View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11648_low_6 (Length: 525)

Name: NF11648_low_6
Description: NF11648
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11648_low_6
NF11648_low_6
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (111-508)||(10046985-10047382)
chr5 (164-508)||(39676833-39677177)
chr5 (164-508)||(10867290-10867634)
chr5 (164-508)||(10872678-10873022)
chr5 (164-508)||(10877749-10878093)
chr5 (164-508)||(10882820-10883164)
chr5 (164-508)||(10886735-10887079)
chr5 (162-508)||(37950089-37950435)
chr5 (1-72)||(10046875-10046946)
chr5 (1-56)||(10867230-10867285)
chr5 (1-56)||(10873027-10873082)
chr5 (1-56)||(10878098-10878153)
chr5 (1-56)||(10883169-10883224)
chr5 (1-56)||(10887084-10887139)
chr5 (1-56)||(39676773-39676828)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (163-508)||(30707968-30708313)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 111 - 508
Target Start/End: Original strand, 10046985 - 10047382
Alignment:
111 gtatgttcaaagttattggtcaaattgtgatgtaacgtgttttggtaataataggaaatttttgttcggataagaaagccgcggcggtgaattggattga 210  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10046985 gtatgttcaaagttgttggtcaaattgtgatgtaacgtgttttggtaataataggaaatttttgttcggataagaaagccgcggcggtgaattggattga 10047084  T
211 agggagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtgaagaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatg 310  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10047085 agggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtgaagaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatg 10047184  T
311 ttaaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaatgcacatgctagtaatattgtttctgctatttacttggctacaggtcaag 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10047185 ttaaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaatgcacatgctagtaatattgtttctgctatttacttggctacaggtcaag 10047284  T
411 atcctgctcagaatgttgagagttctcaatgtatgaccatgatggaagctgtgaatgatggcaaagaccttcacatctctgttactatgccttccatt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10047285 atcctgctcagaatgttgagagttctcaatgtatgaccatgatggaagctgtgaatgatggcaaagaccttcacatctctgttactatgccttccatt 10047382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 164 - 508
Target Start/End: Original strand, 39676833 - 39677177
Alignment:
164 ggaaatttttgttcggataagaaagccgcggcggtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 263  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39676833 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcggtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 39676932  T
264 agaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatgttaaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaatgc 363  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
39676933 agaaagtgttgaagactagcgtggagtctttggttgagcttaacatgcttaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggcttcaatgc 39677032  T
364 acatgctagtaatattgtttctgctatttacttggctacaggtcaagatcctgctcagaatgttgagagttctcaatgtatgaccatgatggaagctgtg 463  Q
    ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
39677033 acatgctagtaatattgtttcagcagtttacttggcaacaggtcaagatcctgctcaaaatgttgagagttctcattgtatgaccatgatggaagctgtt 39677132  T
464 aatgatggcaaagaccttcacatctctgttactatgccttccatt 508  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||||    
39677133 aatgatggcaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccatt 39677177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 164 - 508
Target Start/End: Original strand, 10867290 - 10867634
Alignment:
164 ggaaatttttgttcggataagaaagccgcggcggtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 263  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
10867290 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcagtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 10867389  T
264 agaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatgttaaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaatgc 363  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||    
10867390 agaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgctaaaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgc 10867489  T
364 acatgctagtaatattgtttctgctatttacttggctacaggtcaagatcctgctcagaatgttgagagttctcaatgtatgaccatgatggaagctgtg 463  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||    
10867490 acatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatcctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtg 10867589  T
464 aatgatggcaaagaccttcacatctctgttactatgccttccatt 508  Q
    ||||| || || |||||||| ||||| || |||||||||||||||    
10867590 aatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccatt 10867634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 164 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 10873022 - 10872678
Alignment:
164 ggaaatttttgttcggataagaaagccgcggcggtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 263  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
10873022 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcagtgaactggattgaagggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtga 10872923  T
264 agaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatgttaaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaatgc 363  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||    
10872922 agaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgctaaaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgc 10872823  T
364 acatgctagtaatattgtttctgctatttacttggctacaggtcaagatcctgctcagaatgttgagagttctcaatgtatgaccatgatggaagctgtg 463  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||    
10872822 acatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatcctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtg 10872723  T
464 aatgatggcaaagaccttcacatctctgttactatgccttccatt 508  Q
    ||||| || || |||||||| ||||| || |||||||||||||||    
10872722 aatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccatt 10872678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 164 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 10878093 - 10877749
Alignment:
164 ggaaatttttgttcggataagaaagccgcggcggtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 263  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
10878093 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcagtgaactggattgaagggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtga 10877994  T
264 agaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatgttaaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaatgc 363  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||    
10877993 agaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgctaaaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgc 10877894  T
364 acatgctagtaatattgtttctgctatttacttggctacaggtcaagatcctgctcagaatgttgagagttctcaatgtatgaccatgatggaagctgtg 463  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||    
10877893 acatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatcctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtg 10877794  T
464 aatgatggcaaagaccttcacatctctgttactatgccttccatt 508  Q
    ||||| || || |||||||| ||||| || |||||||||||||||    
10877793 aatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccatt 10877749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 164 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 10883164 - 10882820
Alignment:
164 ggaaatttttgttcggataagaaagccgcggcggtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 263  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
10883164 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcagtgaactggattgaagggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagatgtggtga 10883065  T
264 agaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatgttaaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaatgc 363  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||    
10883064 agaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgctaaaaaaccttaccggttcagccatggctggtgctcttggcggctttaatgc 10882965  T
364 acatgctagtaatattgtttctgctatttacttggctacaggtcaagatcctgctcagaatgttgagagttctcaatgtatgaccatgatggaagctgtg 463  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||    
10882964 acatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatcctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtg 10882865  T
464 aatgatggcaaagaccttcacatctctgttactatgccttccatt 508  Q
    ||||| || || |||||||| ||||| || |||||||||||||||    
10882864 aatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccatt 10882820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 164 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 10887079 - 10886735
Alignment:
164 ggaaatttttgttcggataagaaagccgcggcggtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 263  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
10887079 ggaaatttttgttcggacaagaaagctgcggcagtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtgtgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtga 10886980  T
264 agaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatgttaaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaatgc 363  Q
    |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || || ||    
10886979 agaaagtgctgaagactagtgtggagtctttggttgagcttaacatgctaaaaaaccttaccggttcagccatggctggtgcacttggcggctttaacgc 10886880  T
364 acatgctagtaatattgtttctgctatttacttggctacaggtcaagatcctgctcagaatgttgagagttctcaatgtatgaccatgatggaagctgtg 463  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||    
10886879 acatgctagtaatattgtttctgcaatttacttggctacaggacaagatcctgctcagaatgttgaaagttctcactgtatgaccatgatggaagccgtg 10886780  T
464 aatgatggcaaagaccttcacatctctgttactatgccttccatt 508  Q
    ||||| || || |||||||| ||||| || |||||||||||||||    
10886779 aatgacggaaaggaccttcatatctcagtcactatgccttccatt 10886735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 162 - 508
Target Start/End: Original strand, 37950089 - 37950435
Alignment:
162 taggaaatttttgttcggataagaaagccgcggcggtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggt 261  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| | || || || ||||||||||| ||  | ||||||||||| |||||||| ||  | || || ||||| |||||    
37950089 taggaaattattgttcggataagaaacctgccgcagttaattggattgagggacgcgggaaatcagttgtttgtgaagcaattatcaaagaagatgtggt 37950188  T
262 gaagaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatgttaaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaat 361  Q
    |||||| || |||||||  |  ||||   |  | || ||||| |||||| | ||||| ||| ||||||| ||  | |||||  |||||||||||||||||    
37950189 gaagaaggtattgaagaccaaggtggctgccctagtggagctaaacatgctcaaaaaccttgctggttctgctgttgctggcactcttggtggattcaat 37950288  T
362 gcacatgctagtaatattgtttctgctatttacttggctacaggtcaagatcctgctcagaatgttgagagttctcaatgtatgaccatgatggaagctg 461  Q
    || ||||||||||| ||||||||||| ||||   | || || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || || || || ||||||||||| |    
37950289 gcccatgctagtaacattgtttctgccatttttatagccactggtcaagatccagctcaaaatgttgaaagttcccattgcataacaatgatggaagccg 37950388  T
462 tgaatgatggcaaagaccttcacatctctgttactatgccttccatt 508  Q
    | |||||||| | ||||||||| || || || || ||||| ||||||    
37950389 taaatgatgggagagaccttcatatttcagtgacaatgccatccatt 37950435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 72
Target Start/End: Original strand, 10046875 - 10046946
Alignment:
1 caaaacgtacttgattttcttcaaagcgattttcctgatatggatgttattggtatgtcaggtatgaataac 72  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
10046875 caaaacgtacttgattttcttcaaagcgattttcctgatatggatgttattggtatatcaggtatgaataac 10046946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Original strand, 10867230 - 10867285
Alignment:
1 caaaacgtacttgattttcttcaaagcgattttcctgatatggatgttattggtat 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
10867230 caaaacgtacttgattttcttcaaaccgattttcccgatatggatgttattggtat 10867285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 10873082 - 10873027
Alignment:
1 caaaacgtacttgattttcttcaaagcgattttcctgatatggatgttattggtat 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
10873082 caaaacgtacttgattttcttcaaaccgattttcccgatatggatgttattggtat 10873027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 10878153 - 10878098
Alignment:
1 caaaacgtacttgattttcttcaaagcgattttcctgatatggatgttattggtat 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
10878153 caaaacgtacttgattttcttcaaaccgattttcccgatatggatgttattggtat 10878098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 10883224 - 10883169
Alignment:
1 caaaacgtacttgattttcttcaaagcgattttcctgatatggatgttattggtat 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
10883224 caaaacgtacttgattttcttcaaaccgattttcccgatatggatgttattggtat 10883169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 10887139 - 10887084
Alignment:
1 caaaacgtacttgattttcttcaaagcgattttcctgatatggatgttattggtat 56  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
10887139 caaaacgtacttgattttcttcaaaccgattttcccgatatggatgttattggtat 10887084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Original strand, 39676773 - 39676828
Alignment:
1 caaaacgtacttgattttcttcaaagcgattttcctgatatggatgttattggtat 56  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
39676773 caaaacgtacttgattttcttcaaactgattttcctgatatggatgttattggtat 39676828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 163 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 30708313 - 30707968
Alignment:
163 aggaaatttttgttcggataagaaagccgcggcggtgaattggattgaagggagagggaaatcagtggtttgtgaggctgtaattaaggaagaggtggtg 262  Q
    ||||||||| ||||| || |||||||| ||||| || || |||||||||||| | || || || ||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||    
30708313 aggaaatttctgttccgacaagaaagcggcggctgtaaactggattgaagggcgtggtaagtctgtggtgtgtgaggctgttattaaggaagaggttgtg 30708214  T
263 aagaaagtgttgaagattagtgtggagtctttggttgagcttaacatgttaaaaaatcttactggttcagccatggctggtgctcttggtggattcaatg 362  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||| | || || || ||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||||    
30708213 aagaaagtgttgaagactagtgtggaggcactggttgagcttaacatgcttaagaacctaactggatcagcccttgctggtgctcttggtgggttcaatg 30708114  T
363 cacatgctagtaatattgtttctgctatttacttggctacaggtcaagatcctgctcagaatgttgagagttctcaatgtatgaccatgatggaagctgt 462  Q
    | |||||||| || ||||| |||||| | ||| | || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
30708113 ctcatgctagcaacattgtctctgctgtctacatagccactggtcaagatcctgctcagaatgtggagagttctcattgtattaccatgatggaagctgt 30708014  T
463 gaatgatggcaaagaccttcacatctctgttactatgccttccatt 508  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
30708013 gaatgatggcaaggaccttcacatttctgtcaccatgccttccatt 30707968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University