View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11648_low_11 (Length: 403)

Name: NF11648_low_11
Description: NF11648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11648_low_11
NF11648_low_11
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (20-372)||(33169930-33170282)
chr6 (31-366)||(33154214-33154549)
chr6 (79-358)||(33144482-33144761)
chr6 (31-243)||(33148793-33149005)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 20 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 33170282 - 33169930
Alignment:
Q  20 agctaactcttatttcagccactacacagatgaaaatatataattgtttgtggctaacatttcgcttattctccacagaatgttgaattgagtagttgtg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  33170282 agctaactcttatttcagccactacacagatgaaaatatataattgtttgtggctaacatttcgcttattctccacagaatgttgaattgagtatatgtg 33170183  T
Q  120 ttaacacaacttgcttgccaagaaagcctattgtggtgagagtaaagaaaggagtaagtgccaatatgtttgttgacaacaaagcttatagagatcattt 219  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33170182 ttaacacaacatgcttgccaagaaagcctatggttgtaagagtaaagaaaggagtaagtgccaatatgtttgttgacaataaagcttatagagatcattt 33170083  T
Q  220 gaattgtaaatttgatgctactccaacagacatggaaagtgctgcagttgctttagtttgtttccaacacaaaatacctttcattgccattagagcattg 319  Q
    |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33170082 gaacagcaaatttgatgctactccaacagacatggaaagtgctgcagttgctttagtttgtttccaacacaaaatacctttcattgccattagagcattg 33169983  T
Q  320 tctgatttagctggaggaggttctgcattgagcaatgaagtatctattttcat 372  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33169982 tctgatttagctggaggaggttctgcattgagcaatgaagtatctattttcat 33169930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 31 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 33154549 - 33154214
Alignment:
Q  31 atttcagccactacacagatgaaaatatataattgtttgtggctaacatttcgcttattctccacagaatgttgaattgagtagttgtgttaacacaact 130  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| |||| |||| ||||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33154549 atttcagccactacacaaatcaaaatatacaattatttgaggctaatgttttacttattctccacagaatgttgaattgagtagttgtgtaaacacaact 33154450  T
Q  131 tgcttgccaagaaagcctattgtggtgagagtaaagaaaggagtaagtgccaatatgtttgttgacaacaaagcttatagagatcatttgaattgtaaat 230  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33154449 tgcttaccaagaaagcctattgtggtgagagtaaagaaaggggtcactgccaatatatttgttgacaacaaagcatatagagatcatttgaattgtaaat 33154350  T
Q  231 ttgatgctactccaacagacatggaaagtgctgcagttgctttagtttgtttccaacacaaaatacctttcattgccattagagcattgtctgatttagc 330  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33154349 tcgatgctactccaacagacatggaaagtgctgcagttgctttagtttgtttccaacacaaaatacctttcattgccattagagcattgtctgattttgc 33154250  T
Q  331 tggaggaggttctgcattgagcaatgaagtatctat 366  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||| ||||||    
T  33154249 tggaggaggttcagcattgtccaatgaagcatctat 33154214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 79 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 33144761 - 33144482
Alignment:
Q  79 tttcgcttattctccacagaatgttgaattgagtagttgtgttaacacaacttgcttgccaagaaagcctattgtggtgagagtaaagaaaggagtaagt 178  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33144761 tttcacttattctctacagaatgttgaattgagtagttgtgttaacacaacttgcttgccaagaaagcctattgtggtgagagtaaagaaaggagtaagt 33144662  T
Q  179 gccaatatgtttgttgacaacaaagcttatagagatcatttgaattgtaaatttgatgctactccaacagacatggaaagtgctgcagttgctttagttt 278  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |  ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  33144661 gccaatgtgtttgttgacaacaaagcttatagagattttttgaacttgaaatttgatgctactccagtagacatggaaagtgcttctgttgccttagttt 33144562  T
Q  279 gtttccaacacaaaatacctttcattgccattagagcattgtctgatttagctggaggaggttctgcattgagcaatgaa 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||    
T  33144561 gtttccaacacaaaatacctttcattgccattagagcattgtctgatttagctggaggaggttcatcattgaccaatgaa 33144482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 31 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 33149005 - 33148793
Alignment:
Q  31 atttcagccactacacagatgaaaatatataattgtttgtggctaacatttcgcttattctccacagaatgttgaattgagtagttgtgttaacacaact 130  Q
    ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||  |||| || |||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33149005 atttcagtcactacataactgaaaatatataataatttgaggttaacttttcacttattctatacagaatgttgaattgagtagttgtgttaagacaact 33148906  T
Q  131 tgcttgccaagaaagcctattgtggtgagagtaaagaaaggagtaagtgccaatatgtttgttgacaacaaagcttatagagatcatttgaattgtaaat 230  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | || |||| |||| ||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |  ||||    
T  33148905 tgcttgccaagaaagcctatggtggtgagagtaaaaaaacgggtcagtgtcaatgtgtttgttgacaacagagattgtagagatcatttgaactccaaat 33148806  T
Q  231 ttgatgctactcc 243  Q
    ||| || ||||||    
T  33148805 ttggtgatactcc 33148793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University