View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11641_low_4 (Length: 785)

Name: NF11641_low_4
Description: NF11641
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11641_low_4
NF11641_low_4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-767)||(38885045-38885791)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 767
Target Start/End: Complemental strand, 38885791 - 38885045
Alignment:
Q  1 atatataagattgcttggatctcaagttgtgtagttgctttgtatatttgtatgaaaacttgttgaggaataaatgtagatttttgtcctttattagtct 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38885791 atatataagattgcttggatctcaagttgtgtagttgctttgtatatttgtatgaaaacttgttgaggaataaatgtagatttttgtcctttattagtct 38885692  T
Q  101 gactaaagggtagctttagttaagattaaaatcaagaatcaagaataaaacaagttttatgttggaaagaaataattnnnnnnnnttgatatatagaaga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||    
T  38885691 gactaaagggtagctttagttaagattaaaatcaagaatcaagaataaaacaagttttatgttggaaagaaataattaaaaaaaattgatatatagaaga 38885592  T
Q  201 gttgagtgggattggagcaacctaattaatgtagaaggagagaattgtagaacttaggtccaatgtcaacctggagtgtagataaagtcaaaaatattca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38885591 gttgagtgggattggagcaacctaattaatgtagaaggagagaattgtagaacttaggtccaatgtcaacctggagtgtagataaagtcaaaaatattca 38885492  T
Q  301 taccagaaaactataaggagaaattaaattgnnnnnnncatttttcaaccaaccataacaatttcattccttcacgtggacttctcatgcatagcaagaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38885491 taccagaaaactataaggagaaattaaattgaaaaaaacatttttcaaccaaccataacaatttcattccttcacgtggacttctcatgcatagcaagaa 38885392  T
Q  401 acctctctctcaatgtaacattgacaagcttagccctcaacatcattgatagttgcattgcagcatactatatatctgctgatacatgtattatactgca 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  38885391 acctctctctcaatgtaacattgacaagcttagccctcaacatcattgatagttgcattgcagcatactatatatctgttgatacatgtattctactgca 38885292  T
Q  501 tttgtgcattattaggtggaaatttaagtaggtagaaaattaatattgtttgtgagaataatatttagagtacatgttatatattgacacatcatgcgta 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||                    |||||||||||||||||||    
T  38885291 tttgtgcattattaggtggaaatttaagcaggtagaaaattaatattgtttgtgagaataa--------------------tattgacacatcatgcgta 38885212  T
Q  601 gatataaattctttttagtgcaactaatttctctgtttgtatatatagaggttaaactcaacatgtaacacacttggttaatttaaatataagtgtgtcg 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38885211 gatataaattctttttagtgcaactaatttctctgtttgtatatatagaggttaaactcaacatgtaacacacttggttattttaaatataagtgtgtcg 38885112  T
Q  701 gagataactctttgttgcttaaaactcaataattgataaggtgacttattgtttacaagaaacataa 767  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38885111 gagataactctttgttgcttaaaactcaataattgataaggtgacttattgtttacaagaaacataa 38885045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University