View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11650_high_3 (Length: 619)

Name: NF11650_high_3
Description: NF11650
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11650_high_3
NF11650_high_3
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (22-601)||(26626059-26626638)
chr1 (22-601)||(49117482-49118061)
chr1 (22-346)||(26635470-26635794)
chr1 (154-601)||(15821058-15821503)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (22-601)||(35936904-35937483)
chr7 (70-418)||(4866004-4866352)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (22-601)||(21691426-21692007)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (54-342)||(17605658-17605946)
chr8 (510-601)||(17606093-17606184)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (27-177)||(17039325-17039479)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 480; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 601
Target Start/End: Original strand, 26626059 - 26626638
Alignment:
22 cacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcgga 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
26626059 cacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcttgaaaatcaga 26626158  T
122 gtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgcaaattgtgcaagtatttggag 221  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||    
26626159 gttgatgtcaccaacatcagtgatggagagtttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgtaaattgtgcaagtattcagag 26626258  T
222 gaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacgagaaacattaggagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagta 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26626259 gaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaagaaaccatggacgagaaacattagaagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagta 26626358  T
322 ccatttgttgaatcatttcaggctgcacagaaccaccatcagatgcactagtaattgaaggagccgctgcagagctagtagtggcatgtaaagcttgcgt 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
26626359 ccatttgttgaatcatttcaggctgtagagaaccaccatcagatgcactagtaattgtaggaggcgctgcagagctagtagtggcatgtaaagcttgtgt 26626458  T
422 cggatattgtgttcgccttggaggacggatgggacaatcaaagatgacatgaccattttgtttgcagtatttgcaaaactgagtggtacaactgcgagca 521  Q
     |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||    
26626459 tggatattgtgttcgccgtgggggacggatgggacaatcaaagataacatgaccattttgtttgcagtatttgcaaaacttagcggtacagctgcgagca 26626558  T
522 acatgtccaaattgtttgcaggtaaaacattgtacttgtcgcatatcacgtcccttacctctactttgagcagcatatgc 601  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26626559 acatgcccaaattgtttgcaggtgaaacattgtacttgtcgcatatcacgtcccttacctctactttgagcagcatatgc 26626638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 49118061 - 49117482
Alignment:
22 cacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcgga 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
49118061 cacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcttgaaaatcaga 49117962  T
122 gtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgcaaattgtgcaagtatttggag 221  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||    
49117961 gttgatgtcaccaacatcagtgatggagagtttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgtaaattgtgcaagtattcagag 49117862  T
222 gaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacgagaaacattaggagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagta 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49117861 gaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaagaaaccatggacgagaaacattagaagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagta 49117762  T
322 ccatttgttgaatcatttcaggctgcacagaaccaccatcagatgcactagtaattgaaggagccgctgcagagctagtagtggcatgtaaagcttgcgt 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
49117761 ccatttgttgaatcatttcaggctgtagagaaccaccatcagatgcactagtaattgtaggaggcgctgcagagctagtagtggcatgtaaagcttgtgt 49117662  T
422 cggatattgtgttcgccttggaggacggatgggacaatcaaagatgacatgaccattttgtttgcagtatttgcaaaactgagtggtacaactgcgagca 521  Q
     |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||    
49117661 tggatattgtgttcgccgtgggggacggatgggacaatcaaagataacatgaccattttgtttgcagtatttgcaaaacttagcggtacagctgcgagca 49117562  T
522 acatgtccaaattgtttgcaggtaaaacattgtacttgtcgcatatcacgtcccttacctctactttgagcagcatatgc 601  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
49117561 acatgcccaaattgtttgcaggtgaaacattgtacttgtcgcatatcacgtcccttacctctactttgagcagcatatgc 49117482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 22 - 346
Target Start/End: Original strand, 26635470 - 26635794
Alignment:
22 cacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcgga 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||    
26635470 cacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaaacacgtcttgaaaatcaga 26635569  T
122 gtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgcaaattgtgcaagtatttggag 221  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||    
26635570 gttgatgtcaccaacatcagtgatggagagtttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgtaaattgtgcaagtattcagag 26635669  T
222 gaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacgagaaacattaggagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagta 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
26635670 gaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaagaaaccatggacgagaaacattagaagacttaacatgaattcccatatatgatagagcagcaagta 26635769  T
322 ccatttgttgaatcatttcaggctg 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
26635770 ccatttgttgaatcatttcaggctg 26635794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 154 - 601
Target Start/End: Original strand, 15821058 - 15821503
Alignment:
154 tattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgcaaattgtgcaagtatttggaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatc 253  Q
    |||||||| || ||||||||||||  |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
15821058 tattaccagcaacaatttgaattttctgattaccataataagaatgtaa-ttgtgcaagtattcagaggaacccgtcatgtgattggatgcactcgaatc 15821156  T
254 aataaaccatggacgagaaacattaggagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagtaccatttgttgaatcatttcaggctgcacagaa 353  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| | ||||    
15821157 aagaaaccatggacgagaaacattaggagacttaccatgaattccaatgtttgaaagagcagcaagtacaatttgttgaatcttttcag-ctgtagagaa 15821255  T
354 ccaccatcagatgcactagtaattgaaggagccgctgcagagctagtagtggcatgtaaagcttgcgtcggatattgtgttcgccttggaggacggatgg 453  Q
     ||||||||||||||||||||||| | | | |  |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||    
15821256 tcaccatcagatgcactagtaattaaggtatcaactgcagagatagtagtgacatgtaaagcttgtgtcagatgttgtgttcgcagtggaggacggatgg 15821355  T
454 gacaatcaaagatgacatgaccattttgtttgcagtatttgcaaaactgagtggtacaactgcgagcaacatgtccaaattgtttgcaggtaaaacattg 553  Q
    |||||||| |||||| | |||| ||||| |||||||| ||| |||||| | || ||||  || ||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||    
15821356 gacaatcagagatgaaaggacctttttgcttgcagtagttgtaaaacttaatgttacagttgggagcaacctgtccaaattgtttgcaggtgaaatattg 15821455  T
554 tacttgtcgcatatcacgtcccttacctctactttgagcagcatatgc 601  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||| | |||||||    
15821456 tacttgtcgcatatcacatcctttacctctactctgagtaacatatgc 15821503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 476; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 601
Target Start/End: Original strand, 35936904 - 35937483
Alignment:
22 cacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcgga 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
35936904 cacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcttgaaaatcgga 35937003  T
122 gtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgcaaattgtgcaagtatttggag 221  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||    
35937004 gttgatgtcaccaacatcagtgatggagagtttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgtaaattgtgcaagtattcagag 35937103  T
222 gaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacgagaaacattaggagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagta 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
35937104 gaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaagaaaccatggacgagaaacattagaagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagta 35937203  T
322 ccatttgttgaatcatttcaggctgcacagaaccaccatcagatgcactagtaattgaaggagccgctgcagagctagtagtggcatgtaaagcttgcgt 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
35937204 ccatttgttgaatcatttcaggctgtagagaaccaccatcagatgcactagtaattgaaggaggcgctgcagagctagtagtggcatgtaaagcttatgt 35937303  T
422 cggatattgtgttcgccttggaggacggatgggacaatcaaagatgacatgaccattttgtttgcagtatttgcaaaactgagtggtacaactgcgagca 521  Q
     |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||    
35937304 tggatattgtgttcgccgtgggggacggatgggacaatcaaagataacatgaccaatttgtttgcagtatttgcaaaacttagcggtacagctgcgagca 35937403  T
522 acatgtccaaattgtttgcaggtaaaacattgtacttgtcgcatatcacgtcccttacctctactttgagcagcatatgc 601  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
35937404 acatgcccaaattgtttgcaggtgaaacattgtacttgtcgcatatcacgtcccttacctttactttgagcagcatatgc 35937483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 70 - 418
Target Start/End: Original strand, 4866004 - 4866352
Alignment:
70 acaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcggagtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaat 169  Q
    ||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || || |||||| | |||||||||||||||| |   ||||| || ||| ||||||||||||||||    
4866004 acaataagttggaagcaagtccaggtgatacaagaacatctcgaaaaccagagtttatgtcaccaagagtagtgatagaaagggtattaccatcagcaat 4866103  T
170 ttgaatttgttgattaccatgataagaatgcaaattgtgcaagtatttggaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacga 269  Q
    ||||||||  ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
4866104 ttgaattttctgattaccatcgtaagaatgtaaattgtgcaagtattcagaggaacccgtcatgtgattggatgcaccggaatcaagaaaccatggacga 4866203  T
270 gaaacattaggagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagtaccatttgttgaatcatttcaggctgcacagaaccaccatcagatgcac 369  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
4866204 gaaacattaggagacttaccatgaattcccatccttgaaagagcagcaattaccatttgttgaatcatttcagactgtagagaaccaccatcagatgcac 4866303  T
370 tagtaattgaaggagccgctgcagagctagtagtggcatgtaaagcttg 418  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
4866304 tagtaattgaaggagcagctgcagagctagtagtggcatgtaaagcttg 4866352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 463; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 463; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 601
Target Start/End: Complemental strand, 21692007 - 21691426
Alignment:
22 cacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcgga 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
21692007 cacgagaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgttacgaaaatcgga 21691908  T
122 gtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggttattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgcaaattgtgcaagtatttggag 221  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||  |||    
21691907 gttgatgtcaccaacatcagtgatggagaggttatttccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaagctaaattgtgcaagtattcagag 21691808  T
222 gaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaataaaccatggacgagaaacattaggagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagta 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
21691807 gaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatcaagaaaccatggacgagaaacattagaagacttaacatgaattcccatatatgatagagcagcaagta 21691708  T
322 ccatttgttgaatcatttcaggctgcacagaaccaccatcagat--gcactagtaattgaaggagccgctgcagagctagtagtggcatgtaaagcttgc 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||     
21691707 ccatttgttgaatcatttcaggctgtagagaagcaccatcagatgcgcactagtaattgaaggagtcgctgcagagctagtagtagcatgtaaagcttgt 21691608  T
420 gtcggatattgtgttcgccttggaggacggatgggacaatcaaagatgacatgaccattttgtttgcagtatttgcaaaactgagtggtacaactgcgag 519  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||| |    
21691607 gtcggatattgtgttcgccgtggaggacggatgggacaatcaaagataacatgaacattttgtttgtagtatttgcaaaacttagtggtacagctgcgtg 21691508  T
520 caacatgtccaaattgtttgcaggtaaaacattgtacttgtcgcatatcacgtcccttacctctactttgagcagcatatgc 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
21691507 caacatgtccaaattgtttgcaggtgaaacattgtacttgtcgcatatcacgtcccttacctctactttgagcagcatatgc 21691426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 137; Significance: 3e-71; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 54 - 342
Target Start/End: Original strand, 17605658 - 17605946
Alignment:
54 accaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcggagtttatgtcaccaacatccgtgatggagaggt 153  Q
    |||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||      
17605658 accaattgaccaacagacagtaaattggaagcaagtccaggtgatacaagcacatcccgaaaatcagagtttatgtcaccaacatcagtgatagaaagag 17605757  T
154 tattaccatcagcaatttgaatttgttgattaccatgataagaatgcaaattgtgcaagtatttggaggaacccgtcatgtgattggatgcaccagaatc 253  Q
    |||||||||| |||||||||||||  | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
17605758 tattaccatcggcaatttgaattttcttattaccatcataagaatgtaaattgtgcaagtattctaaggaacccgtcatgtgataggatgcgccagaatc 17605857  T
254 aataaaccatggacgagaaacattaggagacttaccatgaattcccatatttgatagagcagcaagtaccatttgttgaatcatttcag 342  Q
    || |||||||||  ||||| |||| | ||||||||| |||||||| ||   ||  ||||||| || |||||||||||||||||||||||    
17605858 aagaaaccatgggtgagaagcatttgaagacttaccctgaattccaattgatggaagagcagaaattaccatttgttgaatcatttcag 17605946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 510 - 601
Target Start/End: Original strand, 17606093 - 17606184
Alignment:
510 caactgcgagcaacatgtccaaattgtttgcaggtaaaacattgtacttgtcgcatatcacgtcccttacctctactttgagcagcatatgc 601  Q
    ||||| ||||||| ||||||||| |||||||| |  ||||||||||| ||| |||||||| | || ||||||| ||  || |||||||||||    
17606093 caactacgagcaatatgtccaaactgtttgcaagagaaacattgtacctgttgcatatcatgacctttacctcgacgctgggcagcatatgc 17606184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 27 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 17039479 - 17039325
Alignment:
27 gaaaaattaacattacaattgttatccaccaattgaccaaccgacaataaattagaagcaagtccgggtgatacaagcacgtcacgaaaatcggagttta 126  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||| | |||||  || ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||    
17039479 gaaaacttaacattacaattatcatctaccaattgaccaacagtcaataggttggaagcaagtccaggtgatacaagcacatctcgaaaatcagagttta 17039380  T
127 tgtcaccaacatccgt----gatggagaggttattaccatcagcaatttgaattt 177  Q
    ||| ||||||||  ||    ||| || ||| ||||||||||| ||||||||||||    
17039379 tgttaccaacattagtgatcgatagaaagggtattaccatcatcaatttgaattt 17039325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University