View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11640_low_2 (Length: 795)

Name: NF11640_low_2
Description: NF11640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11640_low_2
NF11640_low_2
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (307-776)||(42127353-42127825)
chr7 (307-608)||(42122460-42122761)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (307-776)||(43577871-43578339)
chr4 (307-609)||(43572981-43573281)
chr4 (158-224)||(35629138-35629204)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (14-306)||(10184237-10184529)
chr1 (438-613)||(1162776-1162949)
chr1 (307-374)||(1162648-1162715)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (307-612)||(20973565-20973868)
chr6 (158-306)||(21673294-21673441)
chr6 (600-662)||(27371986-27372047)
chr6 (600-662)||(27462336-27462397)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (443-776)||(15297204-15297537)
chr8 (443-776)||(15477573-15477906)
chr8 (307-612)||(15027127-15027430)
chr8 (307-361)||(27687608-27687662)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (21-281)||(32165666-32165919)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (228-293)||(15487222-15487287)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 307 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 42127825 - 42127353
Alignment:
Q  307 tgttaaaggataatctcaaactccatggaaatgcaaatcaagcttgcgatgtgcaaggtgaagaagaaaaggaaaaaactgaaactgtgtatattatctc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  42127825 tgttaaaggataatctcaaactccatggaaatgcaaatcaagcttgcaatgtgcaaggtgaagaagaaaaggaaaaa-ctgaaactgtgtatattatttc 42127727  T
Q  407 atatcaaaact-gttattacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaac 505  Q
    ||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||  ||||||||||||    
T  42127726 atatcaaaaattgttattacaattgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaattatggttacttaactcacaagtaactaac 42127627  T
Q  506 caataactaactgctacagctgtaatctgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatc 605  Q
    |||||| ||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42127626 caataattaactgctacaactgttatttgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatc 42127527  T
Q  606 tttaacatc-cccctcaagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctccgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgtta--gtatat 702  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  42127526 tttaacatcccccctcaagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctctgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgttagtgtatat 42127427  T
Q  703 tagcaagttgttcctttgatgatactggcaaaaaatgaatgatgccttcttgtactttgtctctaactacatga 776  Q
     ||||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42127426 cagcaacttgttcctttaatgatactggcagtaaatgaatgatgccttcttgtactttgtatctaactacatga 42127353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 307 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 42122761 - 42122460
Alignment:
Q  307 tgttaaaggataatctcaaactccatggaaatgcaaatcaagcttgcgatgtgcaaggtgaagaagaaaaggaaaaaactgaaactgtgtatattatctc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||    
T  42122761 tgttaaaggataatctcaaactccatggaaatgtaaatcaagcttgcaatgtgcaaggtgaagaagaaaaggaaaaat-tgaaactgtgtatattatttc 42122663  T
Q  407 atatcaaaa-ctgttattacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaac 505  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  ||||||||||||    
T  42122662 atatcaaaaactgttattacaattgagttactcatgtgtatatatagagtattctaatacactaactcaactatggttacttaactcacaagtaactaac 42122563  T
Q  506 caataactaactgctacagctgtaatctgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatc 605  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  42122562 caataactaactactacaactgtaatttgttaagctactaattagtttcacaataaaacttgatactcaagcaataataaccaacttaatcttcactatc 42122463  T
Q  606 ttt 608  Q
    |||    
T  42122462 ttt 42122460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 307 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 43578339 - 43577871
Alignment:
Q  307 tgttaaaggataatctcaaactccatggaaatgcaaatcaagcttgcgatgtgcaaggtgaagaagaaaaggaaaaaactgaaactgtgtatattatctc 406  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||  ||| ||    
T  43578339 tgttaaaagataatctcaaactccatggaaatacaaatcaagcttgcaatgtacaaggtgaagaagaaaaagaaaat-ctgaaactgtgtat--tatttc 43578243  T
Q  407 atatcaaaactgttattacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataa-cttgcaagtaactaac 505  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  | ||||||||||    
T  43578242 atatcaaaactgtgtttacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactatggttacttaaactcactagtaactaac 43578143  T
Q  506 caataactaactgctacagctgtaatctgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatc 605  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43578142 taataactaactgctacagctgtaatttgttaagctactaattagttacagagtgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatc 43578043  T
Q  606 tttaacatccccc-tcaagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctccgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgttagtatatta 704  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  43578042 tttatcatcccccctcaagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctctgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgttagtatatca 43577943  T
Q  705 gcaagttgttcctttgatgatactggcaaaaaatgaatgatgccttcttgtactttgtctctaactacatga 776  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43577942 gcaacttgttcctttgatgatactggtagtaaatgaatgatgccttcttgtactttgtctctaactacatga 43577871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 307 - 609
Target Start/End: Complemental strand, 43573281 - 43572981
Alignment:
Q  307 tgttaaaggataatctcaaactccatggaaatgcaaatcaagcttgcgatgtgcaaggtgaagaagaaaaggaaaaaactgaaactgtgtatattatctc 406  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||  ||| ||    
T  43573281 tgttaaaagataatctcaaactccatggaaatacaaatcaagcttgcaatgtacaaggtgaagaagaaaaagaaaat-ctgaaactgtgtat--tatttc 43573185  T
Q  407 atatcaaaactgttattacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataa-cttgcaagtaactaac 505  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| ||  | ||||||||||    
T  43573184 atatcaaaactgtgtttacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactatggttacttaaactcactagtaactaac 43573085  T
Q  506 caataactaactgctacagctgtaatctgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatc 605  Q
     ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  43573084 taataactaactgctacagctgtaatttgttaagctactaattagttacagagtgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatt 43572985  T
Q  606 ttta 609  Q
    ||||    
T  43572984 ttta 43572981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 35629204 - 35629138
Alignment:
Q  158 ggtaaatgttagagcatcaacacaacatttgtcaacatatcactttatcaccaagcatgaatgtgag 224  Q
    |||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  35629204 ggtagatgttaaagcatcaacataacatttgtctacatatcactttatcaccatgcaagaatttgag 35629138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 14 - 306
Target Start/End: Original strand, 10184237 - 10184529
Alignment:
Q  14 ataaattcatcaaaacctttttccacttccatacctaaccctttagcccaaacccataagcgtgcatnnnnnnngtttggtgatgagaagaaagttatta 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  10184237 ataaattcatcaaaacctttttccacttccatacccaaccctttagcccagacccataagcgtgcataaaaaaagtttggtgatgagaagaaagttatta 10184336  T
Q  114 aacgtgttgccttattaccacttaagcgagcaaaaatatgactaggtaaatgttagagcatcaacacaacatttgtcaacatatcactttatcaccaagc 213  Q
    ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  10184337 aaaatgttgccctattaccacttaagcgagcaaaaatatgactaggtaaatgttagagcatcaacacaacatttgccaacatatcactttatcaccaagc 10184436  T
Q  214 atgaatgtgagaagttcaagaaaatataaaaggaattctagaagtaaatgaagaaaaagggtgaatatcagtgaagaaattggtttttaagtg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10184437 atgaatgtgagaagttcaagaaaatataaaaggaattctagaagtaaatgaagaaaaagggtgaatatcagtgaagaaattggtttttaagtg 10184529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 438 - 613
Target Start/End: Original strand, 1162776 - 1162949
Alignment:
Q  438 catatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaaccaataactaactgctacagctgtaatctgtta 537  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||   ||||||||||| ||||| |||||  |||||| |||||   |||    
T  1162776 catatgtatatatagagtactctaatatactaactcaactatggttacttaactcttaagtaactaactaataattaactattacagcagtaat-gatta 1162874  T
Q  538 agctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttaacat 613  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  1162875 agctacaaattagttacacaa-gaaacttgctgcacaagtaatagtaaccatcttattcttcactgtctttaacat 1162949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 307 - 374
Target Start/End: Original strand, 1162648 - 1162715
Alignment:
Q  307 tgttaaaggataatctcaaactccatggaaatgcaaatcaagcttgcgatgtgcaaggtgaagaagaa 374  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || ||| ||||||||| |||||||||  |||||||||    
T  1162648 tgttaaaggataatcccaaactccatgaaagtgtaaaacaagcttgcaatgtgcaagaggaagaagaa 1162715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 9e-63; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 9e-63
Query Start/End: Original strand, 307 - 612
Target Start/End: Original strand, 20973565 - 20973868
Alignment:
Q  307 tgttaaaggataatctcaaactccatggaaatgcaaatcaagcttgcgatgtgcaaggtgaagaagaaa-aggaaaaaactgaaactgtgtatattatct 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||  ||||||||||||||| | |    
T  20973565 tgttaaaggataatctcaaactccatgaaaatgcaaatcaaccttgcaatgtgcaaggtgcagaagaaagagcaaaaaa--gaaactgtgtatattgt-t 20973661  T
Q  406 cat--atcaaaactgttattacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaacta 503  Q
    |||  || ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| || |||||| |||||   |||||||||    
T  20973662 catgtatgaaaactgtg-ttacaattgagttactcatatgtatatatagagtattctaatatgctaactcaattatggttacttaactcttaagtaacta 20973760  T
Q  504 accaataactaactgctacagctgtaatctgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcacta 603  Q
    ||| ||||||||||  ||||||||||||   ||| | ||| ||||||||||||| |||| ||||| || |||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  20973761 acctataactaactattacagctgtaat-gattaggttacaaattagttacacagtgaagcttgcagcacaagtaatagcaaccaacttattcttcacta 20973859  T
Q  604 tctttaaca 612  Q
     ||||||||    
T  20973860 actttaaca 20973868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 21673441 - 21673294
Alignment:
Q  158 ggtaaatgttagagcatcaacacaacatttgtcaacatatcactttatcaccaagcatgaatgtgagaagttcaagaaaatataaaaggaattctagaag 257  Q
    |||| ||||| | |||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| |||||| || ||||||| |||| ||   ||||||||  || | || |    
T  21673441 ggtagatgttggggcatcaacacaa-atttgccaatatatcactttatcacctagcatgcatttgagaagatcaataatgaataaaaggttttatggacg 21673343  T
Q  258 taaatgaagaaaaagggtgaatatcagtgaagaaattggtttttaagtg 306  Q
    ||||||||||| ||| |  ||||||| || |||||| |||||| |||||    
T  21673342 taaatgaagaagaagaggaaatatcattggagaaatgggttttgaagtg 21673294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 600 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 27372047 - 27371986
Alignment:
Q  600 actatctttaacatccccctcaagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctccgaaga 662  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||    
T  27372047 actagcttcaacatccccc-caagctggaatagatgtcaatcattccaagcttgtgccgaaga 27371986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 600 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 27462397 - 27462336
Alignment:
Q  600 actatctttaacatccccctcaagctggaatagatatcaatcatgccaagcttgctccgaaga 662  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||    
T  27462397 actagcttcaacatccccc-caagctggaatagatgtcaatcattccaagcttgtgccgaaga 27462336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 95; Significance: 5e-46; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 443 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 15297537 - 15297204
Alignment:
Q  443 gtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaaccaataactaactgctacagctgtaatctgttaagcta 542  Q
    ||||||||| | ||||||||||  |||||| |||||  ||||| |||||   || ||||||||| ||||||||||  |||| |||||||   |||   ||    
T  15297537 gtatatatacaatattctaatatgctaactgaactattgttacttaactcttaaataactaacctataactaactattacaactgtaatga-ttagttta 15297439  T
Q  543 ctaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttaacatccccc-tcaagctggaatagatatcaatc 641  Q
    | ||||||||||||| |||| ||||| || |||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||| | ||||    
T  15297438 caaattagttacacagtgaagcttgcagcacaagtaatattaaccaacttattcttcactaactttaacaccccccctcaagcttgaatagatgttaatc 15297339  T
Q  642 atgccaagcttgctccgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgttagtatattagcaagttgttcctttgatgatactggcaaaaaatgaa 741  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| | ||||| ||| | ||||| ||||||||| ||||| |  || ||||    
T  15297338 atgctaagcttgttctgaagattattgaaaggaccatgatgcaatgactttgtcaatatatcagctacttgtttctttgatgagactggtagtaagtgaa 15297239  T
Q  742 tgatgccttcttgtactttgtctctaactacatga 776  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||| ||||||    
T  15297238 tgatgcatgcttgcacttggtctctaaccacatga 15297204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 443 - 776
Target Start/End: Complemental strand, 15477906 - 15477573
Alignment:
Q  443 gtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaactaaccaataactaactgctacagctgtaatctgttaagcta 542  Q
    ||||||||| | ||||||||||  |||||| |||||  ||||| |||||   || ||||||||| ||||||||||  |||| |||||||   |||   ||    
T  15477906 gtatatatacaatattctaatatgctaactgaactattgttacttaactcttaaataactaacctataactaactattacaactgtaatga-ttagttta 15477808  T
Q  543 ctaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcactatctttaacatccccc-tcaagctggaatagatatcaatc 641  Q
    | ||||||||||||| |||| ||||| || |||| |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||| | ||||    
T  15477807 caaattagttacacagtgaagcttgcagcacaagtaatattaaccaacttattcttcactaactttaacaccccccctcaagcttgaatagatgttaatc 15477708  T
Q  642 atgccaagcttgctccgaagattattgaaaggacctggatgcaatgattttgttagtatattagcaagttgttcctttgatgatactggcaaaaaatgaa 741  Q
    |||| ||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| | ||||| ||| | ||||| ||||||||| ||||| |  || ||||    
T  15477707 atgctaagcttgttctgaagattattgaaaggaccatgatgcaatgactttgtcaatatatcagctacttgtttctttgatgagactggtagtaagtgaa 15477608  T
Q  742 tgatgccttcttgtactttgtctctaactacatga 776  Q
    |||||| | |||| |||| ||||||||| ||||||    
T  15477607 tgatgcatgcttgcacttggtctctaaccacatga 15477573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 307 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 15027430 - 15027127
Alignment:
Q  307 tgttaaaggataatctcaaactccatggaaatgcaaatcaagcttgcgatgtgcaaggtgaagaagaaaaggaaaaaactgaaactgtgtatattatctc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||    |||||   |||||||||||||| | ||    
T  15027430 tgttaaaggataatctcaaactccatgaaaatgcaaatcaaccttgcaatgtgaaaggtgcagaagaaagaacaaaaaaaaaaactgtgtatattgt-tc 15027332  T
Q  407 atat---caaaactgttattacaactgagttactcatatgtatatatagagtattctaatacactaactcaactaaggttacataacttgcaagtaacta 503  Q
    || |    ||||||| | |||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||   |||||||||    
T  15027331 atgtatgaaaaactg-tgttacaattgagttact--aatgtatatatagagtattctaatatgctaactcaactatggttacttaactcttaagtaacta 15027235  T
Q  504 accaataactaactgctacagctgtaatctgttaagctactaattagttacacaatgaaacttgctgctcaagcaatagtaaccaacttaatcttcacta 603  Q
    ||| ||||||||||  |||||||| |||   |||   | | ||||||| ||||| |||| ||||| || |||| ||||| |||||||||| | |||||||    
T  15027234 acctataactaactattacagctgcaat-gattagattgcaaattagtcacacagtgaagcttgcagcacaagtaatagcaaccaacttatttttcacta 15027136  T
Q  604 tctttaaca 612  Q
     ||||||||    
T  15027135 actttaaca 15027127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 307 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 27687662 - 27687608
Alignment:
Q  307 tgttaaaggataatctcaaactccatggaaatgcaaatcaagcttgcgatgtgca 361  Q
    ||||||||| | ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  27687662 tgttaaaggttgatctcaacctccatgaaaatgtaaatcaagcttgcaatgtgca 27687608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 51; Significance: 8e-20; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 21 - 281
Target Start/End: Original strand, 32165666 - 32165919
Alignment:
Q  21 catcaaaacctttttccacttccatacctaaccctttagcccaaacccataagcgtgcatnnnnnnngtttggtgatgagaagaaagttattaaacgtgt 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |  ||||||||||||||||||         |||||||||||||||  ||||||| || ||     
T  32165666 catcaaaacctttttccacttccatgccaaaacctttatctgaaacccataagcgtgcataaa------ttggtgatgagaaga--gttattagacttga 32165757  T
Q  121 tgccttattaccacttaagcgagcaaaaatatgac-taggtaaatgttagagcatcaacacaacatttgtcaacatatcactttatcaccaagcatgaat 219  Q
    |||||||| ||| || ||| ||| || ||||  || |  |||   |||| | ||||||||||| ||||| |||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  32165758 tgccttatcacctctgaagagagtaagaatagaacattagtagcggttacaacatcaacacaagatttgccaacatatcattgtatcacaaagcatgaat 32165857  T
Q  220 gtgagaagttcaagaaaatataaaaggaattctagaagtaaatgaagaaaaagggtgaatat 281  Q
     | |||||||||||||   |||||||||||||| |||| |||||| | |||| || ||||||    
T  32165858 ttaagaagttcaagaacgaataaaaggaattctggaagaaaatgacgcaaaatggggaatat 32165919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 15487287 - 15487222
Alignment:
Q  228 ttcaagaaaatataaaaggaattctagaagtaaatgaagaaaaagggtgaatatcagtgaagaaat 293  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||  ||||||| | |||||||    
T  15487287 ttcaagaaaagataaaatgaattcttgaagtaaatgaagaaaagggggcaatatcactaaagaaat 15487222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University