781381 - 12781322
Alignment:
Q  621 aaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgg 680  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12781381 aaaacacgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggtacaaaagcaaagtgg 12781322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 282 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 9169662 - 9169554
Alignment:
Q  282 tctaaaaatttagcttacttagatggctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctac 381  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||| ||||| | || || ||| ||| || |||| |||||||||||||| ||||||      
T  9169662 tctaaaaatttagcttattctgatggctagcagcagcaactcatctctagctatggtgacatctccaaggagaaatcattatgatgtgtttttcaccttt 9169563  T
Q  382 agaggtgaa 390  Q
    |||||||||    
T  9169562 agaggtgaa 9169554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 629 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 12785563 - 12785512
Alignment:
Q  629 ttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgg 680  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12785563 ttcttcctattttttatgatgttgatccttctgaggtacaaaagcaaagtgg 12785512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 628 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 12782125 - 12782073
Alignment:
Q  628 gttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgg 680  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||    
T  12782125 gttctgcctgttttttatgatgttgatctttctgaggtgcgaaagcaaagtgg 12782073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 23 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 33413054 - 33413002
Alignment:
Q  23 atggcccacggggaagctgtcaagaaggaacccgtgaattccaaaactccatt 75  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||    
T  33413054 atggcccactggaaagctgtcaagaagcaaccagtgaattccaaacctccatt 33413002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 629 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 12786303 - 12786252
Alignment:
Q  629 ttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgg 680  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  12786303 ttctgcctattttttatgatgttgatccttctgaggtgcgaaagcaaagtgg 12786252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 302 - 752
Target Start/End: Original strand, 17437818 - 17438268
Alignment:
Q  302 agatggctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaa 401  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||    
T  17437818 agatggctagtagcagcaaatcaacttcagctcttgtgacttcttcaaagaaaaatcattatgatgtgtttgtcacctttagaggtgaagatactcgcaa 17437917  T
Q  402 caatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgag 501  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||||  ||||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  17437918 caatttcactgattttctttttgacgcccttgaaagaaaagacatttttgcatttcgagatgacactaatcttcaaaaaggtgaatccataggatctgag 17438017  T
Q  502 cttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtg 601  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| ||||| ||||    
T  17438018 cttcttcgagcaatagaaggatctcaggtttttgttgcggttttctcaagatactatgcttcctcaacatggtgtttggaagaattagaaaagatatgtg 17438117  T
Q  602 aatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgc 701  Q
    ||||| || |||   | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||||||||||     
T  17438118 aatgcgttcaggtgccaggaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggtgcgaaagcaaagtgggatttatcatgaagcttttgt 17438217  T
Q  702 caaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||    
T  17438218 caaacatgaacaaagattccaacaagaccttcagaaggtgtcaagatggag 17438268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 130 - 180
Target Start/End: Original strand, 17437673 - 17437724
Alignment:
Q  130 ataaaccaatcaat-aattattgaaaagaaggtgccacgaaatcaacgctta 180  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  17437673 ataaacaaatcaatcaattattgtaaagaaagtgccacgaaatcaacgctta 17437724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1749 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold1749
Description:

Target: scaffold1749; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 253 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 1146 - 647
Alignment:
Q  253 tgatagattcacgttgcctaatcaacttctctaaaaatttagcttacttagatggctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaaaga 352  Q
    |||||||||||| ||| | |||| | |  |||||||| ||| | || | |||||||||| ||||||||||| |||   ||||| ||  |||   ||| ||    
T  1146 tgatagattcactttgtccaatccaatcatctaaaaaattatcatattcagatggctagcagcagcaactcgtctacggctctggtgcctttgccaagga 1047  T
Q  353 aaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgt 452  Q
     ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||     
T  1046 gaaattgttatgacgtgtttgtcaccttcagaggtgaagatactcgcaacaatttcactaattttctttttgctgcccttgaaagaaaaggtatttatgc 947  T
Q  453 atttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaaga 552  Q
     ||  ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  946 tttcagggatgacacaaatcttccaaagggtgaatccataggacctgagctccttcgaacaatcgaaggatctcaggttttcgttgctgtcttatcaaga 847  T
Q  553 aattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttg 652  Q
    || |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||| |    
T  846 aactatgcttcttcaacatggtgcctgcaagaattagagaagatttgtgaatgcatcaagggatctggaaaatatgttcttcctattttctatggtgtcg 747  T
Q  653 atccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| | |||||||||||||||    
T  746 atccttctgaggtaaaaaagcaaagtgggatttattgggacgattttgccaaacatgaacaaagattcaaacaagaccctcataaggtgtcaagatggag 647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 253 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 9907 - 9408
Alignment:
Q  253 tgatagattcacgttgcctaatcaacttctctaaaaatttagcttacttagatggctagtagcagcaactcatctttagctcttgtaacttcttcaaaga 352  Q
    |||||||||||| ||| | |||| | |  |||||||| ||| | || | |||||||||| ||||||||||| |||   ||||| ||  |||   ||| ||    
T  9907 tgatagattcactttgtccaatccaatcatctaaaaaattatcatattcagatggctagcagcagcaactcgtctacggctctggtgcctttgccaagga 9808  T
Q  353 aaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgt 452  Q
     ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||     
T  9807 gaaattgttatgacgtgtttgtcaccttcagaggtgaagatactcgcaacaatttcactaattttctttttgctgcccttgaaagaaaaggtatttatgc 9708  T
Q  453 atttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaaga 552  Q
     ||  ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  9707 tttcagggatgacacaaatcttccaaagggtgaatccataggacctgagctccttcgaacaatcgaaggatctcaggttttcgttgctgtcttatcaaga 9608  T
Q  553 aattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttg 652  Q
    || |||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||| |    
T  9607 aactatgcttcttcaacatggtgcctgcaagaattagagaagatttgtgaatgcatcaagggatctggaaaatatgttcttcctattttctatggtgtcg 9508  T
Q  653 atccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||| | |||||||||||||||    
T  9507 atccttctgaggtaaaaaagcaaagtgggatttattgggacgattttgccaaacatgaacaaagattcaaacaagaccctcataaggtgtcaagatggag 9408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 150; Significance: 7e-79; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 355 - 752
Target Start/End: Original strand, 31501308 - 31501705
Alignment:
Q  355 aattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtat 454  Q
    ||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| | ||  |||||||||||||||  | | | |||| ||| ||| ||    
T  31501308 aattattatgatgcgtttgtcacttttagaggtgaagacactcgcaacaatttcacttatcatctttttgatgccttcaacagagaaggcattcttgcat 31501407  T
Q  455 ttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaa 554  Q
    || ||||||| || ||||||| |||||||||||||||||   | ||||||||||| |||||  |||  ||| |  |||||||||| ||| ||||||| ||    
T  31501408 ttagggatgacactaatcttccaaaaggtgaatccatagcatccgagcttcttcgtgcaattgaagattcttatatttttgttgcggtcctctcaaggaa 31501507  T
Q  555 ttatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgat 654  Q
     ||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||   ||||||| |  | | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31501508 ctatgcttcctcaatttggtgcttgcaagaattagaaaagatccttgaatgcgtccacgtatctaaaaaacatgttctgcctgttttctatgatgttgat 31501607  T
Q  655 ccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    ||| | | ||| | |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  31501608 cctcccgtggtgcgaaagcaaagtgggatttattgtgaagcatttgtcaaacatgaacaaatattccaacaagactctcagatggtgctaagatggag 31501705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 359 - 752
Target Start/End: Original strand, 31496142 - 31496535
Alignment:
Q  359 attatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcg 458  Q
    ||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||  |||||||||| ||||  | | | |||| |||| || |||| |    
T  31496142 attatgacgtgtttgtcacctttagaggtgaggacactcgcaacaatttcactgatcatctttttgataccttccacagagaaggcatttctgcatttag 31496241  T
Q  459 ggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattat 558  Q
     ||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||| | |||||  ||   ||||||||||||||||  ||||| ||||| || |||    
T  31496242 agatgacactaatcttccaaaaggtgaatccataggacctaagctcctttgtgcaattgaaaactctcaggtttttgttgtggtcttatcaaggaactat 31496341  T
Q  559 gcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatcctt 658  Q
    |||| ||| || | |||||||||||||||||| |||||   ||||||  |  ||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  31496342 gctttctcaacttcgtgcttgcaagaattagaaaagatccttgaatgggtcaaggtatctaaaaaacatgttctgcctgttttctatgatgttgaccctt 31496441  T
Q  659 ctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    ||  ||| | |||||||||||| ||||||  |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||    
T  31496442 ctatggtgcgaaagcaaagtggaatttatggtgaagcatttgtcaaacatgaacaaagattccaacaagactctcagatggtgcaaagatggag 31496535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 360 - 741
Target Start/End: Original strand, 31476203 - 31476584
Alignment:
Q  360 ttatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtatttcgg 459  Q
    |||||| |||||||| | || |||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||  ||||||| |||||| |||| ||    
T  31476203 ttatgacgtgtttgtgagcttcagaggtgaagatactcgcaacaatttcactgatttcctttttgatgccctcgaagaaaaaggtgtttttgcatttagg 31476302  T
Q  460 gatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaattatg 559  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||  |||  |||||  |||| ||||||||||| ||||  ||||| ||||  || || |    
T  31476303 gatgacactaatcttcaaaaaggtgaatccatagcacctgaactctttcatgcaattgaagggtctcaggttttcgttgtggtcttgtcaaagaactacg 31476402  T
Q  560 cttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagat-ttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatcctt 658  Q
    ||| ||| || ||||||||| ||||||| ||  | ||  ||||  ||  || | | |||| ||||  ||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  31476403 ctttctcaacttggtgcttgaaagaattggaatacatcctgtg-ttgtgttcaagcatctaaaaagtatgttctacctgtgttctatgatgttgatcctt 31476501  T
Q  659 ctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctcagatggtg 741  Q
    ||  ||| | |||||||| ||||||||||  |||||| |||| | |||||| ||| ||||||  |||||||||||| ||||||    
T  31476502 ctttggtgcgaaagcaaactgggatttatagtgaagcatttgtccaacatggacacagattcaaacaagactctcaaatggtg 31476584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 355 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 31030650 - 31030271
Alignment:
Q  355 aattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtat 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||  ||| |||||||||  |||||||| |||| || ||| |||||| ||||||| ||    
T  31030650 aattattatgatgtgtttgtcacctttagaggcgaagatactcgcttcaacttcattgatcatctttttgctgcccttcaaagaaaaggcatttttgcat 31030551  T
Q  455 ttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaa 554  Q
    || | || || || ||||||||||||||||||||||||   || |||||  |||| |||||  |||| |||||||||||  |||| ||| |||| | |||    
T  31030550 ttagagacgacactaatcttcaaaaaggtgaatccataccacccgagctcattcgtgcaattgaagggtctcaggttttcattgcggtcctctccaaaaa 31030451  T
Q  555 ttatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgat 654  Q
     ||||||||||| || |||||||||| |||||| |   | ||   ||| |||| | | |  |||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31030450 ctatgcttcctcaacttggtgcttgcgagaattggtacacatccttgactgcagtcaagtttctggaagacgtgttcttcctgttttttatgatgttgat 31030351  T
Q  655 ccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctca 734  Q
    |||||||||||   | | ||||  || |||||   |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||| || |||||    
T  31030350 ccttctgaggtgagacatcaaaaaggaatttacggtgaagccttttccaaacatgaacaaacattccaacatgaatctca 31030271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 355 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 31020769 - 31020390
Alignment:
Q  355 aattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatttttgtat 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||  ||| |||||||||  |||||||| |||| || ||| |||||| ||||||| ||    
T  31020769 aattattatgatgtgtttgtcacctttagaggcgaagatactcgcttcaacttcattgatcatctttttgctgcccttcaaagaaaaggcatttttgcat 31020670  T
Q  455 ttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttctcaagaaa 554  Q
    || | || ||  | ||||||||||||||||||||||||   || |||||  |||| |||||  |||| |||||||||||  |||| ||| |||| | |||    
T  31020669 ttagagacgacgctaatcttcaaaaaggtgaatccataccacccgagctcattcgtgcaattgaagggtctcaggttttcattgcggtcctctccaaaaa 31020570  T
Q  555 ttatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgat 654  Q
     ||| ||||||| || |||||||||| |||||| |   | ||   ||| |||| | | |  |||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31020569 ctattcttcctcaacttggtgcttgcgagaattggtacacatccttgactgcagtcaagtttctggaagacgtgttcttcctgttttttatgatgttgat 31020470  T
Q  655 ccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctca 734  Q
    |||||||||||   | | ||||  || |||||   |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  31020469 ccttctgaggtgagacatcaaaaaggaatttacggtgaagccttttccaaacatgaacaaacattccaacatgactctca 31020390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 9e-32
Query Start/End: Original strand, 348 - 734
Target Start/End: Original strand, 31488776 - 31489162
Alignment:
Q  348 aaagaaaaattattatgatgtgtttgtcacctacagaggtgaagacactcgcaacaatttcattgattttctttttgatgcctttgaaacaaaaggtatt 447  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||| || | ||||  |||||||| |||| || ||| |||||| |||    
T  31488776 aaagaataattattatgacgtgtttgtcaccttcagaggtgaagatactcgcttcaactttactgatcatctttttgctgcccttcaaagaaaaggcatt 31488875  T
Q  448 tttgtatttcgggatgatacaaatcttcaaaaaggtgaatccatagggcctgagcttcttcgagcaatccaaggatctcaggtttttgttgccgtcttct 547  Q
    ||||  ||| | ||||| || || ||||||||||||||||| ||||  || |||||  |||| |||||  |||| |||||||||||  |||| ||| |||    
T  31488876 tttgcgtttagagatgacactaagcttcaaaaaggtgaatcgatagcacccgagctcattcgtgcaattgaagggtctcaggttttcattgcggtcctct 31488975  T
Q  548 caagaaattatgcttcctcgacatggtgcttgcaagaattagagaagatttgtgaatgcattgagggatctgaaaaacatgttcttcctgttttctatga 647  Q
    | | ||| ||||||||||| || |||||||||| |||||| ||  | ||   | | | || | | |  | || || || ||||||||||||||| |||||    
T  31488976 ccaaaaactatgcttcctcaacttggtgcttgcgagaattggaatacatccttcactacagtcaagtttttggaagacgtgttcttcctgttttttatga 31489075  T
Q  648 tgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgacaagactctca 734  Q
    ||||||||||||||||||   | | ||||  || |||||   |||||| ||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  31489076 tgttgatccttctgaggtgagacatcaaaaaggaatttacggtgaagccttttccaaacatgaacaaacattccaacatgactctca 31489162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 616 - 729
Target Start/End: Complemental strand, 31529169 - 31529056
Alignment:
Q  616 tctgaaaaacatgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaa 715  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||    |||| |||||| |||||||  |||    
T  31529169 tctggaaaacgtgttctccctgttttctatgatgttgatccttccgaggtgcgaaagcaaagtgggagttataaaaaagcatttgcccaacatgaggaaa 31529070  T
Q  716 gattccgacaagac 729  Q
    |||||  |||||||    
T  31529069 gattcaaacaagac 31529056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 625 - 752
Target Start/End: Complemental strand, 31162278 - 31162151
Alignment:
Q  625 catgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaacaaagattccgac 724  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |   | | ||||  || | ||||  |||||| |||  |||||||||||||||||||| ||    
T  31162278 catgttctgcctgttttctatgatgttgatccttatgagatgagatatcaaaaaggaaattatgttgaagcctttttcaaacatgaacaaagattccaac 31162179  T
Q  725 aagactctcagatggtgtcaagatggag 752  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||    
T  31162178 aagactctgagatggtgcaaagatggag 31162151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 635 - 711
Target Start/End: Original strand, 31482317 - 31482393
Alignment:
Q  635 ctgttttctatgatgttgatccttctgaggttcaaaagcaaagtgggatttattctgaagcttttgccaaacatgaa 711  Q
    ||||||||||||||||  |||| |||||||| | |||||||||||||| |||| || |||| |||||||||||||||    
T  31482317 ctgttttctatgatgtcaatccatctgaggtacgaaagcaaagtgggagttatgctaaagcctttgccaaacatgaa 31482393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 627 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 31159899 - 31159861
Alignment:
Q  627 tgttcttcctgttttctatgatgttgatccttctgaggt 665  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31159899 tgttctccctattttctatgatgttgatccttctgaggt 31159861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University