View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11641_low_15 (Length: 280)

Name: NF11641_low_15
Description: NF11641
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11641_low_15
NF11641_low_15
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (1-218)||(35343485-35343702)
chr2 (1-218)||(35348176-35348393)
chr2 (10-210)||(35355589-35355789)
chr2 (26-205)||(35345987-35346166)
chr2 (23-218)||(35371478-35371676)
chr2 (215-266)||(35343750-35343801)
chr2 (71-193)||(35374296-35374418)
chr2 (43-195)||(35364256-35364408)
chr2 (31-210)||(35368116-35368295)
chr2 (131-210)||(35340577-35340657)
chr2 (132-206)||(35351004-35351078)
chr2 (137-210)||(35335492-35335565)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (123-172)||(9063694-9063743)
chr4 (100-172)||(9072737-9072809)
chr4 (132-172)||(9060407-9060447)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 35343485 - 35343702
Alignment:
Q  1 ccatttatttggccattattccaaagtgcgagcagcatggatatggtgaaggtaacggtgattggattagttatacatgtgtatctttaattgaagaaaa 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  35343485 ccatttctttggccattattccaaagtgcgagcagcatggatatggtgaaggtaacggtgattggattagttatacatgtgtatcttgcattgaagaaaa 35343584  T
Q  101 ttatcacaatggagatcgagactcatgcaaagaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcctaaaacactaatgtgttaact 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35343585 ttatcacaatggagatcgagactcatgcaaagaaggcgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcctaaaacactaatgtgttaact 35343684  T
Q  201 cacattagtcttctagtt 218  Q
     |||||||||||||||||    
T  35343685 tacattagtcttctagtt 35343702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 35348176 - 35348393
Alignment:
Q  1 ccatttatttggccattattccaaagtgcgagcagcatggatatggtgaaggtaacggtgattggattagttatacatgtgtatctttaattgaagaaaa 100  Q
    |||||| |||||| |||| |||||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||  ||| ||||| |    
T  35348176 ccatttctttggctattactccaaagtgcaagcatcatggatacagtgaaggtaacggtgattggtttggttatacaagtgtatcttgcattaaagaaga 35348275  T
Q  101 ttatcacaatggagatcgagactcatgcaaagaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcctaaaacactaatgtgttaact 200  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||    
T  35348276 taatcgcaatggagatcgagactcatgcaaggaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctcccactgcctaaaactctaatgtgttaact 35348375  T
Q  201 cacattagtcttctagtt 218  Q
     |||||||||||||||||    
T  35348376 tacattagtcttctagtt 35348393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 35355789 - 35355589
Alignment:
Q  10 tggccattattccaaagtgcgagcagcatggatatggtgaaggtaacggtgattggattagttatacatgtgtatctttaattgaagaaaattatcacaa 109  Q
    ||||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||| |||    
T  35355789 tggccattactccaaagtgcaaggagcatggatatgatgaaggtaatggtgattggtttggttatacatatgtatcttgcattgaagaagattatcgcaa 35355690  T
Q  110 tggagatcgagactcatgcaaagaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcctaaaacactaatgtgttaactcacattagt 209  Q
    ||||||||||||||| | ||  ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| |||| |||    
T  35355689 tggagatcgagactcttacatggaaggcgatgatgacgatgacggtggttatgactatgctcctgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacataagt 35355590  T
Q  210 c 210  Q
    |    
T  35355589 c 35355589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 26 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 35346166 - 35345987
Alignment:
Q  26 gtgcgagcagcatggatatggtgaaggtaacggtgattggattagttatacatgtgtatctttaattgaagaaaattatcacaatggagatcgagactca 125  Q
    |||| ||||| ||| || ||||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||||||  |||| |||| |||||| |||||| |||| ||| ||     
T  35346166 gtgcaagcagaatgcatgtggtgaaggcaacggtgattggtttggttatacatctgtatcttgtattgtagaagattatcgcaatggggatcaagattct 35346067  T
Q  126 tgcaaagaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcctaaaacactaatgtgttaactcacat 205  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||| |||||||||||||| ||||    
T  35346066 tacaaggaaggcgatgatgacgatgatggtggttatgactatgctcccgctgcgtaaaactctaatgtgttaacttacat 35345987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 23 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 35371676 - 35371478
Alignment:
Q  23 aaagtgcgagcagcatggatatggtgaaggtaacggtgattggattagttatacatgtgtatctttaattgaagaaaattatcacaatggagatcgagac 122  Q
    ||||||| |||| |||| |||||||||||||||      |||| ||  ||||||| |||||||||  ||||||||| |||| | ||||||||||||||||    
T  35371676 aaagtgcaagcaacatgtatatggtgaaggtaa------ttggtttgattatacaagtgtatcttgcattgaagaagattaccgcaatggagatcgagac 35371583  T
Q  123 tcatgcaaagaagg---------tgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcctaaaacactaatgtgttaactcacattagtcttc 213  Q
    |||||||| |||||         ||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  35371582 tcatgcaaggaaggcgacgacgatgacgacgacgacgacggtggttatgactatgctcccgctgcctaaaactctaatgtgttaacttacattagtcttc 35371483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 215 - 266
Target Start/End: Original strand, 35343750 - 35343801
Alignment:
Q  215 agttcgaaattagaacttaacaagtttagtgcctataaataggtttgatgtc 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35343750 agttcgaaattagaacttaacaagtttagtgcctataaataggtttgatgtc 35343801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 71 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 35374418 - 35374296
Alignment:
Q  71 ttatacatgtgtatctttaattgaagaaaattatcacaatggagatcgagactcatgcaaagaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgct 170  Q
    ||||||| |||||||||  ||||||||| ||||||| || ||||| ||||| || | | | |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  35374418 ttatacaagtgtatcttgcattgaagaagattatcataacggagaccgagattcttaccaggaaggtgatgatgacgatgacggtggttatgactatgct 35374319  T
Q  171 ccagccgcctaaaacactaatgt 193  Q
    || || || |||||| |||||||    
T  35374318 cccgctgcataaaactctaatgt 35374296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 43 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 35364408 - 35364256
Alignment:
Q  43 atggtgaaggtaacggtgattggattagttatacatgtgtatctttaattgaagaaaattatcacaatggagatcgagactcatgcaaagaaggtgatga 142  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |  ||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||  ||| || |||||| | | || ||  ||||| |||||    
T  35364408 atggtgaaggtgacggtgattggttcggttatacgtgtgtatcttgcattgaagaagattataccaacggggatcgaaatttatacagggaaggcgatga 35364309  T
Q  143 tgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcctaaaacactaatgtgt 195  Q
     |||||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||| |||||||||    
T  35364308 cgacgatgacggtggttatgactatgctcccgctgcataaaactctaatgtgt 35364256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 35368295 - 35368116
Alignment:
Q  31 agcagcatggatatggtgaaggtaacggtgattggattagttatacatgtgtatctttaattgaagaaaattatcacaatggagatcgagactcatgcaa 130  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | | ||||||| || ||| ||||| ||||||||  ||||||||| ||||||| ||    ||||  || || |        
T  35368295 agcagcatgcatatggtgaaggtgaagttgattggtttggttgtacatctgtatcttgtattgaagaagattatcataacacggatcatgattcttattg 35368196  T
Q  131 agaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcctaaaacactaatgtgttaactcacattagtc 210  Q
     ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  35368195 ggaaggcgatgacgacgatgacggtggttatgactatgctcccgctgcataaaactctaatgtgttaacttacattagtc 35368116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 131 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 35340657 - 35340577
Alignment:
Q  131 agaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcct-aaaacactaatgtgttaactcacattagtc 210  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || | ||||| ||||||||| |||| | |||||||    
T  35340657 agaaggtgatgatgacgacgatggtggttatgactatgctccagctgcataaaaactctaatgtgtgaacttatattagtc 35340577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 132 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 35351078 - 35351004
Alignment:
Q  132 gaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcctaaaacactaatgtgttaactcacatt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||| || |||||||| ||||| |||||    
T  35351078 gaaggtgatgatgacgatgatggtggttatgactacgctcccgctgcataagactctaatgtgctaacttacatt 35351004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 35335565 - 35335492
Alignment:
Q  137 tgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctccagccgcctaaaacactaatgtgttaactcacattagtc 210  Q
    ||||||||| || || |||||||| ||||||||||| || || ||||  | ||||||||||||| |||||||||    
T  35335565 tgatgatgatgacgacggtggttatgactatgctcccgctgcataaagtagtaatgtgttaacttacattagtc 35335492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 123 - 172
Target Start/End: Original strand, 9063694 - 9063743
Alignment:
Q  123 tcatgcaaagaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctcc 172  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9063694 tcatacaaggaaggtgatgatgacgatgatggtggttatgactatgctcc 9063743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 100 - 172
Target Start/End: Original strand, 9072737 - 9072809
Alignment:
Q  100 attatcacaatggagatcgagactcatgcaaagaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctcc 172  Q
    ||||||||| |||||||   || |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  9072737 attatcacattggagatgtggattcatacaaggaaggtgatgatgacgatgatggtggctatgactatgctcc 9072809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 132 - 172
Target Start/End: Original strand, 9060407 - 9060447
Alignment:
Q  132 gaaggtgatgatgacgatgatggtggttacgactatgctcc 172  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  9060407 gaaggtgatgatgacgatgatggtggatatgattatgctcc 9060447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University