View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11642_low_1 (Length: 748)

Name: NF11642_low_1
Description: NF11642
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11642_low_1
NF11642_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-739)||(33752291-33753029)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 723; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 723; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 739
Target Start/End: Original strand, 33752291 - 33753029
Alignment:
Q  1 tcaatggaatcgatgcttcatcttagagaccagaaaagaaatgctgatgcaaattcaaacaattctgtgcaacatagagaggatccgtccttgtgtggat 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33752291 tcaatggaatcaatgcttcatcttagagaccagaaaagaaatgctgatgcaaattcaaacagttctgtgcaacatagagaggatccgtccttgtgtggat 33752390  T
Q  101 cttctgtaacgaataccggaaatcaaggaaatgaagtatcagaacacaatgcttcaaattggttgcagtgttatcctgtttctccatgggtactaccgat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33752391 cttctgtaacgaataccggaaatcaaggaaatgaagtatcagaacacaatgcttcaaattggttgcagtgttatcctgtttctccatgggtactaccgat 33752490  T
Q  201 gaatccaggttggaataatgttgcttcgatggcagcagttcatccgacttctgcatccatgcaatggtgtccgacgcctatgttggcaattccaggaatt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33752491 gaatccaggttggaataatgttgcttcgatggcagcagttcatccgacttctgcatccatgcaatggtgtccgacgcctatgttggcaattccaggaatt 33752590  T
Q  301 cggccacaaaatatacctttacaacttgtagcagcatcacattggagtggaccgtcactttgcctctcgccgccttcatctacaagtaacagttgctgct 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33752591 cggccacaaaatatacctttacaacttgtagcagcatcacattggagtggaccgtcactttgcctctcgccgccttcatctactagtaacagttgctgct 33752690  T
Q  401 caggaaatggctcaccaaccctaggaaagcacagtagagatacagttttcgtagatgaagacaaaacagacaagtgtgttccggttcgaaaaacgattag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33752691 caggaaatggctcaccaaccctaggaaagcacagtagagatacagttttcgtagatgaagacaaaacagacaagtgtgttccggttcgaaaaacgattag 33752790  T
Q  501 aactgatgtcacagatgcggtctcgaaaagtcctatccgggctacattagctaccaagaagcctaatgaagaaggaaaagacggtgtattgggtggctct 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33752791 aactgatgtcacagatgcggtctcgaaaagtcctatccgggctacattagctaccaagaagcctaatgaagaaggaaaagacggtgtattgggtggctct 33752890  T
Q  601 cagattttggaagccagctcaggagctatttctcatgctcatacaatccaggaaagcatataataattttctagctttaaatttttcattgatattttca 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33752891 cagattttggaagccagctcaggagctatttctcatgctcatacaatccaggaaagcatataataattttctagctttaaatttttcattgatattttca 33752990  T
Q  701 gtcaaataaactagtacatattgctggcctttgcttctc 739  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  33752991 gtcaaataaactagtacatattgctggcctttgtttctc 33753029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University