View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11636_low_1 (Length: 817)

Name: NF11636_low_1
Description: NF11636
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11636_low_1
NF11636_low_1
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (275-817)||(35622268-35622810)
chr5 (176-817)||(34263350-34263991)
chr5 (18-283)||(35622991-35623256)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (92-814)||(14580142-14580852)
chr8 (97-814)||(14542740-14543445)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (172-457)||(37599763-37600048)
chr4 (263-374)||(37605482-37605591)
chr4 (611-708)||(10378260-10378357)
chr4 (240-325)||(10403887-10403972)
chr4 (611-790)||(10404249-10404428)
chr4 (416-509)||(10404054-10404147)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (23-102)||(29678868-29678948)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 275 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 35622810 - 35622268
Alignment:
Q  275 caatcattcataagcatttacactgataattacccaaaatggcactgcacaaacacaaacacaaattcatcatgttcttcatcctctgatatttgcaaac 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35622810 caatcattcataagcatttacactgataattacccaaaatggcactgcacaaacacaaacacaaattcatcatgttcttcatcctctgatatttgcaaac 35622711  T
Q  375 tcccaagatcctcttggtcttgggacacacactcttcaaacacaatcatttcttattggaatcttgaatgtgctagcacattcgtcataggtttaccaca 474  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35622710 tcccaagatcctcttggtcttgggacacacactcttcaaacacaatcatttcttattggaatcttgaatgtgctagcacattcgtcataggtttaccaca 35622611  T
Q  475 atcttctttcttcacaggctgtcttcttggttcttcctttcttgcagcattagctgactcgtctttcggtcggaaaaaagtcctaatattttcttgtgtc 574  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35622610 atcttctttcttcacaggctgtcttcttggttcttcctttcttgcagcattagctgactcgtctttcggtcggaaaaaagtcctaatattttcttgtgtc 35622511  T
Q  575 tcaatgtcaataacttccatgcttataatcttatccaccaatgtttggatttactctgccttgaaattcttgattggtctctggcgatcctcgatcggta 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35622510 tcaatgtcaataacttccatgcttataatcttatccaccaatgtttggatttactctgccttgaaattcttgattggtttctggcgatcctcgatcggta 35622411  T
Q  675 catgtgttcttgttttgcttaccgagaaagttagcgccaaatggcgattccgagttggaattgttgagtatcttactttcacaatggggtacatgtcttt 774  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35622410 catgtgttcttgttttgcttaccgagaaagttagcgccaaatggcgattccgagttggaattgttgagtattttactttcacaatggggtacatgtcttt 35622311  T
Q  775 acccggtttcgcttatattaaccgaaactcttcatggaaatct 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35622310 acccggtttcgcttatattaaccgaaactcttcatggaaatct 35622268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 176 - 817
Target Start/End: Complemental strand, 34263991 - 34263350
Alignment:
Q  176 tcatgggatgtaatcatagaaaaaagtttatcaaattttgggtggatggatttcttacaagctgttcttgtagcaatagcaatgttctttgatgcacaac 275  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||    
T  34263991 tcatgggatgaaataatagaaaaaagtttatcaaattttggttggatggatttctttcaagctgttcttgtagcatttgctatgttctttgatgcacaac 34263892  T
Q  276 aatcattcataagcatttacactgataattacccaaaatggcactgcacaaacacaaacacaaattcatcatgttcttcatcctctgatatttgcaaact 375  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  34263891 agtcattcataagcatttacactgataattacccaaaatggcactgcacaaacacaaacacaaattcatcatgtacttcgtcctctgatatttgcaaact 34263792  T
Q  376 cccaagatcctcttggtcttgggacacacactcttcaaacacaatcatttcttattggaatcttgaatgtgctagcacattcgtcataggtttaccacaa 475  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  34263791 ctcaagatcttcttggtcttgggacacacacccttcaaacacaatcatttctcattggaatcttgaatgtgctagcacattcatcacaggtttaccacaa 34263692  T
Q  476 tcttctttcttcacaggctgtcttcttggttcttcctttcttgcagcattagctgactcgtctttcggtcggaaaaaagtcctaatattttcttgtgtct 575  Q
    ||||||||||||| ||| ||| || |||| | |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||  |  || | |||||||||||      
T  34263691 tcttctttcttcataggttgtttttttggcttttcctttcttgcagcattagctgattcatcttttggtcgaaaaaacatgttattcttttcttgtgttc 34263592  T
Q  576 caatgtcaataacttccatgcttataatcttatccaccaatgtttggatttactctgccttgaaattcttgattggtctctggcgatcctcgatcggtac 675  Q
      ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || || || |  ||    
T  34263591 tgatgtcaataacttccattctgataatcttttccactaatgtttggatttactctgccttgaaattcttgatcggtttctggcgttcatccattgccac 34263492  T
Q  676 atgtgttcttgttttgcttaccgagaaagttagcgccaaatggcgattccgagttggaattgttgagtatcttactttcacaatggggtacatgtcttta 775  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  34263491 gtgtgttcttgttttgcttaccgagaaagttaacgcagaatggcgatttagggttggaattcttgagtattttactttcacaatgggatacatgtgttta 34263392  T
Q  776 cccggtttcgcttatattaaccgaaactcttcatggaaatct 817  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  34263391 cctggtttcgcttatattaaccgaaactcttcttggaaatct 34263350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 18 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 35623256 - 35622991
Alignment:
Q  18 tgtactgtgtagtcgtttggattttcttattaataattttattgatctttctataagaataattttattggcttttagtaatagcaatggaaggtccggt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35623256 tgtactgtgtagtcgtttggattttcttattaataattttattgatctttctataagaataattttattggcttttagtaatagcaatggaaggtccggt 35623157  T
Q  118 gcaaattgatgtacctgaatttcgttccaatattgagcaagaaaataaaccaaggttatcatgggatgtaatcatagaaaaaagtttatcaaattttggg 217  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35623156 gcaaattgatgtacctgaatctcgttccaatattgagcaagaaaataaaccaaggttatcatgggatgtaatcatagaaaaaagtttatcaaattttggg 35623057  T
Q  218 tggatggatttcttacaagctgttcttgtagcaatagcaatgttctttgatgcacaacaatcattc 283  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35623056 tggatggatttcttacaagctgttcttgtagcaatagcaatgttctttgatgcacaacaatcattc 35622991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 814
Target Start/End: Complemental strand, 14580852 - 14580142
Alignment:
Q  92 ttagtaatagcaatggaaggtccggtgcaaattgatgtacctgaatttcgttccaatattgagcaagaaaataaaccaaggttatcatgggatgtaatca 191  Q
    |||| |||||||||||||||| | || |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| |    
T  14580852 ttagcaatagcaatggaaggttcagtacaaattaatgtacttgaatctcattccaatattgagcaagaaaagaaaccaattttgtcatgggatgtaatta 14580753  T
Q  192 tagaaaaaagtttatcaaattttgggtggatggatttcttacaagctgttcttgtagcaatagcaatgttctttgatgcacaacaatcattcataagcat 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14580752 tagaaaaaagtttatcaaattttgggtggatggatttcttacaagctgttcttgttgcagttgcaatgttctttgatgcacaacaatcattcataagcat 14580653  T
Q  292 ttacactgataattacccaaaatggcactgcacaaacacaaacacaaattcatcatgttcttcatcctctgatatttgcaaactcccaagatcctcttgg 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||  |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  14580652 ttacactgataattacccaaaatggcactgcacaaa------------ttcaatatgcacttcatcctctgatatatgcaaactcccaagatcttcttgg 14580565  T
Q  392 tcttgggacacacactcttcaaacacaatcatttcttattggaatcttgaatgtgctagcacattcgtcataggtttaccacaatcttctttcttcacag 491  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| | ||    
T  14580564 tcttgggacacacatccttcaaacacaatcatttctcattggaatcttgaatgtgctagcacattcatcactggtttaccacaatcttctttctttatag 14580465  T
Q  492 gctgtcttcttggttcttcctttcttgcagcattagctgactcgtctttcggtcggaaaaaagtcctaatattttcttgtgtctcaatgtcaataacttc 591  Q
    | ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||| | ||| | |||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14580464 gttgtcttcttggttctttttttcttgcagcattagctgattcatctattggtagaaaaaacatgctaatcttttcttgtgtctcaatgtcaataacttc 14580365  T
Q  592 catgcttataatcttatccaccaatgtttggatttactctgccttgaaattcttgattggtctctggcgatcctcgatcggtacatgtgttcttgttttg 691  Q
    |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||| || || || |||||||||||||||||||||    
T  14580364 catgctcataatcttttcaaccaatgtttggatttactccgctatgaaattcttgattggtttctggcgttcgtctattggtacatgtgttcttgttttg 14580265  T
Q  692 cttaccgagaaagttagcgccaaatggcgattccgagttggaattgttgagtatcttactttcacaatggggtacatgtctttacccggtttcgcttata 791  Q
    || || ||||||||||| ||  ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  14580264 ctaactgagaaagttagtgctgaatggcgatttagagttggaattgttgagtattttactttcacaatggggtacatgtctttacctggttttgcttata 14580165  T
Q  792 ttaaccgaaactcttcatggaaa 814  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  14580164 ttaaccgaaactcttcttggaaa 14580142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 97 - 814
Target Start/End: Original strand, 14542740 - 14543445
Alignment:
Q  97 aatagcaatggaaggtccggtgcaaattgatgtacctgaatttcgttccaatattgagcaagaaaataaaccaaggttatcatgggatgtaatcatagaa 196  Q
    |||||||||||||||| | || |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||| ||||||    
T  14542740 aatagcaatggaaggttcagtacaaattaatgtacctgaatctcattccaatattgagcaagaaaagaaaccaattttgtcatgggatgtaattatagaa 14542839  T
Q  197 aaaagtttatcaaattttgggtggatggatttcttacaagctgttcttgtagcaatagcaatgttctttgatgcacaacaatcattcataagcatttaca 296  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14542840 aaaagtttatcaaattttgggtggatggatttcttacaagctgttcttgttgcagttgcaatgttctttgatgcacaacaatcattcataagcatttaca 14542939  T
Q  297 ctgataattacccaaaatggcactgcacaaacacaaacacaaattcatcatgttcttcatcctctgatatttgcaaactcccaagatcctcttggtcttg 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||            ||||  |||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14542940 ctgataattacccaaaatggcactgcacaaa------------ttcaatatgcacttcatcctctgatatatgcaaactcccaagatcttcttggtcttg 14543027  T
Q  397 ggacacacactcttcaaacacaatcatttcttattggaatcttgaatgtgctagcacattcgtcataggtttaccacaatcttctttcttcacaggctgt 496  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||| | ||| |||    
T  14543028 ggacacacatccttcaaacacaatcatttctcattggaatcttgaatgtgctagcacattcatcactggtttaccacaatcttctttctttataggttgt 14543127  T
Q  497 cttcttggttcttcctttcttgcagcattagctgactcgtctttcggtcggaaaaaagtcctaatattttcttgtgtctcaatgtcaataacttccatgc 596  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||| || ||| | ||  | |||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14543128 cttcttggttctttttttcttgcagcattagctgattcatctattggcagaaaaaacatgctaatcttttcttgtgtctcaatgtcaataacttccatgc 14543227  T
Q  597 ttataatcttatccaccaatgtttggatttactctgccttgaaattcttgattggtctctggcgatcctcgatcggtacatgtgttcttgttttgcttac 696  Q
    | |||||||| || |||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| ||||||| || || || ||||||||||||||||||||||| ||    
T  14543228 tcataatcttttcaaccaatgtttggatttactcagcaatgaaattcttgattggtttctggcgttcgtctataggtacatgtgttcttgttttgctaac 14543327  T
Q  697 cgagaaagttagcgccaaatggcgattccgagttggaattgttgagtatcttactttcacaatggggtacatgtctttacccggtttcgcttatattaac 796  Q
     ||||||||||| ||  ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  14543328 agagaaagttagtgctgaatggcgatttagagttggaattgttgagtattttactttcacaatggggtacatgtctttacctggttttgcttatattaac 14543427  T
Q  797 cgaaactcttcatggaaa 814  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  14543428 cgaaactcttcttggaaa 14543445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 170; Significance: 8e-91; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 170; E-Value: 8e-91
Query Start/End: Original strand, 172 - 457
Target Start/End: Original strand, 37599763 - 37600048
Alignment:
Q  172 gttatcatgggatgtaatcatagaaaaaagtttatcaaattttgggtggatggatttcttacaagctgttcttgtagcaatagcaatgttctttgatgca 271  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||    ||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  37599763 gttatcatgggatgaaattatagaaatttttttatcaaattttggttgaatggatttatttcaagctgttcttgtagcaattgctatgttctttgatgca 37599862  T
Q  272 caacaatcattcataagcatttacactgataattacccaaaatggcactgcacaaacacaaacacaaattcatcatgttcttcatcctctgatatttgca 371  Q
    ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  37599863 caagagtcatttataagcatttacactgataattacccaaaatggcattgcatagacacaaacacaaattcatcatgtactccatcctctgatatttgca 37599962  T
Q  372 aactcccaagatcctcttggtcttgggacacacactcttcaaacacaatcatttcttattggaatcttgaatgtgctagcacattc 457  Q
    |||||   ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| || |||||||    
T  37599963 aactctagagatcttcttggtcttgggacacacacccttcaaacacaatcatttctaactggaatcttgaatgtgttaacacattc 37600048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 263 - 374
Target Start/End: Original strand, 37605482 - 37605591
Alignment:
Q  263 tttgatgcacaacaatcattcataagcatttacactgataattacccaaaatggcactgcacaaacacaaacacaaattcatcatgttcttcatcctctg 362  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||  || |||||||||    
T  37605482 tttgatgcacaacaatcattcacaggcatttaccttgataattacccaaaatggcactgcacaaacac--acacaaattcatcatgcactccatcctctg 37605579  T
Q  363 atatttgcaaac 374  Q
    ||||||||||||    
T  37605580 atatttgcaaac 37605591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 611 - 708
Target Start/End: Original strand, 10378260 - 10378357
Alignment:
Q  611 accaatgtttggatttactctgccttgaaattcttgattggtctctggcgatcctcgatcggtacatgtgttcttgttttgcttaccgagaaagttag 708  Q
    ||||||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||  | | ||| || ||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10378260 accaatgtttggatttattctgtttttaaattcttgattgggtttttgcgttcgtcgattggaacttgtgttcttgttttgctaaccgagaaagttag 10378357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 240 - 325
Target Start/End: Original strand, 10403887 - 10403972
Alignment:
Q  240 ttcttgtagcaatagcaatgttctttgatgcacaacaatcattcataagcatttacactgataattacccaaaatggcactgcaca 325  Q
    |||||||| || | ||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||| ||  ||||||||| |||||| ||||||    
T  10403887 ttcttgtatcattcgcaatgttcttcgacgcacaacaatcattcataacaatttacaccgacgattacccaacatggcattgcaca 10403972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 611 - 790
Target Start/End: Original strand, 10404249 - 10404428
Alignment:
Q  611 accaatgtttggatttactctgccttgaaattcttgattggtctctggcgatcctcgatcggtacatgtgttcttgttttgcttaccgagaaagttagcg 710  Q
    |||||||||||||||||||| || || |||||| | || ||  | ||||| || || |||||||||||||||||||||||| | || || ||||||||      
T  10404249 accaatgtttggatttactcggctttcaaattccttatcggattttggcgttcgtctatcggtacatgtgttcttgttttgttaacggaaaaagttagta 10404348  T
Q  711 ccaaatggcgattccgagttggaattgttgagtatcttactttcacaatggggtacatgtctttacccggtttcgcttat 790  Q
    || | ||| | |||   |||||||| ||||| ||| ||   |||||| | ||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  10404349 ccgagtggaggttcacggttggaatcgttgaatatttttgcttcacattagggtacatgtcattacccggtgtagcttat 10404428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 416 - 509
Target Start/End: Original strand, 10404054 - 10404147
Alignment:
Q  416 acaatcatttcttattggaatcttgaatgtgctagcacattcgtcataggtttaccacaatcttctttcttcacaggctgtcttcttggttctt 509  Q
    |||||||| ||| | |||| |||||||||||| || |  ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||  |||||||||    
T  10404054 acaatcatatctcaatggagtcttgaatgtgcaagtagcttcatcacaggtttaccacaatcttcattcttcataggttgcctaattggttctt 10404147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 57; Significance: 2e-23; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 23 - 102
Target Start/End: Original strand, 29678868 - 29678948
Alignment:
Q  23 tgtgtagtcgtttggattttcttattaataattttattgat-ctttctataagaataattttattggcttttagtaatagc 102  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29678868 tgtgtagtcgtttgggttttcttattaataattatattaattctttctataagaataattttattggcttttagtagtagc 29678948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University