View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11640_low_1 (Length: 947)

Name: NF11640_low_1
Description: NF11640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11640_low_1
NF11640_low_1
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (18-932)||(26783881-26784794)
chr1 (132-571)||(26817072-26817509)
chr1 (447-858)||(26831030-26831424)
chr1 (112-569)||(26790342-26790801)
chr1 (697-925)||(26790885-26791114)
chr1 (144-356)||(26830728-26830940)
chr1 (726-853)||(26817621-26817748)
chr1 (735-844)||(41546852-41546961)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (771-853)||(41919711-41919793)
chr7 (447-566)||(41920184-41920303)
chr7 (180-356)||(41920378-41920554)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 835; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 835; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 932
Target Start/End: Original strand, 26783881 - 26784794
Alignment:
Q  18 atcaaagcttttcaatagaattggatttgggattgtaatcaattttaagaccaaacatagtttgaccaacccaacctgtagaacctaacaaagattgaga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26783881 atcaaagcttttcaatagaattggatttgggattgtaatcaattttaagaccaaacatagtttgaccaacccaacctgtagaacctaacaaagattgaga 26783980  T
Q  118 caaatggaagagatgaaaagttaagtaaaaaagaccttggtgctgcaaccgcgtttaggagggtgataatggaagggatataaacagttccccatttagg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26783981 caaatggaagagatgaaaagttaagtaaaaaagaccttggtgctgcaaccgcgtttaggagggtgatgatggtagggatataaacagttccccatttagg 26784080  T
Q  218 gaccacaatctcaggcaccataacagttgcaggcaacacaatgcaatataacacaaatgtgtttatgtggaccacaatcttccggacaaagaaaaaactg 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26784081 gaccacaatctcaggcaccataacagttgcaggtaacacaatgcaatataacacaaatgtgtttatgtgaaccacaatcttccggacaaagaaaaaactg 26784180  T
Q  318 taaaccatatatgttttcttccacaaagacactttctgccatagacaaattaaattagcagatgaatgaatatttataccataatttaaattgtaattag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  26784181 taaaccatatatgttttcttccacaaagacactttctgccatagacaaattaaattagcagatgaatgaatatttttatcataatttaaattgtaagtag 26784280  T
Q  418 ctagtgtattcatcaagggaccaaccaatttaccttgtttgtgagaatctccataatcgttttcctgaaaagattggccggtccacatgaccatcgatgt 517  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26784281 gtagtgtattcatcaagagaccaaccaatt-accttgtttgtgagaatctccataatcattttcctgaaaagattggccggtccacatgaccatcgatgt 26784379  T
Q  518 tgttggtatctataggcatttaaagtactaggcaattcatttttaacctatagacaaattcataccatatagcaagaaaaccatctatgttaaaatgaga 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26784380 tgttggtatctataggcatttaaagtactgggcaattcatttttaacctatagacaaattcataccatatagcaagagaaccatctatgttaaaatgaga 26784479  T
Q  618 ccaatgtaatgtaacactcttgtcacattaaaatttggtaaaataccaggtaaagagatatgactaattttgaggttgaattaagaaaatggaacctgta 717  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  26784480 ccaatgtaatttaacactcttgtcacattaaaatttggtaaaataccaggtaaagagatatgactaattttgagattgaattaagtaaatggaacctgta 26784579  T
Q  718 tattggagaggtataagaatttccatccttcgagacttgcacgtactgacagatccatatcttcaactgtggtcctatctttccacccaccagcttcatt 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26784580 tattggagaggtataagaatttccatccttcgagacttgcacgtactgatagatccatatcttcaactgtggtcctatctttccacccaccagcttcatt 26784679  T
Q  818 caacgccgaaattcgccacacaccagcagtccctatgtcatttcattttcaagaacacaaaattgactgtaatgtaatgtaaattattcatcatgccaca 917  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26784680 caacgccgaaattctccacacacccgcagtccctatgtcatttcattttcaagaacacaaaattgactgtaatgtaatgtaaattattcatcatgccaca 26784779  T
Q  918 acccaacaacatagt 932  Q
    |||||||||||||||    
T  26784780 acccaacaacatagt 26784794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 132 - 571
Target Start/End: Original strand, 26817072 - 26817509
Alignment:
Q  132 gaaaagttaagtaaa-aaagaccttggtgctgcaaccgcgtttaggagggtgataatggaagggatataaacagttccccatttagggaccacaatctca 230  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||| | |||| || ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26817072 gaaaagttgagtaaataaagaccttggtgttccaacagcttttagaagggtgatgatggaagggacataaacagttccccatttagggaccacaatctca 26817171  T
Q  231 ggcaccataacagttgcaggcaacacaatgcaatataacacaaatgtgtttatgtggaccacaatcttccggacaaagaaaaaactgtaaaccatatatg 330  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||  | |||||||||||| || |||| ||||||     
T  26817172 ggcaccataacagttgcaggtaacagaacgcaatagaacacaaatgtgtgtatgtgcaccacaatcttttgaacaaagaaaaaattgcaaacaatatata 26817271  T
Q  331 ttttcttccacaaagacactttctgccatagacaaattaaattagcagatgaatgaatatttataccataatttaaattgtaattagctagtgtattcat 430  Q
      |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  || | ||| ||||  ||||| | ||||| ||||||| ||||   |||||| |||||     
T  26817272 acttcttccacaaagacactttctgcaatagacatattaaacaaggacatgcatga--atttagatcataagttaaattataatcgactagtgaattcaa 26817369  T
Q  431 caagggaccaaccaatttaccttgtttgtgagaatctccataatcgttttcctgaaaagattggccggtccacatgaccatcgatgttgttggtatctat 530  Q
    ||| |||  ||   | |||||||| || | ||||||||||||  | |||| || || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26817370 caa-ggattaaaataattaccttgcttctaagaatctccatagccatttttctaaagagattggctggcccacatgaccatcgatgttgttggtacctat 26817468  T
Q  531 aggcatttaaagtactaggcaattcatttttaacctataga 571  Q
    | || || || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26817469 aagccttaaatgtacttggcaattcatttttaacctataga 26817509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 447 - 858
Target Start/End: Original strand, 26831030 - 26831424
Alignment:
Q  447 ttaccttgtttgtgagaatctccataatcgttttcctgaaaagattggccggtccacatgaccatcgatgttgttggtatctataggcatttaaagtact 546  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| | | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||    
T  26831030 ttaccttgtttgtgacaatctccattaccatttttctgaaaagattggctggtccacatgaccatcgatgttgttggtacctaaaggcttttaatgtact 26831129  T
Q  547 aggcaattcatttttaacctatagacaaattcataccatatagcaagaaaaccatctatgttaaaatgagaccaatgtaatgtaacactcttgt---cac 643  Q
     |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||                  ||||| |||  |||||||||||||||||||||| |   |||    
T  26831130 tggcaattcgtttttaacctatagaccaattcacaccatat------------------gttaatatggaaccaatgtaatgtaacactcttcttctcac 26831211  T
Q  644 attaaaatttggtaaaataccaggtaaagagatatgactaattttgaggttgaattaagaaaatggaacctgtatattggagaggtataagaatttccat 743  Q
    |||||| |||||||| ||   |  | |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| | || ||||||||||||||||||||||    
T  26831212 attaaattttggtaacatgtga--ttaagagataagactaattttgagaatgaattaagaaaatcgaacctgcaaatcggagaggtataagaatttccat 26831309  T
Q  744 ccttcgagacttgcacgtactgacagatccatatcttcaactgtggtcctatctttccacccaccagcttcattcaacgccgaaattcgccacacaccag 843  Q
    |||| |||||| |||||||| | || |||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |    
T  26831310 cctttgagactggcacgtacagccaaatccatgtcttcgacggtggttctatctttccacccaccagcttcattcaacgccgaaattctccatacacccg 26831409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 112 - 569
Target Start/End: Original strand, 26790342 - 26790801
Alignment:
Q  112 ttgagacaaatggaagagatgaaaagttaagtaaa-aaagaccttggtgctgcaaccgcgtttaggagggtgataatggaagggatataaacagttcccc 210  Q
    ||||| ||||| || || |||||||||| |||||| ||||||||||||| | |||| || || || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  26790342 ttgaggcaaatagatgaaatgaaaagttgagtaaataaagaccttggtgttccaacagctttaagaagggtgatgatggaagggacataaacagttcccc 26790441  T
Q  211 atttagggaccacaatctcaggcaccataacagttgcaggcaacacaatgcaatataacacaaatgtgtttatgtggaccacaatcttccggacaaagaa 310  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||| || | ||||||    
T  26790442 atttagggaccacaacctcaggaaccataacagttgcaggtaacaatatgcaatagaacacaaatgtgtgtacgtgcaccacaatctttcgaataaagaa 26790541  T
Q  311 aaaactgtaaaccatatatgttttcttccacaaagacactttctgccatagacaaattaaattagcagatgaatgaatatttataccataatttaaattg 410  Q
    |||||||||||| |||| |   |||||| ||||||||||||||||| || |  ||||||||  |||| ||  ||||  ||| |||  |||| ||| |||     
T  26790542 aaaactgtaaacaatatgtagcttcttcaacaaagacactttctgcaatggtaaaattaaacaagcacattgatga--attcatataataaattatatta 26790639  T
Q  411 taattagctagtgtattcatcaagggaccaacc---aatttaccttgtttgtgagaatctccataatcgttttcctgaaaagattggccggtccacatga 507  Q
    ||||| || | | ||||||| || ||| |||||     ||||||||| |||||| |||||||||||   |||| ||||||||||| || || ||||||||    
T  26790640 taattggccaatatattcattaaaggatcaaccttgtttttaccttgcttgtgacaatctccataacaatttttctgaaaagatttgctggcccacatga 26790739  T
Q  508 ccatcgatgttgttggtatctataggcatttaaagtactaggcaattcatttttaacctata 569  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||    
T  26790740 ccatcgatgttgttggtacctataggcctttaaagtacttggtaattcgtttttaacctata 26790801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 697 - 925
Target Start/End: Original strand, 26790885 - 26791114
Alignment:
Q  697 attaagaaaatggaacctgtatattggagaggtataagaatttccatccttcgagacttgcacgtactgacagatccatatcttcaactgtggtcctatc 796  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| |||||||| | || |||||| ||||| || ||||| |||||    
T  26790885 attaagaaaatggaacctgtaaattggagagatataggaatttccatcctttgagactagcacgtacagccaaatccatgtcttcgacggtggttctatc 26790984  T
Q  797 tttccacccaccagcttcattcaacgccgaaattcgccacacaccagcagtccctatgtcatttcattttcaagaacacaaa-attgactgtaatgtaat 895  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || |  ||| |||||| ||||||||||    
T  26790985 tttccatccacccgcttcattcaacgccgaaattctccatacaccagcagtccctatgtcatttcatttacaggaccttaaacattgacagtaatgtaat 26791084  T
Q  896 gtaaattattcatcatgccacaacccaaca 925  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26791085 gtaaattattcatcatgccacatcccaaca 26791114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 144 - 356
Target Start/End: Original strand, 26830728 - 26830940
Alignment:
Q  144 aaaaaagaccttggtgctgcaaccgcgtttaggagggtgataatggaagggatataaacagttccccatttagggaccacaatctcaggcaccataacag 243  Q
    |||||| ||||||| | | |||| || ||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  26830728 aaaaaataccttggagttccaacagcatttaaaagggtgatgatggaagggatataaacagctccccatttagggaccacaacctcaggtaccataacag 26830827  T
Q  244 ttgcaggcaacacaatgcaatataacacaaatgtgtttatgtggaccacaatcttccggacaaagaaaaaactgtaaaccatatatgttttcttccacaa 343  Q
    ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||||    
T  26830828 ttgcaggtaacacaatgcaatagaaaacaaatgtgttgatgtgggccacaatcttccgaacaaagaaaaaactgtaaacaacatatatcttcttccacaa 26830927  T
Q  344 agacactttctgc 356  Q
    |||||||||||||    
T  26830928 agacactttctgc 26830940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 726 - 853
Target Start/End: Original strand, 26817621 - 26817748
Alignment:
Q  726 aggtataagaatttccatccttcgagacttgcacgtactgacagatccatatcttcaactgtggtcctatctttccacccaccagcttcattcaacgccg 825  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  26817621 aggtataagaatttccatccttccagactagcacgtacagccaggtccatatcttcaactgtggtcctatctttccacccaccagcttcattcaatgctg 26817720  T
Q  826 aaattcgccacacaccagcagtccctat 853  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||    
T  26817721 aaattctccacacaccagcagtccctat 26817748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 735 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 41546961 - 41546852
Alignment:
Q  735 aatttccatccttcgagacttgcacgtactgacagatccatatcttcaactgtggtcctatctttccacccaccagcttcattcaacgccgaaattcgcc 834  Q
    ||||||||||||| |||||| || | |||||  || ||||||||||| ||||| || |  || ||||| |||||||||||||| |  || ||||||| ||    
T  41546961 aatttccatcctttgagactggctcttactgctaggtccatatcttccactgttgtgcggtccttccatccaccagcttcatttagtgctgaaattctcc 41546862  T
Q  835 acacaccagc 844  Q
    | ||||||||    
T  41546861 aaacaccagc 41546852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 51; Significance: 1e-19; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 771 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 41919793 - 41919711
Alignment:
Q  771 tccatatcttcaactgtggtcctatctttccacccaccagcttcattcaacgccgaaattcgccacacaccagcagtccctat 853  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||| ||||||||||| |||||| || |||||||||||    
T  41919793 tccatatcttcaactgtggtcctatccttccatccaccagcctcgttcagcgccgaaattctccacactcccgcagtccctat 41919711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 447 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 41920303 - 41920184
Alignment:
Q  447 ttaccttgtttgtgagaatctccataatcgttttcctgaaaagattggccggtccacatgaccatcgatgttgttggtatctataggcatttaaagtact 546  Q
    ||||||||||| | | ||||||||  | | |||| | |||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||| |  ||||| || ||||||||    
T  41920303 ttaccttgtttctaataatctccaagaccatttttcggaaaagattggctggtccacaagaccaacgatgctgttggtaacggtaggccttgaaagtact 41920204  T
Q  547 aggcaattcatttttaacct 566  Q
     |||| ||||||||||||||    
T  41920203 cggcagttcatttttaacct 41920184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 180 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 41920554 - 41920378
Alignment:
Q  180 gtgataatggaagggatataaacagttccccatttagggaccacaatctcaggcaccataacagttgcaggcaacacaatgcaatataacacaaatgtgt 279  Q
    |||||||  ||||| |||||||||| ||||||||| |||||  |||  ||||| |||| ||| |||||||| |  ||||||||||| |||||||| || |    
T  41920554 gtgataactgaaggaatataaacagctccccattttgggactgcaacttcaggtaccaaaactgttgcaggtagaacaatgcaataaaacacaaacgtat 41920455  T
Q  280 ttatgtggaccacaatcttccggacaaagaaaaaactgtaaaccatatatgttttcttccacaaagacactttctgc 356  Q
    | |||||  | |  |  ||||| |||||||| ||||||||||  | || | | ||||||||||| ||||||||||||    
T  41920454 tgatgtgtgctatcactttccgaacaaagaagaaactgtaaattacatgtatcttcttccacaaggacactttctgc 41920378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University