View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF11650_low_1 (Length: 980)

Name: NF11650_low_1
Description: NF11650
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF11650_low_1
NF11650_low_1
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (9-967)||(40059434-40060400)
chr2 (82-972)||(40085393-40086300)
chr2 (146-626)||(40077652-40078129)
chr2 (680-886)||(40078205-40078411)
chr2 (15-123)||(35056063-35056171)
chr2 (28-94)||(11344360-11344425)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (358-465)||(35052652-35052758)
chr7 (25-62)||(23918917-23918954)
chr7 (28-61)||(28178930-28178963)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (339-456)||(12735460-12735579)
chr5 (339-456)||(12798287-12798406)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (551-626)||(22015579-22015654)
chr4 (715-842)||(22015335-22015462)
chr4 (229-314)||(22015825-22015910)
chr4 (382-459)||(22015667-22015744)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (339-465)||(53322735-53322862)
chr3 (25-129)||(4534428-4534530)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (43-95)||(23370389-23370440)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (28-61)||(2205644-2205677)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 848; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 848; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 967
Target Start/End: Original strand, 40059434 - 40060400
Alignment:
Q  9 taatgaaacataataattatatgaaaacaatatgactttgttttatcttttgtacatagaaatatcatatacgtaagaacttatatgctgtaagtgctta 108  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40059434 taatgaaa-ataataattatatgaaaacaatatgactttgttttatcttttgtaaatagaaatatcatatacgtaagaacttatatgttgtaagtgctta 40059532  T
Q  109 ataaagtagtttatccaaacatggtgttgatctactgtaaggttagaaagactattataattcactgaaatgaaatggatttttgcagtatgattttgat 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40059533 ataaagtagtttatccaaacatggtgttgatctactgtaaggttagaaagactattataattcactgaaatgaaatggatttttgcagtatgattttgat 40059632  T
Q  209 gagaggaaggatttagtgaaatttgtgaaggcagtggctgaggcgggactatatgtgcatctccgcatcggtccatatgtttgtgctgaatggaactatg 308  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40059633 gggaggaaggatttagtgaaatttgtgaaggcagtggctgaggcgggactatatgtgcatctccgcatcggtccatatgtttgtgctgaatggaactatg 40059732  T
Q  309 ggtaaagtttggttggtaatttatgtgtgatatttttctggggtgttcatctaatcgagggctttaacttcttaacagtggtttccctctttggcttcac 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40059733 ggtaaagtttggttggtaatttatgtgtgatatttttctggggtgttcatctaatcgagggctttaacttcttaacagtggtttccctctttggcttcac 40059832  T
Q  409 ttcattcccgggattaagttccgaactgataatgaaccatttaaggtagaggtaaccataactctgttgcttcctacttttgtccttaaatctgagttca 508  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40059833 ttcattccggggattaagttccgaactgataatgaaccatttaaggtagaggtaaccataactctgttgcttcctacttttgtccttaaatctgagttca 40059932  T
Q  509 cttgccaagaaattttgtcttcaggccgaaatgaagagattcaccgctaagattgtcgatctcatgaagcaagagaaactttatgcatcacaaggaggac 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40059933 cttgccaagaaattttgtcttcaggccgaaatgaagagattcaccgctaagattgtcgatctcatgaagcaagagaaactttatgcatcacaaggaggac 40060032  T
Q  609 ctataattttatctcaggnnnnnnnatcactaaatacaagtattgcgagtatatttttgtaga-----------taaagtttatatttgttaatgtgaga 697  Q
    ||||||||||||||||||       |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||            |||||| ||||||||||||||||||    
T  40060033 ctataattttatctcaggtttttttatcactaaatacaattatagcgagtatatttttgtagacatattaaggtcaaagttaatatttgttaatgtgaga 40060132  T
Q  698 gtatttgtgctttctattgccagattgaaaatgagtatggagacatcgattcagcctatggttctgctggtaaatcatacatcaattgggcagcaaaaat 797  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40060133 gtatttgtgc--tctattgccagattgaaaatgagtatggagacatcgattcagcctatggttctgctggtaaatcatacatcaattgggcagcaaaaat 40060230  T
Q  798 ggctacatctcttgatacaggtgtaccttgggtcatgtgtcagcaagaagatgctcctaatccaatcgtaggttttatgttttgatatgtctacgctaat 897  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40060231 ggctacatctcttgatacaggtgtaccttgggtcatgtgtcagcaagaagatgctcctgattcaatcgtaggttttatgttttgatatgtctacgctaat 40060330  T
Q  898 tgttttttggtttactaggttgcctgtcttctggaaaagagaaatcttagtatgttgtctgcattcatct 967  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40060331 tgttttctggtttactaggttgcctgtcttctggaaaagagaaatcttagtatgttgtctgcattcatct 40060400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 82 - 972
Target Start/End: Original strand, 40085393 - 40086300
Alignment:
Q  82 taagaacttatatgctgtaagtgcttaataaagtagtttatccaaacatggtgttgatctactgtaaggttagaaagactattataattcactgaaatga 181  Q
    |||| ||||||||| | ||||  |||||| ||||| |||||||||| ||| | |||||||||| |||| | |||||| ||||  ||||||| ||||||||    
T  40085393 taagcacttatatgttataagcacttaattaagtattttatccaaatatgatcttgatctactataagctaagaaagtctatcttaattcattgaaatga 40085492  T
Q  182 aatggatttttgcagtatgattttgatgagaggaaggatttagtgaaatttgtgaaggcagtggctgaggcgggactatatgtgcatctccgcatcggtc 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| || ||||    
T  40085493 aatggatttttgcagtatgattttgatgggaggaaggatttggtgaaatttgtgaaagcagtagctgaggcaggtctatatgtgcatctccggattggtc 40085592  T
Q  282 catatgtttgtgctgaatggaactatgggtaaagtttggttggtaatttatgtgtgatatttttctggggtgttca--tctaatcgagggctttaacttc 379  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||  ||| ||||  |||||||||  |||||| |||||||||||||||    
T  40085593 catatgtttgttctgaatggaactatgggtaaagt----ttggtaatttatgtgtattatatttcgagggtgttcatgtctaattgagggctttaacttc 40085688  T
Q  380 ttaacagtggtttccctctttggcttcacttcattcccgggattaagttccgaactgataatgaaccatttaaggtagaggtaaccataactctgttgct 479  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| | | ||   ||||    
T  40085689 ttgacagtggtttccctctttggcttcacttcattccagggattaagttccgaactgacaatgaaccatttaaggta-agttaaccttcagtccagtgct 40085787  T
Q  480 tcctacttttgtccttaaatctgagttcacttgccaagaaattttgtcttcaggccgaaatgaagagattcaccgctaagattgtcgatctcatgaagca 579  Q
    || | |||||||||||  | ||||||||||||| || |||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  40085788 tcatgcttttgtccttgga-ctgagttcacttgacaggaaactttgtcttcaggttgaaatgaagcgattcaccactaagattgtcgacctcatgaagca 40085886  T
Q  580 agagaaactttatgcatcacaaggaggacctataattttatctcaggnnnnnnnatcacta-----aatacaagtattgcgagtatatttttgtagat-- 672  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||  |     ||||||||||| |  | |||||| ||| ||||      
T  40085887 agagaaactgtatgcatcacaaggaggacctataattttatctcaggtttttttatcatgaaatacaatacaagtatagttaatatattcttgaagatat 40085986  T
Q  673 -------aaagtttatatttgttaatgtgagagtatttgtgctttctattgccagattgaaaatgagtatggagacatcgattcagcctatggttctgct 765  Q
           ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40085987 taaggtcaaagtttatatttgttaatgtgagagtgtttgtgatttctaatgacagatagaaaatgagtatggagacatcgattcagcctatggttctgct 40086086  T
Q  766 ggtaaatcatacatcaattgggcagcaaaaatggctacatctcttgatacaggtgtaccttgggtcatgtgtcagcaagaagatgctcctaatccaatcg 865  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |    
T  40086087 ggtaaatcatacatcaattgggcagcaaaaatggctacatctcttgatacaggtgtaccttgggtcatgtgtcagcaagcagatgctcctgatccaattg 40086186  T
Q  866 taggttttatgttttgatatgtctacgctaattgttttt-------tggtttactaggttgcctgtcttctggaaaagagaaatcttagtatgttgtctg 958  Q
    || |||||||||||||||||||| | | |||||||||||       |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||  || ||    
T  40086187 taagttttatgttttgatatgtcaatgttaattgttttttagtttatggtttactaggttgcctgtcttccggaaaagagcaatcttggtatgccgtttg 40086286  T
Q  959 cattcatctcactc 972  Q
    ||||||||| ||||    
T  40086287 cattcatcttactc 40086300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 146 - 626
Target Start/End: Original strand, 40077652 - 40078129
Alignment:
Q  146 taaggttagaaagactattataattcactgaaatgaaatggatttttgcagtatgattttgatgagaggaaggatttagtgaaatttgtgaaggcagtgg 245  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40077652 taaggttagaaagactattataattcattgaaatgaaatggatttttgcagtatgattttgatgggaggaaggatttagtgaaatttgtaaaggcagtgg 40077751  T
Q  246 ctgaggcgggactatatgtgcatctccgcatcggtccatatgtttgtgctgaatggaactatgggtaaagtttggttggtaatttatgtgtgatattttt 345  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||      ||| |||||  |||||||    
T  40077752 ctgaggcaggactatatgtgcatctccggatcggtccatatgtgtgtgctgaatggaactacgggtaaagtttggtcc----tttctgtgtattattttt 40077847  T
Q  346 ctggggtgttcat--ctaatcgagggctttaacttcttaacagtggtttccctctttggcttcacttcattcccgggattaagttccgaactgataatga 443  Q
    ||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  40077848 ctgtggtgttcatgtctaattgagggctttaacttcttgacagtggtttccctctttggcttcacttcattccagggattaagttccgaactgacaatga 40077947  T
Q  444 accatttaaggtagaggtaaccataactctgttgcttcctacttttgtccttaaatctgagttcacttgccaagaaattttgtcttcaggccgaaatgaa 543  Q
    |||||||||||||| | ||||| | || |||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  40077948 accatttaaggtag-gctaaccttcaccctgttgcttcatgcatttgtccttaaatctgagttcacttgacaggaaactttgtcttcaggccgaaatgaa 40078046  T
Q  544 gagattcaccgctaagattgtcgatctcatgaagcaagagaaactttatgcatcacaaggaggacctataattttatctcagg 626  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40078047 gcgattcaccgctaagattgtcgatctcatgaagcaagagaaactgtatgcatcacaaggaggacctataattttatctcagg 40078129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 680 - 886
Target Start/End: Original strand, 40078205 - 40078411
Alignment:
Q  680 atatttgttaatgtgagagtatttgtgctttctattgccagattgaaaatgagtatggagacatcgattcagcctatggttctgctggtaaatcatacat 779  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||     |||||||||||||||||||||||||||    
T  40078205 atatttgttaatgtgagagtatttgtgctttctaatgccagattgaaaatgagtatggaaacattgatagtcactatggttctgctggtaaatcatacat 40078304  T
Q  780 caattgggcagcaaaaatggctacatctcttgatacaggtgtaccttgggtcatgtgtcagcaagaagatgctcctaatccaatcgtaggttttatgttt 879  Q
    ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  40078305 caactgggctgcaaaaatggctacatctcttgatacaggtgttccttgggtcatgtgtcagcaaggagatgctcctgatccaatcgtaagttttatgttt 40078404  T
Q  880 tgatatg 886  Q
    | |||||    
T  40078405 taatatg 40078411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 123
Target Start/End: Original strand, 35056063 - 35056171
Alignment:
Q  15 aacataataattatatgaaaacaatatgactttgttttatcttttgtacatagaaatatcatatacgtaagaacttatatgctgtaagtgcttaataaag 114  Q
    |||||| ||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||| ||||||| | | ||||  |||| ||||||||||| ||||   ||||| |||    
T  35056063 aacatattaattatatgaaaccagtatggttttgttttatcttttgtaaatagaaacaacgtatatataagcacttatatgctataagcaattaattaag 35056162  T
Q  115 tagtttatc 123  Q
    | |||||||    
T  35056163 ttgtttatc 35056171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 28 - 94
Target Start/End: Original strand, 11344360 - 11344425
Alignment:
Q  28 tatgaaaacaatatgactttgttttatcttttgtacatagaaatatcatatacgtaagaacttatat 94  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||| | |||| ||||||||    
T  11344360 tatgaaaacaatttgactttcttttatcttttgt-tatagaaatatcttatgcataagcacttatat 11344425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 64; Significance: 2e-27; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 358 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 35052758 - 35052652
Alignment:
Q  358 tctaatcgagggctttaacttcttaacagtggtttccctctttggcttcacttcattcccgggattaagttccgaactgataatgaaccatttaaggtag 457  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||     
T  35052758 tctaattgagggctttaacttcttaacagtggttaacctctttggattcacttcattccagggattaggttccaaacagacaatgaaccatttaaggta- 35052660  T
Q  458 aggtaacc 465  Q
    ||||||||    
T  35052659 aggtaacc 35052652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 25 - 62
Target Start/End: Complemental strand, 23918954 - 23918917
Alignment:
Q  25 ttatatgaaaacaatatgactttgttttatcttttgta 62  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  23918954 ttatatgaaaacaatttgactttattttatcttttgta 23918917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 61
Target Start/End: Complemental strand, 28178963 - 28178930
Alignment:
Q  28 tatgaaaacaatatgactttgttttatcttttgt 61  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28178963 tatgaaaacaatatgactttattttatcttttgt 28178930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 61; Significance: 1e-25; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 339 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 12735579 - 12735460
Alignment:
Q  339 tatttttctggggtgttcat--ctaatcgagggctttaacttcttaacagtggtttccctctttggcttcacttcattcccgggattaagttccgaactg 436  Q
    |||||| ||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||  |    
T  12735579 tattttcctggggtcttcatttctaattgagggctttaacttcttaagagtggttaacctctttggattcacttcattccagggattaagttccaaatag 12735480  T
Q  437 ataatgaaccatttaaggta 456  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  12735479 acaatgaaccatttaaggta 12735460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 339 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 12798406 - 12798287
Alignment:
Q  339 tatttttctggggtgttcat--ctaatcgagggctttaacttcttaacagtggtttccctctttggcttcacttcattcccgggattaagttccgaactg 436  Q
    |||||| ||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||  |    
T  12798406 tattttcctggggtcttcatttctaattgagggctttaacttcttaagagtggttaacctctttggattcacttcattccagggattaagttccaaatag 12798307  T
Q  437 ataatgaaccatttaaggta 456  Q
    | ||||||||||||||||||    
T  12798306 acaatgaaccatttaaggta 12798287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 60; Significance: 4e-25; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 551 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 22015654 - 22015579
Alignment:
Q  551 accgctaagattgtcgatctcatgaagcaagagaaactttatgcatcacaaggaggacctataattttatctcagg 626  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22015654 accgctaagattgtcgatatgatgaagcaagagaacctctatgcatcacaaggaggacctataattttatctcagg 22015579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 715 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 22015462 - 22015335
Alignment:
Q  715 tgccagattgaaaatgagtatggagacatcgattcagcctatggttctgctggtaaatcatacatcaattgggcagcaaaaatggctacatctcttgata 814  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||    ||| |  ||||| |||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  22015462 tgccagattgaaaatgagtatgggaacattgatacacatgatgctcgtgctgctaaatcctacatcgattgggcagcatcaatggctacatctcttgata 22015363  T
Q  815 caggtgtaccttgggtcatgtgtcagca 842  Q
    ||||||| || ||| | ||||| |||||    
T  22015362 caggtgttccctggattatgtgccagca 22015335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 229 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 22015910 - 22015825
Alignment:
Q  229 atttgtgaaggcagtggctgaggcgggactatatgtgcatctccgcatcggtccatatgtttgtgctgaatggaactatgggtaaa 314  Q
    ||||||||||||||| || |  || ||  |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||    
T  22015910 atttgtgaaggcagtagcagcagcaggtttatatgtgcatctccggatcggtccatatgtgtgtgctgaatggaattacgggtaaa 22015825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 382 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 22015744 - 22015667
Alignment:
Q  382 aacagtggtttccctctttggcttcacttcattcccgggattaagttccgaactgataatgaaccatttaaggtagag 459  Q
    |||||||||||||| |||||| | || || ||| | || ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  22015744 aacagtggtttccccctttggttgcattttattgctggaattaagttccgaactaataatgaaccattcaaggcagag 22015667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 58; Significance: 7e-24; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 7e-24
Query Start/End: Original strand, 339 - 465
Target Start/End: Original strand, 53322735 - 53322862
Alignment:
Q  339 tatttttctggggtgttcat--ctaatcgagggctttaacttcttaacagtggtttccctctttggcttcacttcattcccgggattaagttccgaactg 436  Q
    |||||||||||||| |||||  ||||| ||||||||||||||||||| | |||||  ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||  |    
T  53322735 tatttttctggggtcttcatttctaattgagggctttaacttcttaagattggttaacctctttgtattcacttcattccagggattaagttccaaatcg 53322834  T
Q  437 ataatgaaccatttaaggtagaggtaacc 465  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||    
T  53322835 acaatgaaccatttaaggta-aggtaacc 53322862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 129
Target Start/End: Original strand, 4534428 - 4534530
Alignment:
Q  25 ttatatgaaaacaatatgactttgttttatcttttgtacatagaaatatcatatacgtaagaacttatatgctgtaagtgcttaataaagtagtttatcc 124  Q
    |||||| ||||||||  |||||| || |||||||| |  ||| ||||| | |||||||||| |||||||  || |||||||||||| |||| ||||||||    
T  4534428 ttatattaaaacaattcgactttattatatcttttatttatataaataacttatacgtaagcacttata--ctataagtgcttaattaagttgtttatcc 4534525  T
Q  125 aaaca 129  Q
    |||||    
T  4534526 aaaca 4534530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 43 - 95
Target Start/End: Original strand, 23370389 - 23370440
Alignment:
Q  43 actttgttttatcttttgtacatagaaatatcatatacgtaagaacttatatg 95  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||    
T  23370389 actttgttttatcttttgta-atagaaatagcttatacgtaagtacttatatg 23370440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 28 - 61
Target Start/End: Original strand, 2205644 - 2205677
Alignment:
Q  28 tatgaaaacaatatgactttgttttatcttttgt 61  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2205644 tatgaaaacaatttgactttgttttatcttttgt 2205677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University