View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11641_high_1 (Length: 932)

Name: NF11641_high_1
Description: NF11641
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11641_high_1
NF11641_high_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-919)||(25858757-25859659)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 879; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 879; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 919
Target Start/End: Original strand, 25858757 - 25859659
Alignment:
Q  17 aacatggtcttttaaaagatgcccacaaactgttcgatgaaattccccacccaaatgcatactcttggaatgcccttattatggcttacataaaagcaca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25858757 aacatggtcttttaaaagatgcccacaaactgttcgatgaaattccccacccaaatgcatactcttggaatgcccttattatggcttacataaaagcaca 25858856  T
Q  117 aaacttgacacaagcacgagcggtttttgactctgccgttgatagagatttggtttcttataattccatgttgtcggcttatgttggtgcggacgggtat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25858857 aaacttgacacaagcacgagcggtttttgactctgccgttgatagagatttggtttcttataattccatgttgtcggcttatgttggtgcggacgggtat 25858956  T
Q  217 gagactgaggcggttgatttgtttgataaaacgcaatcagcacgtgatatgattgggattgatgagttcagtctcacgacgatggttaactttagtgcta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25858957 gagactgaggcggttgatttgtttgataaaatgcaatctgcacgtgatatgattgggattgatgagttcagtctcacgacgatggttaactttagtgcta 25859056  T
Q  317 agttacgtctagtgtgttatgggaagcagatgcattcgtatatggtgaaaactgcgagtgatttaagcaagtttgcatcgagttctttgattaatatgta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25859057 agttacgtctagtgtgttatgggaagcagatgcattcgtatatggtgaaaactgcgagtgatttaagcaagtttgcatcgagttctttgattaatatgta 25859156  T
Q  417 ctctaaatgtggtttgtttcgtgatgtgtgcagtgtggttagtggttttgatggggtggtggacttggtttcgaagaatgcgatggttgctgcctgttgt 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25859157 ctctaaatgtggtttgtttcgtgatgcgtgcagtgtggttagtggttttgatggggtggtagacttggtttcgaagaatgcgatggttgctgcctgttgt 25859256  T
Q  517 agggaaggagagatggacatggctttgaatgtgttttggaaaaatcatgaattgaatgatactgtgtcttggaatacgttgattgcaggatatgcccaga 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25859257 agggaaggagagatggacatggctttgaatgtgttttggaaaaatcatgaattgaatgatactgtgtcttggaatacgttgattgcaggatatgcccaga 25859356  T
Q  617 atggttatatggataaagcacttgccttgtttgttaagatgactgaaagaggtgttaggtttgatgaacatactttagcaagtgttttaagtgtttgctc 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25859357 atggttatatggataaagcacttgccttgtttgttaagatgactgaaagaggtgttaggtttgatgaacatactttagcaagtgttttaagtgtttgctc 25859456  T
Q  717 tggcctaaaacatttgaaacttggcaagtgtgtccatgcgtgggtgttgaaaaatgattacaattcaaatcaattcattagcagcggcatcatagactta 816  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25859457 tggcctaaaacatttgaaacttggcaagtgtgtccatgcgtgggtgttgaaaaatgattacaattcaaatcaattcattagcagcggcatcgtagactta 25859556  T
Q  817 tactgtaaatgtgggaatattcggtacgcggagttggtgtatgcaggaattgggattaaaagccaatttgcagtttcctcattgattgtaggctattcat 916  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25859557 tactgtaaatgtgggaatattcggtatgcggagttggtgtatgcaggaattgggattaaaagccaatttgcagtttcctcattgattgtaggctattcat 25859656  T
Q  917 ctc 919  Q
    |||    
T  25859657 ctc 25859659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University